Sesión 6 Flashcards

1
Q

que es un ARN funcional

A

un ARNt, ARNm o ARNr

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Q

que son los genes clásicos, que lo compone, sus características generales y tipos

A
  • Secuencias de DNA necesarias para la síntesis de prot o molécula de RNA funcional
  • formado x exones, intrones, y regiones de control de la transcripción (promotores, regiones 5 ́UTR y 3 ́UTR, enhancers rio arriba o rio abajo)
  • hay modificaciones post- transcripcionales: agregado del CAP en el 5 ́, la cola de poliA en el 3 ́ y la remoción de los intrones en el Splicing
  • Genes constitutivos: expresión permanente en todos los tejidos, siempre Ejm: proteínas del citoesqueleto, histonas del DNA
  • Genes regulados: Se expresan en distintos tejidos o en distintas etapas de la vida. Ejm: hormonas
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Q

cuales son los tipos de ADN en el genoma nuclear

A
  • genes y secuencias relacionadas a genes –> ADN clásico, no codificante y moderadamente repetido
  • ADN extragénico –> ADN de copia simple o única y ADN altamente repetido
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4
Q

cuales son los mecanismos de regulación pre-trancripcional y transcripcional

A
  • factores de transcripción
  • potenciadores
  • silenciadores
  • unión directa a hormona o factor de crecimiento
  • uso de promotores alternativos
  • regulación epigenética
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5
Q

que es la regulación epigenética y nombrar los mecanismos moleculares

A
  • son cambios en la expresión génica y fenotipo
  • Son potencialmente heredables –> cambios sobre el ADN sin cambiar la secuencia de bases
  • muy influido x el ambiente. no afecta directamente a las secuencias
  • estables, persisten a través de divisiones celulares e incluso generaciones
  • mecanismos moleculares:
    • compactación de la cromatina
    • metilación del DNA
    • modificación de histonas (adición de fosfatos, metilación, acetilación, ubicuitinización)
    • moléculas de RNA (siRNA→Xist).
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6
Q

características de la metilación del ADN

A
  • metilación de las citosinas del DNA de manera específica
  • x la enzima metil transferasa
  • Con la metilación de la citosina se bloquea los sitios de unión para los factores de transcripción
  • Las islas CPG (citosina al lado de una guanina + un grupo fosfato P) tienen mayor tendencia a metilarse, y si lo hacen, los factores de transcripción no pueden unirse al DNA, y por ende, el gen no se expresa
  • genes constitutivos permanecen no metilados, por lo que se expresan en todos los tejidos
  • genes regulados permanecen no metilados solo en los tejidos donde deben expresarse (ejm: insulina, gen solo permanece metilado en las células β del páncreas)
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7
Q

características de la acetilación de las histonas

A
  • grupos acetilos vienen del ácido acético (CH3COOH) y tienen carga negativa porque perdieron el grupo OH
  • las proteínas histonas son positivas
  • x la diferencia de carga, al agregar grupos acetilo a las histonas se vuelven menos positivas (siguen siendo positivas, nunca son negativas)
  • que sean menos positivas provoca que se unan con menos fuerza al DNA, permitiendo que este se movilice con mayor facilidad
  • x esta mayor libertad la “maquinaria” del DNA tiene + acceso al mismo para poder transcribirlo
  • hipoacetilación: nivel de acetilación bajo, presente en la cromatina inactiva
  • hiperacetilación: - frecuente
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8
Q

que mecanismos de regulación epigenética suelen estar en un gen inactivo

A

normalmente hay una combinación de la metilación del ADN y la acetilación de histonas

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9
Q

que es la inactivación del cromosoma X y por qué ocurre

A
  • entre hombres y mujeres debe haber la misma cantidad de genes, sin embargo el cromosoma X es mucho + grande que el Y, por ende las mujeres van a tener más información génica
  • la inactivación es una compensación de dosis
  • el proceso también se llama lionización
  • no es completa, es una compensación de dosis x lo tanto si lo inactivas completo igual queda una diferencia de dosis
  • El cromosoma X que se inactiva queda un 15% activo
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10
Q

que es el gen Xist y sus características

A
  • En el cromosoma X está el gen Xist, que es el responsable de la inactivación del cromosoma (cuando se inicia su expresión se inactiva el cromosoma)
  • Xist es un gen RNA está en todos los mamíferos placentados
  • El gen Xist produce ARNt que se unen al cromosoma completo y lo inactiva generando metilación del ADN y modificación de histonas
  • El RNA de Xist se expresa solo en el cromosoma inactivo y no es traducido
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11
Q

cuales son las características de la inactivación del cromosoma X

A
  • Se produce en etapa temprana (embrionaria)
  • Es aleatorio (cualquier X se inactiva)
  • Clonal –> una vez elegido el X inactivado (ya sea del paterno o materno) se mantiene durante toda la vida
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12
Q

por qué en el síndrome de Klinefelter son altos y en el de Turner son de talla baja

A
  • En el síndrome de Turner (45, X) no existe un cromosoma X, mientras que en el Klinefelter (47, XXY) se inactiva un X pero igual queda el 15% activo
  • En el cromosoma X está el gen SHOX que determina la altura, las mujeres necesitan 2 copias y los hombres 1
  • X eso el Klinefelter es + alto (tiene 2 SHOX) y el Turner es talla baja (1 SHOX)
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13
Q

cuales son los tipos de ADN repetido disperso y que es

A
  • la misma secuencia ubicadas en varios cromosomas (no todo)
  • Genes de tRNAs
  • Pseudogenes: ADN que a simple vista tiene estructura de gen, pero que presenta acumulación de mutaciones que no permiten su transcripción
  • Transposones: Secuencias del genoma que se pueden cambiar de lugar cuando la célula se duplica, es decir, se sale de su región y se inserta en otra
    • SINES
    • LINES
    • Retrotransposones
    • Transposones de DNA
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14
Q

cuales son los tipos de transposones y sus características

A
  • SINES: Elementos nucleares intercalados cortos (300-600 pb). No codifican
    • Alu – secuencia de 200 pb que corresponden al 11% del genoma humano
  • LINES: Elementos nucleares intercalados largos. No codifican
    • LINE1 – corresponde al 17% del genoma.
  • Retrotransposones: Pueden presentar genes que codifiquen
  • Transposones de DNA: Pueden presentar genes que codifiquen.
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15
Q

que tipo de ADN hay en las secuencias de ADN altamente repetido

A
  • las secuencias repetidas están una al lado de la otra

- ADN ribosomal y ADN satélite (satélite, minisatélite y microsatélite)

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16
Q

características del ADN satélite

A
    • de 60 pb, copiadas cientos de miles de veces una al lado de la otra
  • tienen f(x) estructural –> se ubican alrededor de los centrómeros
17
Q

características del ADN minisatélite

A
  • 6-60 pb, copiadas cientos de miles de veces una al lado de la otra (tándem)
  • f(x) estructural –> se ubican en el telómero
  • Son hipervariables –> muy polimorfos, ya que la variación entre persona y
    persona ocurre a nivel de la cantidad de repeticiones
  • Le da la individualidad al cromosoma, para evitar que se formen cromosomas en anillo
18
Q

características del ADN microsatélite

A
  • 1-5 pb, existe 1 microsatélite cada 2.000 pb, repetidos en series de 1-6
    nucleótidos
  • Como son más cortos, son más fáciles de estudiar (ejm: identificación genética de paternidad –> importante)
  • También son muy polimórficos –> aportan variabilidad a que lo que cambia entre persona y persona es la cantidad de repeticiones de dichas series
  • c/persona tiene diferentes alelos para los microsatélites, dado por el nº de repeticiones (ejm: en un alelo existen 3 repeticiones CA y en el otro 6)
  • por lo tanto aportan variabilidad entre personas y entre los alelos de una misma persona
19
Q

que son los SNPs y CNVs

A
  • SNPs:
    • mutaciones génicas puntuales (variación de la secuencia de DNA en un solo nucleótido)
    • mayoritariamente en secuencias no codificante
    • gran mayoría no afectan la función proteica
    • Son bastante frecuentes
    • se considera polimórfico porque la mutación puede variar de base entre las distintas personas
  • CNVs
    • grandes segmentos de DNA que varían en su nº de copias
    • si afectan a genes pueden generar desequilibrio en las dosis génicas, pero que no afectan el fenotipo
    • 12% del genoma y un 10% de los genes tienen CNVs
    • ocurren x deleciones y duplicaciones, por lo que se pueden identificar con Array
20
Q

para que sirve el PCR

A
  • Su objetivo es tener copias en grandes cantidades de una región específica del DNA –> amplificación exponencial del material genético
  • solo permite determinar si es que una secuencia está o no presente, pero para el diagnóstico genético de enfermedades no siempre es suficiente, por lo que se ha combinado con otras técnicas
20
Q

características de la distrofia muscular de Duchenne y mediante qué examen se puede ver

A
  • mutación del gen DMD
  • normalmente son deleciones de los exones de este gen
  • Distrofia muscular severa y progresiva que afecta principalmente a varones
  • se altera la distrofina
  • se puede ver con CGH array o MLPA
21
Q

que es la anemia falciforme y sus características

A
  • Enfermedad autosómica recesiva
  • mutaciones en el gen de la β-globina de la hemoglobina, pasando a denominarse hemoglobina S (HbS)
  • Lo + frecuente es una mutación en la base 110 –> cambio de adenina x timina (GAG→GTG), lo que provoca que un ácido glutámico se cambie por valina en la posición 6 de la proteína
  • Los glóbulos rojos adoptan una forma falciforme, son más frágiles y tienden a acumularse, formando obstrucciones en los vasos
  • Anemia grave, infecciones bacterianas graves y accidentes vasooclusivos por la acumulación de eritrocitos con forma de hoz.
22
Q

que es la RFLP y cómo se relaciona con la anemia falciforme

A
  • Restriction Fragment Length Polymorphism
  • Técnica que sirve para identificar mutación específica en un gen conocido
  • se hace posterior a la amplificación x PCR, porque se debe saber que enzima de restricción utilizar
  • se usa una enzima de restricción –> corta porciones mal plegada o hibridadas
  • en la anemia falciforme, la enzima de restricción (CVN-1) reconoce el cambio de base por ejemplo, cortando cuando esta una base y la otra no
  • En la anemia falciforme la CVN-1 realiza 3 cortes en la secuencia, formando 4 fragmentos; mientras que si el eritrocito está normal, la CVN-1 solo corta en 2 sitios, formando 3 fragmentos con tamaños distintos
  • Entonces, los portadores presentan 5 bandas, ni 3 ni 4
23
Q

que son los CHIP de microarreglos

A
  • se aparean selectivamente con secuencias que son su complemento perfecto
  • Se usa para identificar presencia de fragmentos específicos de secuencias de DNA o RNA
  • microarreglos actuales pueden tener unidos cientos de miles de “oligos”, por ende, se pueden estudiar cientos de miles de secuencias simultáneamente
  • usos del CHIP:
    • analizar niveles de expresión
    • detección de SNPs (VDAs –> variation detection array)
    • estudio de DNVs
    • detección de número de copias (aCGH)
24
Q

características del MLPA

A
  • Amplificación de sondas dependiente de ligandos múltiples
  • Determina nº de copias de una región específica de DNA
  • detecta deleciones, duplicaciones y/o alteraciones en nº de cromosomas
  • Se usa en general para analizar distintos exones dentro de un mismo gen
  • Se basa en hibridación y PCR
  • Se generan 2 sondas que se unen por hibridación a la región de DNA a estudiar, y mediante una enzima se ligan (se forma 1 zona a partir de 2)
  • Si las sondas no se unen entre sí, la región no se amplificará en el PCR, y no se verán resultados en este.
  • Se pueden hacer múltiples sondas de manera simultánea, para estudiar múltiples regiones
  • en deleción no se liga la sonda y en duplicación se liga más veces de lo esperado
  • CGH permite estudiar más regiones simultáneamente que el MLPA
25
Q

qué métodos hay de análisis de secuencia

A
  • Sanger

- Next Generation Sequencing (NGS)

26
Q

características de la secuenciación de Sanger

A
  • hace menos secuencias simultáneas y es más caro (poco stonks)
  • especie de PCR modificado que usa didesoxinucleótidos, cuyas bases van con una marca fluorescente distinta (se observan distintos colores)
  • en el examen se ven picks de bases, por lo que se puede ver la secuencia específica del segmento estudiado
27
Q

características y tipos de los NGS

A
  • muchas técnicas –> todas + baratas y rápidas que Sanger (permite realizar secuencias de forma + masiva)
  • único contra es que tiene mayor poder informático, cada vez menos limitante
  • Se pueden determinar variaciones en el nº de copias, exomas, deleciones, entre muchas otras, dentro de un mismo examen
  • Next generation sequencing: Permiten secuenciar grandes cantidades de DNA (genomas completos): Illumina, pirosecuenciación.
  • Whole genome sequencing (WGS): Determina la secuencia de DNA del genoma de un individuo. presenta un exceso de información.
  • Whole exome sequencing (WES):
    • Secuenciación de todos los exones que codifican para proteínas
    • menor costo que WGS y es más fácil de interpretar
    • mayor utilidad desde el punto de vista clínico.