Quiz 4 Flashcards
Que es un haplotipo?
Conjunto de polimorfismos que se heredan de manera conjunta porque estan cercanos
TagSNPs
- Es el marcador
- Define la variación de cada bloque
- 300 mil a 600 mil
Que es HapMap?
Mapa de haplotipos
Desde 100 mil bases hasta 1 millón
Que población es YRI en HapMap?
Africanos (Nigeria)
Que población es CEU en HapMap?
Caucásicos
Que población es CHB + JPT en HapMap?
Chinos y japoneses
En que parte del cromosoma hay bloques más grandes en HapMap?
En centromeros
Porque hay menos recombinación
En HapMap, que hace la recombinación?
Rompe los bloques
(Quiebre)
Cual es la población con mayor recombinación (bloques más pequeños)
YRI
(porque los africanos llevan más tiempo)
En HapMap, como se da la distancia física?
pb
En HapMap, como se da la distancia genética?
cM (centimorgans)
1 cM = 1Mb (millón de bases)
Que es la distancia genética?
Distancia entre dos genes que muestran una recombinación del 1%
Que es un rearreglo genómico?
Cambio de ADN, de miles de bases hasta regiones
Que es un desorden genético?
Enfermedad generada por un rearreglo genético
Low LCR
- 10-300 Kb
- 95-97% similares
- Provoca los NAHR
- Delimita los hotspot
NAHR
Recombinación homóloga no alélica
Que se genera en NAHR cuando los LCRs están en el mismo cromosoma y en la misma orientación?
Duplicaciones o deleciones
Que se genera en NAHR cuando los LCRs están en el mismo cromosoma pero en orientaciones opuestas?
Inversiones
Que se genera en NAHR cuando los LCRs están en diferentes cromosomas?
Translocaciones
En que regiones de los LCRs ocurre la recombinación homóloga no alélica (NAHR)?
En regiones hotspot
Factores de eficiencia de NAHR/LCR
- Longitud: entre más largo sea el LCR, más probable que haya NAHR
- Cercanía: entre más cerca, más probable
- % de identidad: >96%
NHEJ
Non-homologous end joining
- Repara DSB (double strand breaks)
- Más común en translocaciones vistas en cáncer
Porque suceden NHEJ?
- Errores en la recombinación
- Radiación
- ROS
FoSTeS
Fork Stalling and Template Switching
- Deriva de la replicación
Que favorece la formación de FoSTes?
- DNA palindrómico
- Stemloop
- Estructuras cruciformes
Que es la traducción?
Proceso por el cual un mRNA es usada para ordenar y unir una cadena polipeptidica
Complejo de preiniciación en la traducción
40s acoplado
tARN + Met + eIF3 + eIF2 + eIF1A
En la iniciación de la traducción, que hace 4E?
Detecta a 5’cap
(5’cap se une a Met)
En la iniciación de la traducción, que hace 4A?
Desenrolla
Ocupa ATP
Que es la secuencia KOSAK?
Secuencia que afecta la eficiencia de la traducción (en la iniciación)
5’A CC AUG G3’
(5’ se une a A y 3’ a G)
60s + 40s =
80s
Proteínas.
Estructura primaria
Lineal
Proteínas.
Estructura secundaria
- Helices alfa ( grupos R en los extremos )
- Hojas beta ( 5-8 a.a. / residuos )
Ambos unidos por puentes de hidrógeno
Proteínas.
Estructura terciaria
2 o más secundarias
- Motivos: dedos de zinc ( 1 alfa y 2 beta )
hélice superenrrollada ( 2 alfa )
- Dominios: globular ( distal )
fibroso ( proximal )
Función del plegamiento
Previene la degradación de la proteína naciente
Que hace la proteína chaperona?
Ayuda al plegamiento
Puede ser de marcaje o de protección a la degradación
Modificaciones.
Acetilación
- CH3CO
- Controla la duración de la proteína
- Entre más acetilada, dura más
Modificaciones.
Unión a colas lipídicas
- Anclaje a la membrana
- Gly (d), Cys (e), Cys (c)
Modificaciones.
Fosforilación
- Apoptosis
- Ciclo celular
- Tyr, Ser, Thr
Modificaciones.
Metilación
- Grupo metilo se une al aminoácido
- Lys, Arg
Modificaciones.
Hidroxilación
- Se une al colágeno para activarlo/desactivarlo
- Pro, Lys, Asp
Modificaciones.
Carboxilación
- Para buena coagulación
- COOH—Glutamato
Métodos de degradación de proteínas
- Lisosomas: degrada proteínas extracelulares u organelos viejos
- Ubiquitinación: en el citosol, marcaje reconocido por proteosoma
Proteínas según su función.
Estructurales
Membrana
- Transmembranales (integrales)
- Unidas a lipídos
- Periféricas
- Citoesqueleto
Proteínas según su función.
Transporte
Permeabilidad selectiva
- Bombas ATP
- Canales iónicos
- Transporte
- Uniporte (GLUT)
- Simporte
- Antiporte
Proteínas según su función.
Reguladoras
Controla función genética
Proteínas según su función.
Señalizadora
Receptores
Proteínas según su función.
Motora
pol
Movimiento
- Lineal: DNA pol, RNA pol, ribosomas, kinesinas
- Circular
InSilico.
Que puedes ver en Kegg?
Ruta metabólica
InSilico.
Que puedes ver en Polyphen?
Predecir el efecto de una sustitución de aminoácidos según su estructura y función
InSilico.
Que puedes ver en Uniprot?
Estructuras y características de proteínas
InSilico.
Que puedes ver en Ensembl?
Frecuencia de polimorfismos en distintas poblaciones
InSilico.
Que puedes ver en NCBI?
- PubMed —> Biblioteca
- ClinVar —> Variantes
- OMIM —> Enfermedades mendelianas
- dbSNP —> SNP —> rs______
De que esta compuesta la estructura primaria de la proteína?
- Hidrógeno (H)
- Amino (NH2)
- Carboxilo (COOH)
- Cadena lateral / variable (R)
Cuales son los 3 mecanismos por los cuales ocurren los rearreglos genomicos?
- NAHR
- NHEJ
- FoSTeS
En HapMap, se encontraron bloques de que tamaño?
5-15 kb
Para que sirve HapMap?
Estudios de asociación para enfermedades comunes
En los NAHR, la recombinación puede tener un alineamiento erróneo debido a la presencia de los ______
LCR
