Mathématiques Flashcards
Sens de la lecture du nucléotide et de l’ajout d’un nucléotide
3’ vers 5’ et ajout 5’ vers 3’
Conséquence que la longueur du génome est plus grand chez eucaryote
Il faut travailler plus vite
Diff. de réplication entre procaryote et eucaryote
1 origine de réplication vs 1000 origine de réplication
Qu’est-ce que la fourche de réplication?
L’endroit où se sépare initialement les brins d’ADN
Noms des sites de spécifiques où débutent la réplication
Origines de réplications
Qu’est-ce que le réplicateur?
Ensemble complet de séquences suffisantes pour permettre initiation de la réplication
Propriétés des sites 9 mères
Se lie les protéines initiatrices
Particularités de la protéines initiatrices
La seul qui est spécifique de séquence dans l’initiation de la réplication.
Sert de socle pour le complexe d’initiation
Les autres prot. utilisent des interactions prot-prot et la reconnaissance de la forme générale de l’ADN
Quels sont les sites initiaux de la séparation des brins et qui sont riches en nucléotides A:T?
13-mères
Fonctions des prots. initiatrices
- Trouver et lier l’ORI
- Recruter les autres prot nécessaire à la réplication (forme complexe avec hélicases)
- Chez certains procaryotes, ouvre la double hélice à l’ORI. (DnaA, prot. initiatrice, se lie avec site-9-mères. Si activation par ATP, interaction avec site 13-mères qui sépare les brins
Les hélicases permettent de…
Briser les liens entre BA
Quand est la formation des complexes de reconnaissances de l’ORI et Hélicase?
Avant l’ouverture, il entoure l’ADN et attend d’être activé par Cdk
Qu’est-ce qui empêche la formation de nouveau complexe pré-réplicatifs(pré-RC)?
Activation des kinases qui dégrade les complexes par phosphorylation dépendantes de cycline (Cdk)
Reconnaissance de l’origine de réplication chez les eucaryote
Ne passe pas par une séquence spécifiquement reconnue, mais par des motifs structurels avec carac suivantes:
- séquences riches en AT ou en ilots CpG
- structure d’ADN particulière
- régions libres de nucléosomes
- régions impliquées dans initiation de la transcription
Qu’est-ce qu’un ilots CpG
Alternance de BA CGCGCGCG… sur le même brin
Définition des hélicases
enzyme hexamérique en forme d’anneau qui se fixe sur ADN simple brin et se déplace rapidement (1000nt par seconde) le long de la chaîne
Caractéristique de l’hélicase
- Hydrolyse ATP pour son déplacement
- Entraine séparation des brins
- Haute processivité (fait vrm beaucoup de brins d’ADN avant de se détacher)
- Forme des boucles supp de l’ADN se qui crée une source de tension
Comment, structuralement l’hélicase vient forcer l’ADN à se détacher?
Chaque sous-unité de l’hélicase s’aggripe à la charpente d’un nucléotide et oblige l’ADN à passer dans son pore central
Rôles des prot. fixatrices d’ADN monocaténaire
1) Empêche formation des liens d’hydrogène entre bases complémentaires des brins
2) Stabilisent les brins séparés jusqu’à la synthèse de nouveaux brins
3) Empêche formation de d’épingle entre nucléotide complémentaire du même brin d’ADN
Qu’est-ce que la topoisomérase
Enzymes qui coupent et ressoudent ADN bicaténaire pour réduire la tension devant la fourche de réplication
Ce qu’à besoin l’ADN polymérase pour commencer la synthèse de l’ADN…
Une amorce avec un C’3-OH libre.
Qu’est-ce que la primase?
C’est une ARN polymérase qui fabriquent de courtes amorces ARN (5 à 10 nucléotide) (remplacer à la fin par des désoxyribonucléotide
Que fait le poseur d’anneaux coulissant?
Elle reconnait les amorces d’ARN et vient y poser un anneau coulissant et une ADN pol.
Caractéristique de l’anneau coulissant (ou complexe Clamp)
Composés de sous-unité identique organiser en beignet. Encercle le double brin d’ADN sans y toucher.
- Lie à l’amorce et s’associe avec polymérase et l’entraine avec elle
- Empêche la polymérase de partir du brin de matrice (augment processivité de la polymérase)
- À la suite de la réplication, maintient et aide au recrutement de tétramères d’histones H3-H4 à la fourche de réplication
ADN pol. à connaitre.
ADN pol 3 : Réplication du chromosome chez procaryote
Eucaryote:
ADN pol δ: synthèse du brin discontinu de l’ADN; réparation par excision de nucléotide et réparation par excision de base
ADN pol ε: Synthèse du brin continu de l’ADN et réparation par excision de nucléotide et réparation par excision de base
Pol α: synthèse pas très bien donc les 2 autres prennent le relais
Nomme les particularités de la polymérisation par l’ADN pol.
Se fait “aléatoirement”: pas de sélection des nucléotides. Attend que le bon viennent se promener par là et que les liaisons soient compatibles. Fait des liaisons phosphodiesters.
Comment l’adn pol fait la diff entre dNTP et rNTP
Il y a plus de rNTP que de dNTP dans la c. La différence vient au niveau du groupement OH sur les rNTP qui sont discriminés par un site actif de l’ADN pol. par encombrement stérique
Comment la demande d’énergie d’ajout de dNTP est répondue?
Quand le dNTP est rajouté, il a libération de P qui crée le lien phosphodiesters avec la chaîne naissante.
Ensuite rupture des 2 P libérées qui crée de l’énergie.
Fcts des 3 domaines de l’ADN pol.
La paume: Site catalytique (formé d’ions métallique qui favorise liaison amorce et nouveau nucléotide et stabiliser pyrophosphate produit) et vérification par sillon mineur
Doigts: Plient l’ADN matrice pour exposer un nucléotide à la fois. Se ferme si appariement est bon.
Pouce: maintien le tout ensemble en s’attachant à la charpente sucre-phosphate. Aide à la processivité de l’enzyme
Dans quel sens avance le complexe de réplication/ réplisome
Dans le sens de la fourche de réplication, malgré le fait que l’ADN soit antiparallèle
Sens de la synthèses des brins et action des polymérases
1 brin continu: ADN pol avance dans le même sens et dans la même direction que la fourche de réplication
1 brin discontinu: ADN pol avance dans le sens opposé de la fourche de réplication. Synthèse les courts fragments d’ADN (fragment d’Okazaki)
2 sur les brins et un en attente
Longueur des fragments d’okazaki
Procaryote: longueur de 1000 à 2000 nucléotides
Eucaryote: longueur de 100 à 200 nucléotides
QU’EST-CE QU’UN HOLOENZYME?
TERME GÉNÉNAL DÉCRIVANT UN COMPLEXE MULTIPROTÉIQUE OÙ UNE ENZYME EST ASSOCIÉE À DES PARTENAIRE QUI LA BOOST
Contenu de l’ADN pol holoenzyme
3 ADN pol. + leur anneau coulissant à poseur d’anneau
Particularité de l’ADN pol sur le brin discontinu
forme une boucle pour que les 2 ADN pol travaillent de manière coordonné. L’ADN pol. reste toujours associé au réplisome, c’est l’ADN discontinu qui bouge entre le détachement-rattachement de l’ADN pol et de l’ADN discontinu
Avantage du réplisomes
La liaison de l’hélicase à l’ADN pol 3 holoenzyme augmente la vitesse de séparation des 2 brins.
Le fait que l’hélicase et la primase ont une faible interactions: plus l’interaction est forte plus la longueur des fragment d’Okazaki est petite.
Ensemble des prot. + ADN pol holoenzyme = réplisome
Synthèse du nouveau brin chez les eucaryotes particuliarité:
Même fonctions remplis par plus de prot que procaryote.
3 ADN pol. distinctes
Un autre complexe protéique pour le maintien du réplisome (donc ici pas le poseur d’anneaux)
Le poseur d’anneau est éjecté du complexe lors de liaison anneau-ADN
Fonctionnement du remplacement de l’amorce d’ARN
1- RNase H dégrade hybride ARN/ADN, tous les nucléotides de l’amorce sauf le dernier
2- Exonucléase 5’ retire le dernier nucléotide
3- ADN pol remplie le trou. (Chez procaryote, ADN pol 1 possède la fct exonucléase 5’
4- ADN ligase attache ensemble les 2 fragments d’ADN par un liaison phosphodiesters
Réparer les erreurs durant la réplication
ADN pol très bon.
Erreur: mauvais nucléotide
Erreur entraine ralentissement via la paume et une baisse d’interaction avec le sillon mineur -> activité exonucléase -> la pol clive le lien et retire le nt
Qu’est-ce qui se passe avec les nucléosomes durant la réplication?
- Partiellement désassemblés lors du passage du réplisome
- Réassemblage dès que séquence d’ADN est assez longue
1. Tétramère reste sur réplisome
2. Recrutement par anneau coulissant
3. Assemblage complet avec nouveaux H2A-H2B
4. Les mod. post-traductionnelles sont reproduites sur le nucléosomes de novo .
Fonction des télomérases (et structure)
Il y a un long ARN non-codant qui sert de matrice pour allonger l’extrémité 3’ des chromosomes. Cet allongement sont des nucléotides de séquences répétitives appelés télomères
(V/F) L’extrémité 3’ d’un chromosome linéaire est répliqué.
Faux, elle n’est pas répliqué. Et s’il n’y pas l’action des télomérases -> vieillissement cellulaire
Quand est-ce que les télomérases sont actives?
Durant le développement et dans les c. germinales
Particularité des télomères
Répétition de TTAGGG sur le 5’ vers 3’.
La prot TRF2 reconnait séquence répétées sur double brin et positionne le complexe shelterin
Prot. protectrice des télomères (POT1) vient faire une T-LOOP qui permet de faire la diff entre l’action d’un télomère et bris double brin
Action de la topoisomérase de type 2 chez procaryote
Coupe les chromosomes circulaires qui restent liés après réplication (les 2 mol. filles restent liés après la réplication)
Elle coupe l’ADNdb et place une nouvelle molécule d’ADNdb sur cette coupure
Action de la topoisomérase de type 2 chez eucaryote
aussi utilisé à la terminaison de la réplication
- Topoisomérase de type I et II réduisent tension formée par l’avancée des fourches de réplications
Les fourches crées des caténanes (noeud)
