Klausur 18.02.2009 Flashcards
Für Klonierungen stehen verschiedene Vektortypen zur Verfügung. Dazu gehören Cosmide und Lambda Phagen. Nenne Gemeinsamkeiten und Unterschiede!
Gehe auf folgende Aspekte ein:
- Einbringen der rekombinierten und nicht-rekombinierten Vektor-DNA in die Wirtszelle
- Optionen zum Einsatz dieser Vektoren beim Anlegen einer genomischen Genbank und einer cDNA Genbank
Cosmide: Kleine Kapazität: 35-50 kbp, Verpackung ebenfalls in Phagenköpfe –> Größen und stabilitätsbestimmend
In vitro packaging
Ori und Cos-sites
Cosmide: Selektionsmarker (Haben die anderen aber auch oder? Nein haben sie nicht)
Beide werden als Phage in die Wirtszelle eingebracht
–> Beide geeignet für Genbank Erstellung!
Welche Aussagen sind richtig?
– Der Name YAC-Vektor leitet sich von “Yale artificial cloning vector” ab und weist auf den Ort der Konstruktion und Entwicklung des Vektors hin.
– YAC-Vektoren enthalten CEN-sites, die ein Verpacken der rekombinierten Vektor-DNA in Phagenköpfe ermöglichen.
– Für die Herstellung von kompletten Genbänken in YAC-Vektoren wird die genomische DNA vollständig mit “4-base cuttern” verdaut.
– Nicht rekombinierte YAC-Vektoren werden als Plasmide propagiert und sind für
die Klonierung von Insertionen mit einer Länge von 250 kbp oder mehr geeignet.
Richtig:
– Nicht rekombinierte YAC-Vektoren werden als Plasmide propagiert und sind für die Klonierung von Insertionen mit einer Länge von 250 kbp oder mehr geeignet. (Werden ja erst vor Rekombination von Eco RI und BamHI in zwei Teile geschnitten, zwischen diese dann die Target DNA kommt..)
Falsch:
– Für die Herstellung von kompletten Genbänken in YAC-Vektoren wird die genomische DNA vollständig mit “4-base cuttern” verdaut. (Zumindest wird bei Genbankerstellung mit Plasmiden die Target DNA mit 4-base cuttern verdaut, ist nun die Frage ob YAC überhaupt für GEnbänke benutzt werden?? ja werden sie aber der Verdau erfolgt nur partiell)
Ordnen Sie die in der oberen Reihe genannten Komponenten einer Kategorie zu.
lnr, Histon 3, Notch, CTD, TBP, CBP/p300
Promotorelement
Nukleosom
HAT
HDAC
lnr: Promotorelement Histon 3: Nukleosom Notch: CTD: TBP: (Nur Tf2D hat HAT) CBP/p300: HAT
Was ist der Mediatorkomplex und welche Rolle hat er bei der Transkription.
Ist ein Proteinkomplex aus positiven und negativen Modulen
Head-, Middle- und Tail-Teil und Kinase Modul
Kinasemodul (CDK8) phosphoryliert CTD an Ser 2 und Ser 5 –> Sorgt daher mit für die Initiation der Elongation
Stabilisierung durch Cohesinring
Nukleäre Rezeptoren sind Transkriptionsfaktoren. Sie regulieren die Transkription in einer Liganden-abhängigen Art und Weise. Erklären Sie an einem selbstgewählten Beispiel aus dieser Proteinfamilie die Grundprinzipien dieses Prozesses (Zellkompartiment, in dem Liganden und Protein interagieren; Auswirkung der Ligandenbindung auf den Rezeptor und die Transkription).
Bsp. Östrogenrezeptor
Östrogen bindet an Östrogenrezeptor im Zellkern
ER bindet dort an einem Co-Repressormotiv, nach Ligandenbindung kommt es zur Konformationsänderung und Bindung von Ligand/ER an ein Co-Aktivatormotiv. Transkription wird akiviert!
Welche Funktion haben die Telomersequenzen an den Enden der Chromosomen?
- Bindung der Chromosomen an die Spindelfasern während der Mitose
- Verhindern die Verkürzung der Chromosomen
- Startpunkt der DNA-Replikation
Richtig:
– Verhindern die Verkürzung der Chromosomen
Verkürzung der Telomere und Anhäufung von DNA-Mutationen führen zur Blockade des Zellzyklus und begrenzen somit die Anzahl der Zellteilungen. Welche Aussagen treffen für den G1/S Arrest zu?
- Der Transkriptionstaktor P53 aktiviert die Expression des Kinase-Inhibitors P21
- Rb wird phosphoryliert
- Die Kinasen Chk1 oder Chk2 phosphorylieren den Transkriptionstaktor P53
- P21 inhibiert Cdk/Cyclin-Komplexe
- Die Transkriptionstaktor P53 aktiviert die Expression der Kinase Chk1
- Die Phosphatase Cdc25 dephosphoryliert die Kinasen Chk1 und Chk2
- Die Phosphorylierung von Rb unterbleibt
1) richtig
2) falsch: wird dephosphoryyliert
3) richtig
4) richtig: p21 verhindert Rb Phophorylierung durch Bindung an Cdk/Cyclin
5) falsch
6) falsch
7) richtig
Am “long-patch”-Mechanismus der Basen-Exzisions-Reparatur der DNA ist eine Reihe von Enzymen beteiligt. Bringen Sie diese in die richtige zeitliche Reihenfolge (1-5).
a) AP-Endonuklease
b) Ligase
c) Glycosylase
d) Polymerasedelta
e) Dnase IV
a) AP-Endonuklease –> 2
b) Ligase –> 5
c) Glycosylase –> 1
d) Polymerase delta –> 3
e) Dnase IV –> 4
Bei der Erkrankung Xeroderma pigmentosum sind Gene mutiert, die für Proteine kodieren, die an der DNA Reparatur beteiligt sind. Welche Funktion haben die Proteine, bzw. an welcher Funktion sind sie beteiligt. Ordnen Sie zu.
1) Schadenserkennung
2) Helikase
3) Nuklease
4) Schadensverifizierung
a) XPA: b) XPB: c) XPC: d) XPD : e) XPF:
1) Schadenserkennung : XPC
2) Helikase : XPB, XPD
3) Nuklease : XPF
4) Schadensverifizierung : XPA
Welche Aussagen sind richtig?
– Die chemische Natur der DNA variiert von Person zu Person. Unterschiede in den
Genen bestehen nicht.
– Der codierende Anteil (Exons) der Gene umfasst weitaus mehr Basenpaare als
der nicht-codierende Anteil (lntrons) der Gene.
– Das menschliche Genom besteht aus dem Kerngenom und dem
Mitochondriengenom. Letzteres wird durch den Vater vererbt.
– Im Bereich extragener DNA liegen hochrepetetive Sequenzen.
– Repetitive DNA-Sequenzen sind “Hot Spots” der Rekombination
Richtig:
- Im Bereich extragener DNA liegen hochrepetetive Sequenzen.
- Repetitive DNA-Sequenzen sind “Hot Spots” der Rekombination (???)
Welche Aussagen sind richtig?
(Nicht sicher ob Frage relevant)
– Mikrosatelliten werden auch als “Long tandem repeats” bezeichnet.
– Allel-spezifische Oligonucleotid-(ASO)-Analysen können zum Nachweis bekannter
Punktmutationen verwendet werden.
– Polymorphismus lässt sich als ein Merkmal definieren, das von einem Genlocus
codiert wird und mit zwei oder mehreren Allelen vorliegt, von denen mindestens zwei
mit einer Häufigkeit von mindestens 0,01 Prozent innerhalb einer bestimmten
Population vorkommen.
– RFLP bieten eine größere Variabilität als VNTR, da VNTR stets multilokal
vorliegen.
– VNTR finden sowohl in der Single- als auch Multilocus-Analyse von DNA
Polymorphismen Verwendung.
??
Richtig:
– Allel-spezifische Oligonucleotid-(ASO)-Analysen können zum Nachweis bekannter
Punktmutationen verwendet werden.
Alle anderen Themen hatten wir ja irgendwie gar nicht in der Vorlesung…
Bei der Photosynthese spielen die Lichtreaktionen und der Calvin-Zyklus eine wichtige Rolle. Welche Aussagen sind richtig?
- Die Lichtreaktionen finden in den Chloroplasten statt
- Die Reaktionen des Calvin-Zyklus finden im Zytoplasma der Zelle statt
- Bei den Lichtreaktionen wird aus Wasserstoff und Sauerstoff Wasser gebildet
- Im Calvin-Zyklus wird C02 fixiert
Richtig:
- Die Lichtreaktionen finden in den Chloroplasten statt
- Im Calvin-Zyklus wird C02 fixiert
ln welchem Zellwandtyp kommen die folgenden Moleküle vor? Ordnen Sie zu.
a) Glucoronoarabinoxylane (GAX)
b) Xyloglucane (XYGs)
c) Rhamnogalakturonane (RG)
d) Zellulose
e) Extensin
1) Typ1:…………………………………
2) Typ2:…………………………………
1) Typ1: XYGs, Zellulose, Extensin, RG
2) Typ2: GAX, Zellulose, RG
Sind Extensine auch in Typ2??
Bakterien der Spezies Agrobakterium können für die Generierung einer transgenen Pflanze verwendet werden. Sie besitzen eine Plasmid-DNA (Ti-Piasmid), von der, bei der Infektion der Pflanzenzelle, ein Teil in die Pflanzenzelle übertragen wird. Welche Gene werden dabei übertragen?
- VirA
- VirG
- VirE2
- Opinsynthese-Gene
- Opin-Katabolismus-Gene
- Tumor-induzierende Gene
- Opinsynthese-Gene
- - Tumor-induzierende Gene
Welche Aussagen sind richtig?
(Nicht sicher ob Frage relevant)
– Antisense RNAs kodieren für ein regulatorisches Protein
– Antisense RNAs sind einzelsträngig und unstrukturiert
– Antisense RNAs regulieren die Genexpression durch Bindung an ihre Ziel-RNA
– CopA und CopS regulieren die Synthese von RepA durch Ausbildung eines
kissing complex
– CopA und CopT sind partiell komplementär und blockieren die Translation von Tap
– Die schnelle Assoziationsrate zwischen CopA und CopT ist wichtig für die
Regulation von RepA
Richtig: 1,2,3
Sind sie unstrukturiert???
Cops noch nie gesehen glaube ich
