Épissage de l'ARN Flashcards
Quelle est l’étape la plus complexe des 3 mécanismes de maturation de l’ARN?
L’épissage
Vrai ou faux. Les procaryotes possèdent un faible nombre d’introns.
Faux, ils ne possèdent pas d’introns (séquence codante continue)
Qu’est-ce qu’un exon?
Toute région maintenue dans l’ARN mature (codante ou non)
Quels sont les exons non codants principaux chez les eucaryotes?
Les régions 3’ et 5’ non traduites
Vrai ou faux. La transcription reconnaît les introns et exons.
Faux, les introns sont inclus dans le pré-ARNm
Vrai ou faux. La levure possède plusieurs introns par gènes.
Faux, elle en possède rarement plus qu’un
Qu’est-ce qui est plus long entre un intron et un exon?
Un intron
Quelle est la longueur moyenne d’un exon?
150 bases
Quelle est la longueur moyenne d’un intron?
800 000 bases
Quelle est la particularité du gène DHFR?
Il est constitué à 90% d’introns
Vrai ou faux. La traduction discrimine les introns et les exons.
Faux, elle se fait en continue sans discriminer
Que retrouve-t-on de particulier aux jonctions intron/exon?
Des séquences spécifiques conservées
Quelle séquence retrouve-t-on au site d’épissage 5’?
Séquence GU
Quelle séquence retrouve-t-on au site d’épissage 3’?
Séquence AG
Quelle séquence précise retrouve-t-on au site de branchement?
pyrimidine - n’importe quoi - pyrimidine - uracile - purine - A - séquence riche en pyrimidine
Quels types de réactions forment l’épissage?
2 réactions de trans-estérifications
Quels types de liaisons sont rompues et reformées durant l’épissage?
Des liaisons phosphodiester
En quoi consiste la première étape chimique de l’épissage?
- Le 2’ - OH du A au site de branchement fait une attaque nucléophile sur le groupement phosphate de la G du site donneur
- Le 5’ libéré de l’intron se lie au A du site de branchement (forme la jonction triple)
Qu’est-ce que la jonction triple?
Adénine liée à 3 groupements oxygènes
Quel est le site donneur?
Site d’épissage 5’
Quel est le site receveur?
Site d’épissage 3’
En quoi consiste la deuxième étape chimique de l’épissage?
- Le 3’ OH de l’exon 5’ fait une attaque nucléophile du groupement phosphate de la G du site receveur
- Jonction de l’exon 5’ avec l’exon 3’
- Dégradation rapide de l’intron
Qu’est-ce que l’épissage en trans?
Jonction d’exons de 2 pré-ARNm distincts
Vrai ou faux. L’épissage en trans est fréquent.
Faux, il est très rare
De quoi est formé le spliceosome?
Environ 150 protéines et 5 ARN
À quel complexe ressemble la taille du spliceosome?
Au ribosome
Quel type d’énergie est utilisé par le spliceosome?
Hydrolyse de plusieurs ATP
Par quelle partie du spliceosome sont réalisées la plupart des fonctions?
Par les ARN
Quel type d’ARN retrouve-t-on dans le spliceosome?
Des ARN nucléaires (snRNA)
Quels sont les 5 snRNA du spliceosome?
U1, U2, U4, U5, U6
Combien de nucléotides forment les snRNA?
100 à 300 nucléotides
Comment appelle-t-on les complexes ARN-protéine du spliceosome?
Des snRNP
Quels sont les 3 rôles des snRNP?
- Reconnaissent le site d’épissage 5’ (donneur) et le site de branchement
- Rapprochent ces 2 sites
- Catalysent les réactions de clivage et de ligation de l’ARN
Quels types d’interactions permettent la catalyse des réactions de clivage et de ligation de l’ARN?
- ARN-ARN
- ARN-protéine
- Protéine-protéine
Nommer quelques exemples d’hybrides ARN-ARN
- Au site d’épissage 5’
- Au site de branchement
- snRNP entre elles
Quels snRNP peuvent se lier par complémentarité au site d’épissage 5’?
U1 et U6
Quel snRNP peut se lier au site de branchement?
U2
Quelles snRNP peuvent avoir une complémentarité entre elles?
U2 et U6
À la première étape de l’épissage, le site d’épissage 5’ est reconnu par quel snRNP?
U1
Qu’est-ce qui suit la liaison de U1 au site d’épissage 5’?
- U2AF65 se lie au site polyY
- U2AF35 se lie au site d’épissage 3’
Que recrute la sous unité U2AF65 au site de branchement?
BBP
Quels éléments forment le complexe E?
- U1
- U2AF65
- U2AF35
- BBP
Quels sont les étapes de la formation du complexe A?
- U2 se lie au site de branchement
- BBP se détache
- Le A est non apparié avec U2 et est disponible pour réagir avec le site d’épissage 5’
Quels éléments forment le complexe A?
- U1
- U2
- U2AF35
- U2AF65
Quels sont les étapes de la formation du complexe B?
- Liaison de la tri-snRNP (U4-U5-U6) au pré-ARNm et à U1 et U2
- Détachement de U2AF35 et U2AF65
Quels éléments forment le complexe B?
- U1
- triSNRP (U4-U5-U6)
- U2
Par quoi sont liés U4 et U5?
Ils se lient à leur séquence complémentaire
Par quoi est lié U5?
Par des interactions protéines-protéines
Que se passe-t-il après la liaison des tri-snRNP?
U6 prend la place de U1 au site d’épissage 5’
Quels sont les étapes de formation du complexe C?
- U4 est libéré du complexe
- Permet à U6 d’interagir avec U2
- Juxtaposition du site d’épissage 5’ avec le site de branchement
Quels éléments forment le complexe C?
- U5
- U6
- U2
Que se passe-t-il après la formation du complexe C?
- U5 facilite la liaison du site d’épissage 5’ avec le site d’épissage 3’
- Libération de l’intron sous forme de lasso
Qu’est-ce qu’un intron auto-épissant?
Un intron qui assure son propre épissage
Quel est le mécanisme d’action du groupe II d’introns auto-épissants?
Même mécanisme qu’un intron normal, mais sans les snRNP
Sous quel forme sont libérés les introns auto-épissants du groupe I?
Sous forme linéaire (pas de lasso)
Vrai ou faux. L’auto-épissage est rare.
Vrai
Quels types d’erreurs peuvent arriver dans l’épissage?
- Saut de sites d’épissages
- Sélection d’un pseudo-site
Par quel type de protéines sont reconnus les sites d’épissage proches d’exons?
Des protéines SR (riches en sérine et arginine)
Que lient les protéines SR?
Des séquences amplificateurs d’épissage exonique (ESE)
Quel est l’action des protéines SR?
Elles recrutent U2AF au site d’épissage 3’ et U1 au site d’épissage 5’
Quelles protéines sont remplacées dans le spliceosome mineur?
- U1 = U11
- U2 = U12
- U4 et U6 sont différentes
- U5 est le même
Quelles séquences spécifiques retrouvent-on aux extrémités des introns reconnus par le spliceosome mineur?
- AU en 5’
- AC en 3’
Qu’est-ce que l’épissage alternatif?
Peut générer des ARNm différents
Combien de gènes humains subissent un épissage alternatif?
Jusqu’à 75%
Combien d’ARNm donnent les gènes?
La plupart en donnent 2, mais peuvent en donner beaucoup plus (ex: des milliers)
Que donne le gène de la troponine T?
2 ARNm alternatifs contenant chacun 4 exons
Quels sont les exons communs des ARNm alternatifs de la troponine T?
1, 2 et 5
Quels sont les différents types d’épissages alternatifs?
- Exon éliminé
- Exon allongé
- Intron retenu
- Épissage trans alternatif
Qu’est-ce qui forme l’antigène petit t de l’antigène T de SV40?
Un cas d’allongement d’exon (le codon stop est conservé dans l’exon)
Qu’est-ce qui favorise l’épissage au site 5’sst et la production du petit t?
La protéine SR (SF2/ASF) qui s’accumule dans l’exon 2
Qu’est-ce que l’exclusion par encombrement stérique?
Un site d’épissage dans un intron peut être mal positionné ou l’intron peut être trop petit
Qu’est-ce que l’exclusion par combinaison de sites d’épissage majeur et mineur?
Aucun spliceosome peut enlever un intron contenant une combinaison de sites mineur/majeur
Qu’est-ce qu’un site majeur?
GU-AG
Qu’est-ce qu’un site mineur?
AU-AC
Quels types de protéines peuvent réguler l’épissage?
- Amplificateurs exoniques (ou introniques) d’épissage
- Répresseurs exoniques (ou introniques) d’épissage
Nommer un exemple d’amplificateurs d’épissage.
Les protéines SR
Quels domaines possèdent les amplificateurs d’épissage?
- Domaine de liaison à l’ARN
- Domaine de liaison aux protéines de la machinerie d’épissage
Comment agissent les amplificateurs d’épissage?
Recrutent des protéines de la machinerie d’épissage au niveau d’un site d’épissage proche
Nommer un exemple de répresseur d’épissage.
Famille des hnRNP
Quel domaine possèdent les répresseurs d’épissage?
Domaine de liaison à l’ARN
Comment agissent les répresseurs d’épissage?
Par encombrement des sites de liaison des protéines de la machinerie d’épissage
De quelles façons peut agir le répresseur d’épissage hnRNP1?
- 2 hnRNP1 se lient à l’extrémité de 2 exons et masquent l’intron
- Un premier hnRNP1 se lie au site polypyrimidinique et lie d’autres hnRNP1 par un système coopératif (l’intron devient encombré)
Qu’est-ce que l’édition de l’ARN?
L’édition insère, enlève ou modifie des bases individuelles de l’ARN
Quand a lieu l’édition de l’ARN?
Après sa transcription et avant sa traduction
Quels sont les 2 mécanismes impliqués dans l’édition de l’ARN?
- Désamination d’adénines ou de cytosines
- Insertion ou délétion d’uridine par un ARN guide
Sur quelles bases peut se faire la désamination?
Sur des cytosines ou des adénosines
En quoi est changé la cytosine dans la désamination?
En uridine
En quoi est changé l’adénosine dans la désamination?
En inosine
L’inosine est reconnue comme quelle bases lors de la traduction?
Comme une guanine
Où se fait l’édition de l’ARN par insertion de U?
Dans les mitochondries de typanosomes
À quoi servent les ARN guide?
À l’insertion de U
Quelles sont les 3 régions des ARN guides?
- Extrémité 5’ = ancrage (dirige l’ARN guide vers la région d’ARNm à éditer)
- Région d’édition (détermine la position d’insertion des U)
- Extrémité 3’ = poly-U (rôle pas clair)
Quelle est la proportion d’ARN matures dans le noyau?
1 à 5%
Comment se fait l’exportation des ARN matures?
Via des pores dans la membrane nucléaire
Comment se fait la sélection des bons ARN à être transportés?
- Certaines protéines favorisent le transport
- Certaines protéines inhibent le transport
