Protéines Flashcards
C’est quoi le nombre de possibilité d’aa
- 2 aa → 2 possibilités de peptides
- 3 aa → 6 possibilités de peptides
- n aa → n ! possibilités
- 20 aa → 2 X 1018 possibilités
2 aa
dipeptide
3 aa
tripeptide
plus de 3 aa
polypeptide
quand c’est moins de 50 aa –> on dit que cest un…
polypeptide
PM moins de 6000 dalton
nomme un exemple de tripeptide
TRH (hormone de l’hypothalamus)
Pryro (glu modifié)
His
Pro
exemple de polypeptide
GHRH –> hormone de croissance
(44 aa)
nomme les 2 classes de protéines
holoprotéines
hétéroprotéines
C’est quoi une holoprotéine ?
Protéine juste avec des aa
C’est quoi une hétéroprotéine
Protéine avec autre chose (labile ou covalente)
Protéine et phosphate et type de liaison :
phosphoprotéine
–> covalente
protéine et lipide
lipoprotéine
ex. HDL, LDL
protéine + flavine
et dire liaison
Flavoprotéine, covalente
Métal + protéine
métalloprotéine
ex. hémoglobine avec le fer
protéine et ARN
ribonucléoprotéine
protéine et sucre et liaison
Glycoprotéine (protéine + sucre)
covalente
quand on parle d’hétéroprotéine, on dit qu’elles ont un groupement …
groupement prosthétique
Quels sont les 2 types de protéines ?
Protéines fibreuses
et protéines globulaires
Nomme les 3 caractéristiques d’une protéine fibreuse :
1- Motif simple
2- Insoluble dans l’eau (ON NE VEUT PAS QU’ELLES SOIENT SOLUBLES DANS L’EAU)
3- répétition de motifs simples
Exemples (2) de protéines fibreuse :
- la kératine que l’on a dans les cheveux
- le collagène que l’on a dans les tendons, os, dents…
Nommes les 3 caractéristiques des protéines globulaires
1- fonction dynamique
2- soluble dans l’eau
3- se trouve dans le cytosole et dans le liquide extracellulaire, car soluble dans l’eau
exemples (3) de protéines globulaire
1- les anticorps
2- les hormones
3 - les enzymes
Décrie moi la structure primaire des aa
- Séquence d’aa
o L’ordre c’est la séquence précise
o Mais dans la structure primaire, c’est un polypeptide (la protéine n’est pas fonctionnelle, car elle n’a pas encore le bon repliement).
Décrie moi la structure secondaire des aa
- Réfère à la structure spéciale adoptée par des aa adjacents sur une portion de la protéine
o Les acides aminés sont près l’un de l’autre quand il se lient
o Les liaisons sont entre les groupes amine et carboxyle
o IL PEUT Y AVOIR : feuillet et hélice c’est la séquence X (structure primaire) qui détermine quel type de repliement à lieu.
o LIAISON HYDROGÈNE
décrit moi la structure tertiaire des aa
- Structure spatiale créée par les interactions entre les chaînes latérales des aa éloignés
o Par exemple, l’acide aminé 35 peut interagir avec l’acide aminé 1342.
o Les acides aminés sont loin les uns des autres lorsqu’ils s’unissent.
o Certains acides aminés ont la structure tertiaire comme dernière forme.
décrie ma structure quaternaire des aa
- Structure contenant plus d’une chaîne polypeptidique.
- Assemblage des protéines entre elles
La structure d’une protéine détermine sa …
FONCTION (donc il faut non seulement avoir la bonne séquence, mais aussi le bon repliement)
structure du lien peptidique (2 éléments)
- plane et polaire
- encombrement stérique favorise la configuration trans
la configuration trans du lien peptidique est causé par …
l’encombrement stérique
nomme des liaisons (4) qui stabilise les structure secondaire et tertiaire
secondaire : liaison hydrogène
tertiaire :
- pont disulfure
- liaison hydrogène
- liaison ioniques
- liaisons hydrophobes
explique ce qu’est une liaison peptidique
La liaison peptidique est une réaction de condensation (ou de déshydratation). C’est-à-dire que le groupement COOH d’un acide aa et le groupement NH2 d’un autre aa se lie en libérant une molécule d’eau. (Le NH2 pert un H et le COOH perd un HO donc H2O).
explique pourquoi une liaison peptidique est plane et rigide
Dans un lien peptidique, le lien double se promène. Cela empêche la rotation autour du lien peptide. Ainsi, la liaison peptidique est plane et rigide avec un caractère de liaison double partielle (c’est ce qu’on appelle la liaison peptidique double).
j’ai 4 aa, il me faut ___ liaisons peptidiques
3
pourquoi faut-il que l’on privilégie la conformation trans ?
Il est optimal que l’encombrement stérique des groupement R favorise la conformation trans de la liaison peptidique, car cela permet à la chaîne latérale de prendre de l’expansion. (Il serait OK d’avoir une conformation cis pour les aa ayant de très petite chaîne lat)
de quoi dépend la flexibilité du squelette peptidique ?
–> dépend entièrement de la rotation des 2 liens entourant le carbone alpha
RAMACHANDRAN
quels sont les angles de ramachandran
–> un 0 avec une barre = de N vers C
–> une fourchette = de C vers COOH
En THÉRORIE, c’est quoi la rotation que permet une rotation libre entre les liens (N vers C et C vers COOH) ?
de -180 à 180
En réalité il y a des facteurs __________ et _____________ qui limitent les combinaisons possibles
stériques et énergétiques
la rotation des liens ( (N vers C et C vers COOH) joue un rôle important dans la détermnation de la structure ________________ d’une protéine
SECONDAIRE –> car diagramme de Ramachandran
Qu’est-ce que permet le diagramme de Ramachandran ?
- Manière de visualiser les angles phi et psi des aa dans la structure d’une protéine.
pourquoi, dans la réalité, certaines valeurs d’angles ne peuvent être combinées ?
parce que les groupement chimiques occuperait littéralement le même espace.
Le graphique de Ramachandran permet de …
- Voir les combinaison permise (noir)
- voir les combinaisons permises, mais pas favorisé
Quelles structures sont le plus souvent retrouvées dans le digramme de ramachandran ?
- feuillet B et hélice a
Dans quel cas le diagramme de Ramachandran prédit une hélice alpha gauche
quand il y a juste de la glycine (exceptionnelle)
Qu’est-ce que permet de voir un diagramme de Ramachandran à l’ordinateur
De voir à quoi ressemblera notre prot
Qu’est-ce que permet la cristallographie pour les protéines ?
permet de trouver les angle phi et psi
–> l’information la plus détaillée sur la structure des biomolécules nous est fournie par la diffraction er la cristallographie de rayons X
Comment fonctionne la cristallographie ?
- Les rayons X sont dirigés sur un cristal de protéine et sur un cristal d’un dérivé de cette protéine additionnée d’un métal lourd.
- Les rayons sont dispersés selon une orientation qui dépend des densités électroniques des différentes parties de la protéine.
- Les données recueillies sur des plaques photographiques ou par des détecteurs de surface.
- Elles sont transmises à un ordinateur et analysées de façons mathématiques, traduites en cartes de densité électronique et utilisées pour construire des modèles tridimensionnels des protéines.
La cristallographie est une méthode qui vise le même objectif que ….
le diagramme de Ramachandran
La cristallographie est une méthode … (3 éléments)
- longue
- couteuse
- hautement spécialisé
Définition brève de la cristallographie
diffraction aux rayons X
Décrie moi une liaion pont disulfure (structure, acide aminés impliqués, fonctionnement)
- liaison covalente
- cystéine uniquement (libère 2 H et deux électrons) –> s-s partagent leur électrons
Décrie moi une liaison hydrogène (structure, acide aminés impliqués, fonctionnement)
- non covalente
- entre C=O et les NH des liaisons peptidiques
- entre les groupement R de certains aa
–> groupement hydroxyle (Ser, Thr, Tyr)
–> groupement imidazole (his)
–> groupement y-carboxyle (glu, asp)
–> Groupement amine (glu, asp)
Quels aa font liaison hydrogène avec leur groupement hydroxyle (HO)
- serine
- thréonine
- tyrosine