Module 5 Flashcards
Donnez la définition de l’OTU
Operational Taxonomic Unit : Ensemble de bactéries similaires à plus de 97%
Donnez les définitions du microbiome et du microbiote
Microbiome : Écosystème bactérien au complet
Microbiote : Ensemble des micro-organismes (bactérie, virus, champignons, levure) vivant dans un environnement spécifique appelé microbiome
Vous cherchez à déterminer si le microbiote est influencé par l’alimentation. Donnez vos hypothèses nulles et alternatives ainsi que les méthodes que vous mettez en place pour y répondre.
Hypothèse nulle : Le microbiote des individus obèse est le même que les individus sains
Hypothèse alternative : Le microbiote des individus obèses n’est pas le même que les individus sains
Méthode :
1. Comparaison des microbiotes des individus obèses et sains chez des jumeaux (i.e., clones naturels, ce qui permet de discriminer les effets génétiques de l’environnement)
2. Mutation dans un gène donnant le phénotype obèse chez des souris de la même lignée et comparaison des microbiotes
3. Transfert de microbiome d’une souris obèse à une souris saine
Donnez deux inconvénients/limites aux approches classiques (e.g., microscopie et culture en laboratoire) étudiant le microbiome
Microscopie :
- Identification limitée des taxons -> nécessite une grande expertise
- Difficulté d’étudier des processus écologiques au cours du temps (en terme d’abondance)
Culture en laboratoire :
- Implique le contrôle absolu des conditions environnementales propres à la survie et la prolifération des cellules
- Efficacité réduite à une fraction d’espèces
Limitation principale : Nécessite d’isoler l’ensemble des micro-organismes d’un microbiome
Donnez les trois techniques qui sont actuellement utilisées pour réaliser la classification taxonomique des organismes présents dans les microbiomes
- Séquençage Sanger de l’ARN 16s pour caractériser les communautés microbiennes ( peu d’échantillons)
- Le séquençage NGS (Next generation sequencing) pour déterminer la séquence des gènes ribosomiques (grand nombre d’échantillons)
- Le séquençage du métagénome, implique la reconstitution complète des génomes bactériens échantillonnés (peu d’échantillons)
Donnez les quatre avantages à l’étude du gène ARNr 16S
- Polymorphisme : régions bien conservées au sein de l’espèce ET régions variables entre les espèces
o Les régions variables n’ont pas de rôle fonctionnel et peuvent diverger au cours de l’évolution sous l’effet des mutations neutres - Universalité
- Abondance
- Taille convenable pour les études comparatives
Donnez les deux stratégies principales à la construction d’une table d’OTU
i. La stratégie close-reference consiste à comparer chaque séquence aux séquences présentes dans une base de donnéees (e.g., Greegene, Silva ou RDP) avec un seuil en général de 97% de similarité
Stratégie rapide mais ignore les séquences absentes des bases de données. Pour palier à ce problème, la deuxième stratégie peut être utilisée.
ii. La stratégie de novo n’utilise pas de base données mais consiste à comparer les séquences entre elles puis les regrouper par similarité. Les regroupements ainsi effectués permettent de définir une séquence consensus qui peut à son tour être annotée par une base de données ou rester comme telle définissant alors une espèce inconnue.
Donnez la définition de la métagénomique
Analyse génétique directe et complète, via diverses techniques génomique et bioinformatiques, de génome microbiens contenus dans des échantillons environnementaux
Expliquez ce qu’est la dérive taxonomique
C’est lorsqu’il y a un changement de la fréquence d’une espèce dans le milieu
Donnez les étapes de la production d’un graphique sur l’évolution du nombre d’études scientifiques sur un sujet donné
- Délimitation des années à analyser
2000 à 2010 - Détermination des mots clés à utiliser
« Human microbiota », « Human microbiotes » - Recherche sur une base de données
Base de données telles que « Web of Science » ou « Google Scholar » - Vérification de la pertinence chaque étude
- Accumulation des données de chaque étude dans un tableau
- Analyses statistiques
E.g: Par marqueurs, par espèces, par domaine
