Mikrobiologi - Faeces PCR Flashcards
1
Q
Beskriv provflödet
A
- Stämpla in proverna
- Förbered för PCR om inte gjort
- Kör PCR
- Positiva odlas ut för efterarbete
2
Q
Vad gör man i efterarbetet?
A
Man odlar på olika plattor och utför test som oxidas, indol, agglutination, API, MALDI m.m för att avgöra vilken sort eller stam det är.
3
Q
Vilka bakterier letar man efter i bakteriell gastroenterit-blocket?
A
Campylobacter, EHEC, ETEC, Shigella/EIEC, Yersinia, Salmonella
4
Q
Vad för prover kommer in?
A
Faeces eller rektalswab
5
Q
Vad görs vid positiv Samlonella?
A
- Odlas på XLD-platta och svärmningsplatta
- Agglutinationstest
6
Q
Hur ser Salmonella ut på XLD?
A
Svarta kolonier
7
Q
Vad görs vid positiv Shigella/EIEC?
A
- API 20E för att skilja dem
- Om Shigella gör man agglutination
8
Q
Varför kan inte PCR säga om man har Shigella eller EIEC?
A
- EIEC är en slags E. coli.
- Shigellan är väldigt nära släkt
- Shigellan är en Enterobacteriaceae
9
Q
Vad görs vid positiv Yersinia?
A
- Odlas på XLD och blå-platta
- MALDI eller API
- Agglutination (från blå-plattan)
10
Q
Vad görs vid positiva Campylobacter?
A
- Odla på Camp-BFS-platta
- Inkuberas mikroaerofilt i 42 grader
- Oxidastest
- Gramfärgning eller MALDI
11
Q
Hur ser Campylobacter ut på Camp-plattan och i mikroskop?
A
- Gråa/silvriga, utflytande kolonier
- Böjd stav
12
Q
Beskriv Camp-plattan?
A
- Svart färg
- Selektiva substanser = kristallviolett och Cefoperazon
- Undertrycker växt av övrig fecal-flora
13
Q
Beskriv DC-plattan
A
- Selekterar Salmonella, Shigella och Yersinia
- Natriumdesoxyeholat
- Laktos som kolkälla
- Röd pH-indikator
- Shigella blir ofärgade
- Salmonellan blir svart
14
Q
Varför får Salmonellan svarta kolonier på vissa plattor?
A
Det skapas vätesulfidbindningar
15
Q
Beskriv XLD-plattan
A
- Röd platta
- Selekterar med natriumdesoxycolat (stoppar grampositiva bakterier)
- Shigella är röd runt kolonin då den inte kan fermentera kolhydraterna
- Basisk miljö -> Salmonellan producerar vätesulfid -> svart
16
Q
Beskriv Blå-plattan
A
- Drigalskiagar
- För gramnegativa laktosjäsare
- Kristallviolett selekterar fram gramnegativa
- Bakterier som jäser laktos -> gör surt -> gult
17
Q
Beskriv Krom-Stec-plattan
A
- Kromogen för att identifiera Shiga-toxin som produceras av E.coli
18
Q
Beskriv Oxidastestet
A
- För anaeroba bakterier
- Med oxidas kan bakterien oxidera reducerat cytokrom
- Campylobacter, Aeromonas, Helicobacter
- Blir direkt blå/svart om positivt
19
Q
Beskriv MALDI-TOF
A
- Artidentifiering av odlade bakterier
- Man placerar en koloni och matrix på plattan
- Beskjuts med laser
- Matrix förångas, samt proteiner
- Proteinerna får elektrisk laddning (joniseras)
- Elektroniskt fält separerar
- Flyger och separeras på massa
- Spektra jämförs med databas
- Topparna motsvarar fragment från orginalmolekylen
20
Q
Vad gör man med positiv EHEC?
A
- Anrika i peptonvatten
- Odlas på kromplatta och blå-platta (från pepton)
- Testa virotoxin 1 eller 2 med PCR (från ESwab)
- Renodla stammar, 3 kolonier från varje platta
- PCR för att hitta starkaste stammen
- Renodla starkaste stammen på urikrom och blå
- Bekräfta E. coli med Indol
- Testa O157
21
Q
Hur gör man för att testa virotoxin på EHEC?
A
- Ta material från ESwab-röret
- Ett ospätt prov - 100ul
- Ett ospätt prov - 20ul och resten vatten
- Tillsätts i SBT-rör
- Körs i PCR
22
Q
Beskriv renodling av EHEC
A
- Ta 3 kolonier från blåplattan och 3 från krom-plattan
- Blanda kolonin i eppendorfrör med vatten
- Stryk ut på en del av en uppdelad platta
- Kör PCR på alla rören (tillsätts i PCR rör)
- Koloni med lägst Ct-värde odlas ut på egna plattor
23
Q
Vad är O157 och hur testar man det?
A
- En virulensfaktor, gör bakterien lite farligare
- Ett agglutinationstest
- Kontrollen ska inte reagera, eller i alla fall reagera mindre.
- Om positiv fryser och sparar man stammen
24
Q
Hur förbereder man PCR för stamletning av EHEC?
A
- De slammade stammarna står i värmeblock (lysering) och centrifugeras
- Stammarna blandas med egenblandad matrix i speciella minirör
- Man har en hög positiv, låg positiv och en negativ kontroll
25
Vad innehåller matrixen man blandar?
- Vatten
- Mastermix
- 3 prober
- 5 primers
- Reverse transkriptas
26
Beskriv API 20E
- Typning av anaeroba fermenterande gramnegativa stavar
| - Påvisar fermentering av kolhydrater eller nedbrytning av proteiner och aminosyror
27
Hur skiljer man Shigella från EIEC?
API 20E
28
Vilka tre steg består PCR av?
- Denaturering
- Primer
- Polymerisering
29
Hur väljer man primers?
- De måste klara samma temperatur
- Inte binda till varandra
- Lika många baser
- Liknande mängd G och C (kommer då klara samma förhållanden)
30
Vilka bakterier är anmälnings- och smittspårningspliktiga?
- Campylobacter
- EHEC
- Salmonella
- Shigella
- Vissa typer av Yersinia
31
Vad är rappaprotrör?
Ett rör med blå vätska som används för att anrika Salmonella
32
Hur hanteras alla prover som kommer in?
- Kommer provet i faeces-burk för man över lite till ett ESwab-rör
- Man tar från ESwab-rören och tillsätter 100 ul vardera till ett rappaportrör samt SBT-rör
- Dagen efter tillsätter man material från respektive rappaportrör, med blå platinös, till SBT-rören
- Klart för PCR
33
Varför måste man tillsätta material från inkuberat rappaportrör till SBT-rören innan PCR?
Salmonella kan vara för svag för att detekteras och måste därför anrikas i rappaportrör först.
34
Varför odlar man Salmonella på både XLD och svärmningsplatta?
- Svärmingsplattan gynnar flagellerna vilket behövs i agglutinationen där man dels testar flagellantigenet
- XLD används för övriga agglutinationstester för att se vilken grupp det är
35
Vilka grupper Salmonella finns det?
A, B, C, D och E
36
Vad ska man tänka på med klass III bakterier?
- EHEC, Shigella typ A och Salmonella Typhi
- De ska slängas i egen behållare
- Behållaren autoklaveras innan det skickas för förstöring
