Semaine 9 Flashcards
Comment on définit la région critique d’un gène ?
On fait une analyse poussée des haplotypes.
On analyse des événements simples de
crossing over afin de cartographier le gène.
Le gène de la maladie est liée à un haplotype et on sait déjà sa grande région, il est entre deux marquers ( D12S84 et D12S79)
On regarde les recombinant
on regarde ceux qui sont recombinant et toujours atteint, on pourra en déduire l’emplacement
Quel est le principe de la Cartographie par homozygotie.
Pour quoi est elle utile ?
Uitlisé pour les enfants consanguins Si on trouve region homozygotie = on trouve mutation
une région homozygote entour la mutation on peut chercher des régions d’homozygotie conservées dans des régions restreintes ou même à la grandeur du génome
La cartographie par homozygotie est fort utile
pour des gènes de maladies dues à des
mutations récessives où il y a consanguinité
Pour faire la cartographie par homozygotie
on peut chercher des régions d’homozygotie
conservées
dans des régions restreintes
ou même à la grandeur du génome
Avec quels outils ont ils effectués la cartographie par homozygotie ?
Pour faire la cartographie par homozygotie Chiang et coll ont cherché des régions d’homozygotie conservées à la grandeur du génome Ils se sont servis de 57 244 SNP éparpillés à la grandeur du génome Ils ont trouvé 14 régions ou ≥25 SNP consécutifs étaient homozygotes chez les quatre membres atteints de la famille
Quel est l’intéret de l’utilisation de la cartographie pour le génome humaine
Supposons que l’on s’intéresse à un gène qui
se trouve sur le chromosome 22
Sans la cartographie il faudrait chercher
des mutations parmi tous les 545 gènes
À l’aide de la cartographie on réduisait à une
dizaine le nombre de gènes à vérifier
En quoi le sequençage exomique diffère
On ne cherche pas à éliminer des candidats. Tous les gènes du génome sont des candidats
On retire l’étape de la cartographie. On séquence directement les gènes
En quoi le sequençage exomique est faisable et abordable ?
La diminution du coût apporté par le séquençage simultané en masse (« massively parallel sequencing ») ainsi que la mise au point de méthodes efficaces de capture de l’exome
Combien d’exons constituent le génome
180 000 exons environ
Ce qui constitue l’exome
Quel est l’avantage de l’exome
plu spetit que le génome. Moins à utiliser
COmment on obtient l’exome ?
On fragmente l’ADN genomique. On l’hybride sur support solide
hybridation pour se séparer des sequnece non exonique dont on veut sedébarasser
On séquence avec méthode illumina
On comperera les lectures à la séquence référence.
Est-ce possible d’identifier les mutations d’une
maladie génétique par séquençage exomique ?
exemple
OUI
le syndrome de Freeman-Sheldon (SFS):
maladie due à une mutation dominante
Que ce soit par une stratégie positionnel ou
par séquençage exomique, comment on reconnait le gène de la maladie
On reconnaît le gène de la maladie car il
est muté chez les malades mais pas chez
les personnes saines
toujours en tenant compte des rapports de
dominance
Quel est l’incovénient Des maladies qui semblent être héritées
de manière mendélienne
Des maladies qui semblent être héritées de manière mendélienne ont souvent des arbres généalogiques trop restreints pour permettre de cartographier le locus causal
si la mutation
responsable n’est pas dans la région
codant, ou peut elle être ?
-Si elle est dans un promoter
-autre région
régulatrice par exemple
- si elle se
trouve dans un gène d’un ARN non traduit
