La régulation de l'expression génétique Flashcards

1
Q

Les bactéries sont capables de s’adapter à un environnement changeant rapidement en faisant appel à leurs gènes.

A
  • Bacillus substilis: sporule quand il perçoit que les nutriments baissent.
  • Escherichia coli qui passe de la rivière à l’intestin de l’hôte doit s’adapter à la température, à la nourriture ambiante, etc.
  • Ils doivent modifier leurs physiologies et leurs comportement ajuster l’activité métabolique, l’expression de leurs génomes par la régulation: économie de matière premières et d’énergie.
  • C’est en étudiant ce phénomène qu’on a pu comprendre comment cela se passe chez les eucaryotes.
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2
Q

Similarités et différences dans l’expression génétique ?

A

-Processus similaires : processus globaux comparables
-Différences:
-Présence d’histones chez les
Archae et les Eucarya
-Eucarya: ADN condensé par
des histones mais moins
accessibles à l’ARN polymérase,
donc il faut une étape
supplémentaire pour ouvrir la
chromatine.
-Procaryotes: ARN
polycistroniques (gènes
apparentés transcrits à partir
d’un seul promoteur)
-Eucaryotes: ARNm
monocistronique, ajout de
coiffe et de queue en plus des
introns qui sont enlevés

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3
Q

ARN polycistronique

A

permet la synthèse de plusieurs protéines synthètiser à partir d’un ARNm (bact)

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4
Q

ARN monocistronique

A

fabrique un protéine (euc et archées)

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5
Q

L’expression génétique et les mécanismes régulateurs courants dans les 3 domaines du monde vivant

A

12.1/12.2/12.3

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6
Q

Phénomène d’adaptation:

A
Émile Duchaux: Aspergilus
Dietnert (1900
Kaström (1930)
1942: Monod 
Lederberg
Jacob et Monod
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7
Q

Émile Duchaux

A

-Aspergilus: induction de la synthèse de l’enzyme pour hydrolyser
-le saccharose seulement si on
met le saccharose dans le
milieu;
-Le galactose: si one met dans
un milieu avec lactose ou
galactose

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8
Q

Dietnert (1900)

A

levures : synthèse d’enzymes hydrolysant le lactose ou le galactose. Perte de cette propriété si on les transfère dans un milieu contenant du glucose;

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9
Q

Kaström (1930)

A
  • enzymes constitutives (toujours présentes) (fabriqués continuellement quelque soit l’environnement) et
  • enzymes adaptatives (slmt en présence de substrat);
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10
Q

1942: Monod

A

E. coli et la  galactosidase en présence de lactose ou d’analogue de  galactosides. Il démontra que c’est la présence du substrat qui induit la synthèse de l’enzyme.

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11
Q

Lederberg

A

(mutants sans  gal) pouvait transférer des gènes à des receveurs insensibles et pour les rendre sensibles à l’induction.

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12
Q

Jacob et Monod: 1961

A

ont utilisé le terme de répresseur qui peut se fixer sur un gène (opérateur ) pour l’inhiber.

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13
Q

Opéron

A
  • opérateur + le gène qu’il contrôle.

- Promoteur + Opérateur + Gènes de structure

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14
Q

Tryptophane

A

réprime les enzymes pour sa synthèse (Répresseur) (bactéries protrophes- pour feedback négative)

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15
Q

Répression

A
  • mécanisme de régulation qui inhibe l’expression génique et freine la synthèse des enzymes.
    • La répression est habituellement déterminée par une surabondance du produit final d’une voie métabolique. Se fait grâce à des répresseurs.
  • La cellule conserve l’énergie en ne synthétisant que les protéines dont elle a besoin.
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16
Q

Gènes domestiques

A

Gènes qui codent pour les enzymes qui sont produits presque tout le temps qui catalysent les réactions métaboliques

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17
Q

Gènes constitutifs

A

Gènes domestiques exprimés de manière continue

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18
Q

Exemple de la  galactosidase

A
  • une enzyme inductible
  • Sans lactose dans le milieu: la bactérie a 3 molécules de l’enzyme (bêta) galactosidase.
  • L’ajout de lactose induit la formation de 3000 molécules de (béta) galactosidase.
  • La concentration augmente avec la présence de la molécule effectrice (appelée inducteur ici ce sera un dérivé appelé allolactose)
  • La (béta) galactosidase est un enzyme catabolique: hydrolyse le lactose en glucose et en galactose
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19
Q

gènes inductibles

A
  • Les gènes qui codent pour les enzymes inductibles sont des gènes inductibles
  • Les enzymes de la voie catabolique sont en général des enzymes inductibles
  • Pour les enzymes inductibles, c’est la présence d’un substrat qui déclenche le processus de leur synthèse.
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20
Q

enzymes répressibles

A
  • Les enzymes impliqués dans les bio synthèses d’AA et autres substances sont des enzymes répressibles.
  • Si l’AA est présent dans le milieu, il peut inhiber la formation d’enzymes responsables de sa biosynthèse. Règle du Bon sens!
  • Les microorganismes n’ont pas besoin de synthétiser une substance si elle est disponible. Donc il faut une répression de la synthèse des enzymes impliqués dans la voie métabolique.
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21
Q

Système inducteur simplifié(opéron lac)

A

-L’introduction de lactose : allolactose se lie au Répresseur et l’inactive
Donc il y a transcription . allolactose est un inducteur.
-Opéron lac: L’allolactose inhibe le répresseur (produit par le gène régulateur)
12.4

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22
Q

Synthèse de tryptophane

A
  • Absence de tryptophane: le répresseur est inactif
  • Après la synthèse de tryptophane, il n’y a plus de raison d’en avoir plus. Le système arrête par une liaison du tryptophane au répresseur pour l’activer.
    12. 5
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23
Q

Induction et répression

A
  • Résultent de changements de vitesse dans la transcription.
  • Dans un milieu sans lactose, E. coli est dépourvu d’ARN codant pour la  galactosidase .
  • En présence de lactose, on note une 35 à 50 molécules de  galactosidase.
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24
Q

La régulation de l’initiation de la transcription

A

1-L’induction et la répression de la synthèse des enzymes
2-Le contrôle de la transcription par des protéines régulatrices
3-L’opéron lactose: le contrôle transcriptionnel négatif des gènes inductibles
4-L’opéron tryptophane: le contrôle transcriptionel négatif des gènes répressibles
5-L’opéron arabinose: le contrôle transcriptionel par une protéines qui agit à la fois positivement et négativement
6-Les systèmes régulateurs à deux composants et les systèmes de phosphorelais

25
Q

L’induction et la répression de la synthèse des enzymes

A
  • Gènes domestiques (gènes constitutifs, gènes de structure)

- Cas de la  galactosidase qui est une enzyme inductible

26
Q

Le contrôle de la transcription par des protéines régulatrices

A
  • Se fait surtout par des protéines régulatrices (PR).
  • Contrôle transcriptionnel négatif: la protéine inhibe l’initiation de la transcription (répresseurs protéiques)
  • Contrôle transcriptionnel positif: la PR stimule la transcription (activateurs protéiques)
27
Q

Contrôle négatif d’un gène inductible

A

Répresseurs et activateurs se lient à l’ADN sur des sites précis
12.6

28
Q

Contrôle négatif d’un gène répressible

A

12.7

29
Q

Contrôle positif d’un gène inductible

A

12.8

30
Q

Contrôle positif d’un gène répressible

A

12.9

31
Q

L’opéron lactose: le contrôle transcriptionnel négatif des gènes inductibles (opéron lac)

A
  1. 10
    - Promoteur lac: permet la transcription de l’opéron lac en une seule unité
    - Contrôle négatif: par le Répresseur lac produit du gène lacl. Lac se fixe sur l’opérateur
    - Contrôle positif: par la CAP qui se fixe au site CAP (et est responsable en partie de répression catabolique
32
Q

L’opéron lac

A

-3 trois gènes de structures
-contrôlés par le régresser lac
qui est codé par lacI
-lac Z, Y et A
-un code pour galactosidase , un pour (bêta) galactoside permettes (absorption de lactose) et un pour le (béta) galacoside transacétylase
-Régulé positivement et négativement
-contrôle négative vient du régresser lac codé par lac I
-l’opérateur est le site de fixation du répresseur lac
-contrôle positif est par CAP
-CAP se fixe au sitejust en avant du promoteur lac

33
Q

CAP

A

protéine activatrice du catabolisme

  • Si le répresseur lac est fixé à l’ADN, le CAP ne peut activer la transcription.
    • le régresser lac forme un boucle de l’ADN pour rendre inaccessible le site CAP
34
Q

Exemple de décisions régulatrices

A
  • Il y a toujours un niveau de transcription de base
  • Il y a aussi un processus de prise de décisions
  • Absence de lactose, la cellule ne synthétise pas d’enzymes pour éviter le gaspillage. Le répresseur se charge d’inhiber la transcription.
    12. 11
35
Q

Comment un répresseur inhibe la transcription?

A

12.12

36
Q

L’opéron tryptophane: le contrôle transcriptionnel négatif des gènes répressibles

A
  1. 13
    - Régulation de l’opéron trp par la tryptophane et le répresseur trp
    - tryptophane est corépresseur
    - répresseur trp est sont sous forme inactif et est activé par tryptophane (sous forme inactif il ne peut pas se lier à l’opéron)
37
Q

L’opéron arabinose: le contrôle transcriptionnel par une protéine qui agit à la fois positivement et négativement

A

Régulation de l’opéron ara par la protéin AraC

  • l’opéron code pour les enz nécessaires au catabolisme d’arabinose en xyl-5-p
  • l’opéron ara est régulé par araC
  • lorsque arabinose n’est pas présent araC se fixe à araO2 et araI, les deux araC interagissent et forme un boucle de l’ADN
  • Lorsque arabinose est présent elle interagit avec araC qui défait la liaison entre ces deux et araC-arabinose sur araI agit comme activateur
    12. 14
38
Q

Les systèmes régulateurs à deux composants et les systèmes de phosphorelais

A

-La détection des variations de l’environnement: osmolarité, pH, température, concentration en nutriments
-Systèmes de protéines kinases.
-certains gènes et opérons sont sont allumés ou éteints en réponse à des changements environnementaux par des profs régulatrices
-font partie d’une système de
transduction de signal à deux
composantes (lien enter les
évènements à l’ext et l’int de la
cellule)
-ces syst sont gouvernés par deux prots
-kinase-senseur qui traverse la
memb cyto
- régulateur-réponse prof qui se
fixe à l’ADN
-quand ce dernier est activé par
la kinase-senseur, il déclenche
la transcription d’un gène ou
l’inhibe selon le réponse
nécessaire au environnement

39
Q

Système de transduction de signal à deux composants et régulation de porines

A
  • OmpC: porines plus petites que les porines OmpF et sont construits en cas de [osmotique] élevée.
  • OmpF est privilégié en cas dans un milieu dilué. (plus gros)
  • kinase senseur dans ce système est EnvZ
  • régulateur-réponse est OmpR (lorsqu’il est activé il active la transcription de ompC)
  • Kinase senseur (Env Z)- capable de phosphoryler (lorsqu’il est phosphorylé) et cette protéine phosphorylé peut se fixé sur ompR- active le site (active OMPc/ompF)
  • réaction en cascade- avec un système d’amplification
    13. 15
40
Q

système de phosphorelais

A

: quand plusieurs protéines participent au transfert du groupement phospohoryl. Certains systèmes de phosphorelais contrôlent l’activité des protéines plutôt que la transcription. Ex: chimiotactisme chez E. coli.

41
Q

La régulation de l’élongation de la transcription

A

-Transcription initiée puis arrêtée prématurément en fonction des conditions environnementales et des besoins.
1- L’atténuation: la transcription commence mais s’arrête dans la région de tête
2- Les riborégulateurs (riboswitches)
-On peur atténuer ou bloquer.
-Deux points d’Action: initiation et continuation de la transcription

42
Q

Atténuation de l’opéron trp

A

-pas de traduction
-Quand la synthèse de
protéines a ralenti, peu de
couplage transcription –
traduction
-Atténuation: la transcription
s’arrête dans la séquence de
tête
-Boucle de pause
-Boucle de terminaison de la
transcription ou atténuateur.
-Faible teneur en tryptophane
-Synthèse active: couplage
transcription-traduction , dans
le cas d’une faible teneur en
tryptophane, le ribosome
marque une pause au codon trp
-Région 1 ne peut se fixer à 2.
Donc 2 se fixe à 3 (et 3 ne peut
se fixer à 4). Donc la
transcription se poursuit.
-Teneur élevée en tryptophane
-La traduction s’arrête au codon
stop.
-Les boucles 3 et 4 se forment
et arrêt total de la transcription.
-dépend du comporetement du ribosome
12.16

43
Q

2- Les riborégulateurs (riboswitches)

A
  • Riborégulateur = ribocommutateur
  • ARN sensoriels
  • changement de forme (tête) peut activer ou arrêter une transcription (ouvrir ou fermer)
  • Ne dépend pas des ribosomes
  • Métabolite finale intervient dans sa propre synthèse
44
Q

Contrôle biorégulateur de l’opéron riboflavine (rib) Bacillus substilis)

A
  1. 17
    - opéron rib produit enz nécessaires à la synt de riboflavine (composant de FMN)
    - liaison de FMN à la boite rfn dans la séquence de tête de l’ARNm rib provoque un changement dans le repliement de l’ARNm (forme terminateur et transcription cesse)
45
Q

La régulation au niveau de la traduction

A
  • Chez les Gr+: les riborégulateurs fonctionnent par terminaison de la transcription
  • Chez les Gr –: ils régulent la traduction de l’ARNm.

1- La régulation de la traduction par riborégulateurs
2- La régulation de la traduction par de petites molécules d’ARN

46
Q

La régulation de la traduction par riborégulateurs

A
  • lorsqu’un métabolite spécifique est absent deux séquences complémentaires (jaune et vert) vont ensemble pour exposé des séquences important et la traduction a lieu
  • lorsque le métabolite est présent elle se fixe à la séquence de tête et rompt la structure existant ainsi créant une nouvelle avec les séquences du site de fixation du ribosome
    • Ribosome ne peut pas se fixer
      12. 18
47
Q

La régulation de la traduction par ARN antisens

A
  1. 19
    - L’ARN ompF code pour la porine OmpF et c’est régulé par l’ARN antisens MicF
    - l’ARN MicF est complémentaire à celui de OmpF alors il se lie à l’ARN de OmpF et empêche la traduction
48
Q

Les systèmes régulateurs globaux

A

-En cas de stress multiples, les germes doivent être en mesure d’y faire face et faire fonctionner plusieurs opérons à la fois.
-Les systèmes régulateurs qui peuvent contrôler plusieurs gènes simultanément avec leurs voies métaboliques constituent des systèmes régulateurs globaux.
1-les mécanismes
2-la répression catabolique
3-la perception quorum
4-la régulation de la sporulation chez Bacillus subtilus
-Il y en a de plusieurs types.

49
Q

Types de systèmes de régulateurs globaux

A
  • le régulon
  • le modulon
  • les stimulons
50
Q

Le régulon

A

-une collection de gènes ou d’opérons contrôlés par une protéine régulatrice commune (habituellement une seule voie métabolique)
Ex: la production de protéines de choc thermique

51
Q

Le modulon

A

-réseau d’opérons contrôlés d’une protéine régulatrice commune, mais dont les opérons constituants sont contrôlés séparément par des régulateurs qui leur sont propres.
Ex: répression catabolique

52
Q

Les stimulons

A

-système régulateur où tous les opérons répondent ensemble de manière coordonnée à un stimulus environnemental. (peut comprendre plusieurs régulons et modulons.
Ex: les gènes impliqués dans la réponse à la limitation de phosphate sont dispersés entre plusieurs régulons et font partie d’un stimulon.

53
Q

Les mécanismes utilisés dans la régulation globale

A

-Intervention de plus d’un mécanisme régulateur
-Système régulateur à deux
composants
-Système de phosphorelais
-Chez les Bacteria: Intervention
de plusieurs facteurs sigmas
successifs. Les facteurs sigma
dirigent l’ARN polymérase vers
des segments spécifiques du
génome comme par ex. pour se
lier au promoteur pour initier la
transcription.
-Les séquences reconnues par
les facteurs sigma constituent
les séquences consensus.

54
Q

La répression catabolique

A
    • il va commencer par le glucose car c’est plus facile alors il synthètise les enzymes du catabolisme du glucose ensuit on doit activer les enzymes pour le catabolisme du lactose lorsque tout la glucose est utilisé
  • Les opérons cataboliques (pour lactose, maltose, arabisonse, etc) sont sont contrôlés par CAP
  • CAP est seulement active lorsque AMPc est attaché
  • AMPc est seulement présent lorsque glc est bas
  • so les autres sucres sont seulement catabolisme lorsque glc n’est pas présent!
    12. 20
55
Q

CAP

A

Le CAP existe sous deux formes:
- active: si liée à l’AMP c
- inactive si libéré de l’AMPc.
[AMPc] est contrôlé par l’adénylate cyclase.
L’adénylate cyclase convertit l’ATP en AMP et Ppi. Elle n’est active que quand il n’y a pas ou il y a peu de glucose disponible.
La teneur en AMPc varie en sens inverse de la concentration en glucose.
-Les opérons cataboliques ont un site de fixation du CAP. Ce qui permet à l’ARN polymérase de s’attacher au promoteur et de commencer la transcription.

56
Q

La régulation de l’opéron lac par le répresseur lac et la CAP

A

12.21

57
Q

La perception du quorum

A

-C’est un type de communication intercellulaire
assuré par de petites molécules qui servent de signal
comme le lactone N acyl homosérine (AHL)
-On couple la densité cellulaire avec la régulation de la transcription.
-Autoinducteurs
-Lumière
-virulence
-transfert
12.22
-AHL est sécrétés en dehors de la cellule, lorsque la densité cellulaire est haut AHL rentre dans la cellule et active le régulateur de transcription LuxR qui stimule la transcription des gènes pour l’AHL synthase et des gènes pour les prots pour produire a lumière

58
Q

La régulation de l’expression génétique chez les Eucarya et les Archaea

A

-Facteurs de transcription régulateurs (généraux ou spécifiques)
-Généraux communs à tous les
gènes de transcription
-Spécifiques = seulement
certains
-Amplificateurs (activateurs se fixent sur ces sites)
-Silenceurs (dépresseurs se fixent sur ces sites)
-Médiateurs
-les facteurs régulateurs n’agissent pas directement sur l’ARN polymérise comme chez les bacts
-ils agissent via d’autres prots
-comme le facteur général de
transcription TFIID via prot
médiateur (aide ARN
polymérase de passer de
l’initiation à l’élongation)
12.23
-TFIID – facteur de transcription – la protéine que l’activateur va recruter pour faire la transcription
-Les bactéries n’ont pas de protéines médiateurs
-ARNnc – existe aussi chez eucaryotes
-Archaes – rappelle bcp sur les eucaryotes, facteurs de régulation mais aussi des caractéristiques semblables aux bactéries, activateurs et répresseurs qui lient directement sur l’ADN