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Chimica: Modulo 1 > Propedeutica: Nucleotidi > Flashcards

Propedeutica: Nucleotidi Flashcards

1
Q

Qual è la differenza tra nucleotide e nucleoside?

A
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Q

Dimmi la struttura base del nucleotide

A
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3
Q

Quali sono i due tipi di basi azotate dei nucleotidi?

A

Puriniche e pirimidiniche (quindi hanno una struttura simile alla molecola di purina e alla molecola di pirimidina, ma la loro biosintesi non deriva da questi composti)

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4
Q

Qual è la struttura della Pirimidina e della Purina?

A
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5
Q

Dimmi 3 cose sulla biosintesi delle purine e delle pirimidfine?

A

-intervengono degli aminoacidi che non hanno nulla a che vedere con la sintesi proteica e che donano gli atomi di azoto che troviamo negli anelli purinici e pirimidinici

-interviene anche la CO2 che dono gli atomi di C

-Alla fine di questa via biosintetica non si ottiene solo la base azotata, ma tutto il nucleoside (base azotata + zucchero)

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6
Q

Qual è il precursore comune di AMP e GMP?

A

Inosina 5 monofosfato

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7
Q

Qual è il precursore dell’UMP?

A

Orotidin 5 monofosfato (dall’UMP deriva il CMP)

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8
Q

Le basi azotate sono accettori o donatori di elettroni?

A

Sono accettori (infatti sono basiche)?

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9
Q

Che carica hanno le basi azotate a ph 7?

A

Sono neutre

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10
Q

Dimmi 6 cose sulle caratteristiche delle basi azotate

A

-sono altamente coniugate (come il benzene)
-assorbono la luce ultravioletta
-hanno legami con caratteristiche intermedie tra singolo e doppio (come il benzene)
-sono planari come il benzene, però—->
*le pirimidine sono completamente planari
*le purine sono quasi planari (infatti hanno un piccolo ripiegamento nell’anello di imidazolo)
-sono abbastanza idrofobiche
-sono donatori e accettori di legami a H

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11
Q

Quali sono le basi azotate puriniche e quali quelle pirimidiniche?

A

Tutan Camon (vive nelle piramidi/ha 1 grosso anello)

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12
Q

Cos’è la tautomeria?

A

È un tipo di isomeria che si ottiene quando si va a trasferire un protone e contemporaneamente si ha uno scambio tra un legame singolo e un legame doppio

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13
Q

Quali sono le 3 forme tautomeriche dell’uracile?

A

1)Lattame (o chetonica)—-> ha 2 gruppi carbonilici
2)lattime (o enolica)—> ha 1 OH
3)doppio lattime—-> ha 2 gruppi OH

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14
Q

Come sono normalmente le forme tautomeriche tra loro in soluzione?

A

In equilibrio (ma questa condizione dipende dal ph, temperatura, dal solvente. Infatti l’isoforma in cui troverò la base azotata dipende delle condizioni della soluzione)

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15
Q

Quali sono le isoforme più comuni per le basi azotate a ph 7?

A

Isoforma chetonica (gruppo carbonilico)—-> per T,G,U
Isoforma amminica—-> per citosina e adenina

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16
Q

Quali sono le 2 isoforme tautomeriche di timina, guanina, citosina e adenina?

A

Timina e guanina: tautomeria chetoenolica

Citosina e adenina: tautomeria ammino-imminica

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17
Q

Quali sono gli zuccheri dei
Deossiribonucleotidi
Ribonucleotidi?

A

-β-2’-deossi-D-ribofuranosio (DNA)
-β-D-ribofuranosio (RNA)
Sono entrambi zuccheri a 5 atomi di carbonio (pentosi)

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18
Q

Quali sono le 4 conformazioni in cui può esistere lo zucchero pentoso nei nucleotidi?

A
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19
Q

Qual è il legame che si forma tra lo zucchero e la base azotata?

A

Legame β-N-glicosidico

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20
Q

Qual è il legame che permette la formazione del nucleoside?

A

legame β-N-glicosidico

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21
Q

Quando si forma il nucleoside?

A

Durante la biosintesi delle basi azotate

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22
Q

Sì può ruotare attorno al legame legame β-N-glicosidico?

A

Sì

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23
Q

Quali sono le due conformazioni che derivano dalla rotazione del legame β-N-glicosidico?

A

Syn—-> l’anello più grande della base azotata è rivolto verso c5’
Anti—-> l’anello più grande della base azotata è dal lato opposto rispetto al c5’ (quindi la base azotata è verso l’esterno e per questo si possono fare più legami)

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24
Q

Quale tra le conformazioni anti e syn è più favorita dal punto di vista termodinamico?

A

Anti (perchè ha minore ingombro sterico e quindi minore energia)

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25
Q

Quale tra le due conformazione syn e anti permette la formazione di più legami?

A

Anti (perchè la base azotata è rivola verso l’esterno)

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26
Q

Che legame si forma tra il gruppo fosfato e lo zucchero?

A

Un legame fosfoestereo

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27
Q

Tra chi avviene il legame fosfoestereo nei nucleotidi
-lineari
-ciclici

A

-tra fosfato e C5’
-tra fosfato e C5’ e 3’

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28
Q

Cosa avviene durante il legame fosfoestereo?

A

Il gruppo fosfato reagisce con il gruppo OH del C dello zucchero

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29
Q

Come ottengo il nucleotide partendo dal nucleoside?

A

Viene esterificato il gruppo fosfato sul C5’ dello zucchero

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30
Q

Come si legano tra di loro i gruppi fosfato nel nucleotide?

A

Attraverso un legame fosfo-anidridico

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31
Q

Nella molecola di ATP qual è il legame che si rompe prima per liberare energia?

A

Il legame fosfoanidridico tra il gruppo fosforico gamma e beta

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32
Q

Quali sono i 3 legami che si formano nel nucleotide?

A

-Legame β-N-glicosidico—-> tra l’OH in C1’ dello zucchero pentoso e l’N in C9 nelle purine e in C1 nelle pirimidine

-fosfoestereo—-> tra il gruppo fosfato e l’OH (del C5’ dello zucchero)

-fosfoanidridico (lega tra loro due gruppi fosfato)

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33
Q

I nucleotidi possono assorbire la luce ultravioletta?

A

Sì, grazie aòlla presenza delle basi azotate

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34
Q

Qual è lo spettro di assorbimento di un nucleotide?

A

260nm

35
Q

Com’è lo spettro di assorbimento delle coppie complementari di basi azotate?

A

Identico

36
Q

Come si può sfruttare lo spettro di assorbimento delle coppie complementari di base azotate?

A

Serve per quantificare la concentrazione degli acidi nucleici in soluzione (più l’assorbimento è alto più elevata la quantità di acido nucleico in soluzione)

37
Q

Quali sono i ribonucleotidi e i rispettivi ribonucleosidi?

A
38
Q

Quali sono i deossiribonucleotidi e i rispettivi deossiribonucleosidi?

A
39
Q

Dimmi 4 funzioni dei nucleotidi

A
40
Q

Dimmi 3 esempi di nucleoditi segnale

A

-ATP—-> molecola segnale nella fosforilazione delle proteine
-GTP—-> è un attivatore allosterico delle proteine G eterotrimeriche
-cAMP (AMP ciclico—-> è un importante secondo messaggero, es. è un attivatore allosterico di enzimi e canali (es.cascate di segnale)

41
Q

Dimmi 2 cose sulle proteine G-eterotrimeriche?

A

-si legano al GDP (diventando attive)
-svolgono un’azione GTP asica (scindono GTP in GDP)

42
Q

Cos’è un attivatore allosterico?

A

Un attivatore allosterico è una molecola che si lega a un sito allosterico di un enzima, un sito diverso dal sito attivo, e ne modifica la struttura, aumentando la sua attività.

43
Q

Dimmi 2 funzioni delle cascate di segnale

A

1)amplificano il segnale (es.possono trasferire un segnale anche se ci sono poche molecole di attivatori)
2)Regolazione di un meccanismo—-> permettono di aumentare il grado di controllo di un meccanismo perché se es. Uno dei passaggi del meccanismo non funziona bene, si bloccano tutti gli altri passaggi e così non si giunge all’effetto negativo che mi avrebbe causato il primo passaggio malfunzionante

44
Q

Qual è un effetto della caffeina?

A

Permette al cAMP di accumularsi nelle cellule
Perchè è un inibitore dell’enzima fosfodiasterasi (ossia l’enzima responsabile della degradazione del cAMP).

45
Q

Fammi 4 esempi di nucleotidi che sono precursori attivati per la sintesi di DNA e RNA

A
46
Q

Qual è il ruolo dei nucleotidi difosfato come precursori attivati?

A

sono componenti di
intermedi metabolici attivati per la formazione di nuovi legami
in molte vie biosintetiche

47
Q

A cosa serve l’UDP

A

Precursore per la biosintesi di
oligo- e polisaccaridi (glicogeno)

48
Q

A cosa serve il CDP?

A

È un precursore attivato (componente di intermedi metabolici) per la sintesi di alcuni glicerofosfolipidi
(Es. - Fosfatidilglicerolo
- Fosfatidilinositolo
- Fosfatidilserina)

49
Q

Dimmi 3 cose sull’ S-adenosil-metionina (AdoMet)

A

-è un cofattore enzimatico
-è un donatore di gruppi metilici
-è costituito da metionina e ATP

50
Q

Cos’è un precursore attivato?

A

È un componente di intermedi metabolici attivati presenti nelle vie biosintetiche

51
Q

Dimmi due cose sul coenzima A

A
  • è un cofattore enzimatico
    -Serve per il trasferimento dei gruppi aciclici
52
Q

Dimmi tre cose su NAD+

A

-nicotinammide adenina dinucleotide
-serve per il trasferimento di ioni idruro (infatti8 Viene utilizzato come cofattore nelle reazioni di ossido riduzione)

53
Q

Dimmi 4 motivi per cui l’idrolisi di ATP è spontanea

A

-rimozione dalla repulsione elettrostatica (perché sta con un gruppo fosforico
-Stabilizzazione per risonanza del Pi
-Ionizzazione ADP in soluzione (infatti ATP viene idrolizzato in H20 con perdita di un H+)
-solvatazione prodotti (l’acqua può saltare facilmente i prodotti dell’idrolisi di ATP)

54
Q

Com’è l’ATP da un punto di vista
Termodinamico
Cinetico

A

-termodinamicamente instabile—-> quindi la sua idrolisi è favorita
-cineticamente stabile—-> quindi la sua idrolisi è lenta perché ha un’ Energia di attivazione
relativamente alta

55
Q

Dimmi due nucleotidi che svolgono una fonte energetica

A

ATP e GTP

56
Q

DIMMI 3 FUNZIONI DEL GTP

A

-segnale chimico (proteine G eterotrimeriche)
- precursore attivato (per acidi nucleici)
-fonte energetica

57
Q

Dimmi 3 funzioni dell’ATP

A

-segnale chimico (fosforilazione)
-precursore attivato (per la formazione degli acidi nucleici)
-fonte energetica

58
Q

Quali sono gli enzimi che catalizzano la sintesi degli acidi nucleici?

A

DNA o RNA Polimerasi

59
Q

Con quale legame si forma la catena polinucleotidica degli acidi nucleici?

A

Tramite un legame fosfoestereo tra

60
Q

Che tipo di reazione è quella che permette la formazione del legame fosfoestereo?

A

Sostituzione nucleofila acilica

61
Q

Da cosa è costituito lo scheletro degli acidi nucleici?

A

Lo scheletro covalente è costituito
da un’alternanza di gruppi
fosforici e residui di pentosio

62
Q

Descrivi la struttura e i legami degli acidi nucleici

A

-legame fosfoestereo tra C5’ e gruppo fosfato
-legame fosfodiestereo tra C3’ e gruppo fosfato
-legame beta n glicosidico tra C1 e N della base azotata
-legame a idrogeno tra le basi azotate

63
Q

Quali sono i legami covalenti presenti negli acidi nucleici?

A
  • fosfoestereo
    -b-n glicosidico
    -anidridico
64
Q

Lo scheletro degli acidi nucleici è idrofilico o idrofobico?

A

Idrofilico, infatti gli acidi nucleici sono solubili in acqua

65
Q

Dimmi 3 motivi per cui lo scheletro degli acidi nucleici è idrofilico

A
66
Q

Qual è la polarità degli acidi nucleici?

A
67
Q

Qual è la differenza tra
Oligonucleotidi
Poli nucleotidi

A
68
Q

Perchè l’RNA è instabile?

A

Perchè il ribofuranosio ha un ossigeno sul C2’
(Quindi
DNA in C2’—->H
RNA in C2’—-> OH)

69
Q

Perchè l’idrolisi dell’RNA è termodinamicamente favorita?

A

Perchè l’RNA è più instabile del DNA

70
Q

Dimmi 3 cose sull’idrolisi dell’RNA

A

-In ambiente alcalino viene
idrolizzato rapidamente
• Perdura pochi anni in acqua
• Degradato in poche ore nelle
cellule (mRNA)
• Idrolisi ulteriormente
accelerata da enzimi (RNAse)

71
Q

Quali sono gli enzimi che possono accelerare l’idrolisi del DNA

A

DNAse

72
Q

In cosa consiste l’idrolisi dell’RNA e quali sono i prodotti di reazione?

A

-viene idrolizzato il legame fosfodiestereo tra 2 ribonucleotidi adiacenti
-per ottenere 2 nucleotidi—-> 3’fosfato e 2’fosfato

73
Q

Dimmi i 3 principi fondamentali del DNA

A

-Complementarietà dei due filamenti
-Anti-parallelismo tra i due filamenti
-Appaiamento specifico A-T e G-C, dove
ciascuna base è perpendicolare all’asse
dell’elica

74
Q

Con quanti legami a idrogeno si legano Ae T/ C e G?

A

-AT—->2
-GC—->3

75
Q

Cosa afferma la prima regola di chargraff

A
76
Q

Dimmi le tre fasi del processo di maturazione dell’mRNA

A
77
Q

Qual è la funzione dei piccoli RNA?

A

Non codificano per le proteine, ma sono fondamentali per la regolazione della produzione delle proteine (traduzione)

78
Q

Quali sono i tre piccoli RNA?

A

❖ siRNA (siRNA)
❖ Long non-coding RNA (lncRNA)
❖ microRNA (miRNA)

79
Q

Dimmi due cose sui micro RNA

A
80
Q

L’RNA esiste solo a singola elica?

A

No, perché il t-RNA presenta porzioni a doppia elica (ossia le anse

81
Q

Dimmi 3 componenti della struttura del trna

A

-anse (porzioni di RNA doppia elica)
-anticodone (sequenza di tre nucleotidi complementari al codone dell’mRNA)
-il sito di ancoraggio dell’amminoacido (si trova in 3’)

82
Q

Che significa che codone e anticodone sono ridondanti?

A

Più di un anticodone corrisponde allo stesso amminoacido
(Però un trna è specifico per un solo amminoacido)

83
Q

Riconosci le forme tautomeriche delle basi azotate

A
84
Q

Qual è lo zucchero presente nell’ATP?

A

Ribosio

Chimica: Modulo 1 (12 decks)

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