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Biochimie structurale > Les acides nucléiques > Flashcards

Les acides nucléiques Flashcards

1
Q

À quoi réfère les acides nucléiques?

A

ADN et ARN

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2
Q

Fonctions possibles des acides nucléiques

A
  • Médiateur chimique
  • Source d’énergie
  • Cofacteur dans les réactions enzymatiques
  • Rôle catalytique à la manière d’enzymes
  • Gardienne des caractères héréditaires
  • Expression des caractères héréditaires
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3
Q

Deux classes de monomères d’acides nucléiques

A
  • Nucléosides

- Nucléotides

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Q

Qui suis-je : monomères d’acides nucléiques formés d’une base azotée et d’un ose reliés par un lien beta-N-glycosidique

A

Nucléosides

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Q

Qui suis-je : monomères d’acides nucléiques qui sont des esters phosphoriques de nucléosides

A

Nucléosides phosphate (donc nucléotides)

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6
Q

Vrai ou faux : il n’y a aucun groupement phosphate dans les nucléotides

A

Faux, dans les nucléosides

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7
Q

Nommer les bases azotées possibles

A
  • Adénine
  • Guanine
  • Uracile
  • Thymine
  • Cytosine
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8
Q

Un oligonucléotide est formé de combien de nucléotides?

A

Entre 10 et 50

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9
Q

Un polynucleotide est formé de combien de nucléotides?

A

Plus de 50

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10
Q

Qui suis-je : terme utilisé pour décrire les polymères dont les résidus sont réunis par des liaisons phosphodiesters (3’-5’)

A

Polynucléotide

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11
Q

Qui suis-je : polynucléotide constitué de désoxyribonucléique

A

ADN

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12
Q

Qui suis-je : polynucléotide constitué de ribonucléotide

A

ARN

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13
Q

Qui suis-je : nucléotide jouant un rôle de messager chimique (second messager) dans certaines voies de transduction du signal

A

AMP cyclique

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14
Q

Qui suis-je : nucléotide agissant comme une hormone dans la régulation du sommeil

A

Adénosine

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15
Q

Qui suis-je : nucléoside triphosphates étant la source d’énergie chimique par excellence de la cellule

A

ATP

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16
Q

Quelle partie des nucléosides triphosphates est hautement énergétique?

A

Les liens anhydrides phosphoriques

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17
Q

Qui suis-je : support de l’information génétique chez toutes les cellules

A

ADN

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18
Q

Chez certains virus, qu’est-ce qui joue le rôle de support de l’information génétique?

A

ARN

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19
Q

Dans les cellules eucaryotes, où est situé l’ADN?

A

Principalement dans le noyau, mais on en retrouve aussi dans les mitochondries et les chloroplastes

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20
Q

Qui suis-je : Ensemble du matériel génétique d’un organisme vivant ou d’un virus

A

Génome

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21
Q

Vrai ou faux : les génomes de toutes les cellules sont composés d’ARN double brin tandis que ceux de certains virus d’ADN

A

Faux, cellules ADN et virus = ARN

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22
Q

Vrai ou faux : le génome d’un eucaryote comprend l’ADN mitochondrial et l’ADN chloroplastique

A

Faux, seulement le jeu complet présent dans le noyau

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23
Q

Qui suis-je : je suis constitué de 2 chaines polynucléotidiques qui sont enroulées l’une sur l’autre pour former une hélice régulière

A

ADN

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24
Q

L’adénine est appariée à une thymine via combien de liens H?

A

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25
Q

La guanine est appariée à une cytosine via combien de liens H?

A

3

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26
Q

Vrai ou faux : les deux brins d’ADN sont parallèles et complémentaires

A

Faux, antiparallèles et complémentaires

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27
Q

Pourcentage du contenue G+C du génome humaine

A

39,8%

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28
Q

Unité servant a exprimer la taille des molécules d’ADN double brin

A

Paires de bases (pb)

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29
Q

Taille du génome de la bactérie Escherichia Coli

A

4,6 Mb

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30
Q

Taille du génome humain

A

3,200 Mb (ou 3,2 Gb)

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31
Q

Vrai ou faux : la taille du génome est proportionnelle à la complexité d’un organisme

A

Faux

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32
Q

Qui suis-je : processus par lequel les 2 brins d’ADN se séparent complètement suite aux bris des liaisons hydrogène et des interactions hydrophobes

A

Dénaturation de l’ADN

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33
Q

Vrai ou faux : la dénaturation de l’ADN a lieu dans les cellules

A

Faux

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34
Q

Nommer les agents utilisés pour séparer les brins d’ADN

A
  • Chaleur
  • pH élevé
  • Agent chaotropique (ex : urée)
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35
Q

Dans les études mesurant l’absorbance de la lumière UV, à quelle longueur d’onde se fait cette pratique?

A

260 nm

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36
Q

Qui suis-je : je suis responsable de l’absorbance caractéristique lors de la dénaturation de l’ADN

A

Les bases

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37
Q

Qui suis-je : phénomène où la température de la solution d’ADN est augmentée jusqu’au point d’ébullition de l’eau

A

Effet hyperchrome/hyperchromicité

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38
Q

Qui suis-je : graphique obtenu lorsqu’on reporte les valeurs d’absorbante de l’ADN en fonction de la température

A

Courbe de fusion

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39
Q

Vrai ou faux : la dénaturation est un processus peu coopératif

A

Faux, processus coopératif

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40
Q

Pourquoi est-ce que les liens H à l’intérieur de la double hélice sont plus stables que les liens H en milieu aqueux?

A

Parce qu’ils sont à l’intérieur de la zone hydrophobe

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41
Q

Pourquoi est-ce qu’on dit que la dénaturation est coopérative?

A

On dit qu’elle est coopérative, car à partir du moment où le processus de dénaturation est amorcé, la vitesse des bris de liaisons s’accélère

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42
Q

Qui suis-je : température pour laquelle 50% de l’ADN est dénaturé

A

Température de fusion (Tm)

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43
Q

La Tm d’un est directement proportionnelle à quoi?

A

Au contenu en G+C

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44
Q

Expliquer pourquoi la Tm est directement proportionnelle au % de G+C

A

Si le % de G+C est élevé, il y aura plus de liens H donc la Tm va augmenter

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45
Q

Vrai ou faux : la dénaturation est un processus irréversible

A

Faux, il est possible de renaturer un ADN

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46
Q

Comment fait-on pour renaturer un ADN?

A

Il faut refroidir LENTEMENT la solution d’ADN suite à la dénaturation

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47
Q

Qu’arrive-t-il si la solution est refroidie trop rapidement lors de la renaturation?

A

Les liaisons H entre les bases se reforment de façon non spécifique, produisant une structure désordonnée

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48
Q

Qui suis-je : je décris le flux de l’information génétique dans la cellule

A

Dogme central de la biologie moléculaire

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49
Q

Qui suis-je : processus par lequel l’ADN est dupliqué avant la division cellulaire

A

Réplication

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50
Q

Qui suis-je : processus permettant de copier différents segments de l’ADN en ARNs

A

Transcription

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51
Q

Qui suis-je : processus par lequel les molécules d’ARNm sont converties en protéines

A

Traduction

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52
Q

Qui suis-je : capacité qu’on certains organisme à transformer leurs ARNs en ADN

A

Rétrotranscription

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53
Q

Vrai ou faux : les séquences d’ARN ne sont jamais produites à partir d’une matrice protéique

A

Vrai

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54
Q

Qui suis-je : permet de traduire la séquence primaire d’une molécule d’ARNm en protéine

A

Code génétique

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55
Q

Qui suis-je : triplet de nucléotide utilisé par le code génétique pour établir une correspondance sur l’ADN

A

Codon

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56
Q

Vrai ou faux : le code génétique universel

A

Vrai

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57
Q

Nombre de codons possibles

A

64

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58
Q

Combien de codons spécifient les 20 acides aminés permettant la synthèse des protéines (c-à-d. acides aminés standards/protéogéniques)?

A

61

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59
Q

Qui suis-je : 2 ou plusieurs codons codant pour le même acide aminé

A

Codons synonymes

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60
Q

Pourquoi est-ce que lorsqu’il y a présence de codons synonymes, on dit que le code génétique est dégénéré?

A

Puisque plus d’un codon peut coder pour le même acide aminé

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61
Q

Qui suis-je : codon d’initiation de la traduction

A

AUG (methionine)

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62
Q

Vrai ou faux : la plupart des protéines contiennent une méthionine à leur extrémité C-terminale

A

Faux, N-terminale

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63
Q

Qui suis-je : codon entrainant l’arrêt de la synthèse de la chaine polypeptidique

A

Codon STOP

64
Q

Synonymes codon STOP

A
  • Codons de terminaison

- Codons non-sens

65
Q

Vrai ou faux : les ARNs sont des molécules monocaténaires tandis que l’ADN est bicaténaire

A

Vrai

66
Q

À l’aide de quel type de liaisons se forment les régions en double hélice de l’ADN?

A

Liaisons H

67
Q

Vrai ou faux : les molécules d’ARN sont plus grandes que l’ADN

A

Faux, ADN plus grand que ARN

68
Q

3 classes majeurs d’ARN

A

1) ARNs ribosomaux (ARNr)
2) ARNs de transfert (ARNt)
3) ARNs messagers (ARNm)

69
Q

Qui suis-je : site de la synthèse protéique (ou traduction)

A

Ribosomes

70
Q

Qui suis-je complexe nucléoprotéique (ARNr + protéine)

A

Ribosome

71
Q

Où sont localisés les ribosomes chez les eucaryotes?

A

Dans le cytosol

72
Q

Composition nucléoside

A

Base azotée + ose

73
Q

Composition nucléotide

A

Base azotée + ose + acide phosphorique

74
Q

Qui suis-je : ribose dépourvu d’un OH sur C2

A

Désoxyribose

75
Q

Structure d’un ose d’un nucléotide/nucléoside

A

Ribose ou désoxyribose + forme furanose + configuration Beta

76
Q

Vrai ou faux : l’ose composant un nucléotide/nucléoside est toujours sous forme pyranose

A

Faux, furanose

77
Q

Qui suis-je : unité de construction ARN

A

Ribonucléotide

78
Q

Qui suis-je : unité de construction ADN

A

Désoxyribonucléotide

79
Q

Qui suis-je : molécules hétérocycliques, c’est-à-dire, des cycles composés d’atomes de carbone et d’azote

A

Bases azotées

80
Q

Deux types de bases azotées dans les acides nucléiques

A
  • Pyrimidines

- Purines

81
Q

Trois principales pyrimidines

A
  • Cytosine
  • Thymine
  • Uracile
82
Q

Qui suis-je : type de pyrimidine qu’on retrouve dans l’ADN et l’ARN

A

Cytosine

83
Q

Qui suis-je : type de pyrimidine qu’on retrouve dans l’ADN

A

Thymine

84
Q

Qui suis-je : type de pyrimidine qu’on retrouve dans l’ARN

A

Uracile

85
Q

Qui suis-je : type de pyrimidine ayant un groupement amine sur C4

A

Cytosine

86
Q

Différence structurale entre thymine et uracile

A

Les deux ont un groupement CARBONYLE sur C4, mais la thymine a un groupement méthyle sur C5

87
Q

Qui suis-je : base azotée dérivée de la pyrimidine

A

Purine

88
Q

Deux purines majeures

A
  • Adénine

- Guanine

89
Q

Qui suis-je : type de purine ayant un groupement amine sur C6

A

Adénine

90
Q

Qui suis-je : type de purine ayant un groupement carbonyle sur C6 et un groupement amine sur C2

A

Guanine

91
Q

Vrai ou faux : les purines se retrouvent seulement dans l’ADN

A

Faux, ADN + ARN

92
Q

Vrai ou faux : les bases azotées sont des bases faibles étant donné qu’elles donnent des protons en milieu acide

A

faux, bases faibles étant donné qu’elles acceptent des protons en milieu acide

93
Q

Qui suis-je : au pH physiologique, elles ne sont pas chargées

A

Bases azotées

94
Q

Décrire la structure des bases azotées

A

Structures planes

95
Q

Vrai ou faux : les bases azotées sont solubles dans l’eau

A

Faux, insoluble

96
Q

Pourquoi est-ce que les bases azotées ont la capacité d’absorber les rayons UV d’une longueur d’onde de 260 nm?

A

Parce que se sont des molécules aromatiques

97
Q

À quoi font référence les nombres primes dans la nomenclature des nucléosides?

A

Aux positions des carbones de l’ose

98
Q

Configuration de la liaison glycoosidique dans un nucleoside

A

Toujours Beta

99
Q

Si la base azotée dans un nucléoside est une pyrimidine, qu’elle sera le type de lien glycoosidique?

A

Beta-N1

100
Q

Si la base azotée dans un nucléoside est une purine, qu’elle sera le type de lien glycoosidique?

A

Beta-N9

101
Q

Pourquoi est-ce que les nucléosides sont plus solubles dans l’eau que les bases azotées seules?

A

Puisque les groupements hydroxyle de l’ose augmentent la solubilité de la molécule

102
Q

Qui suis-je : base azotée rarement retrouvée dans les ribonucléosides

A

Thymine

103
Q

Positions possibles pour un lien ester phosphorique dans un ribose

A

2’ 3’ et 5’

104
Q

Positions possibles pour un lien ester phosphorique dans un désoxyribose

A

3’ et 5’

105
Q

Position du lien phosphoester la plus fréquente

A

5’

106
Q

Vrai ou faux : un groupement phosphate peut former 2 liens esters phosphoriques avec 2 hydroxyles d’un même nucléoside

A

Vrai

107
Q

Maximum de groupements phosphates que peuvent porter les nucléotides

A

3 groupements phosphates

108
Q

Qui suis-je : liens reliant des groupements phosphates et un nucléotide qui sont très riches en énergie

A

Liens anhydride phosphorique

109
Q

Vrai ou faux : chaque coenzyme est spécifique pour une ou des réactions enzymatiques données

A

Vrai

110
Q

Qui suis-je : utilisés comme source de groupement phosphoryle par les kinases

A

Nucléosides triphosphates

111
Q

Qui suis-je : nucléotide le plus fréquemment utilisé comme coenzyme

A

ATP

112
Q

Qu’est-ce que peut donner un ATP?

A
  • Groupement phosphoryle
  • Groupement pyrophosphoryle
  • Groupement nucléotidyle
113
Q

Qui suis-je : obtenue par la réaction d’un ATP avec une méthionine

A

S-adénosylméthionine

114
Q

Qui suis-je : molécule impliquée dans les réactions de méthylation

A

S-adénosylméthionine

115
Q

Groupement que peut donner un S-adénosylméthionine

A

Méthyle

116
Q

Qui suis-je : le plus commun des sucres nucléotidiques

A

Uridine diphosphate glucose = UDP-glucose

117
Q

Comment est formé un UDP-glucose?

A

Réaction entre un UTP et un glucose-1-P

118
Q

Lors des réactions de glycosylation, que donnera une molécule d’UDP-glucose?

A

Groupement glycolyse

119
Q

Nature du NAD+ et NADP+

A

Dinucléotides

120
Q

Composition NAD+ et NADP+

A

Liaison entre un AMP et un nucléotide contenant une base rare, la nicotinamide

121
Q

Qui suis-je : base rare présente dans le nucléotide composant le NAD+ et NADP+

A

Nicotinamide

122
Q

Vrai ou faux : la différence entre un NAD+ et un NADP+ est que le NAD+ est phosphorylé à la position 2’

A

Faux, NAD+ pas phosphorylé, mais NADP+ oui

123
Q

Vrai ou faux : charges nettes du NAD+ et NADP+ est positive

A

Faux, négative

124
Q

Qui suis-je : centre réactif des molécules NAD+ et NADP+

A

la base nicotinamide

125
Q

Qu’indique le signe + dans les molécules NAD+ et NADP+?

A

Charge locale de la base nicotinamide

126
Q

Qui suis-je : coenzymes utilisées dans la majorité des réactions d’oxydoréduction

A

NAD+ et NADP+

127
Q

Qui suis-je : formes réduites résistantes des NAD+ et NADP+

A

NADH et NADPH

128
Q

Quelle est la capacité des formes oxydées de NAD+ et NADP+?

A

Peuvent accepter 2 électrons et un proton supplémentaire

129
Q

Vrai ou faux : FMN est un dinucléotide tandis que le FAD est un mononucléotide

A

Faux, inverse (FMN = mononucléotide et FAD = dinucléotide)

130
Q

Que veut-dire FMN?

A

flavine mononucléotide

131
Q

Que veut-dire FAD?

A

flavine adénine dinucléotide

132
Q

Composition FAD

A

AMP lié à un FMN

133
Q

Vrai ou faux : comme le NAD+ et NADP+, le FAD ET FMN sont des coenzymes importantes lors des réactions d’oxydoréduction

A

Vrai

134
Q

Qui suis-je : centre réactif des molécules de FAD et FMN

A

3 anneaux de la flavine

135
Q

Quelle est la capacité de la forme oxydée de FAD et FMN?

A

Capacité d’accepter 1 ou 2 électrons sur les positions N-1 et N-5 de la flavine

136
Q

Composition coenzyme A

A

Nucléotide + apanthoténate + 2-mercaptoéthylamine

137
Q

Qui suis-je : centre réactif de la Coenzyme A

A

Groupement thiol

138
Q

Où se situe le centre réactif de la coenzyme A?

A

C’est le groupement thiol à l’extrémité de la molécule 2-mercaptoethylamine

139
Q

Qui suis-je : sert de cosubstrat lors des réactions d’acylation

A

coenzyme A portant un groupement acyle

140
Q

Qui suis-je : molécule très importante qui est l’union entre une coenzyme A et un groupement acétyle

A

Acétyle- CoA

141
Q

À quoi correspond la structure primaire de l’ADN?

A

À l’ordre ou la séquence des résidus de nucléotides de la chaine polynucléotidique

142
Q

Sous quelle forme est presque toujours l’ADN?

A

Sous forme dimérique

143
Q

Qui suis-je : correspond à la structure secondaire de l’ADN

A

Double hélice

144
Q

Par quoi sont reliés entre eux les désoxyribonucléotides?

A

Par des liens phosphodiesters

145
Q

Qui suis-je : parvinrent à élucider la structure hélicoïdale de l’ADN

A

Francis Crick et James Watson

146
Q

Qui suis-je : cristallographie très talentueuse et auteure du cliché de diffraction des rayons X qui permit à Watson et Crick d’avoir une <>

A

Rosalind Franklin

147
Q

À quoi sert le sillon majeur de la double hélice d’ADN?

A

Permet aux enzymes impliquées dans la réplication ou la transcription d’avoir accès à l’intérieur de la double hélice

148
Q

Vrai ou faux : l’ADN est soluble dans l’eau

A

Vrai

149
Q

Pourquoi est-ce que l’ADN est soluble dans l’eau?

A

Car le squelette-phosphate, qui contient de nombreux groupements polaires et chargés, est à l’extérieur de la double hélice en contact avec le milieu aqueux

150
Q

Vrai ou faux : les paires de bases de l’ADN se retrouvent à l’extérieur et forment des structures planes

A

Faux, se retrouvent à l’intérieur et forment des structures planes

151
Q

Qui suis-je : partie hydrophobe de l’ADN

A

Intérieur

152
Q

Caractéristiques des deux brins formant la double hélice de l’ADN

A
  • Antiparallèles

- Cmplémentaire

153
Q

Nommer les trois conformations de l’ADN

A

1) ADN-B
2) ADN-A
3) ADN-Z

154
Q

Qui suis-je : conformation la plus fréquente de l’ADN, on la retrouve lorsque le taux d’humidité est élevé. Sa structure correspond au modèle de Watson-Crick et c’est une hélice droite

A

ADN-B

155
Q

Qui suis-je : conformation de l’ADN où la structure est la plus compacte

A

ADN-A

156
Q

Qui suis-je : conformation la plus compacte de l’ADN, on la retrouve lorsque le taux d’humidité est faible et dans les hybrides ADN/ARN qui se forment lors de la transcription et c’est une hélice droite

A

ADN-A

157
Q

Qui suis-je : conformation la plus allongée de l’ADN, on la retrouve dans des régions favorisant les interactions des bases avec des protéines régulatrices

A

ADN-Z

Biochimie structurale (8 decks)

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