Coronavirus & Covid-19 Flashcards
Les coronavirus font partie de quel groupe de la classification de Baltimore ?
Groupe IV
Vrai ou faux : Les morphologies des différents virus de cette famille sont identiques.
Faux. Beaucoup de variété au niveau de la morphologie des coronavirus.
Quels animaux peuvent être infectés par le coronavirus ?
Les mammifères et les oiseaux.
Quel type de génome ont les coronavirus ? Quelles sont ses caractéristiques ?
ARN sb, polarité +
Coiffe en 5’
Queue de poly-A en 3’
Linéaire
Protégée par une nucléocapside
D’où dérive le nom “coronavirus?”
La frange de spicules observée avec un microscope électronique. Ressemble à une couronne.
Vrai ou faux : Les coronavirus ont les plus grands génomes à ARN.
Vrai.
Quels types de maladies sont causées par les coronavirus ?
- Respiratoires
- Gastro-intestinales
Nommez des coronavirus importants.
- SRAS
- MERS
- Covid-19
Les coronavirus font partie de quel ordre ?
Nidovirales
Quelles sont les caractéristiques morphologiques des coronavirus ?
- Particules enveloppées
- Pléomorphes (leur structure n’est pas régulière comme une capside, elle change à cause de la membrane plasmique)
Quels gènes peuvent être utilisés pour suivre les taxons de coronavirus ?
Les gènes de la polymérase. Ils peuvent réunir les groupes monophylétiques (transmission verticale).
Taille du virion
118 à 136 nm
Composition de l’enveloppe
- Bicouche lipidique
- Protéines membranaires (M) = donne une forme au virion
- Protéines de l’enveloppe (E) = essentielles pour l’infectivité (attachement)
- Protéines de spicule (S) = 20 m de long, impliquées dans l’attachement
Structure de la nucléocapside
- Une protéine en répétition
- Symétrie hélicoïdale
- Constituée du génome d’ARN et de nucléoprotéines (N)
Que se passe-t-il lors de la première étape de traduction ? Que forment les produits ?
Les polyprotéines 1a et 1ab sont produites. Elles sont traitées pour former le complexe d’ARN polymérase
Combien d’ARNm sont nécessaires pour former les protéines structurales ?
6
Adsorption
- Interaction entre la protéine S et le récepteur
- Variété de récepteurs (protéines de surface cellulaire)
Décapsidation
- Déclenchée par la liaison au récepteur, le clivage de la protéine S et par l’exposition à un pH bas (endosome)
- Certains coronavirus fusionnent avec la membrane et d’autres entrent par endocytose.
- Changement de conformation de la protéine S entraîne le mélange des bicouches lipidiques du virus et de la cellule hôte
- Libération du contenu du virion dans le cytoplasme (nucléocapside)
Réplication du génome
- Traduction de l’ensemble de la réplicase dépend d’un mécanisme appelé “ribosomal frameshifting”
- Changement du cadre de lecture causé par le ribosome = ribo recule d’un nucléotide entre 1a et 1b
Comment le ribo change-t-il de cadre de lecture entre les protéines 1a et 1b ?
- Séquence glissante en amont de la jonction entre les 2 gènes
- Pseudo-nœud (le rib fait une pause puis recule)
Quel est le rôle du changement de cadre de lecture ?
S’assure de la bonne proportion de composants de réplicase soit produite.
Quels sont les principaux composants du complexe de réplication d’ARN ?
- RdRp
- Hélicase
- Primase
- Protéines de la coiffe 5’
- Exonucléase (capacité de relecture et de correction)
Rôles des protéines 1a et 1ab
- Forment le complexe de la réplicase
- Interfèrent avec la synthèse des protéines de l’hôte
- Provoquent la formation de vésicules dans le cytoplasme qui sont des lieux de la réplication et la transcription des gènes viraux
Comment se fait la synthèse des ARNsg ?
La réplicase débute la réplication à l’extrémité 3’ puis lorsqu’elle se rend à la fin d’une séquence, elle saute jusqu’à l’extrémité 5’ et ajoute la séquence leader à l’ARNm qu’elle est en train de créer.
Expliquez l’impact de la traduction faite par le ribosome.
Ce mode de réplication permet de contrôler l’abondance des différentes protéines. Les premiers gènes (en 3’) sont traduits plus souvent que ceux en 5’ (ils sont présents sur plus d’ARNm).
SRAS
- Apparu chez l’humain dans la province de Guangdong en 2002
- 8000 personnes infectées
- 1 sur 10 décédée
MERS
- Détectée chez l’humain en 2012
- Épidémie en Arabie Saoudite
- Zoonose (dromadaires)
- Symptômes gastro-intestinaux plus présents que SRAS
- 35 % des malades sont décédés
Quel est le nom du virus qui cause la COVID-19 ?
SRAS-CoV-2
Classification du SRAS-CoV-2.
Genre : Betacoronavirus
Famille : Sarbecovirus
Génome, morphologie, statistiques de réplication et récepteur du SRAS-CoV-2
Génome : 29 903 nt, ARN sb de polarité positive
Morphologie : 100 nm, spicules de 10nm
Taille de l’éclatement : 1000 particules
Récepteur : angiotensine II (ACE 2)
Origines du SRAS-CoV-2
- Génome identique à 96 % à celui d’un coronavirus isolé à partir d’une chauve-souris
- Pas échappé d’un laboratoire
- Probablement un évènement zoonotique (pangolin, chauve-souris)
Quels sont les différents scénarios quant aux origines du SRAS-CoV-2 ?
Scénario 1 : chauve-souris a infecté un humain directement ou par un hôte intermédiaire.
Scénario 2 : Virus de chauve-souris a évolué en SRAS-CoV-2 avant de se propager aux humains
Scénario 3 : Virus de chauve-souris a infecté un pangolin. Le virus s’est recombiné avec le virus de pangolin pour devenir SRAS-CoV-2 qui a été transmis aux humains.
Scénario 4 : virus de chauve-souris a infecté un pangolin puis a évolué vers le virus du pangolin et le SRAS-CoV-2 qui s’est propagé aux humains.
Comment le SRAS-CoV-2 se transmet-il ?
- Gouttelettes respiratoires qui sont inhalées ou déposées sur les muqueuses
- Parfois par les aérosols
- Se propage peu par les surfaces contaminées
Décrivez les 3 phases associées à la COVID-19.
Phase présymptomatique ou asymptomatique : infection des cellules épithéliales nasales et des voies respiratoires supérieures (***certaines personnes restent dans cette phase)
Phase précoce (jrs 1 à 7) : sxs de pneumonite, infection des cellules épithéliales alvéolaires dans les poumons
Phase tardive (jrs 7 à 10): maladie grave, destruction de la barrière épithéliale-endoépithéliale, dépôt de complément et hyperinflammation dans les cellules épithéliales et alvéolaires
Vrai ou faux : La COVID-19 peut avoir des manifestations extrapulmonaires.
Vrai.
Quels sont les facteurs augmentant les risques de souffrir d’une COVID-19 longue ?
- Niveaux élevés d’ARN viral
- auto-anticorps
- réactivation du EBV
- Diabète de type 2
Quelle démographie est plus à risque quant à une infection COVID-19 ?
Les personnes de 65 ans et plus sont plus susceptibles de mourir.
Vrai ou faux : des comorbidités comme l’obésité, l’HTA, le diabète et les maladies coronariennes augmentent les risques et les besoins de traitements.
Vrai
Quelles sont les meilleures façons de se protéger contre le SRAS-CoV-2 ?
- Limiter les contacts
- Distanciation physique (2m)
- Porter un masque
- Couvrir la bouche et le nez (éternuements, toux)
- Nettoyer et désinfecter les surfaces fréquemment
- Laver nos mains souvent
- VACCINATION
Quels sont les 4 types de vaccins disponibles contre la COVID-19 ?
- Vaccins génétiques (ARN)
- Vecteurs viraux
- Protéiques
- Coronavirus inactivés et atténués
Fonctionnement des vaccins à ARN.
ARNm codant pour la protéine spicule est enfermée dans les nanoparticules lipidiques.
Les nanoparticules sont transportées dans la cellule par endocytose.
L’ARN est libéré dans le cytoplasme où il est traduit en composants du spicule.
Lors que la cellule meurt, les composants sont libérés dans l’environnements. Les APC capturent et présentent aux lymphocytes T auxiliaires.
Les lymphocytes B peuvent aussi lier les protéines de spicule à la surface des cellules vaccinées.
Fonctionnement des vaccins à base de protéines.
Version modifiée du gène de spicule est insérée dans un vecteur de baculovirus qui infecte ensuite les cellules de lépidoptère et produit les spicules à la surface cellulaire.
Les spicules sont récoltés à partir des cellules et assemblés en nanoparticules qui imitent la structure moléculaire du SRAS-CoV-2.
Ce vaccin comprend également un adjuvant.
Vrai ou faux : Les traitements de la COVID-19 sont les mêmes à chaque phase de la maladie.
Faux. La phase de la maladie est déterminante dans le choix de la thérapeutique à administrer.
Qu’est-ce qu’un variant ?
Un groupe de virus qui partagent un ensemble de mutations distinctes.
Qu’est-ce qu’un variant préoccupant ?
Des variants qui semblent provoquer des formes plus graves de la maladie.
Quel est le variant dominant du SRAS-CoV-2 ?
Omicron depuis le 26 février 2022
Caractéristiques et origines du variant Omicron.
- Botswana (au début) et maintenant dans 170 pays
- Porte 50 mutations jamais vues en combinaison avant
- Porte 30 mutations dans la protéine spicule
- Mutations entrainent une meilleure liaison avec le récepteur, une fusion entre la membrane cellulaire et l’enveloppe et une capacité accrue à échapper aux défenses cellulaires.
Des variants recombinants deviennent de plus en plus populaires. Lequel est un des plus importants ?
Kraken (2 lignées de BA.2)
Comment les variants recombinants se forment-ils ?
Lorsqu’une personne est infectée par 2 souches différentes. Le matériel génétique peut donc être partagé entre les 2 souches.
Vrai ou faux : Le SRAS-CoV-2 fait partie de la liste des maladies prioritaires de l’organisation mondiale de la santé.
Vrai
