Organisation du Jérôme Flashcards
(V/F) Nbr de gènes et grandeur du génome varie bcp d’espèce en espèces
Vrai
Définition du génôme
Ensemble des informations contenues dans l’ADN
Emplacement du génôme
Dans le noyau chez les eucaryotes. Dans un seul chromosome circulaire chez les bactéries
Taille et complexité de l’organisme
Plus la taille du génome est grande plus l’organisme est complexe.
(V/F) À l’intérieur d’un même groupe d’organismes similaires on retrouves peu de variation du génome
Faux.
(V/F) Toutes les bactéries ont un chromosome circulaire
Faux, majoritairement
**Chromosomes souvent diploïdes chez…
Les eucaryotes, génèrent plus d’ARN
Qu’est-ce qu’un plasmide + caractéristiques?
Petites molécules d’ADN circulaire, svt indépendante du chromosome. Donne un caractère avantageux à une bactérie. Peut être donné à une autre bactérie.
Ne possèdent pas de gène important pour la croissance. Ont une réplication indépendante de celle du chromosome
Ploïdie chez les:
1) c. eucaryote
(2) c. germinales (gamètes
(3) mégacaryocyte
(4) Certaines variétés végétales
(1) diploïde; présence de chromosome homologue, + d’ARN
(2) haploïde
(3) polyploïde
(4) polyploïde
Agriculture et ploïdie
Plus souvent sélectionné des espèces végétales polyploïde (fertilité)
ou au contraire, sans graines.
Quels organites des eucaryotes ont leur propre génome et leurs caractéristiques communes?
Mitochondrie et chloroplaste
Pls copies par organites.
Réplication indépendante du reste de la c. (ne se réplique que si la c. n’est pas en division cellulaire)
Transmission non mendélienne
Génome circulaire
Séquences ressemblent aux génomes bactériens
Gène définition
Caractère transmissible(héréditaire) porté par l’ADN. Ensemble de segments d’acides nucléiques contenant l’info pour produire un ARNf.
Transcrits polycistronique définition
Chez procaryote, opérons qui code pls. prot
Opérons définition
Chez procaryotes, ensemble de gènes
Densité génique def. + chez l’humains et les bactéries.
Nbr de gènes par mégabase d’ADN
Bactérie: Haute densité génique (1000 gènes/Mb), génome majoritairement composé de séquence codantes.
Chez l’humains: 10 gènes/Mb. Plus la densité est basse, plus l’organisme est complexe.
Séquences non codantes (2) et leur caractéristique
Introns (dans un gène): Transcrite puis élimée par épissage dans ARNm. Augmente significativement la taille d’un gène. (95% des gènes sont des
ADN intergénique: séquence unique( régulatrices ou microsatellites) et séquences répétées sur tout le génome(transposons)
Énumère les Séquences uniques dans le génome
Séquence régulatrices; promouvoie l’expression génique
ADN régulateurs: Long ARN et petit ARN non traduits impliqué ds la régulation
Les origines de réplication
Pseudogène, produit par duplication, mutations, (pas conservé)
Transposons
Veut s’auto répliquer. Séquence d’ADN capable de se déplacer de manière autonome dans la génome
Proportion des séquences dans le génome humain
Séquence répétée ;environ 60%
Séquence unique; environ 40%
*Chez bactérie, principalement des séquences uniques
(V/F) Compactage de l’ADN chez les procaryotes est static
Faux, le nucléoïde se compacte et se décompacte très svt.
Compactage de l’ADN chez les eucaryotes
Dépend du cycle cellulaire de la cellule.
À l’interphase l’ADN est ds le noyau sous forme de chromatine
À la mitose, le noyau disparaît et l’ADN est empaqueté en chromosome dans le cytoplasme (en forme de X)
Qu’est-ce que la chromatine?
ADN compensé par prot.(majoritairement de l’histones).
Baisse bcp l’accessibilité (mais modulable)
Hétérochromatine; fibre condensé (pas accessible)
Euchromatine: fibre étendu (accessible
Qu’est-ce que le nucléosome?
C’est le premier niveau de la condensation.
Noyau du nucléosome est formé de 8 histones.
2 Dimères H2A-H2B et un tétramère H3-H4. Queue N- terminale à l’extérieur
Essentiel au maintient des niveaux de compaction supérieurs
ADN intercalaire?
ADN reliant deux nucléosome
Explique l’interaction histone-ADN
Les histones contiennent bcp d’AA lysines et arginines. C’est des AA chargés +, donc la molécule est chargée positivement. Elle interagit spécifiquement(mais pas spécifique à une séquence) avec la partie chargée négative de l’ADN le sillon mineur(moins de liaisons h). L’ADN est déformée et est repliée autour du nucléosome. (total de 14 points de contact ADN-Histone)
Assemblage du nucléosome
Le tétramère H3-H4 se lie à l’ADN (donne sa courbure) et les 2 dimère H2A-H2B viennent stabiliser le complexe.
Les queues N-terminales permettent…
Interaction entre les nucléosomes:
Mod. post-traduction(Phosphorylation, acétylation, méthylation)
Inhibition de positionnement
Compétition entre les prot. et le nucléosomes pour se lier à l’ADN
Assemblage préférentiel
Prot attire le nucléosome
Particularité de l’histone H1
Sa présence permet de resserrer les nucléosomes. Donne un angle mieux défini pour l’entrée et sortie de l’ADN.
Sans sa présence ça va un peu n’importe où
Les formes d’hétérochromatine
Possible grâce aux queues N des histones qui interagissent ensemble.
Solénoïde; interaction entre nucléosome et son voisin, crée une superhélice où l’ADN de surface est à la partie accessible et l’ADN internucléosomique est enfoui.
Zigzag; Hélice à 2 début qui oblige interaction entre nucléosome et le 2e suivant. ADN internucléosomique plus long favorise cette conformation.
En boucles: Chaque boucle retenu par échafaudage nucléaire, qui peuvent être de la topoisomérases II( empêchent les noeuds dans les boucles) ou des prot SMC( participent au maintien)
Qu’est-ce que permet la topoisomérases II?
Permet que les boucles d’ADN restent séparées l’une de l’autre
Énumère les 2 classes de complexes protéiques
- Complexes remodelants de la chromatine (ATP-Dépendants)
- Complexe de modifications post traductionnelles des queues d’histones
Fonctionnement du complexes remodelant de la chromatine
- Recrutés par les queues N terminales d’histones et les facteurs de terminaisons.
- Requiert de l’ATP pour fonctionner
- Les nucléosomes tenues par lien non-covalent (surtout lien H). (1) Les nucléosomes peuvent être transférés vers autre brin. (2) L’ADN se déroule par glissement
+ un site est au centre du nucléosome…
moins il est accessible!
4 familles de complexe remodelant
SW1/SNF(seul qui fait le transfert/éjection), ISW1, CHD, INO80(permet l’échange d’histone)
tous font le glissement
Type de mod. du complexes de modifications post-traductionnelles des queues d’histones
modifications de la queues N-terminales de chacun des histones:
1) Ajout groupement acétyl (COCH3) (acétyltransférase)
2) Ajout d’un groupement méthyl sur Arginine ou lysine (méthyltransférase)
3) Ajout d’un phosphate à une sérine (kinases)
Les règles générales du complexes post-traductionnelles des queues d’histones
- Ajout du CH3 provoque répression de la transcription. Queue méthylé s’occupe de recruter prot. responsable de formé de l’hétérochromatine
- Ajout acetyl ou du P neutralise charge (+) de l’histone , donc intéragit moins bien avec ADN -> déroulage plus facile
Qu’est-ce qu’indique un groupement phosphate sur la serine 28 d’un histone?
La mitose
La modification des histones peuvent être un danger car…
Certains sites connus, si modifiés = cancer
Qu’est-ce que la modification épigénétiques?
Changement stables, transmissibles, causé par l’activation/désactivation des gènes, sans altération des séquences de nucléotides
Modifie la réponse et la régulation de la transcription
Expérience chez les souris: CBP ->HAT
Ajout d’acétyl neutralise charge +, donc interagit moins bien avec ADN -> baisse de la transcription
Les souris qui sont muté apprennent moins bien que les souris non muté.
Comment reconnaitre un ajout d’Ac sur une membrane
Grosse bande épaisse ou plus coloré
Est-ce que les histones ont des variants?
Oui, leur séquence protéique diffère des histones conventionnelles -> modifie grande leurs propriétés
Variants spécifiques à certaines espèces, types cellulaire ou phases cellulaires.
