Orthomyxoviridae Flashcards
Étymologie du mot “Orthomyxoviridae”
- Ortho : vrai, régulier
- myxo : mucus
La famille des Orthomyxoviridae regroupe quel type de virus ?
Virus causant des maladies respiratoires très contagieuses et souvent graves.
Pourquoi les Orthomyxoviridae sont-ils soupçonnés d’être des virus anciens ?
Hippocrate a pris des notes sur une épidémie qui semble avoir été provoquée par un Orthomyxoviridae. Les symptômes étaient très similaires.
Vrai ou faux : La grippe tue peu de personnes mondialement.
Faux. Il s’agit d’une cause majeure de mortalité
Vrai ou faux : Des maladies zoonotiques ont abouti à des pandémies mortelles.
Vrai.
Combien de genres forment la famille des Orthomyxoviridae ? Quel genre est le plus important ?
A, B, C, D, Isavirus, Quaranjavirus et Thogotovirus.
L’Influenza A est le plus important.
Combien de sous-types H et combien de sous-types N existent ?
- 18 sous-types H
- 11 sous-types N
Structure générale des Orthomyxoviridae.
- Virus enveloppés (membrane des cellules)
- 100 nm
- Protéines HA, NA et M2 insérées dans l’enveloppe
- Protéine M1 forme une couche à la base de l’enveloppe et est liée à une protéine d’export nucléaire
Génomique des Orthomyxoviridae
ARN sb, polarité négative.
Entouré d’une nucléocapside.
Segmenté (Influenza A et B = 8 ; Influenza C et D =7)
De quelle façon de génome de l’Influenza augmente-t-il sa capacité codante ?
- Épissage
- Cadres de lecture alternatifs
Pour quelle protéine les trois premier segments codent-ils ?
La polymérase
Vrai ou faux : Seulement certains segments contiennent des régions 5’ et 3’ UTR.
Faux. Tous les segments contiennent ces régions.
Quels segments codent pour les protéines du spicule ?
Segments 4 et 6.
Quels segments codent pour les protéines M1 et NS1 ?
Segments 7 et 8, respectivement.
Attachement du Influenzavirus à la cellule hôte
- Attachement sur les acides neuraminiques à la surface cellulaire
- Différentes espèces/molécules HA = liens différents avec l’acide sialique (humains : alpha-2,6)
Quelles cellules humaines portent les récepteurs avec les bonnes liaisons pour le virus de l’Influenza ?
Les cellules épithéliales de la trachée.
Vrai ou faux : Les virus peuvent s’adapter pour se lier à un nouveau récepteur.
Vrai. Par exemple, le virus de la grippe de 1918 a été créé suite au changement d’un acide aminé. Ce changement a fait en sorte que le virus avait une préférence pour les récepteurs avec des liaisons alpha-(2,6)
Entrée du Influenzavirus dans la cellule hôte
- Endocytose médiée par la clathrine
- pH acide de l’endosome active la fusion de la membrane virale avec celle de l’endosome
- L’activité de fusion est induite par le clivage de HA0 en HA1 et HA2
- Le domaine HA2 est ancré dans la membrane virale et les peptides de fusion sont insérés dans la membrane de l’endosome
- Les molécules HA ouvrent un pore qui libère les RNP dans le cytoplasme
La décapsidation du Influenzavirus
- Protéine M2 forme un canal ionique dans la membrane virale
- Afflux de H+ de l’endosome dans le virus
- Les ions perturbent les liaisons entre les protéines M1 et RNP
- RNP est libérée de la particule virale
Combien de temps entre l’attachement du virus et la sortie du RNP dans le cytoplasme ?
30 minutes
Quelles sont les rôles de la protéine HA ?
- Se lie au récepteur cellulaire
- Fusionne la membrane virale avec les membranes des vésicules
- Est le déterminant majeur reconnu par le système immunitaire adaptatif
Nommez les composantes du RNP.
- ARNsb-
- Nucléocapsides
- 3 protéines du complexe RdRp
Qu’arrive-t-il aux RNP lors de la réplication des Orthomyxoviridae ? Quelle est la conséquence majeure de ces étapes ?
- Après la décapsidation, les RNP sont transportés au noyau (signal de localisation nucléaire)
- Protéines NP se lient au squelette phosphate de l’ARN
- L’ARN est enroulé autour des NP = les bases des nt sont exposées
Ces étapes permettent à l’ARN de prendre une forme transcriptionnellement active.
Caractéristiques de la RdRp ?
- 3 sous-unités
- PB1 : la polymerase
- PB2 : se lie à la coiffe 5’ du pré-ARNm cellulaire
- PA : endonucléase qui génère les amorces à partir de l’ARNm attrapée par PB2
Fonctionnement du promoteur viral
- Élément à double brin : les 5’ et 3’-UTR se lient ensemble (complémentaires)
- Ces séquences sont conservées entre tous les segments du virus.
Qu’est-ce le “cap-snatching” ?
Le virus de l’influenza vole les coiffe 5’ des ARNm de la cellule. La coiffe est ajoutée à la molécule d’ARN virale afin de déclencher la transcription.
Quelle protéine est responsable de l’initiation de la transcription ? Quelle protéine est activée par la suite et quelle est sa fonction ?
La sous-unité PB1 de la polymérase lorsqu’elle se lie à l’extrémité 5’ de l’ARN virale.
Cela active PB2. Elle se lie à la coiffe 5’ d’un pré-ARNm cellulaire.
Qu’arrive-t-il lors de la deuxième étape de la transcription ?
L’extrémité 3’ de l’ARN viral se lie à PB1 (forme un complexe) et la sous-unité PA clive le pré-ARNm cellulaire.
Quel est le rôle de la coiffe 5’ du pré-ARNm cellulaire ?
- Se lie à l’extrémité 5’ de l’ARN viral
- Initie la transcription et l’élongation (par PB1).
Comment se fait l’addition de la queue poly-A ?
- Ajoutée par la polymérase
- Lorsqu’elle bégaye sur une séquence de poly-U
Quel est le rôle de l’épissage ?
- Étend la capacité codante du génome
- Permet de produire 2 protéines à partir des segments 7 et 8
L’épissage est-il contrôlé ?
Oui. Il y a environ 90 % moins de transcrits épissés que non épissés
Quelles protéines sont produites par épissage ?
M2 à partir de M1 et NEP à partir de NS1.
Comment se fait la régulation de l’expression des gènes ?
L’expression est contrôlée a/n de la traduction sélective des gène viraux et la suppression de la synthèse des protéines de l’hôte.
Quels gènes sont traduits en premier ?
- La synthèse des ARNm de NP et NS1 est favorisée au début
- Les ARNm de HA, NA et M1 sont retardés
Quels mécanismes sont utilisés afin de suppresser les gènes de l’hôte ?
- Dégradation du pré-ARN cellulaire après “cap-snatching”
- Inhibition de la maturation des ARNm cellulaires
- Dégradation de l’ARN pol II cellulaire
- Traduction préférentielle des transcrits viraux
Comment se fait la synthèse du génome viral ?
Le deuxième type d’ARN produit (l’ARN complémentaire, +) sert de gabarit pour la synthèse d’ARN virale (-)
Que sont les différences entre la synthèse d’ARNc, d’ARNv et l’ARNm ?
- ARNc : copies de pleine longueur de l’ARNv
- ARNc et ARNv n’ont pas de coiffe 5’ ni de queue poly-A
- Conformation de la polymérase est différente lors de la synthèse d’ARNc
- Les ARNc se lient aux protéines NP dès leur synthèse complétée
Décrivez la sortie du génome du noyau (pour l’assemblage des virions).
- M1 est importée dans le noyau
- M1 est impliquée dans la formation du RNP
- M1 et NEP : exportation de la RNP du noyau
- M1 empêche le retour de la RNP dans le noyau
Expliquez pourquoi l’expression tardive de la protéine M1 est si importante ?
Fait en sorte que M1 bloque l’entrée de la RNP après le cycle de réplication soit terminé.
Quel est le rôle de la protéine NEP lors de la libération des virions ?
- Recrute la machinerie cellulaire pour l’exportation
- Permet l’orientation de l’exportation du complexe RNP+M1+NEP vers le cytoplasme
Vrai ou faux : La libération des virions se fai suite à la lyse de la cellule hôte.
Faux. Les virions bourgeonnent à partir des cellules épithéliales pulmonaires.
Quelles protéines virales sont synthétisées par les ribosomes du RE ? Où subissent-elles des modifications ?e
Les protéines membranaires (HA, NA et M2). Ces protéines passent par le Golgi où elles sont modifiées et dirigées vers le site d’assemblage du virus.
Comment les protéines membranaires se rendent-elles au site d’assemblage du virus ?
Les protéines HA, NA et M2 ont des signaux de tri apical.
Où se retrouve la protéine M2 dans le virion ? Quel est son rôle ?
Elle recouvre la couche interne de la membrane en dessous du site d’insertion des protéines intégrales.
Elle dirige les RNP vers l’emplacement des protéines intégrales.
Que sont les deux modèles proposés pour expliquer l’encapsidation des segments génomiques ?
- Modèle aléatoire : les segments sont incorporés au hasard. Un virion complet est donc formé au hasard.
- Modèle sélectif : Signal d’emballage unique à chaque segment. Fait en sorte que chaque virion possède le contenu génomique au complet.
Le modèle réel n’est pas connu. Preuves croissantes pour soutenir le deuxième modèle.
Vrai ou faux : Les particules virales sont activement libérées.
Vrai. Lors des étapes finales du bourgeonnement, la protéine NA clive le récepteur de l’acide sialique (attaché à HA).
NA clive également l’acide sialique sur l’enveloppe virale afin d’empêcher l’agrégation des virus.
