Nukleotider Flashcards
Vad består DNA av?
- Pentos: Ribos
- Fosfatgrupp (med fyra syreatomer)
- Kvävebaser: Guanin, Cytosin, Adenin, Tymin
Hur ser basparningen ut i kvävebaserna?
Guanin kan endast baspara med Cytosin
Adenin kan endast baspara med Tymin
Generellt basparar bara en Purin med en Pyrimidin
Adenin och Tymin binder med TVÅ BINDNINGAR till varandra (mellan kväve/väte och dubbelbundet syre och kväve/väte)
Guanin och Cytosin binder med TRE BINDNINGAR till varandra (mellan kväve/väte och mellan dubbelbundet syre och kväve). Dessa binder starkare än Adenin och Tymin då de har tre bindningar
Vad är en Purin?
En molekyl bestående av en sexkolsring uppbyggt med kväve och sammanslaget med en femkolsring
Sexkolsringen har en aminogrupp
Purin: Adenin och Guanin
Vad är en Pyrimidin?
En sexkolsrings uppbyggt med kväve och med en aminogrupp och ett dubbelbundet syre
Pyrimidin: Tymin och Cytosin
Varför förekommer Uracil bara i RNA och inte i DNA?
Detta har med DNAs stabilitet och funktion att göra, ett skydd mot mutationer och felaktig transkribering
- Uracil kan spontant bildas genom deaminering av Cytosin
- Om DNA innehöll Uracil skulle inte DNAs reparationssystem ej kunna skilja på skadat Cytosin eller riktigt Uracil
- Tymin är också mer stabilt då det, på samma kolatom som Uracil, innehåller en Metylgrupp istället för endast ett väte som på Uracil
Vad händer om DNA’s reparationssystem känner igen skadat DNA?
- Korrigerar felaktiga kvävebaser som skett under replikation
- Tar bort skadade baser som exempelvis deaminerat Cytosin
Vad är en Nukleosid?
En molekyl bestående av en N-länkad sockermolekyl och en kvävebas —> Pentos + kvävebas
Detta är en N-länkad glykosidbindning
På DNA består Pentoset av sockermolekylen Ribos
På vilken kolatom i Ribos sker N-länken på Nukleosiderna i DNA?
Ribos kolatom nummer ett
Vad är den generella beskrivningen av en Nukleotid?
Nukleosid + Pyrofosfatsvans som alltså ger:
- Kvävebas + Pentos + minst EN pyrofosfatgrupp
Vilken nukleotid ingår i kroppens viktigaste energisystem och hur ser den ut?
Adenosintrifosfat = ATP
Består av: Adenin + Ribos + Tre st Fosfatgrupper där bindningen mellan fosfatgrupp 2 och 3 är den som frigör energ då den bryts vid kroppens metabola processer
Återbildas av solljus eller glukos
Bryts av energikrävande reaktioner
Vad är Nukleinsyror?
Det är en polymer av nukleotider som länkas ihop med fosfodiesterbindning mellan kolatom 5’ (uttalas fem prim) och kolatom 3’ (uttalas tre prim)
Vad skiljer Ribos på RNA och Ribos på DNA?
DNA har bara ett väte på kolatom 2’ i sitt ribos
RNA har en hydroxylgrupp på kolatom 2’ i sitt ribos
Hur bestäms riktningen på DNA?
Riktningen går från kolatom 5’ —> 3’
Strängarna är antiparallella —> går i motsatt riktning
Varför är riboset på RNA mindre stabilt än det i DNA?
Innehåller en hydroxylgrupp på kolatom 2’ i riboset medan DNA bara har ett väte på samma plats i sitt ribos
Detta gör riboset på RNA mer reaktivt och hydroxylgruppen mer mottaglig för nukleofila attacker
Vad är RNA hydrolys?
Hydroxylgruppen på RNA ingår i en reaktion som resulterar i att bindningen vid fosfatet och riboset spjälkas av och splittrar sig själv
Detta sker spontant och bidrar till att RNAs instabilitet
Vad bidrar till DNAs stabilitet?
- DNAs backbone, riboset och fosfatet, är negativt laddat och hydrofilt medan kvävebaserna är relativt oladdade eller svagt positivt laddade och hydrofoba. Detta håller ihop konstruktionen
- Kvävebaserna är ”platta ringar” som lägger sig på varandra och bildar Van Der Waals-bindningar vilket också förstärker konstruktionen
- Elektrostatisk interaktion mellan fosfaterna som bidrar till att de repellerar varandra och skapar lagom avstånd
Beskriv strukturen i DNA kortfattat
- Högervriden dubbelsträngad helix
- Riktning 5’ —> 3’
- Basparade med kvävebaser
- Finns större och mindre urgröpningar—> minor grove, major grove
Finns det flera typer av DNA? Vilken är den vanligaste?
Ja. B-DNA är den vanligaste, men det finns flera typer såsom A-DNA som liknar B-DNA, men också Z-DNA som löper sicksack i strängarna
Formen på DNA beror på hur mycket vatten, eller brist på det, som ligger i kontakt med kedjan
