Other omics Flashcards
Hvordan laver man RNA sekventering (transcriptomics)?
Man isolerer RNA og fragmenterer det til små segmenter
Disse små fragmenter konventeres til cDNA
cDNA amplificeres så man har rigeligt at køre sin analyse på.
Derefter sender man det til NGS sekventering og man kan aflæse sekvenserne.
Når man laver RNA sekventering hvad slags RNA ser man da ofte på?
Man kigger på vævsspecifik RNA.
Hvad er bulk sekventering?
Når man ser på gen ekspressionen i specifikke væv, her ser man på flere celler og ser på vævet som helhed.
Hvad er single cell sekventering?
Man ser på gen ekspressionen for enkelte celler, f.eks. en muskel celle, immuncelle osv.
Hvorfor laver man single cell sekventering?
Fordi gen ekspressionen er unik for hver celle.
De udtrykker de gener de har brug for på det rette tidspunkt og i den rette mængde.
Hvordan kan man vise resultater fra en single cell sekventering?
Med en heat map, hvor at farverne bliver mørkere jo mere udtrykt et gen er.
Hvad bruges spatial sekventering til?
Med denne teknologi kan man vise gen ekspressionen som et helt vævstykke, ligesom hvis man kiggede på et histologisk snit af et væv.
Beskriv hvordan man laver spatial sekventering
Man udtager sit vævstykke som man farver. Selve vævet kommes på en lille plade, hvor der er påsat nogle oligos.
Vævet bliver permeabiliseres således at RNA kan diffunderer ned på pladen.
På pladen kan der RNA-stykkerne laves om til cDNA.
Disse kan derefter køres igennem en sekventering og visualiseres med forskellige farver og vævets form.
Hvad er epigenetik?
Hvor man ser på de molekylære processer som influerer flowet af information mellem en konstant DNA sekvens og variabel gen ekspressionsmønstre
Nævn nogle epigenetiske modifikationer
Kromatin modifikationer
Histon modifikationer
Methylering
Påvirkning fra non-coding RNAs
Hvilke typer ncRNA er blevet undersøgt?
microRNA
lncRNA
Kan man bruge lncRNA og microRNA som biomarkører?
Ja
Hvar er proteomics?
Large-scale målinger af proteomer
Hvad betyder large-scale?
At man undersøger flere tusinde proteiner
Hvad er et proteome?
Et fuldt sæt af udtrykte proteiner
Hvilke proteiner kigger man på ved plasma proteome?
Alle proteiner som er udtrykt i plasma
Beskriv kort hvordan man laver en proteomics analyse
Man indsamler en prøve
Man forbereder prøven ved at ødelægge vævet of nedbryde proteinerne til peptider
Derefter kører man sin prøve i et masse spektrometer
Data analysen går derefter ud på at kigge på spektra fra masse spektrometeret og sammenligner med en database.
Derefter får man en massevis af resultater med ekspressionen af peptidet for hver prøve man har kørt.
Hvilke store udfordringer er der ved analyse af proteomics?
Ofte kan man ikke analyserer alle proteiner så hvis man f.eks. kigger på plasma hvor man har nogle proteiner som kun fylder 1% af plasmaen, vil man ofte misse disse proteiner i en analyse
