Les hydrates de carbone Flashcards
❤️ Quels substrats principaux permettent de synthétiser de l’ATP dans la cellule ?
La dégradation des 3 principaux substrats permettant de synthétiser de l’ATP dans la cellule sont : les hydrates de carbones (dont le glucose), certains lipides et certains acides aminés.
❤️ A quoi sert le glucose ?
Le glucose ne sert pas QUE à être transformé en 2 molécules de pyruvate dans la glycolyse, il est aussi très important dans le stockage d’E (dans le foie et dans la fibre musculaire), dans les polymères de glucose = des polysaccharides = très importants pour la matrice extracellulaires ou la paroi des bactéries.
Enfin, le glucose peut aussi être transformé en ribose-5-P qui permet la synthèse de nucléotides : via la voie du pentose-P.
❤️ Quelle est l’équation de la glycolyse ?
Selon cette équation universelle, une molécule de glucose rentre dans la glycolyse, en présence de 2 cofacteurs = NAD (= nicotinamide adénine di-nucléotides) mais aussi de 2 ADP et de 2 Pi.
En fin de glycolyse, on obtient 2 molécules de pyruvate, 2 cofacteurs chargés en électrons et protons (NADH), 2H+, 2molécules d’ATP et 2 molécules d’eau.
Pour chaque molécule de glucose rentrant dans la glycolyse : 2 molécules d’ATP sont libérées dans la cellule. C’est donc une voie qui permet de dégrader du glucose et de fournir de l’E à la cellule.
Comment peut-on décomposé l’équation de glycolyse ?
On peut décomposé cette équation en 2 :
- L’une = fortement exergonique = Glucose + 2NAD+ –> 2 pyruvates + 2 NADH + 2H+
- L’autre = endergonique = synthèse d’ATP via l’énergie fournie par la transformation du glucose en 2 pyruvates.
Ces 2 pyruvates peuvent être métabolisés en lactate, éthanol, propionate, acétate et butyrate quand la [O2] est basse/absente = anaérobie : on parle alors de fermentation.
Par contre, en présence d’O2 = aérobie et en présence de mitochondries, les molécules de pyruvate sont métabolisées en acétyl-CoA qui pénètrent dans le cycle de Krebs.
Ainsi : le produit de la dégradation du glucose va dépendre : de la présence ou non d’O2 dans la cellule, de la présence ou non de mitochondries dans la cellule.
❤️ Où retrouve-t-on la glycolyse ?
La voie de la glycolyse = universelle : on la retrouve dans TOUTES les cellules de tous les organismes. Elle se déroule uniquement dans le cytoplasme cellulaire.
Le glucose = la seule source d’énergie pour certains types cellulaires.
(Ex : les GR = dépourvus de mitochondries : ils peuvent donc pas faire de phosphorylations oxydatives : ils transformeront donc le pyruvate en lactate via une fermentation anaérobie et ce, même si de l’O2 est présent.
Ex : les neurones = presque incapables d’utiliser d’autres substrats énergétiques que le glucose. D’où la raison pour laquelle la glycémie = si importante pour le cerveau : en cas d’hypoglycémie, un des premiers symptômes = tomber dans les pommes et si ça reste trop longtemps trop bas, les neurones meurent et ça entrainera à terme la mort de l’organisme.
Ex : les SPZ.)
❤️ Quelles sont les phases de la glycolyse ?
Il existe une phase de préparation (la cellule va donner 2 molécules d’ATP) et une phase de rendement (la cellule va recevoir 4 molécules d’ATP).
Pour chaque molécule de glucose rentrant dans la voie de la glycolyse et qui est transformée en 2 molécules de pyruvates il y aura 4 – 2 molécules d’ATP produites = 2 molécules d’ATP produites.
On parle de « glycolyse » = pour « couper » : une enzyme = l’aldolase qui coupe une molécules de 6 carbones en 2 molécules de 3 carbones.
❤️ Quelles sont les étapes de la glycolyse ?
1 : phosphorylation du glucose par une hexokinase en glucose-6-P
2 : transformation du glucose-6-P en fructose-6-P
3 : transformation du fructose-6-P en fructose-1,6 biP par la phosphofructokinase de type 1
4 : transformation du fructose-1,6-biP par l’aldolase en 2 molécules : le di- hydroxy-acétone-P + une molécule de glycéraldéhyde-3P
5 : ransformation de la molécule de di-hydroxy-acétone-P en une 2ème molécule de glycéraldéhyde-3P via la triose phosphate isomérase
6 : phosphorylation de chaque glycéraldéhyde-3P en 1,3-biP-glycérate via une glycéraldéhyde 3-phosphate déshydrogénase
7 : entre le 1,3-biP-glycérate et l’ADP, la phosphoglycérate kinase va transformer le P porté par le carbone n°1 sur l’ADP pour former de l’ATP
8 : transformation du 3-P-glycérate en 2-P-glycérate par une phosphoglycérate mutase
9 : retrait d’une molécule d’eau (H+ porté par le carbone 2 et OH- porté par le carbone 3) du 2-P-glycérate + formation d’une double liaison entre C2 et C3.
10 : transformation par la pyruvate kinase du phosphoénolpyruvate en présence d’ADP en de l’ATP et du pyruvate = produit final de la glycolyse.
❤️ Comment se passe la 1ère réaction de la glycolyse = phosphorylation du glucose par une hexokinase en glucose-6-P ?
Elle ajoute un P sur le glucose = sucre à 6 carbones en présence d’ATP qui fournit le P et est ainsi transformé en ADP.
Il existe 4 types d’hexokinases, les 3 premières se comportent de manière très similaire >< la 4ème = la gluco-kinase qu’on ne trouve que dans les hépatocytes et dans la cellule bêta du pancréas.
La flèche va de G à D = réaction spontanée irréversible. Le ∆G°’ = - 16,7 kJ/mol = fortement négatif = libère de l’énergie. La phosphorylation = endergonique : nécessité un apport d’énergie.
Par contre, la libération d’énergie par l’hydrolyse de l’ATP en ADP est énorme.
Le couplage de ces 2 réactions fait qu’on peut additionner les 2 ∆G°’ et bien que le ∆G°’ de la phosphorylation soit = +, le ∆G°’ de l’hydrolyse est tellement négatif que le bilan des 2 reste négatif et se fait donc spontanément et de manière irréversible.
❤️ D’où provient le glucose ?
Du glycogène (dans les hépatocytes ou dans la fibre musculaire) OU de la glycémie (= le glucose présent dans le sang qui peut rentrer dans les cellules et rentrer dans la voie de la glycolyse)
❤️ Comment se passe la 2ème réaction de la glycolyse = transformation du glucose-6-P en fructose-6-P ?
Pour cela, le carbone n°1 = rendu externe au cycle : le cycle qui comprenait 5 carbones et 1 O n’en contient plus que 4 carbone et 1 O.
Cette réaction est catalysée par une phospho-hexose isomérase.
Cette réaction = réversible car les flèches sont de longueur identique et pointent dans des directions différentes.
Le ∆G°’ = 1,7 kJ/mol = très faiblement positif et donc proche de 0.
❤️ Comment se passe la 3ème réaction de la glycolyse = transformation du fructose-6-P en fructose-1,6-biP par la phosphofructokinase type 1 ?
Pour cela, l’enzyme utilise de l’ATP qui fournit le P permettant de phosphoryler le carbone 1. Cette réaction = spontanée et irréversible.
On a à nouveau 2 réactions couplées : une endergonique = phosphorylation du fructose-6P alors que l’autre est fortement exergonique = hydrolyse de l’ATP et quand les 2 sont couplées le ∆G°’ = -14,2 kJ/mol = fortement négatif : signe une réaction spontanée irréversible.
L’enzyme phosphofructokinase subit des régulations allostériques de son activité enzymatique. Ex : si la concentration en ATP dans la cellule diminue, ça veut dire qu’il faut en synthétiser absolument et donc son activité sera augmentée, et inversement.
Les effecteurs allostériques + et – sont donc les produits finaux ET les substrats de ces réactions : ex : concentration en ATP, en ADP et en AMP.
Puisque que si la concentration en ATP ↑ : la concentration en ADP et en AMP ↓.
Et inversement si les concentrations en ADP et en AMP ↓ alors ça va avoir un effet allostérique sur l’enzyme qui sera stimulée.
❤️ Comment se passe la 4ème réaction de la glycolyse = la transformation du fructose-1,6-biP par l’aldolase en 2 molécules : le di-hydroxy-acétone-P + une molécule de glycéraldéhyde-3P ?
Cette réaction est réversible car le ∆G = proche de 0 dans les conditions physiologiques de la cellule.
Par contre, le ∆G°’ = 23,8 kJ/mol = ne tient compte que de la nature des réactifs = fortement positive.
Ce qui rend ce ∆G proche de 0, vu la valeur du ∆G°’, ce sont les concentrations initiales des substrats, ça permet d’avoir un logarithme très négatif et de compenser le ∆G°’ positif.
On a donc ici un mécanisme de consommation des produits dans la réaction biochimique suivante, ce qui permet de diminuer la concentration en produits et permet donc au 2ème terme de l’équation d’être fortement négatif.
❤️ Comment se passe la 5ème réaction de glycolyse = transformation de la molécule de di-hydroxy-acétone-P en une 2ème molécule de glycéraldéhyde-3P via la triose phosphate isomérase ?
Cette réaction est réversible avec un ∆G°’= 7,5 kJ/mol proche de 0.
❤️ Comment se passe la 6ème réaction de glycolyse = phosphorylation de chaque glycéraldéhyde-3P en 1,3-biP-glycérate via une glycéraldéhyde 3-phosphate déshydrogénase ?
Cette enzyme catalyse la phosphorylation d’un P sur le carbone 1.
Ça se fait à partir de 2 molécules : toutes les réactions à partir de maintenant doivent être multipliées par 2.
Cette réaction = une oxydation : c’est donc une déshydrogénase qui enlève des protons et des électrons = chargés sur un cofacteur.
Il existe donc un cofacteur = NAD = nicotinamide adénine di-nucléotides : sur les 2 électrons et les 2 protons arrachés au substrat, 2 électrons et 1 proton seront chargés sur le cofacteur qui devient ainsi un NADH (= forme réduite du cofacteur) tandis que le 2ème proton = libéré dans le milieu réactionnel.
La [NAD] = hyper faible dans le cytoplasme = 10^-5 mol : il est indispensable pour que d’autres réactions de ce type puissent se faire, que le NADH produit soit retransformé en NAD.
Sans cela, la concentration en NAD va ↓, il va y avoir accumulation de glycéraldéhyde-3P et le glucose ne pourra plus rentrer dans la glycolyse car ne sera plus transformé en pyruvate.
Ça va alors impacter la production d’ATP dans la cellule, et dès lors le ∆G de la réaction d’hydrolyse de l’ATP va tendre vers 0 et donc la cellule n’aura plus de monnaie énergétique –> mort cellulaire.
Il est donc primordial que le NADH produit soit rapidement retransformé en NAD+.
Cette réaction = réversible car son ∆G°’ = 6,3 kJ/mol = proche de 0.
❤️ Comment se passe la 7ème réaction de la glycolyse = entre le 1,3-biP-glycérate et l’ADP, la phosphoglycérate kinase va transformer le P porté par le carbone n°1 sur l’ADP pour former de l’ATP ?
Étant donné que les réactions doivent être multipliées par 2 à partir de la réaction n°6, on a donc production de 2 molécules d’ATP.
Le 1,3-biP-glycérate devient ainsi le 3-P-glycérate.
Les réactions n°6 et n°7 de la glycolyse = couplées : le ∆G°’ de 6 + 7 = négatif : ces 2 réactions sont spontanées et irréversibles du glycéraldéhyde-3P vers le 3- P-glycérate.
❤️ Comment se passe la 8ème réaction de la glycolyse = transformation du 3-P-glycérate en 2-P-glycérate par une phosphoglycérate mutase ?
Elle va prendre le P porté par le carbone 3 et le mettre sur le carbone 2. Cette réaction est réversible avec ∆G°’ = 4,4 kJ/mol = proche de 0.
❤️ Comment se passe la 9ème réaction de glycolyse = retrait d’une molécule d’eau (H+ porté par le carbone 2 et OH- porté par le carbone 3) du 2-P-glycérate + formation d’une double liaison entre C2 et C3 ?
Le 2-P-glycérate est transformé en phosphoénolpyruvate par l’énolase.
Cette réaction a un ∆G°’ = 7,5 kJ/mol = proche de 0 –> réaction réversible.
❤️ Comment se passe la 10ème réaction de la glycolyse = transformation par la pyruvate kinase du phosphoénolpyruvate en présence d’ADP en de l’ATP et du pyruvate = produit final de la glycolyse ?
Il y a transfert du P porté par le C2 du phosphoénolpyruvate sur le P de l’ADP et ça génère de l’ATP. Et comme tout doit être multiplié par 2 suite à la coupure par l’aldolase, on a bien 2x production d’une molécule d’ATP.
On se retrouve donc avec la molécule d’énol-pyruvate dans un 1er temps après retrait du P. Puis, il y a une tautomérisation automatique = une isomérisation qui n’a pas besoin d’enzyme = se fait en absence d’enzyme.
Cette tautomérisation transforme la forme énol du pyruvate en forme céto-pyruvate avec une fonction cétone (= C double liaison O).
Ce pyruvate sous forme céto est bcp plus stable –> moins riche en E : cette tautomérisation spontanée libère donc une grande quantité d’E.
∆G et ∆G°’ = fortement négatif avec ∆G°’ = - 31,4kJ/mol.
Pour une molécule de glucose rentrée dans la glycolyse, on a 2 molécules de pyruvate formées.
❤️ Quel est le bilan de la glycolyse ?
La cellule doit dans la phase préparatoire fournir 2 ATP.
En simplifiant l’équation, on voit que pour chaque molécule de glucose rentrant dans la glycolyse, on obtient l’équation n°2. On voit 2H+ = libérés dans le milieu réactionnel.
Conservation du nombre d’atomes de C, idem pour les P. Et niveau électrons et protons, il y a aussi conservation car les 4 électrons et les 2 protons arrachés vont être transférés sur 2 NAD pour former 2 NADH + 2H+.
❤️ Quelles sont les différences entre le NADP et le NAD ?
Le NADP se distingue du NAD par l’ajout d’un P sur le C2.
Le NAD = un cofacteur = nicotinamide adénine di-nucléotide (phosphate pour le NADP).
On a un di-nucléotide :
• Le 1er nucléotide = composé d’une pseudo-base = la nicotinamide, d’un ribose et d’un P.
• Le 2ème nucléotide = composé d’une adénine = une base classique, d’un ribose et d’un P.
Dans les réactions d’oxydation, des déshydrogénase arrachent des électrons et des protons et cette structure de base = NAD = capable de capter 2 électrons et 1 protons (le 2ème proton = libéré dans le milieu réactionnel). Par contre, le NADP = un donneur de 2 électrons et d’un proton qu’il donne lors des réactions de réduction –> sa forme de base dans la cellule = NADPH >< forme classique du NAD = NAD
Quel est le cas clinique sur le nicotamide ?
Le nicotinamide = pseudo-base = fabriqué à partir de la vit B3 = vit PP = niacine. Toutes les vitamines = hydrosolubles.
La vitamine B3 = prévient le pellagre = maladie.
Ce nicotinamide est fabriqué en labo à partir d’acide nicotinique et dans l’organisme, ce nicotinamide est synthétisée à partir du tryptophane. Certaines de nos cellules sont capables de synthétiser de la vit B3 à partir du tryptophane mais ce n’est pas suffisant pour assurer nos besoins en vit B3. On doit donc en trouver dans notre alimentation. Si ce n’est pas le cas, il y a une maladie qui se déclare = pellagre = maladie des 3D = dermatite, diarrhée, démence.
La vit B3 = très importante pour le maintien des épithélia de la peau (d’où la dermatite) et du tube digestif (d’où la diarrhée). Et en ce qui concerne la démence, la vit B3 participe à la réaction n°6 de la glycolyse : en cas de carence, c’est toute la glycolyse qui ne fonctionnera plus à cause du mauvais fonctionnement de cette réaction n°6.
Or les neurones sont dépendants quasi exclusivement du glucose –> altération de la production d’ATP dans les neurones –> altération du fonctionnement des polarisations/dépolarisations –> neurones ne fonctionnent pas d’où la démence.
Il existe la même maladie chez l’animal = maladie de la langue noire.
Que se passe-t-il quand il n’y a pas de mitochondries dans la cellule ?
Quand il n’y a pas de mitochondries dans la cellule, on parle de conditions d’hypoxie/anaérobies. Dans ce cas, le pyruvate et le NADH ne peuvent pas rentrer dans la mitochondrie pour y être oxydés et se mettent alors en place des processus de fermentation : ex : lactique et alcoolique.
Dans ces conditions, quand une molécule de glucose rentre dans la glycolyse, elle est transformée en 2 molécules de pyruvate qui rentrent dans la fermentation lactique.
Il n’y a alors que 2 molécules d’ATP/molécule de glucose qui seront produites >< 30 à 32 molécules d’ATP/glucose dans les conditions aérobies.
Une cellule a donc intérêt à utiliser les conditions aérobies où elle consomme moins de glucose pour produire plus d’ATP.
❤️ Comment se passe la fermentation lactique ?
Le pyruvate = produit final de la glycolyse.
C’est la LDH = lactate déshydrogénase qui transforme le pyruvate en lactate, et ça nécessite le NADH (+ 1 H+ présent dans le milieu réactionnel) et qui sera transformé en NAD.
Cette réaction est favorable de la G vers la D avec un ∆G°’ = - 25,1 kJ/mol.
C’est très important car la molécule NAD est essentielle pour entretenir la glycolyse.
Bilan :
1 molécule de glucose entre dans la glycolyse et génère 2 molécules de pyruvates. Ça fournit 2 ATP. Puis dans les conditions anaérobies ces 2 molécules de pyruvate = transformée en 2 molécules de lactate + il y a re-transformation des 2NADH formés lors de la glycolyse, d’être retransformés en NAD
Dans quelles conditions se déroule la fermentation lactique ?
En cas d’absence d’O2 dans la cellule = anaérobie ou de concentration très faible = condition hypoxique. Les conditions anaérobies sont : lors d’un effort intense, en cas de cancer, en cas de choc, quand les GR sont dépourvus de mitochondries et quand la médullaire rénale est mal vascularisée