Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

BMA052 > Mikrobiologi - Faeces PCR > Flashcards

Mikrobiologi - Faeces PCR Flashcards

1
Q

Beskriv provflödet

A
  • Stämpla in proverna
  • Förbered för PCR om inte gjort
  • Kör PCR
  • Positiva odlas ut för efterarbete
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Vad gör man i efterarbetet?

A

Man odlar på olika plattor och utför test som oxidas, indol, agglutination, API, MALDI m.m för att avgöra vilken sort eller stam det är.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Vilka bakterier letar man efter i bakteriell gastroenterit-blocket?

A

Campylobacter, EHEC, ETEC, Shigella/EIEC, Yersinia, Salmonella

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Vad för prover kommer in?

A

Faeces eller rektalswab

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Vad görs vid positiv Samlonella?

A
  • Odlas på XLD-platta och svärmningsplatta

- Agglutinationstest

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hur ser Salmonella ut på XLD?

A

Svarta kolonier

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Vad görs vid positiv Shigella/EIEC?

A
  • API 20E för att skilja dem

- Om Shigella gör man agglutination

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Varför kan inte PCR säga om man har Shigella eller EIEC?

A
  • EIEC är en slags E. coli.
  • Shigellan är väldigt nära släkt
  • Shigellan är en Enterobacteriaceae
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Vad görs vid positiv Yersinia?

A
  • Odlas på XLD och blå-platta
  • MALDI eller API
  • Agglutination (från blå-plattan)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Vad görs vid positiva Campylobacter?

A
  • Odla på Camp-BFS-platta
  • Inkuberas mikroaerofilt i 42 grader
  • Oxidastest
  • Gramfärgning eller MALDI
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hur ser Campylobacter ut på Camp-plattan och i mikroskop?

A
  • Gråa/silvriga, utflytande kolonier

- Böjd stav

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Beskriv Camp-plattan?

A
  • Svart färg
  • Selektiva substanser = kristallviolett och Cefoperazon
  • Undertrycker växt av övrig fecal-flora
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Beskriv DC-plattan

A
  • Selekterar Salmonella, Shigella och Yersinia
  • Natriumdesoxyeholat
  • Laktos som kolkälla
  • Röd pH-indikator
  • Shigella blir ofärgade
  • Salmonellan blir svart
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Varför får Salmonellan svarta kolonier på vissa plattor?

A

Det skapas vätesulfidbindningar

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Beskriv XLD-plattan

A
  • Röd platta
  • Selekterar med natriumdesoxycolat (stoppar grampositiva bakterier)
  • Shigella är röd runt kolonin då den inte kan fermentera kolhydraterna
  • Basisk miljö -> Salmonellan producerar vätesulfid -> svart
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Beskriv Blå-plattan

A
  • Drigalskiagar
  • För gramnegativa laktosjäsare
  • Kristallviolett selekterar fram gramnegativa
  • Bakterier som jäser laktos -> gör surt -> gult
17
Q

Beskriv Krom-Stec-plattan

A
  • Kromogen för att identifiera Shiga-toxin som produceras av E.coli
18
Q

Beskriv Oxidastestet

A
  • För anaeroba bakterier
  • Med oxidas kan bakterien oxidera reducerat cytokrom
  • Campylobacter, Aeromonas, Helicobacter
  • Blir direkt blå/svart om positivt
19
Q

Beskriv MALDI-TOF

A
  • Artidentifiering av odlade bakterier
  • Man placerar en koloni och matrix på plattan
  • Beskjuts med laser
  • Matrix förångas, samt proteiner
  • Proteinerna får elektrisk laddning (joniseras)
  • Elektroniskt fält separerar
  • Flyger och separeras på massa
  • Spektra jämförs med databas
  • Topparna motsvarar fragment från orginalmolekylen
20
Q

Vad gör man med positiv EHEC?

A
  • Anrika i peptonvatten
  • Odlas på kromplatta och blå-platta (från pepton)
  • Testa virotoxin 1 eller 2 med PCR (från ESwab)
  • Renodla stammar, 3 kolonier från varje platta
  • PCR för att hitta starkaste stammen
  • Renodla starkaste stammen på urikrom och blå
  • Bekräfta E. coli med Indol
  • Testa O157
21
Q

Hur gör man för att testa virotoxin på EHEC?

A
  • Ta material från ESwab-röret
  • Ett ospätt prov - 100ul
  • Ett ospätt prov - 20ul och resten vatten
  • Tillsätts i SBT-rör
  • Körs i PCR
22
Q

Beskriv renodling av EHEC

A
  • Ta 3 kolonier från blåplattan och 3 från krom-plattan
  • Blanda kolonin i eppendorfrör med vatten
  • Stryk ut på en del av en uppdelad platta
  • Kör PCR på alla rören (tillsätts i PCR rör)
  • Koloni med lägst Ct-värde odlas ut på egna plattor
23
Q

Vad är O157 och hur testar man det?

A
  • En virulensfaktor, gör bakterien lite farligare
  • Ett agglutinationstest
  • Kontrollen ska inte reagera, eller i alla fall reagera mindre.
  • Om positiv fryser och sparar man stammen
24
Q

Hur förbereder man PCR för stamletning av EHEC?

A
  • De slammade stammarna står i värmeblock (lysering) och centrifugeras
  • Stammarna blandas med egenblandad matrix i speciella minirör
  • Man har en hög positiv, låg positiv och en negativ kontroll
25
Q

Vad innehåller matrixen man blandar?

A
  • Vatten
  • Mastermix
  • 3 prober
  • 5 primers
  • Reverse transkriptas
26
Q

Beskriv API 20E

A
  • Typning av anaeroba fermenterande gramnegativa stavar

- Påvisar fermentering av kolhydrater eller nedbrytning av proteiner och aminosyror

27
Q

Hur skiljer man Shigella från EIEC?

A

API 20E

28
Q

Vilka tre steg består PCR av?

A
  • Denaturering
  • Primer
  • Polymerisering
29
Q

Hur väljer man primers?

A
  • De måste klara samma temperatur
  • Inte binda till varandra
  • Lika många baser
  • Liknande mängd G och C (kommer då klara samma förhållanden)
30
Q

Vilka bakterier är anmälnings- och smittspårningspliktiga?

A
  • Campylobacter
  • EHEC
  • Salmonella
  • Shigella
  • Vissa typer av Yersinia
31
Q

Vad är rappaprotrör?

A

Ett rör med blå vätska som används för att anrika Salmonella

32
Q

Hur hanteras alla prover som kommer in?

A
  • Kommer provet i faeces-burk för man över lite till ett ESwab-rör
  • Man tar från ESwab-rören och tillsätter 100 ul vardera till ett rappaportrör samt SBT-rör
  • Dagen efter tillsätter man material från respektive rappaportrör, med blå platinös, till SBT-rören
  • Klart för PCR
33
Q

Varför måste man tillsätta material från inkuberat rappaportrör till SBT-rören innan PCR?

A

Salmonella kan vara för svag för att detekteras och måste därför anrikas i rappaportrör först.

34
Q

Varför odlar man Salmonella på både XLD och svärmningsplatta?

A
  • Svärmingsplattan gynnar flagellerna vilket behövs i agglutinationen där man dels testar flagellantigenet
  • XLD används för övriga agglutinationstester för att se vilken grupp det är
35
Q

Vilka grupper Salmonella finns det?

A

A, B, C, D och E

36
Q

Vad ska man tänka på med klass III bakterier?

A
  • EHEC, Shigella typ A och Salmonella Typhi
  • De ska slängas i egen behållare
  • Behållaren autoklaveras innan det skickas för förstöring

BMA052 (11 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions