bacteria metabolism Flashcards
WHAT IS METABOLIZMA
Bir canlı içerisinde meydana gelen kimyasal reaksiyonların tümüne Metabolizma denir.
anabolizma+catabolizma
Holozoik canlılar nedir? ornek ver
Bulundukları ortamdan
sıvı maddeler + katı besin parçacıklarını özelleşmiş organ ve organelleri içerisine alarak beslenen organizmalardır.
Protozoerler
İnsanlar
Hayvanlar
Holofitik canlılar vedir. ornek ver
step one: digest kati madde outside cell
step two: icine almak ve yaralanmak
Bakteri
Mantar
Katabolizma nedir
Alınan besin maddelerinin yıkılıp enerji açığa çıkması olayına denir.
Böylece mikroorganizma için gerekli enerji temin edilmiş olur.
Anabolizma nedir
Mikroorganizmanın yaşamını sürdürebilmesi ve çoğalması için gerekli sentez işlemlerinin tümüdür.
Sentez işlemi için gerekli enerji, genellikle ATP tarafından karşılanır.
Fototroflar enerji nereden alir? bunu yapmak icin neye sahip
fotosentez yolu ile güneşten alırlar(Organik maddelere gereksinim göstermeksizin yaşayabilirler.
)
Klorofile benzer fotosentetik pigmentleri vardır.
Kemotrof enerji nereden alir
inorganik maddelerdeki veya organik moleküllerdeki kimyasal bağın parçalanması ile sağlarlar
Enerjilerini organik bileşiklerden (şekerler, aminoasitler) alanlara ne denir
Oraganotrof
Lititrof enerjiyi nereden alir
Enerjilerini azot-demir-sülfür içeren inorganik maddelerden sağlarlar.
facebook Lite-ADS
Organotrofun zitler neler
Ototroflar(can be foto-otottrof or kemo-ototrof)
Organik maddelere gereksinim göstermeksizin, besin maddesi olarak basit inorganik maddeleri (NaCl, K2HPO4, FeCl3, MgSO4) karbonatları veya atmosferdeki CO2 kullanırlar.
Gerekli enerjiyi inorganik maddelerin oksidasyonundan elde ederlere ne denir?
Kemoototrof
Cogu baketeri enerjiyi nereden alir
organotroflar/heterototrof
Farkli heterotroflari say
Fotoheterotrof: Enerjilerini gün ışığından alırlar
Kemoheterotrof: (Kemoorganotrof) Enerjilerini kimyasal reaksiyonlardan elde ederler
Heterotrof ototroflardan nasil farkli
Ototroflardan farklı olarak beslenebilmek için en az bir tane organik madde bileşiğine gereksinim duyarlar.
Tüm mikroorganizmaların …..elemanin kaynaklarına gereksinimleri vardır.
Karbon
başka canlıların metabolizma artıkları veya ölü kısımlarında bulunan organik maddelerle beslenenler ne denir? hangi gruba ait?
Saprofit mikroorganizma
Kemoorganotrof mikropların bir kısmı
Saprofit MO iki taraftan nasil bir iliski
Bu ilişkiden iki tarafta zarar görmez.
Parazit nedir
Üzerinde yaşadıkları organizmaya zarar verip hastalık oluşturan mikroorganizmalardır.
Parazit tipler neler
Obligate (zorunlu) parazit: Cansız besleyici ortamlarlarda yaşayamazlar, need hosto to survive
Fakültatif (değişebilen) parazit: Cansız besleyici ortamlarlarda yaşayabilirler, dont necessarily need host to survive
What can be said about the rate of reproduction of bacteria? Is it of any good?
they are active, Uygun bir çevresel ortamda sürekli olarak metabolizmaları devam eder ve sayıları sürekli artar.
Bakterilerin hızlı çoğalması onların laboratuvarlarda invitro şartlarda üretilmesini ve hastalıkların teşhisine imkan verir.
Do all bacteria have the same reproduction pace
NO
Bazı bakteriler kolay ürerlerken bazılarının da üreme gereksinimleri çok fazladır.
What chemicals do bacteria need to survive
aminoasitleri, karbohidratları ve lipitleri elde etmek veya sentezlemek zorundadırlar.
What are the bare minimums for bacteria reproduciton ( 5 tane)
karbon kaynağı,
azot kaynağı,
enerji kaynağı,
su, değişik
iyonlar
how do pathogen bacteria obtain their energy
Patojen bakteriler enerjilerini şekerleri, lipitleri, karbohidratları metabolize ederek elde ederler.
say a bit about virus metabolism
Virusların bir hücre yapısı yok
metabolizmaları yok
metabolik enzimleri de yoktur.
Bakterilerde metabolizma nerede baslar
dış enzimatik sindirim ile başlar.
Dış ortama salınan enzimler ile dış ortamdaki besin maddeleri parçalanarak hücre zarından geçebilecek küçük maddelere ayrıştırılırlar ve içeri alınırlar.
Bakterilerin hangi enzimler ici metabolizmyi yurutur
Endoenzimler
Hucre ici metabolizma ne kazandirir
hücrede yapı taşlarının sentezi,
solunum,
üreme,
hareket ve
diğer yaşamsal işlevler için
gerekli enerji sağlanır.
tum metabolik reaksiyonlarda …..alışverişi olur.
elektron
Elektron alışverişi nelerden oluşturur.? tanimla
oksidasyon ve redüksiyon olaylarını
oksitlenen madde elektron kaybeder,
redüklenen madde elektron kazanır.
ve
Elektron aktarımı son elektron alıcısına kadar sürer.
Solunum neye dayanir
oksidasyon ve redüksiyon olaylarının ard arda sıralanması
Solunumu ne diye ayiriyoruz
Aerobik
Aneorobik
Fakulitatif anerobic
Aerobik solunumda son elktron alicisi….
Son urun….
Aerobik solunumda son elktron alicisi….serbest Oksijen
Son urun….su/hydrogen peroxide
What do enzymes do in aerobic bacteria
they help bacteria use serbest oxygen
What does oxygen do to aneorobic bct
toksik etki yapar
anerobik solunumda son elktron alicisi.
oksigen disindaki maddelr
Nitrat (NO₃⁻) → Azot gazı (N₂) veya nitrit (NO₂⁻) (Denitrifikasyon)
Sülfat (SO₄²⁻) → Hidrojen sülfür (H₂S) (Sülfat indirgeme)
Karbon dioksit (CO₂) → Metan (CH₄) (Metanojenik bakterilerde)
Demir (Fe³⁺) → Fe²⁺
Fumarat → Süksinat
Hem oksijenli hem oksijensiz ortamda yaşayıp çoğalabilen mikroorganizmalar nasil bir solunum yapar
Fakültatif anaerobik solunum:
Fermentasyon ne kabilyetin gostergesidir
çeşitli karbonhidratlardan asit oluşturabilme yeteneği
enzimatik olarak karbohidrat»glukoz
EMP Glikolitik Yolu acikla
Glikozun pirüvata dönüşümünde ana yolaktır.
* NADH₂ formunda indirgeme gücü üretir.
* ATP formunda enerji üretir.
* Anaerobiktir; oksijen gerektirmez
fermentasyon nedir
Glukozun anaerobik koşullarda kullanımı fermentasyon olarak adlandırılır
Hangi bakter gruplar EMP yolunu kullanir
Enterobacteriales ailesinin tüm üyeleri de dahil olmak üzere birçok bakteri tarafından kullanılır.
Glikoliz nedir? hangi yolak kullanir
Starts with the conversion of glucose to Heksoz difosfat ( fructose 1,6 biphosphate) using ATP. Son ürün pirüvik asit/pirüvattır.
Embden Meyerhof Parnas (EMP) yolağı aracılığıyla gerçekleşir.
Daha sonra pirüvat Krebs siklusuna gider
EMP yoluna alternatif olarak karbonhidrat metabolizması nedir
Pentoz Fosfat Yolu
Pentoz Fosfat Yolu nasil bi sey
- Glikozun ribüloz-5-fosfata dönüşümü; bu bileşik 3-, 4-, 5-, 6- ve 7-karbonlu diğer şekerlere yeniden düzenlenir.
- Nükleotid sentezi için pentoz sağlar.
- Pirüvata dönüştürülebilen gliseraldehit-3-fosfat üretir.
- Biyosentetik reaksiyonlar için indirgeme gücü sağlayan NADPH üretir.
- ATP üretimi için kullanılabilir (verimi EMP yoluna kıyasla daha düşüktür).
- Heterolaktik fermantasyon yapan bakteriler (örneğin laktobasiller) ve EMP yolundaki bazı enzimlere sahip olmayan Brucella abortus tarafından kullanılır.
*Entner-Doudoroff Yolu acikla
Glikoz yerine glikoz-6-fosfatı pirüvat ve diğer yollara yönlendirilebilen gliseraldehit fosfata dönüştürür.
* Her bir glikoz molekülü başına bir NADPH üretir ancak bir ATP harcar.
* Pseudomonas, Alcaligenes, Enterococcus faecalis ve belirli glikolitik enzimlerden yoksun diğer bakteriler tarafından kullanılan aerobik bir süreçtir.
EMP yoluna alternatif olarak diger karbonhidrat metabolizması nedir
*Entner-Doudoroff Yolu
Piruvik asit nasil bir reaksyonla islenir
Farkli fermentasyon yollara
farkli fermentasyonlar nasil urunler verir
Alkolik fermantasyon: Ana son ürün etanoldür. ORNEK;maya
* Homolaktik fermantasyon: Son ürün neredeyse tamamen laktik asittir.
ORNEK Streptococcus cinsi üyeleri ve Lactobacillus cinsinin birçok üyesi
* Heterolaktik fermantasyon: Bazı Lactobacillus türleri karışık fermantasyon yolunu kullanır ve laktik asitin yanı sıra karbondioksit, alkoller, formik asit ve asetik asit üretir.
* Propiyonik asit fermantasyonu: Ana son ürün propiyonik asittir.
ORNEK Propionibacterium acnes ve bazı anaerobik, spor oluşturmayan gram-pozitif basiller tarafından gerçekleştirilir.
Karisik fermetasyonu ne? HAngi teste +ve verir
Escherichia, Salmonella ve Shigella gibi Enterobacteriaceae ailesine ait bakteriler bu yolu kullanarak karbonhidratları fermente eder. Son ürünler laktik, asetik, süksinik ve formik asitlerdir.
MEtil kirmizi( mR) teste
butrik asit fermentsyonu ne
Clostridium türlerinin çoğu, Fusobacterium ve Eubacterium (zorunlu fetmentasyonla)
bütirik asit, asetik asit, karbondioksit ve hidrojen üretir.
HAngi yollagi kullanan bakterler MR teste -ve verir? NEye +ve verir? Bu yollagin son urunlar ne? baketer ornek ver
Butandil fermetasyonu yapan
VP tester positive verir (asetoin yuzunden)
Klebsiella, Enterobacter ve Serratia gibi Enterobacteriaceae
son ürünler asetoin (asetil metil karbinol) ve 2,3-butandioldür
Aerobik koşullar altında bir substratın tam oksidasyonu için en önemli yol
Krebs döngüsü veya trikarboksilik asit (TCA) döngüsüdür.
Krebs dongude neler olur?
Pirüvat oksitlenir
* Biyosentetik reaksiyonlar için karbon iskeletleri oluşturulur.
* Pirüvat tarafından bağışlanan elektronlar bir elektron taşıma zincirinden geçirilir ve ATP formunda enerji üretmek için kullanılır.
Bu döngü, aerobik solunum sırasında asit üretimi ve karbondioksit açığa çıkması ile sonuçlanır
What should be watched out for in testing out the fermentation of bacteria for different sugar
Bakteriler genellikle glikozu diğer şekerlere tercih ederek fermente eder, bu nedenle başka bir şekerin fermantasyon yeteneği test edilirken besiyerinde glikoz bulunmamalıdır.
What criteria is used in classifiying enterobactera
Bu bakteriler laktoz fermente edenler ve laktoz fermente etmeyenler olarak ayrılır.
How can fermetation be detected in labs
genellikle asit üretimi ile tespit edilir ve besiyerinde bulunan pH indikatörünün renk değişimi ile gözlemlenir.
Bakterilerin laktozu kullanabilmesi için gereken surec
Birinci aşama: laktozun bakteri hücre duvarından sitoplazmaya taşınma
VIA β-galaktozid permeaz enzimi
İkinci aşama: galaktozid bağını parçalayarak glikozu serbest bırakır
VIA β-galaktozidaz enzimi .
*Serbest kalan glikoz daha sonra fermente edilebilir.
Bu nedenle, laktozu fermente edebilen tüm organizmalar glikozu da fermente edebilir.
What is the role of water in bacterial life
*it is vital
*it makes up 70-90% of bacteria yapo
*it helps in transport of water soluble madde
What does the absence of water do to a bacteria
Suyun yeterli olmaması durumunda ortamdaki besin maddelerinin, enzim ve metabolitlerin hücredeki alış verişi güçleşir.
For bacteria: they stay inactive but alive, if water is provided they can revive
Name essentail elements for bacteria aside Carbon
PNS (they need dick) + su( hydrogen an oxygen)
PNS niye gerekli?
Fosfor ATP ve nükleik asitler için
Sülfür proteinler için,
Azot, nükleik asit ve proteinler için gereklidir.
What minerals do bacteria need
CaFeK
What eser elements do bacteria need
Cobalt and cinko…..kulturde erimis olarak bulunur
How are bacteria classifies according to their dependence on oxygen
1) Aerob bakteriler: Bu grupta kesin olarak serbest OHSIJEN GERENEKSIMI OLAN ve bunun yokluğunda beslenme ve üremeleri duran aerob bakteriler bulunur.
Mycobacterium tuberculosis,
Corynebacterium diphteria
2) Anaerob bakteriler: Bu grupta solunumlarını TAMAMEN OKSIJENSIZ ortamda sağlayan ve oksijen bulunması halinde beslenme ve üremeleri duran bakteriler bulunur.
Clostridium tetani.
3) Fakültatif anaerob bakteriler: Bu gruptaki bakteriler HEM OKSIJENLI HEM OKSIJENSIZ ortamda solunumlarını sağlayacak enzimlere sahiptirler.
Salmonella spp.,
Streptococcus spp.,
Escherichia coli
4) Mikroaerofilik bakteriler: Bu grupta sınırlı oksijen konsantrasyonunda üreyen (çok az veya FAZLA OKSIJEN ONLARA TOKSIK) bakteriler bulunur,
Helicobacter pylori
Campylobacter spp.
What maddeler do bacteria need but cant synthesize on their own so absorb as is
Vitaminler and aminoasitler
what is the general ph preference oh microorganisms
çoğu nötrofil, yani pH 6 – 8 aralığında
Nadir de olsa, bazı bakteriler asit ortamlarda, bazıları ise bazik ortamlarda daha iyi ürerler.
What do we do to preserve bacteria that are sensitive to ph change
besinlere ph degisiklik koruyan tampon koyuryourz
What is the yasam durum of MOs in mide and past that
Mikroorganizmaların çoğu midedeki düşük pH derecesinde yaşayamazlar.
Midedeki asit ortamı geçebilen bakteriler barsaklara geçerek hastalık yapabilmektedirler.
What are a group of bactria that are favored by high Co2(3-10%)
how are they stored in labs
KAPNOFILIK BAKETERIA
bir mum yakılan kavanoz içerisinde üretilirler.
Üredikleri sıcaklık derecesine göre bakteriler kac gruba ayrılırlar:
Termofil bakteriler: Optimum üreme sıcaklıkları 45oC’nin üzeridir.
Mezofil bakteriler: İnsanlarda hastalık yapan patojenler bu gruba girerler (+20o C ile +40oC arasında). Bu gruptaki bakteriler daha çok 37o C’de yaşarlar.
Psikrofil bakteriler: Düşük sıcaklıklarda yaşarlar. En iyi 20o C’nin altında ürerler, bu grup bakterilerin hepsi 0o C’de üreyebilir.
What is the somotik basinc preference of bacteria
optimal osmotik basınçlı ortamlarda –dengede olmasi oldukca onemli
What helps bacteria not to explode from osmotic shock
Peptidoglycan
Bakterilerin bulunduğu ortam düşük osmotik basınca sahipse ne olur
su molekülleri bakteri hücresini terkederek hücrenin susuz kalmasına neden olur.
What is the deal with Clostridium botulinum and osmotik basinc?
Botulismusa yol açan Clostridium botulinum yüksek şeker konsantrasyonunda ölmeden canlılığını sürdürebilmektedir.
Bu bakteri bal içerisinde canlı olarak kalabilmekte ve yenidoğan ve süt çocuklarında bağırsaklarda çoğalıp toksin salgılayarak zehirlenmeye yol açmaktadır.
in vitro ureme artirmak icin neler besiyerine eklenir
maya özütü kan /kan ürünlerinin
Ureme faktorleri listele
B kompleks vitaminleri
Mineraller
Belirli aminoasitler
Pürinler
Pirimidinler
Ureme faktorleine ihtiyacina gore bakterleri nasil siniflandiriyoruz
Prototrofik: Dışarıdan üreme faktörü verilmesine gerek duymayan, bunları kendi sentezleyebilen bakteriler
Okzotrofik: Üreyebilmeleri için kültür ortamına üreme faktörlerinin eklenmesini gerektirir.
Enzimler hakkinda genel biokimya bilgiler ver
Protein yapısında,
Biyokimyasal reaksiyonları katalize eden
Küçük miktarlarda bulunan
Kimyasal tepkime sonrasında harcanmayan
Organizmanın canlılığını sürdürebilmesi için önemli maddelerdir.
Enzimler, düşük molekül ağırlığına sahip organik bir moleküle (koenzim) bağlanmış proteinler (apoenzim) olarak tanımlanabilirler.
Her enzimin bir substratı vardır.
Her enzim özgül bir kimyasal reaksiyonu katalize eder.
Bakteri enzimleri etkinlik gösterdikleri yere göre kac grupta incelenebilir:
iki
Ekzoenzimler hücre dışında bulunan besinleri hücre içine alınacak hale getirir.
Endoenzimler ise bakteri hücresinin yapı taşlarının oluşturulmasında ve hücre için gerekli enerjinin sağlanmasında görev alırlar.
find below enzymes and their functions
hydrolase (hidrolaz = hidroliz yapan),
lactase (laktaz = laktozu parçalayan),
ürease (üreaz = üreyi parçalayan).
