RNA-syntes och processning

Question 1

Vilka sorters RNA-polymeras finns?

Answer 1

Mitokondriellt RNA-polymeras.
Tre sorter i kärnan:
- nukleolen: RNA-polymeras I som bygger 18S rRNA, 28S rRNA och 5.8S rRNA
- nukleoplasman: RNA-polymeras II som bygger mRNA precursors och snRNA.
- nukleoplasman: RNA-polymeras III som bygger tRNA och 5S rRNA

Question 2

Vad kallas det flugsvampsämne som inhiberar RNA-polymeras II och III?

Answer 2

Alfa-aminitin

Question 3

Beskriv initieringen av transkriptionen.

Answer 3

FÖRST: TBP (TATA-binding protein) binder till promotorns TATA-box (som finns i minor groove) och böjer DNA 90 grader. Preinitieringskomplexet bildas så här:

1. TFIID binder till TATA via TBP och interagerar med initiator element (Inr).
2. TFIIA binder till TFIID.
3. TFIIB binder.
4. Tillsammans med RNA-polymeras II binder TFIIF in.
5. Slutligen binder TFIIH och TFIIE.

Question 4

Vilken basal faktor startar transkriptionen efter initieringen?

Answer 4

TFIIH, som bl.a. har en helikasdel och en kinasdel. Helikasdelen smälter promotorn så att ett enkelsträngat templat bildas. Kinaset forforylerar CTD (C-terminalen) på RNA-polymeras II.

Question 5

Hur adderas nukleotider till den växande RNA-kedjan?

Answer 5

Nukleotider sugs in genom en por i RNA-polymeras II. Mg2+-joner ser till att nukleotiden är vänd rätt. Den adderas sedan i RNA-polymeras II:s aktiva säte och RNA-molekylen växer i 5’ till 3’-riktning. Nascent mRNA har en fosfatsvans på 5’-änden.

Question 6

Vilka modifikationer görs på det nascenta mRNA?

Answer 6

1. 5’-capping
2. Cleavage at poly(A)-site
3. Polyadenylation
4. Splicing/splitsning

Question 7

Beskriv 5’capping.

Answer 7

• 7-metylguanosin trifosfat adderas till 5’-kolet i första mRNA-nukleotiden.
• 5’-cappen är ett signalement för 5’-änden och skyddar därför från nedbrytning.
• Stimulerar translation

Question 8

Hur termineras transkriptionen?

Answer 8

Genom cleavage at poly(A)-site. Endonukleaser känner igen AAUAAA-sekvensen och klyver mRNA-kedjan vid 3’-änden.

Question 9

Beskriv polyadenylationen.

Answer 9

• Poly(A)-polymeraset adderar ca 250 adeninnukleotider till 3’-änden m.h.a. ATP.
• Svansen fungerar som en signal för nedbrytning. Den blir kortare med tiden och när den är för kort bryts mRNA-molekylen ner.
• Poly(A)-binding protein, PABP, stimulerar translation.

Question 10

Hur går splitsningen till?

Answer 10

Kan ske spontant, men katalyseras av spliceosomen. OH-molekylen från branch site attackerar fosfatgruppen i 5’-splice site. Det ena exonets OH-grupp blir då fri att attackera det andra exonets 5’-ände. Resultatet blir ett intron i lassoformation och ett exon.

Question 11

Hur kan ribosomen veta att den jobbar på en intakt mRNA-molekyl?

Answer 11

5’-cappen och poly(A)-svansen binder till varandra så att mRNA bildar en closed loop structure. Denna signalerar att mRNA-molekylen är komplett.