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Genomica Y Proteomica > Quiz 5 > Flashcards

Quiz 5 Flashcards

1
Q

Definicion microarreglos

A

Metodología que permite la identificación de moléculas de ADN o ARN mediante hibridación en una estructura de vidrio o silicona

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Q

Los microarreglos permiten la lectura de …

A

Miles de variantes en un solo ensayo

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3
Q

Principio de complementaridad de los microarreglos

A

Hibridación de ácidos nucleicos

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4
Q

De cuantos fragmentos es la secuencia de oligos (microarreglos) ?

A

15 a 25 nt

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5
Q

Como se detectan los microarreglos?

A

Fluorescencia (BN marcadas)

(Los oligos son fluoroforos)

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6
Q

En los microarreglos, mientras más presente este =

A

más fluorescente

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7
Q

Microarreglo ADN

A
  • SNPs
  • 1nt x celda con oligo
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8
Q

Microarreglo de ARN

A
  • Analisis de expresion genica
  • Enfermos vs sanos
  • Identifica ruta metabólica
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9
Q

Que se analiza en el microarreglo de ARN?

A

El cDNA (porque el RNA es muy inestable)

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10
Q

Con que microarreglo piensas en polimorfismos específicos?

A

ADN

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11
Q

Usos del microarreglo ADN

A
  • Forense (amplificación de SNPs)
  • Ciencias de la salud (enf metabólicas)
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12
Q

Usos microarreglo de ARN

A
  • Ciencias de la salud (comparación enfermos vs sanos)
  • Microbiología (resistencia bacteriana)
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13
Q

Que es la metilación de ADN?

A

Transferencia de grupos metilo en el carbono 5 de la citocina presentes en las islas CpG

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14
Q

En los microarreglos de metilación, como sabes si esta metilada?

A

Cambia CpG por un uracilo.
Lo identificas en el software

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15
Q

En los microarreglos de metilación, quien hace el marcaje para saber que no esta metilado?

A

Los bisulfitos (detectan las regiones no metiladas, cambian C por una T y sale color rojo)

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16
Q

En los microarreglos de metilación, de que color sale cuando si esta metilado?

A

Verde
(Marca ACG)

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17
Q

Que significa PCR

A

Reacción de cadena de polimerasa

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18
Q

Quien invento la PCR?

A

Kary Mullis (1983)

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19
Q

PCR convencional

A
  • Amplifica una región genética específica
  • Gel de agarosa o acrilamida
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20
Q

PCR cualitativo

A
  • Identifica presencia o ausencia de un fragmento especifico
  • Diagnostico de infecciones
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21
Q

PCR semicuantitativo

A
  • Niveles de expresión de un gen (ARNm)
  • Biopsias
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22
Q

PCR cuantitativo

A
  • Mide cuantos microorganismos o ARNm hay en un gen particular
  • Curvas de referencia
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23
Q

PCR múltiple

A
  • Amplificación de varias regiones génicas en una misma reacción de PCR
  • Cada región cuenta con su pares de oligos
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24
Q

Cuales son las 3 etapas de la amplificacion en PCR?

A
  • Desnaturalización
  • Replicación
  • Elongación
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25
Q

Componentes de la amplificación en PCR

A
  • ADN
  • Primers
  • DNA pol
  • dNTPs
  • Magnesio (cofactor)
26
Q

Funcion dNTPs

A

Ayudan a formar el enlace fosfodiester

27
Q

Desnaturalización (amplificacion PCR)

A
  • Separa las 2 cadenas
  • 95°C, 5 min
28
Q

Cuantas veces se repiten los ciclos de amplificación? En PCR

A

35 veces

29
Q

Cual es el otro nombre de la PCR en tiempo real?

A

Cuantitativa

30
Q

Detección de PCR en tiempo real.
SYBER green

A
  • Cuantificación y expresión
  • Elemento intercalante
  • Ubica el cDNA
31
Q

Detección de PCR en tiempo real.
TaqMan

A
  • Más especifica
  • Sonda Probe
  • Necesita un primer para delimitar lo que quieres marcar
  • Detecta SNPs
32
Q

Que contiene la sonda Probe?

A
  • Apagador/Quencher ( Q )
  • Fluoroforo ( R )
33
Q

Ventajas PCR en tiempo real

A
  • Ver eficiencia de la reacción
  • Ver la curva de amplificación al momento de hacer la PCR
34
Q

Que PCR se usa para COVID?

A

Tiempo real

35
Q

Principal objetivo de la proteomica

A

Entender la expresión, función y regulación del conjunto completo de proteínas codificadas por un organismo

36
Q

Técnicas para el estudio de las proteínas

A
  • Electroforesis mono y bidimensional
  • Espectrometria de masas
  • Técnicas in silico
37
Q

La purificación de proteínas se monitoriza mediante…

A

SDS-page (gel electroforesis monodimensional para separar las proteinas)

38
Q

Electroforess bidimensional
Separación de proteínas por:

A
  • Isoelectroenfoque (IEE) —> punto isoeléctrico (PI)
  • Masa molecular
39
Q

Para que sirve la espectometría de masas?

A
  • Saber que a.a. tiene la proteína y si coincide la secuencia
  • Huellas peptidicas
40
Q

En la espectometría de masas, que hace la tripsina?

A

Muestras proteicas digeridas
Corta donde esta la arginina para identificar el a.a.

41
Q

Huella peptídica (peptide mass fingerprint)

A
  • Hay péptidos que son específicos en algunas proteínas —> identifica proteínas
  • Usa espectometría de masas
  • Relación masa/carga
42
Q

Metodologías para evaluar interacción proteína-proteína

A
  • Doble hibrído Y2H (yeast two hibrid screening)
  • FRET (energía fluorescente transferida por resonancia)
43
Q

Y2H

A

El factor de transcripción tiene dos partes:
- Dominios de unión a ADN
- Dominio de activación

Si si interactúan las proteínas, se unen los dominios y empieza la transcripción

44
Q

FRET

A
  • Para validar la interacción
  • Tiempo real
  • Microscópico

Fluoroforos:
- Donadores
- Aceptor: emite la luz amarilla

45
Q

En FRET, CFP se excita a _____nm; emite ____nm (azul)

A

436nm
480nm

Luz azul significa que no hay interacción

46
Q

Como saber si hubo interaccion entre proteínas con Y2H?

A

YFP se excita a 480nm, y emite una luz amarilla (535 nm)

47
Q

Western blot

A
  • Técnica de detección de proteínas
  • Unión anticuerpo proteína mediante un marcador radioactivo
  • Se ve la imagen de la proteína cuando fluoresce
48
Q

Modificaciones postraduccionales

A
  • Fosforilación
  • Acetilación
  • Metilación
  • Acilación
  • Ubiquitinación
49
Q

Fosforilación

A

Activación/desactivación de actividad enzimática

50
Q

Acetilación

A
  • Estabilidad de proteínas
  • Regulación de la interacción proteínas-DNA (histonas)
51
Q

Metilación

A

Regulación de la transcripción

52
Q

Acilación

A

Modificación de lipidos
- Localización
- Anclaje de membrana

53
Q

Ubiquitinación

A

Señal para degradación de proteínas

54
Q

Métodos de separación de organelos

A
  • Inmunofluoresencia
  • Fraccionamiento bioquímico —> detergentes
55
Q

Definición biomarcadores

A

Marcadores que se pueden utilizar en medicina para la detección precoz, el diágnostico, la estadificación o el pronóstico de enfermedades

56
Q

Los marcadores (biomarcadores) pueden ser:

A
  • Metabolitos
  • Péptidos proteinas
  • Medidas de propiedades físicas (ej: la presión arterial)
57
Q

MALDI-TOF

A

Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time Of Flight

58
Q

Uso de MALDI-TOF

A
  • Moléculas grandes
  • Identificación de cepas bacterianas y fúngicas mediante masa/carga
  • Diagnóstico
59
Q

Técnicas de identificación de modificaciones postraduccionales

A
  • Western-Blot
  • ELISAS
  • Espectometrías de masas
60
Q

Convenciones internacionales para normas y regulaciones éticas

A
  • UNESCO
  • GDPR
61
Q

Principios básicos de la amplificación en PCR

A
  • Complementaridad
  • Dirección 5’ —> 3’ (requiere que el extremo 3’ este libre)
62
Q

Ciclos de amplificación de PCR

A
  • Temperatura de desnaturalización (95°C, 30 seg)
  • Temperatura de alineamiento (59-60°C, 30-40 seg)
  • Temperatura de extensión (72°C)

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