Les grands groupes de microorganismes Flashcards
quel est la hierarchie taxonomique
domaine -> regne -> embranchement -> classe -> ordre -> famille -> genre -> espece
deux types de cellule
sertt a quoi
procaryote et eucaryote
classifer en dex domaines
procaryote decrit
simple, pas de mebrane nucléaire = pas de noyau, un seul chromosome libre ds cytoplamse,
vrai ou faux le procaryote est bacterie
vrai
eucaryote decrit
cellule complexe, noyau, pls chromosome ds le noyau,
eucaryote inclus differente sorte de cellule lesquelles
humaines, animales, végétales et microorganismes complexes
qu,a ton decouvert sur les ribosome procaryote il y a 35 ans
distinction significtive dans les ribosomes des cellules procaryotes
qua entraine la decouverte dune distinction significtive dans les ribosomes des cellules procaryotes
3eme domaine= archéobactéries
archeobacterie caractéristique
caracteristique particuliere pour survivre en conditions extremes
quels sont les 3 domaines
bacteria, archaea, eucarya
que constitue domaine bacteria
procaryote pathogene (maladie homme), bcp procaryote non pathogène ds sol et eau et des procaryote capable de photosynthese (cyanobacteries)
ou sont procaryote non patho du domaine bacteria
eau et sol
archeae regroupe quoi
procaryote dont la paroi cellulaire contient pas de peptidoglycane, ds des conditions extremees
les procaryote archaea sont siege de quoi
de processus metabolique exceptionnel
inclut quelles bacterie ds archaea
méthanogène (productrice de methane), halophile extreme (vit uniquement ds milieux tres sale), thermophile extrem (croitre ds source chaude sulfureuse et acide)
eucarya regroupe quoi
organisme uni ou pluri, de celleule eucariote
les eucaryote sont plus ou moins complexes que les procaryote bacterie et archeobacterie
plus complexe
en quoi est divise le domaine eurariote
regne: protiste, animal, vegetal, mycete
procaryote comprend quoi
bacterier et archeobacterie
quele est regne des procaryote
aucun regne specifique, mais le reste oui
comment on designe un organisme
2 mots= genre + espece (italique et souligne)
quel mot majuscule et quel mot a minuscule ds nomenlature
majuscule = genre, le nom
minuscule= espece, l’adjectif
ex: Rhizopus nigricans= racine noire =moisissure du pain
quelle nomenclature est utilisee
nomenclature binomiale
en quelle langue sont les mots de la nomenclature et quelle est origine
latin
origne de pls langues, en fct de personnalité, specificité relatives a ce dernier
dou provient Staphylococcus aureus quest ce que ca signifie
petites spheres en grappes procurant une couleur dorée en culture
comment on designe les bacteries les plus isole en labo
diminutif comme pneumocoque pour Streptococcus pneumoniae
les bacteries ds une culture pure qui contient une seule espece sont identique vrai ou faux
faux= pas tjr completement identique
pk utilise le terme souche et quest ce quil signifie
les bacteries ds une culture pure qui contient une seule espece sont pas tjr completement identique alors le terme souche utilise pour chaque isolat
quest ce quune souche
ensemble de cellule fille descendant toutes d’une meme cellule mere
comment on identifie une souche
par un numéro, une lettre ou un nom ex: Escherichia coli O157:H7
e. coli est respo de quoi
agent responsable de diarrhée associee a maladie du hamburger
age dor pour quel domaine et pour quoi ajd
bactériologie, mycologie et parasitologie= age d’Or de la classification
grace a quoi l’age d’or de classification
grace aux progres recent en génomique, qui permet aux scientifiques de mieux situer les organisme les uns par rapport aux autres et parfois de les reclasser
quest ce que la genomique
etude de l’ensemble des genes des organismes
que designe les critere genotypique
caracteristique genetiques des microbes (ex: difference dans la sequence nucléotidique des genes entre especes de microbes
que designe les criteres phénotypique
les attributs, quils soient de nature morphologique, biochimique, physiologique ou autre
tests de labo permettent quoi
classifer et identifier les microbes de nature phénotypique (pour plupart comme avant encore)
la classification microorganisme est elle complexe
synonyme de classification
taxonomie,, oui tres complexe
que visent les techniques developpe en pratique clinique
identification des microorganisme, cest a dire la capcait de deceller quel microbe precis a causer l’infection
quy a t il ds livre de bacteriologye
details sur les specificité des bactéries connues et patho potentielle
que regroupe le terme microorganisme en pratique clinique et synonyme
microbe
bacteri, virus, mycete et protozoaire
quelles sont les caractéristique communes des microorganisme
- tres petites taille (besoin microscope)
- omniprésent et abondance ds la nature
- unicellulaire (mycete incluent uni et pluri)
- niveau organisation simple
- inclus les procaryote et eucaryote
- ont potentiel metabolique sauf les virus
- capable reproduire de facon autonome (sauf virus)
quel regne et quel domaine pour virus
aucun
definition dun virus
agent infectieux acellulaire (non vivant)
quel regne/domaine structure infectieuse simple
aucun
structure infectieuse simple sont vivante ?
non , acellulaire comme virus
exemple de structure infectieuse simple
viroide et prions
quest ce qun viroide
ARN infectieux pour le plantes
quest ce quun prion
proteine infectious ONly particule
porteine anormale qui affecte le systeme nerveux des animaux (maladie de la vache folle et tramblante du mouton) et des hommes (maladie de Creutzfeldt-Jakob)
omment se difereicie microorganisme des autres etre vivants
certain nb de propriete strcuturale et fonctionnelle (type organisation cellulaire, unicellularité, taille, potentiel metabolique, omnipresence (ubiquité) et abondance
quel est le type dorganisation cellulaire des microorgansime
organisation cellulaire sauf virus
quest ce quune cellule
unité fonctionnelle de tout etre vivant capable de fonctionner de maniere autonome
combien de degre de complexité de l’org cell des micro org et c,est quoi
2 simples ou complexes
quù,est ce que les 2 degré de complexité de org cell des micro org pernet de distinguer
micro org procariote ou eucariote
eurcariot pluricellulaire ou uni
parfois uni ou parfois pluri
procaritoe uni ou pluri
uni tjrs
comment se distingue les virus des eucaryote et des procaryote
par absence d’organisation cellulaire et de capacité de reproduction autonome et sont acellulaire et non-vivant
quelle taille les microorganisme
petites tailles= max depasse pas qq centaines de micrometres
les procaryote sont ils visible a oeil nu
invisible a oeil nu
lequel est plus gros= procaryote ou eucaryote
procaryote est bcp plus petit que eucaryote
microorganisme ont ils potentiel metabolique et repoduction considérable
oui
sur quoi ce developpe les microorganisme
selon espece, matière minerale ou a partir d’une tres grande variété de substrats organiques ds nature
comment les microorganismes se procurent l’énergie necessair epour activité vitales
respiration, fermentation, photosynthese, en degradanr des produits organiques comme substrat énergétique et source de carbone
les microorganisme ont ils besoin oxygene
non peut etre en presence ou absence d’oxygène
est ce que microorganisme vivent ds conditions extreme
certains peuvent (pH tres acide, temperature autour 100 degre Celsius, salinité élevée)
quelle caracteirstique permet de se retrouve ds pls milieux
ubiquité (omniprésenc ds nature) et abondance
où on retrouve les microorganismes
eau, air, sol, tissus animaux et vegetaux
est ce que tous les microorganismes sont dangereux
non
plus de microorganisme patho ou inofensive
bcp plus de innoffensive et utile que de patho
microbe ont fct importantes dans les quoi
ecosysteme
comment importance des microbes ds les ecosysteme
par participation aux cycles biogéochimiques favorisant le recyclage des matières organiques et des éléments minéraux et gazeux
quel est le groupe le plus abondant de tous etre vivant
les microorganisme
cb de microorganisme ds 1 gramme de sol ferrtile/vase de fond de marécage ou de lac
plus d’un milliard
cb de microorganisme dans tube digestif des animaux et des humains par millilitre
milliard de microorganisme
quelle est masse de tous micororganisme
dpasse tous les autres etres vivants
cb de cellule ds etre humains et humain porte cb de microorganisme
10^13 cellule humaine
10^14 microorganisme
les bacterie sont elles des organisme procaryote
oui= c-a-d pas de noyau
comment est le materiel genetique des bacteires
un seul chromosome, libre ds le cytoplasme
les bactéries ont elles des organelles
non
les eucaryotes ont ils des organelles
oui,
eucaryote ou procaryote sont plus complexe
eucaryote plus complexe
exemple d’eucaryote
protozoaire, mycète, cellules végétales, animales ou humaines
les bacteries possedent elle de ADN ou de ARN
oui les 2
comment se replique les bacteries, quel type de division
de faacon autonome, par division binaire
quelles sont les dimensions des bacteries
diametre moyen de 1um, longueur de environ 5um
les bacteries sont elle visible et comment
visible en microscopie optique (grossissemetn 400X-1000X)
est ce que les bacteries vivent a int ou a ext des cellules de l’hote infecte
a exterieur ou a interieur des cellules de l,hote
est ce que les bacteries peuvent se developper de facon autonome et sont elles cultivable
majorite peuvent se developper de facon autonome et sont cultivables sur milieu artificiel en labo
est ce que les bacteries ont tous leurs metabolites necessaire
certains manquent de metabolite essentiels quils peuvent pas synthetyser= donc agit comme parasite intracellulaire obligatoire
comment etudier les bacteries parasite intracellulaire obligatoire
sur des cultures de cellules eucaryotess infectées
virus peuvent ils etre visualisé
trop petit (0,1 um) poru etre visualise en microscopie optique= besoin microscope electronique
les virus sont ils vivant? font partie de procaryote ou de eucaryote
non pas vivant
aucun des 2
est ce que les virus peuvent se repliquer de facon autonome = comment s’appelele
non alors ce sont des parasites obligatoires
a quel moment se developpe les parasite obligatoire
au moment ou il existe une cellule-hôte quils peuvent infecter
genome de virus a ADN ou ARN
les 2 sont possibles mais pas en meme temps
virus ont structure proteique vrai ou faux
vrai
comment se nomme la structure proteique des virus et que fait-elle
capside, entoure le materiel genetique
que se passe t il lors infection a virus
l’ADN ou l’ARN est injecté à la cellule infectée, et les gènes viraux donnent des ordres pour la construction de nouvelles particules virales en détournant à leurs fins le matériel de la cellule-hôte (acides aminés, nucléotides, etc.). Les composantes virales sont assemblées puis les virions sont libérés, souvent au coût de la mort de la cellule parasitée
quarrive t il a cellule infecte une fois que virion libere
souvent mort
taille de mycete
plus grand que bacterie
synonyme mycet=
champignon
la structure cellulaire des mycete est elle plus complexe que celle des bacterie
oui
mycete eucaryote ou procaryte
eucaryote
quelle forme ds la nature les mycete et quest ce que cela entraine
saprophyte environnementaux = tirent les substances qui leur sont necessires de matiere organique en decomposition sans necessairement etre pathogene pour homme
les mycete peuvent ils causer des infections chez hommes
chez personne avec deficit immunitaire
quelles sont les grandes catégories de mycete
levure et moisissure
levure uni ou pluri
unicellulaire
comment se reproduisent les levure
par bourgeonnement
les levures ont place essentielle ds quoi
industrie alimentaire (biere, vin, pain sont fermente par Saccharomyces cerevisiae) et contribuent a la revalorisation des dechets agricoles et industriels
est ce que levure peuvent causer infections chez humaine
parfois= vaginite (Candida albicans)
definition de moisissure
champignon multicellulaire
quelle forme la moississure
filamenteuse ou dimorphe
a quoi correspond la forme filamenteuse des moisissure
hyphe formant un mycélium visible, avec production de spores reproductives volatiles
a quoi correspond la forme dimorphe
filamenteux dans la nature mais ayant une forme ressemblant aux levures dans l’hote infecté
que font les moisissure
deteriore les aliments
moisissure sont elle toxique
non, mais certains mycete peuvent liberer toxines dangereuse et etre invasif en cas de blessure
où sont utile les mycete
industrie alimentaire et pharmaceutique (fromage et pénicilline)
parasite veut dire qoui
utilisé au sens large pour décrire une variété org macro ou micro pouvant induire des maladies
quoi est inclus ds parasite
petit arthropode porteur de microbe implique dans les infections contracté au contact des animaux (zoonose), helminthes (vers intestinaux) et protozoaires
infestation veut dire qoui
se refere au parasite macroscopique (vers et pou)
infection veut dire quoi
utilisé pour décrire les pathologie induite par des micro org invisible a l’oeil
qu’est qu’in protozaire
euraryotes unicellulaire (protiste) causant des infections
ou vivent les protozoaires
dans l’eau, sol humide ou ds organisme
quel forme ont les protozoraires
formes variées
quel entité les protozoaires
automone ou parasitaire
qule maladie sont causé par protozoaire
toxoplasmose, malaria, dysentérie
les infecttions parasitaires sont ils un probleme et ou
oui, probleme sanitaire et écono majeur ds pays voie développememt
protozoaires ont il un cycle de vie complexw
oui, implique plus d’une espece ds leur dév (passer d’n insecte a humain sous forme diff selon hote)
que sont les enveloppes
les diff structures qui entourent les cell bactérienne
de quoi sont constitué les enveloppe
capsule (ou du glycocalyx) paroi et membrane cytoplasmique
qu’est que la capsule
enveloppe visqueuse d’épaisseur variable produite a surface de certaine bactérie
est ce que la capsule est un constituant plus interne ou externe
externe
capsule visible?
pas en microscopie optique par les tech de coloration usuelle
comment remdre la capsule visible
en mélangeant la suspension bact avec le l’encre de chine: capsule forme un halo clair détectable autour de la bactérie
capsule essentiel chez la bactérie pour survivre?
certaine bact en on une mais elle n’est pas indispensable
capsule jour role essentiel ds quoi
dans la virulence: empeche la phagocytose par les cellules immunitaire et favorise l’adhérence des bact au cell épithéliale de l’hote
qule pouvoir la capsule confere a la bact
pouvoir pathogene que la bact non capsulé ne possede pas
de quoi est compose la capsule et permet quoi
en general de polysaccharide variee permettant la classification par sérotype
ccommen on appelle la capsule
antigene K
que désigne le terme sérotype concernant la capsuel
les diverse souche selon les caractéristique capsulaire
combien de sérotype pour S.pneumoniae
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le glycocalyx c’est quoi
un feutrage extracell de fibre polysaccharidique présente a la surface de certaine bact ds leur milieu naturel
la glycocalyx est équivalent a la capsule?
oui mais elle établie des interconnexion entre les bact
est ce que pour certaine espece des quantité imp de glycocalyx sont synthétisé
oui
quel espece synthétise des quantités imp de glycoclayx
pseudomonas aeruginosa, streptococcus mutans
quel terme sont utilisé quand on parle de glycocalyx
de exopolymere, de biofilrm, de slime (visqueux et gluant)
que favorise la production de glyccoalyx
favorise l’adhésion de la bact a des matériaux comme les prothese, les tuyaux, etc
est ce que la composition du glycocalyx differe de celle de la capsule
non quasi pareil
qund on utlise le terme glycocalyx
quand les bact sont reliee entre elle ds cette matrice extra cell
quand on ultilise le terme capsule
quand les polysaccharide demeure confiné a des bact individuelle
quest ce que la paroi
enveloppe semi-rigide qui donne sa forme a la bact (sphere, batonnet, spirale)
cb de structure de paroi diff sont observees
2, qui ont permei delaborer le test de Gram
quel est le constitaunt communs de sgram + et des gram -
peptidoglycan, mais qui varie grandement en epaisseur
quest ce quun peptidoglycan
polymère
retrouve t on le polyme peptidoglycan ds cellule humaine
non alors le polymere peut servir de cible aux antibiotique
que fait la pénicilline
interfere avec la synthese de peptidoglycan en se liant a des proteines nommées : proteines liant la pénicilline (penicillin binding protein PBP)
de quoi est constitué la paroi des bactérie gram +
en majeure partie d’un epais peptidoglycan
de quoi est compose la paroi des gram -
paroi plus complexe: couche de peptidoglycan tres mince mais recouvert dune seconde couche appele enveloppe externe
que compose l’envleoppe externe
lipopolysaccharide LPS appele endotoxine (Antigène O) et des canauxx appele porine par lesquels des substances nutritives peuvent pénétrer la cellule
est ce que lacces au peptidoglycan des gram - est difficile pour la penicilline et pk
oui difficle a cause de enveloppe suplementaire
penicilline plus efficace chez gram + ou -
gram +
quest ce que la membrane cytoplasmique
strucutre mince , souple et resistante qui setend sous la paroi cellulaire et qui enveloppe et retient cytoplasme
de qoi est faite la membrane cytoplasmique
de proteines mobiles au milieu d’une bicouche de phospholipide
que forme la bicouche de phospholipide
barriere osmotique regulant la concentration d’ions et de substances nutritives intracellulaire versus extracellualire
la memebran cytoplasmique contient elle des syteme de transprot
oui
quel sont les systemes de transport de la membrane cytoplasmique et a quoi servent ils
les permeases qui assurent la penetration selective des certaines substances (sucre, aa, ions mineraux), meme contre un gradient de densité qui ne favorise pas l’accumulation intracellulaire de ces substances
quels sont les constituants internes
cytoplasme, ribosomes, matériel génétique constitué d’ADN sous forme libre mais aussi sous forme de plasmide (petit fragment d’ADN extra-chromosomique)
quest ce que le cytoplasme
fluide qui contient + de 95% eau et ds lequel retourve grande qte substances dissoutes
que contient le cytoplasme
bcp de ribosomes
de quoi les ribosomes sont responsable
de la traduction des ARNm en proteines
quelles sont les sous-unite des des ribosomes bacteriens
50S et 30S (indice de sédimmentation)
quel est la divergence des ribosome bact vs ribosome humaine et queste ce que ca entraine
les sous unités= donc exploitable par antibiotherapie
comment on peut mette en evidence le chromosome bacterien
par microscopie optique ou elctronique
sous quelle forme apparait adn de bacterie au microscope et pk
forme pelotonnée car il est 1000 fois plus long que la bact
quest ce quun plasmide
petites molecules d’ADN circulaire douée de replication autonome, transférable dun microbe a lautres, chz pls bacterie en + de leur chromosome
les plasmide sont mediateurs de quoi
de nombreuses propriétés, dont le fait de porter les genes de resistance aux antibio
est ce quil y a bcp de espece bacterienne qui portent des plasmides de resistance et quoi ca entraine
oui nb considérable= prbleme medical
les plasmide sont aussi porteur de gene comment en plus des genes de resistance aux antibio
porteurs de gense conferant des propritétés pathogene aux bacteire les posssedant
quelle est lorgine de pls entérotoxine irritantes pour l,intestin
origine plasmidique
les appendices externe sont ils essentiels chez bact
non= facultatifs
quels sont les types de appendices externes
flagelle et pili (aussi appele fimbriae)
qu’assurent les flagelles
mobilité de la bactérie
les flagelles sont ils visibles
juste en uitlisant une coloration speciale
les flagelles sont ils antigéniques
oui, appele Antigène H
quel est le nb et la disposition des flagelle
depend des espece
que signifie des flagelle monotriche
un seul flagelle a une extremiete de la cellule
que signifie des flagelles lophotriche
pls flagelles a une extremité de la cellule
que signifie des flagelles amphitriche
un ou pls flagelles aux deux extrémités de la cellule
que signifie des flagelles péritriche
des flagelles répartis sur toute la surface de la cellule
quelles baceire possedent des poils et qcomment ca sappelle
bcp de gram -, des pilis (pilus au singulier)
lequel est le plus court= pili ou flagelle
pili
a quoi servent les pili
a fixer les bateires
a quoi servent les pilis sexuels
au transfert unilatérale de materiel génétique dune bactérie a lautre= conjugaison
a quoi contribue la conjugaison
a la dissémination de gene de résistance par le transfert de plasmide
les pili sexuel sont ils nombreux
non peu nombreux
certaines bacterie peuvent former des spores intracellulaire vrai ou faux
vrai, cest des endospore
a quoi servent les endospore
stocker les elements vitaux dans les situations de survie , en se debarassant du reste
quelle est la duree de vie dune endospore
sous forme endospore= peut résister de longues annees sans eau ni nourriture, aux temperature extreme et deviennent insensibles a action de composés chimiques tels les antibiotiques
quarrie t il lorsqu les conditions environnementales deviennet defavoralble a la bact
le processus de sporulation senclenche
que se passe t il lors que les condition environnementales sredviennent favorables au bacteries
la bacterie reprend sa forme vegetative active par un processus appele germination
quelle forme de bact est pathogene
la forme active
sous quelle forme est souvent contractée la bact ds lenvrionnement
souvent contractée dans lenvironnement sous sa forme sporulée
quelles bacteries ont la capavite de former des endospore
les bacilles gram + des genre Bacillus et Clostridium
que constituen les spore bacteriennes
un mode de survie
que constitue les spores des mycetes
jouent un role de reproduction par leur dissémination
le volume, la forme et la localisation de la spore bact a int de bacterie sont elles des caractéristique aleatoires
non constantes pour une espece donne= servent a identification des especes
les spores sont importantes ds quoi
dissémiination de la gangrène gazeuse (Clostridium perfringens), du tétanos (C. tetani), du botulisme (C. botulinum) et de l’anthrax (Bacillus anthracis)
la classification des bact repose sur quoi
étude de caractere génotypiques et phénotypique
c’est quoi le génotype
le contenu en matériel génétique d’un microbe
c’est quoi le phénotype
ensemble des caractéristique découlant du génotype (morphologie ou fonctions cellulaire
sur quoi repose les outils pour identifier et classifier les bact
sur analyse des genes et exploitation des caract. phénotypiques
taille d’une bactérie
0,5 a 1 um de diametre et 2 a 5 um de longueur
forme d’une bactérie
batonnnet (bacilles), spheres (cocci), entre-deux (coccobacilles), virgules (vibrio), (spirale(spirochetes), variable (pléiomorphe)
arrangements spatial d’une bactérie
isolée ou de paires (diplocoque), chainette (streptocoque), en cubes (sarcina), d’amas désorganisée )staphylocoque)
composantes structurales d’une bactérie serve a qoui
classifier (présence de llagelle locomoteur, endospore, capsule, autres)
2 types de morphologie
bactérienne et coloniale
que compose l,approche phenotypique
caractéristique morphologique, test colorimétrique, observation microscopique, test biochimique, test sérologique
quand bact croit sur gelose nutrivive en boite de pétri, comment est leur apparence colonnial
apparance colonial typique de l,espece
la morpholigie colonie est classé selon quoi
forme, élévation. bordure, surface, opacité, pigmentatio
quelles sont les formes possible de colonie
circulaire, irréguliere, filamenteuse, rhizoide,
quelles sont les élévation possiable de colonie
éleve, convexe, plate, pointue, cratériforme
quelle sont les bordures possible de colonie
entiere, ondulee, filiforme, frise. lobbé
quelle sont les surfaces possible de colonie
lisse, luisante, cremeuse, rugueuse, mate
quelle sont les types possible d’une colonie
transparente, opaque, translucide, iridescente
quelle sont les pigmentation possible d’une colonie
divers couleur
que mette a profit les diverse coloration des test colorimétrique
les caractéristiques structurale et biochimiuque des bact
comment se fait le test colorimétrique en générla
fixation préalable du specimen sur lame nécessaie
application colorant basique ou acide
coloration
quels sont les type de coloraiton
simple, différentiel, coloration de structure spécifique
comment on fait colration simple
solution aqueuse ou alcoolisée d’un seul colorant basique
on ajoute parfois,agnet chimique (mordant) pour intensifier la coloration
but de la coloration simple
faire resortir les cellules en entier
quels sont les colorants simples les + utilisé
bleu de méthylene, fuchsine basique, violet de cristal, safranine
quel est la coloration différentiel
la coloration de gram
qui a mis au point la coloration de gram et en quelle année
christian gram en 1884
que permet la coloration de gram
diviser les bact en 2 groupes, (gram + ou gram -)
comment on fait la coloration de gram
1 - coloration primaire d’un frotti avec du cristal violet absorbé par toutes bact surtout en ajoutant de iode cmme mordant = toutes bact sont violettes
2 - lave avec solution ethanol ou acétone = décolore certaine espece = les bact ayant perdu cristal violet sont transparente
3 - soumet le frotti a un secon colorant - contre colorant (safranine) couleur rosee, seule les décoloré vont absorbé le contre colorant
quel est le résultant final de la coloration gram
donne bact violet = gram +
dontte bact rose = gram -
pourquoi le gram = ET - ne réagissent pas pareil
a cause de leur paroi cellulaire qui retient ou laisse échapper le mélange de cristal violet et iode
utilité de la coloration de gram
imp en microbiologie médicale pour la sélection des antibio a admin pcq les antibio dépende de la composition de la paroi bactérienne pour leur efficacité
quel bact réagisse mal a la coloration de gram et pk
les mycobactérie responsable de la tuberculose et de la lepre en autres pcq de la composition cireuse de la paroi
qullle coloration on utilise pour les micobactéries qui réagiise mal a la coloration de gram
la coloration de ziehi-neelsen
comment fonctionne la coloration de ziehl-neelsen
usage d’n colorant primaire rouge = fuchsine basique et d’un contre colorant bleu = de méthylen
les mycobactérium (acido-alcoolo-résistant) ne décolore pas, demeure rouge car la fuchsine s’integre au lipide de leur paroi
quelless ont les 3 types de coloration de structures specifique
capsule, endospore, flagelle
quest ce que la coloration négative de la capsule et sert a quoi
coloration de structure specifique pou la capsule
mettre ne évidence la capsule
comment faire la coloration négative de la capsule
melanger les bacteries qui en produisent à une suspension colloidale dencre de chine= alors la capsule apparait translucide autour de bacterie noire
existe t il bcp de genre de bact qui sporule
non= juste qq genre de bactérie gram += les Bacillus et les Clostridium
quel coloration es utilise pour mettre en evidence les endospore
le vert de malachite est utilise pour colorer et la safranine contre colore le reste de la bacterie= les bacteries sporulées apparaissent roses avec une spore verte
les flagelles ont ils besoin d’une coloration pour etre visible et pk
oui, car se sont des structures de locomotion trop fine pour etre vues sans coloration
quelle coloration est utilisée pour rendre les flagelles visibles
la fuchsine, dans un procédé fastidieux
quelles sont les sortes d’observation microscopique
microscopie optique, microscopie confocale, microscopie électronique, microscopie à force atomique et à sonde à effet tunnel
les diverse adaptations du microscope optique permettent quoi
mettre en evidence des composante microbienne autrement difficilement visibles
quels sont les diverses possibilités que nous offre levolution de la microscopie
microscopie a fond clair, a fond noir, a contraste de phase, a inversion, a fluorescence
quel type de microscopie est utilisee de facon courante en labo
microscopie a fond clair
comment apparait le specimen sur une microscopie a fond clair
il apparait foncé surun fond lumineux brillant
quest ce qu’on examine avec une microscopie a fond clair
des tissus soumis a une coloration specifique ou des frottis de microorganismes inertes et colorés
quels microbes sont observer en microscopie a fond noir
certains microbes qui peuvent difficilement etre colore et des microbes vivants en suspension comme Treponema (agent de la syphilis)
comment fonctionne la microscopie à fond noir
un condensateur particulier est utilise pour que seule la lumiere traversant le microbe puisse penetrer l’objectif= en sorte que le specimen non coloré apparait clair sur un fond noir sans lumiere
que permet la microscopie a constraste de phase
augmenter le contraste entre des strucutres d’épaisseurs variées non visible avec un microscope a fond clair
pk la microscopie a contraste de phase est utile
permet dexaminer en détail les structures internes de microorganismes vivants sans les déformer
comment fonctionne la microscopie à contraste de phase
les composantes du microscope convertissent les differences d’indice de réfraction des strucutres cellulaires en différences d’intensité lumineuse, ce qui rend les structure cellulaires visible meme si elles ne sont pas colorées, car les procédés necessaire pour la coloration pourraient les abimer
que permet la culture cellulaire
etudier le comportemen des cellules face a divers stimuli
comment se fait la corissance des cellules en culture
en microplaque ou en bouteille contenant les nutriments appropriés
de quelle facon se fait l’observation des cellules adhere aux parois en culture
avec un microscope inversé
la microscopie a inversion se fait de quelle facon
avec des microscope inversés, soit dont les objectifs aprochent le specimen per en dessous, alors que la source lumineuse eclaire par le haut
quest ce que la propriété de fluorescence
la capacité de certaines substances d’absorber la lumiere a des longueurs d’onde courtes (lumiere ultraviolette) et a emettre de la lumiere a des longueurs d’onde longues (lumiere visible)
quel approche utilise la microscopie a fluorescence
exploite la propriété de fluorescence
quels colorants sont utilise en microscopie a fluorescence
marqueur fluorochrome
que fait le marquers fluorochrome ds la microscopie a fluorescence
s’attache aux composantes structurales que l’on veut detecter
quest ce que l’immunofluorescence
le marqueur de la microscopie à fluorescence est le plus souvent couplé à un anticorps qui reconnait spcifiquement la strucutre recherchée
quest ce que la microscopie confocale utilise
fait usage de fluorochrome et de laser qui traversent par plans successifs tres etroits les echantillon a observer
que peut on dire au sujet de la clarte des images obtenues avec une microscopie confocale
image ont une clarté 40% supérieure a tout autre type de microscope optique
cb de laser dans une microscopie confocale
nb de laser peut etre multiple
que permettent les laser ds la microscopie confocale
utilisation simultannée de pls fluorochrome rattaché a differentes structure recherchée sur le specimen
quel image obtient on avec la microscopie confocale et pk
couple a un ordinateur qui reconstitue en 3D lensemble du specimen observe pour analyser sous différents angles les composates internes
que sont filme et pendant cb de tps ds une microscopie confocale et pk
des plaques de culture cellulaire vivante, possible sur pls jours pour suivre evolution dun phenomene
que fait on avec les cellules pertinentes sur une microscopie confocale
peuvent etre recupere avec une micro-aiguille et transfere ds une autre plaque de culture (cell cancer parmi cell saine)
en quoi consiste la microscopie electronique
consiste à faire traverser l’échantillon à observer par un faisceau d’électrons libres, émis par un canon à électrons, qui se déplacent sous la forme d’ondes, lesquelles sont focalisées au moyen d’aimants électromagnétiques servant de ‘lentilles’. Les électrons traversant les échantillons ultra-minces déposés sur une grille de cuivre forment une image d’une grande résolution sur une plaque fluorescente
est ce que les electrons son bcp penetrants ds microscopie elctronique
non peu pénétrants
comment doivent etre les coupes du specimen ds la microscopie electronqiue
tres mince, donc préalablement coupées avec un ultramicrotome
comment sont les images formees par le microscope electronique
soit en deux dimensions (microscopie électronique à transmission, 10,000- 100,000X) ou en 3D (microscopie électronique à balayage, 1,000-10,000X)
quel est l’avantage de la microscopie electronique
pouvoir grossir beaucoup le specimen a observer (utile pour les virus)
quel est le type de microscope de la microscopie a force atomique
microscope a sonde locales
que permet le microscope a force atomique
visualiser la topographie de la surface dun echantillon
de visualiser avec une résolution nanométrique la morphologie tridimensionnelle de la surface d’un matériau, et de cartographier certaines de ses propriétés (adhésives, mécaniques, magnétiques, électriques, etc.)
e quelle annee a ete inventé le microscope a force atomique
1985
sur quoi se base le microscope a force atomique
essentiellement base sur l’analyse dun objet point par point au moyen dun balayage via une sonde locale, assimilable à une pointe effilée
que permet le mode d’observation de la microscopie a force atomique
permet de réaliser la cartographie locale des grandeurs physiques caractéristiques de l’objet sondé, mais aussi de travailler dans des environnements particuliers tels que les milieux sous vide, liquides ou ambiants.
sur quoi se base le principe de l’AFM
sur interaction entre la surface de l’échantillon à analyser et une pointe sonde nanométrique, fixée sous un micro-levier
que fait la pointe ds le microscope a force anatomique et quel image ca donne
balaye la surface et suit la topographie de l’échantillon, donnant une image tridimensionnelle du matériau analysé
la resolution ultime du microscope a force anatomique est de quel ordre
de l’ordre du dixième de nanomètre, ce qui signifie un dixième de milliardième de mètre
le micrsocope a force atomique est moins puissante que le microscope electronique vrai
faux, il s’agit d’un microscope beaucoup plus puissant que le microscope électronique, permettant d’analyser les molécules de surface des cellules
ds quel domaine le microscope a force atomique est il utile
en recherche medicale
en quelle annee fut inventé le microscope a effet tunnel, par qui et prix nobel?
fut inventé en 1981 par des chercheurs d’IBM, Gerd Binnig et Heinrich Rohrer, qui reçurent en 1986 le prix Nobel de physique pour cette invention
quel type de champs pour le microscope a effet tunnel
champs proche
quutilise le microscope a effet tunnel pour faire quoi
utilise un phenomène quantique, l’effet tunnel, pour determiner la morphologie et la densité d’états electroniques de surfaces conductrices ou semi conductrices avec une resolution spatiale pouvant etre egale ou inferieure a la taille des atomes
le microscope a effet tunnel est le pere de quoi
de tous les autres microscopes en champ proche
quest ce qui a ete developpe à suite microscope effet tunnel
le microscope à force atomique (AFM) et le microscope optique en champ proche qui tirent profit d’autres interactions à l’échelle atomique
qua permis la mise au point des microscopes en champ proche
pas decisif pour ds le developpement des nanotechnologies dans la mesure où ils permirent d’observer et même de manipuler de manière assez simple et pour un coût relativement modeste des objets de taille nanométrique
a quoi correspond une taille nanométrique
taille inferieure aux longueurs d,onde de la lumiere visible , de 400 à 800 nm
qua permis de faire le microscope a effet tunel en 1990
permis à des chercheurs d’IBM d’écrire les premières lettres de l’histoire des nanotechnologies en disposant 35 atomes de xénon sur une surface de nickel, ces 35 atomes dessinant les trois lettres IBM.
que permettent les epreuves biochimique
identifier les bacteries une fois leur croissance obtneue en culture pure
quest ce que les epreuves biochimiques exploitent
une panoplie de propriétés bactériennes, incluant la capacité pour certaines de croître en absence d’oxygène, ou en présence d’antibiotiques ou de fortes concentrations de sel, ou encore de métaboliser par voie de fermentation une vaste gamme de glucides.
certaines bactéries de quel type peuvent fermenter le lactose et quels sont les produits
bactéries entérique
production de gaz et d’acide lactique détectable par un indicateur colorimétrique de pH
est ce que toutes le sbacterie enterique fermentent le sucre=lactose
non
que sont capable de faire les outils miniaturisés
pls tests biochimiques simultanément
en quoi consiste le systeme API/galerie API
consistant en languettes multi-puits dans lesquels des substrats déshydratés sont déjà incorporés. L’addition de gouttes d’échantillon bactérien dans les puits, suivie d’une incubation de 4 à 24 heures, permet aux enzymes bactériens de réagir, en sorte de produire des couleurs finales caractéristiques d’une espèce particulière.
quelle a ete la premiere galerie API ds monde de la microbiologie
galerie API 20E pour identifier des entérobactéries = puis toute une gamme est apparu
comment a t on obetnu des syteme robotises performants
les systeme didentification ont ete reduits en taille et accrus en capacité
quest c que les labo de bactériologie clinqiue utilise pour les test biochimique maintenant
la technologie Micro-Scan, qui effectue les tests dans des microplaques de 96 puits contenant divers réactifs colorimétriques dont l’analyse automatisée est accomplie par ordinateur. Pour chaque rangée de tests, un pointage est attribué selon que la réponse est positive ou négative. Le cumul du pointage donne un résultat final à 8 chiffres qui correspond à une seule espèce bactérienne possible
quel est l’avantage de l’appareil micro-scan
possede l’avantage de vérifier le degré de sensibilité d’une souche envers différents antibiotiques incorporés dans certains puits de la plaque.
en quoi consiste le test d’agglutination sur lame avec antisérum
consiste à incorporer des échantillons d’une bactérie inconnue dans des gouttes de solution saline placées sur différentes lames.
On ajoute ensuite un antisérum différent à chaque lame. Les bactéries s’agglutinent et forment des grumeaux lorsqu’elles correspondent aux anticorps d’un antisérum particulier
le test d’agglutination sur lame avec antisérum est il complexe
non: procedure simple
lequel est le plus precis entre test serologique et test biochimique et pk
serologique sont plus precis que biochimique car ils permettent de distinguer differentes souches dune meme espece
comment se nomme les variantes dune espece
les sérotypes
cb de sérotype de Streptococcus pneumoniae
80
que permettent les tests d’agglutination par anticorps specifiques
savoir a quel sérotype on a affaire
quest ce que la technique ELISA et quest ce que ca utilise
technique didentification faisant usage d’anticorps spécifiques (dits monoclonaux), placés dans des plaques de 96 puits
que permet la methode ELISA
soit de rechercher un antigène microbien dans un échantillon clinique donné (ex. le virus VIH dans le sang) ou de rechercher des anticorps qui ont été formés contre cet antigène (ex. anticorps anti-VIH dans le sang d’un patient)
comment fonctionne la methode ELISA
onsiste à fixer, dans le fond d’une plaque, un anticorps (ou un antigène) qui réagira spécifiquement avec l’antigène (ou l’anticorps) recherché dans le spécimen clinique qu’on répand ensuite dans la plaque. Si l’antigène (ou l’anticorps) recherché est présent, il se fixera à son tour à l’anticorps (ou l’antigène) déjà adhéré
comment visualiser la combinaison antigène-anticorps qui vient detre forme ds la plaque ds la methode ELISA
en ajoutant un element révélateur
que peut etre l’agent révélateur ds la methode ELISA
un second anticorps (ou antigène) à notre disposition, préalablement marqué avec une substance fluorescente ou une enzyme provoquant une réaction colorimétrique.
comment se fait la lecture finale ds la methode ELISA
se fait a l’aide dun lecteur de fluorescence ou d’un spectromètre
que se trouve t il ds les kits de reactifs pour la methode ELISA et qui les vend
vendus par diverses compagnies, faisant usage d’une gamme d’anticorps ou d’antigènes, selon l’élément que l’on veut détecter ou doser dans un spécimen clinique
ELISA est il qualitatif ou quantitatif
un ou lautre
que sont les types d’ELISA et selon quoi
ÉLISA direct ou indirect ou ÉLISA sandwich selon l’approche préconisée et le nombre de réactifs impliqués, car il en existe plusieurs variantes.
quest ce que la methode ELISA sandwich implique
implique que l’élément recherché (supposons un antigène protéique du virus VIH dans le sérum d’un patient) se retrouvera imbriqué entre deux anticorps (fournis par la compagnie) utilisés dans le test, le premier étant adhéré au fond de la plaque servant au test, le second venant recouvrir l’antigène qui aura adhéré au premier anticorps
quels sont les types de tests serologique
test d’agglutination sur lame et methode ELISA
quels sont les types d’approches genotypiques
sequençage de ADN et diagnostic moleculaire
cb de chromosome ds la grande majorité des bacteries
1 seul
cb de gene ds un chomosome bactérien
entre 1000-5000
cb de nucleotide par gene
environ 1000 nucleotide
cb de nucléotide a sequencer par espèce bactérienne
1-5 millions
quelle technique permet de faciliter la tache de sequençage
techniques de sequençage à haut débit
but du séquençage systématique des microbes
d’identifier, pour chaque espèce, des sections d’ADN qui lui sont propres, afin de développer des sondes capables de reconnaître précisément ces sections et d’ainsi détecter la présence d’un microbe particulier dans un échantillon
que peut etre fait une fois qu’une sequence genetique particuliere a ete identifie ds une espece bactérienne
possible de construire les outils génétiques capables de détecter cette espèce dans un échantillon puis on utilise des sondes genetique
quest ce quune sonde genetique
de courts segments d’ADN complémentaires à la séquence présente chez le microbe = oligonucléotide
ou se trouve les oligonucleotide
sont incorporés dans des trousses commerciales de détection de la bactérie recherchée
cb y a t il de trousses comerciales sur le marche permettant de détecter la presence de quoi
au moins 5
- Streptocoques du groupe B chez la femme enceinte et l’enfant à la naissance;
- Staphylocoques résistants ou non à la méticilline;
- Clostridium difficile donnant des diarrhées difficiles à traiter;
- Entérocoques résistants à la vancomycine.
que doivent se procurer les cliniques qui veulent faire usage de ces trousses commerciales pour la detection de bactérie
doivent se procurer les appareils permettant de faire une amplification du matériel génétique dans les échantillons, soit des cycleurs thermiques dans lesquels agit une enzyme polymérase, technique appelée PCR, pour ‘polymerase chain reaction’.
les trousses diagnostiques peuvent identifer cb de microbes
un seul microbe spécifiquement recherché dans un spécimen clinique donné (ex. salive, sang, urine)
est que ils existe des appareils et technologies permettant de rechercher la présence simultanée de plusieurs microbes potentiels dans un spécimen
oui, l’appareil Revogene de diagnostic rapide basé sur l’ADN
ou et en quel annee a ete developpe l’appareil Revogene
commercialisé en 2018 par la compagnie GenePOC, selon les résultats de recherches effectuées au Centre de recherche en infectiologie de l’Université Laval, localisé au CHUL à Québec.
