*RÉVISION* MMD1042 - ADN Flashcards
Auteur: Benoit Paul Réviseurs: Diana
Qu’est-ce que le phénotype?
L’apparence ou comportement observable chez un organisme.
Qu’est-ce que le génotype?
Information portée par le génome
Quel est le nom du principe par lequel une souche bactérienne peut transférer son phénotype et sa pathogénicité à une autre souche?
Principe de transformation
Quelle est l’unité de base des acides nucléiques (ADN et ARN)?
Nucléotides
Quels sont les composantes d’un nucléotide?
- Une base azotée
- Un sucre à 5 carbones
- Un ou plusieurs groupements phosphate
Quelles sont les composantes d’un nucléoside?
- Base azotée
- Sucre
Quelles sont les 5 bases que l’ont peut retrouver dans un nucléotide?
Laquelle se trouve uniquement dans l’ARN?
Laquelle se trouve uniquement dans l’ADN?
- Adénine
- Guanine
- Cytosine
- Uracile (Uniquement dans ARN)
- Thymine (Uniquement dans ADN)
Quels sont les 5 nucléosides?
- Adénosine
- Guanosine
- Cytidine
- Uridine
- Thymidine
Parmi les bases azotées, lesquelles sont:
- Des purines?
- Des pyrimidines?
- Adénine et Guanine
- Thymine, cytosine, uracile
L’ADN diffère de l’ARN de par la composition du pentose (sucre à 5 carbones) de leurs nucléotides.
- Qu’est-ce qui est à la base de cette différence de composition?
- Quel est le nom de chacun de ces deux pentoses?
- Quelle est sa conséquence sur la stabilité de l’ADN vs celle de l’ARN?
- Groupement hydroxyle (OH) sur le carbone 2’ de l’ARN. On ne retrouve que H sur le carbone 2’ de l’ADN.
- Ribose (ARN) et Désoxyribose (ADN)
- l’ADN est beaucoup plus stable que l’ARN
Lorsqu’on ajoute un phosphate à un nucléotide, quel effet cela a-t-il sur la charge électrique de ce dernier?
Cela rend le nucléotide négativement chargé.
Sur quel carbone du sucre d’un nucléotide le groupement phosphate est-il ajouté?
Sur quel groupement de ce carbone?
Le carbone 3’.
Sur son groupement hydroxyle.
Quels liens unissent les nucléotides?
Entre quels carbones du pentose (sucre du nucléotide) se trouvent ces liens?
Les liens phosphodiester
Entre les carbones 5’ et 3’
Décrivez la structure de l’ADN selon:
- Sa forme dans l’espace
- Sa polarité
- L’orientation de ses brins l’un par rapport à l’autre
- La relation des bases azotées d’un brin par rapport à l’autre
- Forme de double hélice, les bases azotées sont situées à l’intérieur
- Polarité 5’ -> 3’
- Brins antiparallèles
- Brins complémentaires (A-T, C-G) (liés ensemble par des ponts hydrogène)
De quoi est constitué le squelette de l’ADN?
Sucres et phosphates
Combient y a-t’il de pont H entre l’adénine et la thymine?
Combien y en a-t’il entre la guanine et la cytosine?
Quel appariement est plus fort ou plus stable ?
A-T: 2 ponts H
G-C: 3 ponts H
Le G-C est plus stable (car plus de ponts H)
Dans l’ADN, combien y a-t’il de paires de bases par tour d’hélice?
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Dans quelle phase du cycle cellulaire a lieu la réplication de l’ADN?
Lors de l’interphase, dans la phase S.
À quoi s’attache le centromère d’un chromosome lors de la phase M du cycle cellulaire?
Aux microtubules du fuseau mitotique par des kinétochores.
(Durant la prométaphase)
Quelles sont les 3 contraintes de l’ADN polymérase lors de la réplication de l’ADN?
- Elle ne peut synthétiser que dans le sens 5’ -> 3’
- Elle requiert une amorce d’ADN ou d’ARN (elle ne peut pas initier la réplication, elle doit ajouter à un bout 3’ existant)
- Elle requiert une matrice (brin matrice à copier)
Pendant la réplication de l’ADN, qu’est-ce qui fournit l’énergie nécessaire à la polymérisation?
Les nucléotides triphosphates, par l’hydrolyse de 2 phosphates.
L’ADN polymérase utilise l’énergie de cette hydrolyse pour ajouter le troisième phosphate au groupe hydroxyle du carbone 3’ du nucléotide précédent.
Les origines de réplication sont riches en quelles bases?
Pourquoi?
La paire de bases A-T, car il n’y a que deux pont H entre A et T ; elles sont donc moins stables que G-C et plus faciles à ouvrir.
Lors de la réplication d’ADN, quelle protéine d’initiation est responsable d’ouvrir l’ADN double-brin (le “dézipper”)?
Hélicase
Lors de la réplication d’ADN, quelle protéine d’initiation est responsable de créer des amorces d’ARN à partir d’une matrice d’ADN?
Primase
Quel brin d’ADN est synthétisé de façon continue à partir d’une seule amorce?
Brin conducteur
- Quel brin d’ADN est synthétisé de façon discontinue, sous forme de courts fragments?
- Quel est le nom de ces courts fragments?
- Brin retardé (tardif)
- Fragments d’Okasaki
Quelle enzyme utilise l’ATP pour lier ensemble deux bouts d’ADN existants en créant un lien phosphodiester entre eux?
Ligase
Quelle protéine circulaire maintient l’ADN polymérase et l’ADN ensemble pendant la synthèse d’ADN?
Clamp coulissant (Sliding clamp)
Quelle protéine fixe l’ADN simple brin et l’empêche de s’apparier avec son brin complémentaire lors de la réplication?
Protéine SSB (Single stranded binding)
- Quelle protéine synthétise l’ADN lors de la réplication?
- Quelle variante de cette protéine utilise les amorces d’ARN pour synthétiser les fragments d’Okasaki (ADN) et le brin conducteur (ADN)?
- Quelle variante de cette protéine a une activité de nucléase (enlève l’amorce d’ARN) et une activité d’ADN polymérase de réparation (remplace l’ARN par de l’ADN)?
- ADN Polymérase
- ADN Polymérase III
- ADN Polymérase I
- Quelle protéine permet de relâcher le stress causé par un super-enroulement en aval de la fourche de réplication ?
- Comment cette protéine effectue cela ?
- Topoisomérase
- En faisant une coupure simple-brin dans l’ADN
Quelles sont les deux parties de la télomérase et quel est leur rôle respectif?
Partie protéique:
Activité d’ADN polymérase capable d’utiliser de l’ARN comme matrice (transcriptase inverse).
Partie ARN:
Matrice d’ARN faisant partie intégrante de la télomérase (3’ - ACCCCAAC - 5’).
À quel brin d’ADN la télomérase va-t’elle s’attacher?
À quelle extrémité de ce brin?
Brin tardif, à l’extrémité 3’.
Vrai ou Faux:
Les maladies liées à l’âge et les syndromes de veillissement précoce sont caractérisés par un allongement des télomères.
Faux. Ils sont caractérisés par un racourcissement des télomères (car les télomères raccourcissent avec chaque division!)
Les cellules des métastases (tumeurs tardives) ont tendance à augmenter ou à diminuer l’activité de la télomérase?
À augmenter.
Quelle sorte de mutation de l’ADN peut être héritée par la descendance, et ainsi causer des maladies génétiques?
Mutation germinale (des cellules sexuelles)
Des mutations dans l’ADN de cellules somatiques peuvent être à la base de certains ____.
Cancers
Comment est-ce que les mutations de l’ADN sont reconnues par la cellule?
Les nucléotides erronés causent une torsion/déformation de la double hélice (les ponts H ne se forment pas).
Quel est le mécanisme de réparation de l’ADN lors duquel l’ADN polymérase vérifie son propre travail de réplication et le corrige au besoin?
Correction co-réplicationnelle ou Correction sur épreuve (Proofreading) : se fait durant la synthèse d’ADN
L’ADN polymérase a deux sites distincts.
Quels sont ces deux sites et quelles sont leur fonction?
Site P: Site catalytique de polymérisation
Site E: Site d’édition pour la réparation des erreurs de réplication
Décrire les différentes étapes de la correction post-réplicationnelle de mésappariements (DNA Mismatch Repair).
- Distorsion de la double hélice détectée par des protéines spécifiques.
- Les protéines de reconnaissance forment un complexe qui recrute une exonucléase (Exo1). Celle-ci rentre au sein de l’ADN à travers un « nick ».
- Une portion du nouveau brin incluant le nucléotide erroné est dégradée par l’exonucléase.
- Réparation de l’erreur par l’ADN polymérase et ligation par la ligase.
Remplir l’espace manquant:
Des collisions thermiques entre les molécules causent la perte de ____ de certains nucléotides.
Comment se nomme ce phénomène?
purines (G, A)
Ce phénomène se nomme la dépurination.
Quelle est la cause de la désamination de l’ADN?
Quelle est la conséquence de cette désamination?
Cause: Activité métabolique
Conséquence: Perte du groupement amino des cytosines causant la transformation en base uracile (non-complémentaire avec la base de l’autre brin d’ADN).
Les rayons UV du soleil peuvent endommager l’ADN de quelle façon?
Formation de liens covalents entre deux thymines adjacentes (création d’un dimère de thymine).
(Comment: causé par un bris du lien double carbone-carbone dans le cycle de la base de la thymine)
L’ADN polymérase I possède deux activités. Lesquelles?
- Activité de nucléase (enlève les amorces d’ARN)
- Activité de réparation (remplace l’ARN pas de l’ADN)
