La structure des acides aminées Flashcards
Quel fonction compose les acides aminées?
amine (NH2), acide (COOH), H et R
Comment retrouve-t-on les acides aminées à PH physiologique? Dès lors, comment apelle-t-on ce type de molécule?
amine (NH3+) et acide (COO-)
Ce sont des molécules amphotérique (base+acide) ce qui permet de moduler leur fonction.
Les acides aminées sont chirale. Qu’est-ce qu’une moécule chirale? Et, sous quel forme retrouve-t-on les acides aminées?
C’est une molécule dont le Calpha possède 4 chaines différentes et que l’image miroir n’est pas superposable.
On retrouve les acides aminées sont la forme L uniquement.
Comment distinguer la forme L vs D?
On utilise CORN
1)COO
2)R
3)NH3+
Si dans le sens aiguille d’une montre=ok
Nommez les acides aminés non polaire.
Gycine, Alanine, Valine, Leucine, Isoleucine, Phenylalanine, Méthionine,Tryptophane, Proline
Nommez les acides aminés polaire non chargé.
Aspargine, Glutamine, Tyrosine, Threonine, Cysteine, Serine
Nommez les acides aminés polaire basique (+).
Lysine, Histidine, Arginine
Nommez les acides aminés polaire acide (-).
Acide aspartique, acide glutamique
Quels sont les particularités de la glycine?
non hydrophobe, non chargé, non chiral et pas de chaine latéral
Quels sont les particularités de la proline?
La chaine latéral forme un cycle avec l’amine.
Pas de pont H possible, cis/trans= même énergie, N-Calpha fixe
Quel est la particularité de la cystéine?
Groupement SH qui peut formé des pont disulfure.
Quels sont les caractéristiques des acides aminées non polaires?
Hydrophobe ou interaction faible avec l’eau, fréquement retrouvé à l’intérieur de la molécule de protéine, ne partcipe pas directement aux réactions chimiques.
Quels sont les caractéristiques des acides aminées polaires non-chargés?
Interactions des groupements fonctionnelles avec l’eau, en contact avec l’eau dans la protéine, peut aussi se retrouver à l’intérieur pour faire des pont H
Quels sont les caractéristiques des acides aminées polaires chargés?
Chaine latérale chargée à PH physiologique
Contact avec l’eau ou à l’interieur pour pont H
Dans une solution où l’on retrouve des acides aminées, le PH est calculé en fonction de quoi?
Proportion de la forme acide de l’acide aminée et de la forme basique
Qu’est-ce que le point isoélectrique?
PH auquel une moécule est électriquement neutre.
Qu’est-ce que le zwitterion?
Espèce moléculaire qui a des charges qui s’annulent.
Comment calcule-t-on le PI si il y a
a) 2 fonctions ionisables;
b) 2 acides;
c) 2 bases?
a) PI=(PKa1+PKa2)/2
b)PI=(PKa1+PKa2)/2
c)PI=(PKa2+PKa3)/2
Comment les chaines latérales influenent-elles le PI et le comportement le liens avec le PH?
Certains acides aminées possèdent un groupement ionisable, donc perdent un proton à un PH donnée.
Quel est la valeur du PKa des groupes ou acides aminées suivant:
a) COOH terminal
b)NH3+ du Caplpha
c)Cystéine
d)Tyrosine
e)Acide aspartique
f)Acide glutamique
g)Lysine
h)Arginine
i)Histidine
a)2
b)9
c)8,4
d)10,5
e)3,9
f)4,1
g)10,5
h)12
i)6,0
Comment les acides aminés peuvent-ils former des chaines?
Condensation de 2A.A (perte H2O)==> formation d’un lien covanlent (lien peptidique) entre le carboxyle1 et l’amine2
Qu’est-ce que la structure primaire?
L’arrangement linéaire de A.A
Qu’est-ce que la structure secondaire?
Formation locales de structure 3D à plusieurs A.A (hélice alpha et feuillet plissé beta)
Qu’est-ce que la structure tertiaire?
Assemblage de structure secondaires en motifs protéiques formant la configuration native de la protéine
