Proteinveckning Flashcards
Vad är primärstrukturen?
Aminosyrasekvensen från N-terminal till C-terminal.
Vad är sekundärstruktur?
Veckning av polypeptidkedjan, vätebindningar mellan skeletten, ej R-grupperna.
Vad är en polypeptid?
Kedjor av aminosyror, större än oligpeptider. Antalet aa är mindre än 50. Över 50 kallas proteiner.
Hur är R-grupperna positionerade i en sekundärstruktur?
Vända utåt i alfahelix och betaflak.
Vilka sorters sekundärstrukturer finns?
Alfahelix, hårnålsböj/omvänd, betaflak och loop.
Var finns vätebindningarna i alfahelix, betaflak och hårnålsböj?
Alfahelix: var fjärde aa, inte helt raka, men många, vilket gör strukturen stabil.
Betaflak, parallell: en vätebindning per aa-par, ej helt raka.
Betaflak, antiparallella: två vätebindningar per aa-par, rakare, stabilare.
Hårnålsböj: mellan var tredje aa.
Vilka aa är ovanliga i alfahelix och varför?
- De som är förgrenade på betakolet: Ile, Val, Thr
- För rigid: Pro
- För stora: Ser, Asp, Asn
Hur många aa per varv i en alfahelix?
3,6
Vad är en proteindomän?
En återkommande sekundärstrukturskombination i ett protein.
Vilka aa passar inte i betaflak?
Prolin, p.g.a. ringstrukturen.
Vad gör looparna?
Binder samman de mer välordnade sekundärstrukturerna. Deltar i protein-protein-interaktioner.
Vad är tertiärstruktur?
En polypeptidkedjas 3D-struktur, som består av bl.a. proteindomäner.
Hur stabiliseras tertiärstrukturerna?
Bindningar mellan R-grupper:
- hydrofobiska interaktioner
- van der Waals när de är tätt packade
- vätebindningar
- disulfidbindningar S-S (kovalenta)
- joninteraktioner
Vad är kvartärstruktur?
Består av flera polypeptidkedjor, där en polypeptidkedja kallas subenhet.
Hur sammanfogas subenheterna i kvartärstrukturen?
- hydrofob effekt
- van der Waals
- jonbindningar
- vätebindningar
- om extracellulära också disulfidbryggor S-S (kovalenta)
Hur namnges subenheterna?
Subenheterna i kvartärstrukturen namnges A, B, C eller alfa, beta o.s.v. utefter storlek
Vad menas med att veckningsprocessen är co-translationell?
Att proteinerna börjar veckas medan de fortfarande translateras.
Vad är progressiv stabilisering?
Del efter del stabiliseras, i stället för att slumpmässigt prova - mindre tidskrävande.
Vad menas med att proteinveckningsprocessen är reversibel?
Att proteinet kan denaturera och sedan återgå till samma struktur igen.
Nämn tre denatureringsfaktorer.
- värme - kovalenta bindningar bryts vid 100-tals grader.
- pH-förändringar
- salttillsats - p.g.a. vattenkonkurrens.
Proteinveckningen sker delvis spontant, men får också hjälp av två proteinklasser. Vad kallas de med ett samlingsnamn?
Heatshockproteiner.
Vilka två heatshockproteiner hjälper till med veckningen?
- HSP70, ett chaperon som binder till exponerade hydrofoba delar, vilket förhindrar aggregering. Dessa finns i nysyntetiserade proteiner, felveckade proteiner, skadade proteiner och på oparade subenheter.
- HSP60, en chaperonin som består av en hålig dubbelring. Den oveckade polypeptidkedjan binder i håligheten. Lock rekryteras till håligheten som också expanderar. Där får proteinet 10-15s att veckas i avskildhet innan ATP hydrolyseras.
Ett enzym jobbar med cystein i synnerhet, vilket enzym och på vilket sätt?
Proteindisulfidisomeras - ett enzym som katalyserar formation och brytning av svavelbryggor mellan cysteiner.
Är proteinveckningsprocessen endoterm eller exoterm?
Exoterm.
Vad kallas enzymet som omformar cis-konformationer till trans-konformationer?
Peptidylpropylisomeras.
