Microbiology Flashcards
What are things that eukaryotes have that prokaryotes dont have
nuclear membrane (cift tabakali),
membrane bound organnels, ribosomes(80s),mithochondria, GR, lisosome, histone proteins, and cell skeleton
What are things that both prokarytes and eukaryotes have
cell wall and cell membrane and chromosome
how do the chromosome type and number of eukaryotes and prokaryotes differ
Prok- halkasal haploid
DNA with non-histone serbest protein
euk-dogrusal diploid
DNa with histon ve non-histone protein
Are all eukaryotes multicellular
no some are unicelular i.e protists
Are all prokaryotes unicellular
Yes
How do prok and euk differ in beslenme
they both have diffusion and photosynthesis
But euk have additionally sindirim
How do prok and euk differ in ureme
Prok-amitotik
euk-mitotik
How do prok and euk differ in oksidatif enzimler
prok-in hucre zare
euk- mitok ic zar
How do prok and euk differ in hareket
Prok-no hareket
euk- endositoz, fagositoz…
Bakterilleri sekilere gore sirala
Koklar-yuvarlak
Basiller-cubuk
(Spiraller-rijit
Spiroketler-ye wine mekfecha-bukulebilen)
pleomorfik-hic birine uyumuyan
Sekil gruplama gore hangi grup hareketsiz
koklar
Koklar tipi
Diplo-2
Strepto-zincir
Staphylo- duzensiz( grape(
tetra-4
Sarcina-8
Describe the organelle makeup of baceteria
Hucre duvari-rijit, lizisden koruyan, sitoplazya destek veren
Sitoplazama-ester bond
Inclusion-C N P S
Ribozom-70S
GEnetics-tek DNA(nucleoid)
flagella-bazen
basillier tipi
basil
diplobasil-2
sterptobasil
Difteroid
Flagella nedir
sulu ortamda hareket saglayan hucre zari uzanti
how is bacterial flagella different from eukar falgell
it is powered by kemiosomotik guc from hucre membran
contrary to ATp-euk
What triggers prokaryotes to move?
Kemo
FOto
aero
magneto
types of flagells
atris-no flagells/movement ( lactobacillus
peritris-flagella all over ( e.colli)
monotris-one on one side
lofotris-many on one side
amfitris-one on each side
Prokaryot hucrelerin yuzeyinde kisa, sac gibi proteinler nelerdir
Fimbria
how is fimbria different from flagella
Daha kisa ve incedir
Hareket etmiyor
How are pilus differnt from fimbria
daha kisa ve daha fazla sayida
Pilus is plenty
Fonksiyon of fimbria
Bakteriofajlar icin receptor gorev
Fonksiyon of pilus
*F/seks pilus-DNA transfer b/n eslenen bacteria
*Adhesyon+ fagositik hucreleden direnc+
bakterial virulens
Kapsul ve biyofilimin collective name
Glikokaliks
Kapsulun dahve gevsek, az yogun ve az kalin halline ne denir
Biyofilm(slime)
How are kapsul and biyofilm different
Kapsul yikama ile kolay ayrilmaz and biyofilm daha gevsek oldugu icin yikama ile uzaklastirir
Kapsul ve biyofilme ne icin gerekli ne icin gerkeli degil
Gerekli- hayata devam etmeye
Gerekli degil-uremeye
Kapsul nerede bulunur ve onun kimyasal yapisi
Hucre duvari disinda
Glikoprotein ( bazen protein) yapida
Kapsul bakteri hakkinda ne soylebilir
Tur tanimlamasinda kullanilbilir
Kapsulu tur ayrilma hangi yontemlerle kullaniyoruz
- BOYAMA ( cin mukkerebi ile boyadigimiz zaman negatif boyanma( boyanmayan) dis duvari disinda yapi varsa kapsul var)
- KAPSUL SISME REAKSYONU
Quelleng/Neufeld reaction
Kapsul fonksiyonlar
- keeps wet
- keeps invincible( lokosit fagositozden, antimikrobiyal maddeden,lizozimden)
- Atik toplar
- Besin reservuar for later bacterial use
- Bakteri asi yapmak icin( pnomokok asisi)
- to adher on host or other bacterial surface (vibrio cholera binds to i.b villus with it glikokaliks)
the working of streptococcus mutans( in scope of glikokaliks)
it is a bacteria found in the human oral cavity and causes tooth decay. How> Sukroz varliginda slime uretir…buna bircok bakteri yapisir ve plak olustur=tooth curume
Characterize and fonksyion hucre duvari
-strong ( protects bacteria from lizis)but flexible
-many layered
-contains antigenik determinants
Clinical significance of peptidoglikan
Pensilin, sefaloaspirin- peptidoglikan sentezi engelleryerek calisir
Tukruk ve gozyasi lizoenzimler- peptodoglikani parcalanarak calisir
Pepidoglukan in gram pisitive vs negative
Positive_daha kalin(%80)
negative-adi murein, daha
ince (%5-10 of hucre duvari) ve dis membranla cevrili + lipoprotein komplek
an asid specific to gram positive
teikolik asit
(seker-alkol-fosfat=fosfodiester bond) SAF(+VE)=suda eriyen
teikolik asit ne ise yarar
*bakteriye antijenik ozellik
*iyon transfer
*adhesyon
Peptidoglikan nedir
Hucre duvarin temel yapi tasidir ( found in all prokaryotes except ARKEBACTER ve MIKROPLASMA)
What molecule sets apart archea from bacteria
Murein-found in gram -ve but not in archaea
Plus arachea contains protein/polisakkarit and not lipopolisaskkarit
What are the tabakalar of LPS in gram negative
1.lipit A-uzun f.a+glikozamin disakkarit(containing P bond)
2. Kor-her gram -ve bulunan polisakkarit
3. lipopolisakarrit-(3/4/5li sakkarit)40 defa + o antigeni
Dis membranda bulunan proteinler ve karaketerstik
OM porinler( A<B<C)-kucuk hidrofilikleri gectirmek icin
buyuk hidrofobik gecmez
LPS tabaka properties
*-ve yuklu
*bound non-covalnetly with two cations
*engel to hidrofobik passing
Explain the toxicity of LPS and its effects
It is called an endotoxin because it is tightly bound to bacterial cell and is only released when the bacteria undegoes lysis.
*pirojenik( ates yapan)
*lokosit sayinda degisiklik
*kan damarinda sizinti
* tumor nekrozu
*kan basinc dusme
*vaskuler kollpas
*SOK
olum( yuksek konsatrasyonda)
dis membran yapi
Ic kisim-peptidogilkan yakin-fosfolipidli
dis kisim-LPS
Periplazmik aralik ne
Sitoplazmik membran ile dış membran arasındaki bölüme denir…hücre volümünün %20-40’nı oluştururlar.
Periplazmik aralikta neler bulunur
Jelatinoz ve Oligosakkarit( sitoplazmik membrandan salginan)
Gram positive bunlara duyarli ama gram negatif bunlara duyarli degil
Penicillin G’ye duyarlı
Lizozimlere duyarlı
Gram positif bunlari icermez
Protein ve LPS…lipis ve lipoprotein(cik az icerir)
Gram negatif bunlari icermez
Teikoik asit
compare gram negative and positive in terms of duvar kalinlik and tabaka sayisi
Gram pos–kalin(20-80 nm) and 1 tabaka
Gram -ve–ince( 10nm) ve 2 tabaka
compare gram negative and positive in terms of peptidoglycan/murein conent
Gram pos–>50% peptidoglycan
Gram -ve-10-20% murein
Hücre duvarının görevleri (listed)
*Bakteriye şeklini verir(supports cytoplsm)
*Osmotik lizize karşı bakteriyi korur.
*Çeşitli maddelerin hücre girişine ve çıkışına izin verir
gram (+) teikoik asit»_space; -ve hidrofiliktir»Pozitif yüklü moleküllere karşı bariyer
Gram (-) hücre duvarı LPS»_space;bağlı olarak hidrofiliktir»hidrofobik moleküllere karşı bariyer»_space; Kristal viyole ve safra gibi hidrofobik moleküllere karşı dirençlidir.
*Serolojik sınıflandırma
*Çevre, konak hücre ve viruslar ile etkileşimi sağlar
*Patojenite rol oynar. Hem Gram (+) hem Gram (-) türlerde, infeksiyon basamağında konak hücreye yapışmada çok önemlidir.
*Endotoksik aktivite
*GRAM BOYANMA OZELLIK KAZANDIRIR
Gram boyama basamaklar
- Fixation
- Crystal violet–both purple
- Iodine(mordant)–both violet
- Alcohol( decolorization)–gram positive remains violet and gram negative decolorizes
- Safranin (pink counter stain)-gram positive remains violet, gram negative stains pink
Bakterinin yaşaması için hücre duvarı hayati bir yapı mıdır
Çoğu bakterinin yaşamında hücre duvarının canlılık için kritik önemi vardır. Ancak bazı bakteri hücreleri hücre duvarına sahip değildir.
-Mycoplasma
*Çok veya az tuzlu ortamlarda hemen ölürler, hücre içinde yaşama zorunlulukları vardır.
Hücre zarlarında sterol bulunması dayanıklılığını sağlar.
Mycoplasma’lar pleomorfiktir
-Ureoplasma
What happens when Bazı bakteriler aşırı beslenme koşullarından dolayı, penisilin varlığında veya lizozim etkisi ugradigi zaman
ile değişikliğe uğrayarak hücre duvarsız şekiller haline (L form) dönebilirler.
What is the L-form? and is it gram + or _ spesifik
Bu fenomen hem Gram (+) hem de Gram (-) bakterilerde görülebilir.
Hücre duvarı kısmen ya da tamamen kaybolmuştur.
L formları çok şekilli olup, ozmotik şoka duyarlıdırlar
L form bakteri filtreden geçer
L form yeniden sentezler
Pleomorfik
L formu hareketli veya hareketsiz olabilir
L form zayıf antijenik bc antıgen ıs ın hucre duvar
Çeper değişikliği ile oluşan bakteri formları
*L form
M. tuberculosis L formu Much granülleri
*Protoplast ( p for p)
Gram pozitif, Çeper yok, geri dönüşlü
*Sferoplast
Gram negatif bakterilerde çeperin bir kısmının kaybolması, geri dönüşlü
Sitoplazmik membran nedir
Tüm bakteri Hücrelerinde
sitoplazmayı çevreleyen,
fosfolipit,
protein ve
çok küçük miktarda karbohidrat
içeren bir membrandır
Sitoplazmik membran fosfolipit çift tabakaya bağlı proteinlerl ile mozaik görünümündedir.
Sitoplazmik membran is what in eukaryotes
Ökaryotların hücre membranına benzer.
Sitoplazmik membranda bulunan hangi proteinler spesifik maddelerin pasif difüzyonunu hızlandırırlar ve aktif transportta görev alırlar.
Permeazlar
as ın permeabılıty
KAc tane aktif transport sistem var
İki tip aktif transport sistemi vardır:a) Primer transport sistemi: maddelerin geçişi için metabolik enerji kullanılır
b) Sekonder transport sistemi: aminoasit ve şeker gibi maddeler taşıyıcı katyon ve permeazlara bağlanarak hücre içine alınırlar.
Gram negatif bakterilerde besin maddelerinin transportu periplazmik aralıktaki proteinlerle sağlanır.
the rules of transport of sitoplazmik membran
It does not allow compounds larger than glycerol to pass into the cell from the outside, unless they are transported or lipid-soluble by binding to specific transport systems.
What does sitoplazmik membran contain in relation to permeability
Membran potansiyelini muhafaza edici iyon pompaları taşırlar. Bu sayede ozmotik bariyer özelliğine sahip ince bir zar karakteri kazanır.
What is the role of sitoplazmik mebrane in electron transport and oksidatf fospo
*Houses fotosentetik kromforlar-Fotosentez yapan prokaryotik hücrelerde= ışık enerjisini» kimyasal enerjiye çeviren
*Houses ETS( Aerop solunum ve ATP sentezi için gerekli olan) ( homologus to mithochondria in eukaryotes)
*Oksidatif fosforilasyon; bakteri hücresinin enerji depolamasını sağlar.
Bakteriler besin kaynağı olarak kullandıkları maddeleri ne ile parcalanir? nEDEN PARCALANIRLAR?
sitoplazmik membrandan salgıladıkları hidrolitik enzimler ILE
küçük parçalara ayırırlar ve onları sitoplazmik membrandan geçebilecek hale getirMEK ICIN
Hidrolitik enzimlere gram -ve ve +ve’de nerelere salginlanir
Gram negatif – periplazmik aralığa salgılar.
Gram pozitif–periplasmik aralık yoktur»direkt olarak dış ortama salgılarlar.
*Patojen bakterilerin birçoğu önemli virülan faktörler olan enzimleri sitoplazmik membrandan hücre dışına salgılarlar
Sitoplazmik membran nelere sentezlemeye sorumlu
Dolayısıyla sitoplazmik membran
hücre zarı,
hücre duvarı ve
Glikokaliks’in
DNA
ne receptiorlar sitoplazmik membranda bulunur
KEMOTAKTIK RECEPTOR
Mezozom nedir
Sitoplazmik zarın özelleşmiş bölgeleri
Zarın hücre içine doğru girerek
oluşturduğu kıvrımlar (invaginasyon)
Compare and contrast the two types pf mezosom
1) Septal mezozomlar:
Halkasal görünümde
Bakteri kromozomu septal mezozoma tutunmuş halde
Kromozom replikasyonu bu bölgede başlar.
Hücre bölünmesi sırasında iki bakteri hücresini ayıran duvarın oluşmasında rol alır.
2) Lateral mezozomlar:
Septumun oluşmadığı bölgelerde yer alırlar.
Protein depolama ve salgılama fonksiyonları da vardır.
Plazmidlerin çoğalmasında ve spor oluşumunda rol alırlar.
Expalin the genetic material of bacteria
Kromozom
Bakterilerde nükleer membran, çekirdekçik, mitotik aygıt ve histon proteinleri bulunmaz
(Nükleer membran tek bir adet çift sarmal çembersel DNA molekülünden oluşur.)
Lineer kromozoma sahip Borrelia bugdorferi!
What is the role of ribosome
Temel yapıları RNA olan ribozomlar protein sentezinin yapıldığı yerlerdir.
Sitoplazmaya granüler görünüm verirler.
Hücre RNA’sının % 80’i ribozomlarda bulunmaktadır
compare and contrast the ribosome of euk and prok
Bakteriyel ribozomlar ökaryotik ribozomdan küçük 70S büyüklüğünde (50S ve 30S alt birimleri)
Ökaryotik hücre ribozomları 80S büyüklüğünde (60S ve 40S alt birimleri)
Bakterilerde ribozomal RNA’nın ökaryotik hücrelerinkinden farklı oluşu,bakteri protein sentezini inhibe eden antibiyotiklerin,insanlarda ribozomal RNA’yı etkilemeden tedavide kullanılmasına imkan sağlar.
Plazmidler bakteri icin nelere onemli
*Bazıları bakterileri gümüş ve civa gibi ağır metal tuzlarına ve UV’ye dirençli hale getirir.
*Bazı plazmidler antibiyotikleri parçalayan enzimleri kodlar.
*Konjugatif plazmidler, bakteri hücreleri arasında DNA değişimini sağlar.
*Bazı plazmidler bakterilere
fimbria,
hemolizin ve
ekzotoksin yapma
özelliği kazandırır.
*Bazıları konağın virulansını arttıran proteinler kodlar.
Plasimde ornek ver
örneğin: E. coli plasmid Ent P307, bir enterotoxin kodlayarak E.coli ‘yi patojen yapar
Poly-beta-hydroxyalkanoate (PHA)
nedir
Karbon ve enerji rezervidir.
Granüller ve İnklüzyonlar nelerdir
Granüller ve İnklüzyonlar
Bir çok bakteri granüller içinde büyük, kompleks polimerler depolar. Enerji ve besin deposu olarak görev yapan bu granüllere sitoplazmik inklüzyon cisimcikleri adı verilir
Aşırı besin bulunan besiyerlerinde daha iyi gözlenir.
Uygun olmayan ortamlarda; bir başka deyişle nitrojen, sülfür, fosfat kaynakları yetersiz ise veya pH düşükse ortamdaki fazla karbon bazı bakterilerde poly-B-hydroxybutyric acid polimerlerine bazı bakterilerde ise nişasta ve glikojen gibi glikoz polimerlerine (glikojen ve nişasta granülleri) dönüştürülür
Bir çok bakteri granüller içinde büyük, kompleks polimerler depolar. Enerji ve besin deposu olarak görev yapan bu granüllere sitoplazmik inklüzyon cisimcikleri adı verilir
Aşırı besin bulunan besiyerlerinde daha iyi gözlenir.
Uygun olmayan ortamlarda; bir başka deyişle nitrojen, sülfür, fosfat kaynakları yetersiz ise veya pH düşükse ortamdaki fazla karbon bazı bakterilerde poly-B-hydroxybutyric acid polimerlerine bazı bakterilerde ise nişasta ve glikojen gibi glikoz polimerlerine (glikojen ve nişasta granülleri) dönüştürülür
Fosfat ve sulfur granuller ne ise yarar
polifosfat granülleri —besin azaldığında
Sülfür granülleri—fotosentetik bakteriler elektron kaynağı olarak sülfidleri kullanırlar ve
granulleri biriktirirler.
islevlerine ore plazmidler
fertilite-tra genleri tasirlar, konjugasyon yoluyla aktarirlar
direnc-atbiotik direci
col-bakteriyosin sentez
virulans-virulans faktor
degradatif-kimyasal maddelerin sindirilmesi
Transpozonlar neler
Bakterinin DNA’sı, plazmidleri ve bakteriyofajları arasında yer değiştiren DNA parçacıkları
Hastene enfeksiyonlarının tedavisinde sorun olan bakterilerin, çoklu direnç genlerini transpozonlarla kazandığı bilinmektedir.
Sürekli yer değiştirdiği için bakterinin herhangi bir bölgesine rastgele entegre olabilir.
Periplazmik aralıktaki ozmolariteyi düzenlerler
…..prokaryot organizmalarda hareketli genetik elemanların en tehlikeli olanıdır
Transpozonlar
transpozonlarin kac kismi var
bir kısmı sürekli olarak bakteri kromozomu ile bakteri içinde bulunan plasmid arasında yer değiştirmelerini sağlayan genleri taşırken
diğer kısmı antibiyotik dirençliliğiyle ilgili genleri taşır.
Spor ornegi ver
Bazı Gram (+) bakteriler (Clostridium ve Bacillus cinsi) spor oluşturur.
spor charactersitcs
100°C üstündeki ısıya, radyasyona ve kuruluğa dirençlidirler .
Hücre içinde bulunurlar, ışığı geçiremezler ve faz kontrast mikroskopu ile kolaylıkla görülebilirler.
Sporlar uygun çevre koşullarını ve besini bulunca jerminasyona uğrarlar. Vejetatif durumlarına dönerler.
Spor içinde metabolizma durmuştur veya minumum seviyededir.
Çok uzun binlerce yıl canlı kalabilir ve sonra germinasyona uğrarlar.
Yüksek konsantrasyonda Ca iyonlarına bağlı dipikolinik asit içerirler
sporlar ne? ne zaman olusur?
Bakterilerin toprakta uzun süre canlı kalmasını sağlayan yapılardır. Besin maddeleri azaldığında, toksik maddeler biriktiğinde spor oluşur.
Sporlar niye ısıya, kimyasallara, radyasyona ve kuruluğa dirençlidirler.
Bu özellikleri protoplazmanın su kaybetmesi ve spor DNA’sını koruyan özel proteinler
structures of spores
Kor:
Suyunu kaybetmiş sitoplazma
DNA, ribosomes, enzimler içerir.
Bakteri vejetatif forma döndüğü zaman fonksiyon görecek herşeyi içerir.
Korteks:
modifiye olmuş hücre
duvar / gevşek bir peptidoglikan Tabaka
Kılıf:
Korteks dışında bulunan birkaç
katlı keratin benzeri protein tabaka
Kimyasalları geçirmez.
transpozonlar plazmidlerden nasil
farklılık gösterirler.
Bağımsız olarak çoğalamazlar. Bu özellikleri ile plazmidlerden farklılık gösterirler.
Expalin germination in spores
Steps in Germination:
Activation:
Spores are primed by factors such as heat or exposure to certain chemicals that initiate the germination process. This step helps the spore become “reactivated” from its dormant state.
Germination:
When the spore is exposed to nutrients, water, and other environmental conditions conducive to growth, it absorbs water, causing the spore coat to break down.
Ion fluxes occur across the spore’s membrane, causing the core to rehydrate and the spore’s metabolism to resume.
The cortex (a layer of peptidoglycan) breaks down, and the spore’s structure starts to dissolve, allowing the bacterium to expand.
Outgrowth:
The final step in the germination process, where the bacterium starts to grow and divide as it transitions back into its vegetative form. This includes the full activation of ribosomes, enzymes, and other cellular machinery.
Conditions Required for Germination:
Water: Spores are dry and require water to rehydrate and activate metabolic pathways.
Nutrients: Specific amino acids, sugars, or other nutrients are needed to trigger the germination process.
Temperature: Moderate temperatures are necessary, though extreme temperatures can delay or inhibit germination.
Germination and Bacterial Growth:
Once the spore has successfully germinated, the resulting vegetative bacterium will begin to divide by binary fission, multiply, and potentially form new spores if the environmental conditions again become harsh.
