2018_1. Termin Flashcards
ankreuzen (ja/nein):
1) bei Typ II Endonucleasen sind die Erkennungssequenzen der DNA mit den Schnittstellen
identisch
2) 6-base-cutter erzeugen 4 nt sticky ends, 8-base cutter erzeugen 6 nt sticky ends
3) um cDNAfür eine Klonierung herzustellen wird das Enzym Reverse Transkriptase benötigt
4) für die kovalente Verknüpfung der Ziel-DNA mit der Vektor-
DNA wird die Ligase aus E. coli oder des t4-Phagengenutzt.
1) ja
2) nein ?
3) ja
4) ja
ankreuzen (ja/nein):
1) der Phagen-Vektor wird mit der Ziel-DNA in vitro rekombiniert und dann verpackt, wobei die Verpackung des Concatameres von Cos-site zu Cos-site erfolgt
2) bei einem sog. Replacement- Vektor werden die lysogenen Gene durch die Ziel-DNA ersetzt
3) der Lambda-Phage weist eine Klonierungskapazität von ca. 20 kbp auf, welche hauptsächlich durch das Volumen des Phagenkopfes bestimmt wird
1) ja
2) nein, müssen nicht immer die lysogenen Gene sein ?
3) ja
zuordnen der Transkripte zu RNA-Pol I und zu RNA-Pol II (Mehrfachnennungen oder fehlende Zuordnungen können vorkommen, nur komplett richtige Zuordnung gibt Punkte)
1) tRNA
2) mRNA
3) 28S rRNA
4) 18S rRNA
5) 5S rRNA
6) snRNA
RNA-Pol I
3) 28S rRNA
4) 18S rRNA
(>5,8S rRNA)
RNA-Pol II
2) mRNA
6) snRNA
(>miRNA)
RNA-Pol III
> 5S rRNA, tRNA, snrnas
zuordnen der
Aufgaben/ enzym. Funktionen zu TFIID und zu TFIIH (Mehrfachnennungen oder
fehlende Zuordnungen sind möglich, nur komplett richtige Zuordnung gibt Punkte)
1) bindet den Promotor
2) unterstützt Bindung von Pol II und DNA
3) Helikase-Aktivität
4) Histon-Acetylase-Aktivität
5) Ubiquitinligase-Aktivität
6) spielt Rolle bei NER
TFIID
1) bindet den Promotor (TBP)
2) unterstützt Bindung von Pol II und DNA
4) Hilton-Acetylase-Aktivität (TAFs)
5) Ubiquitinligase-Aktivität (TAFs)
TFIIH
3) Helikase-Aktivität
6) spielt Rolle im NER (Helikase XPD + XPB)
ankreuzen (ja/nein):
1) RNA-Pol II bindet erst an die DNA, wenn TFIIA und TFIIB gebunden haben
2) RNA-Pol II bildet zusammen mit den basalen Transkriptionsfaktoren den PIC (Pre-initiation complex)
3) für den Übergang des PIC vom geschlossenen zum offenen Zustand ist die Hydrolyse von ATP notwendig
4) die Elongation kann durch die Faktoren DSIF und NELF verhindert werden
1) ja (Bindet an den DAB Komplex mit TF2F)
2) ja
3) ja
4) ja
Der Histon-Code umfasst kovalente Modifikationen von Histonen. Wofür stehen die
Abkürzungen H3K27me3 und H4K5/12ac und welche Auswirkung haben sie auf die
Transkription?
H3K27me3
Histon 3, Lysin 27, trimethyliert
bewirkt Inaktivierung der Gene (Transkriptionsrepression)
H4K5/12ac
Histon 4, Lysin 5 und 12 acetyliert
bewirkt Aktivierung
Wie wird der Histon-Code dekodiert? Nennen Sie involvierte Faktoren, Domänen,
Mechanismen.
Faktoren: ?Transkriptionsfaktoren, TAFs, Actelytransferasen, Methyltransferase, Deacetylasen, Demethylasen, DNA- und Chromatik-Bindende Faktoren
Domänen:
Bromo- (acteylierte Lys) und Chromodomänen (methylierte Lys)
Mechanismen: ?
DNA-Methylierung, Histon-Acetylierung, -Methylierung
Benennen Sie die folgenden RNA-Strukturen möglichst genau.
3 Nukleotidbulge (einseitig) hairpin/stem loop symmetrischer infernaler Loop four-stem-junction kiesend hairpin Pseudoknoten
ankreuzen zu Ribos
witches (ja/nein):
1) die positive oder negative Regulation erfolgt ausschließlich auf der Ebene der Transkription
2) sie kommen in Prokaryoten und Eukaryoten bis hin zu Säugern vor
3) der Ligand bindet an die Expressionsplattform
4) die ligandenfreie und die
ligandengebundene Form sind sich gegenseitig ausschließende RNA-Strukturen
5) die on/off-Konformation wird durch die Switching-Domäne vermittelt
6) der Purin-Riboswitch enthält four-stem-junction Strukturen
1) nein
2) nein, keine Säuger nur Pilze, Algen und höhere Pflanzen
3) nein, der Ligand bindet die Aptamer-Domäne
4) ja
5) ja
6) Purin-bindende Riboswitches haben three stem junction
ankreuzen zu RNA-Thermometer (ja/nein):
1) im ROSE-Element führen kurze Abfolgen der Watson-Crick-Basenpaare A-U zum
graduellen Aufschmelzen der
RNA-Struktur
2) bei heat-
shock RNA-Thermometern ist der Sensor gleichzeitig der Regulator
3) bei cold-shock RNA-Thermometern können zwei sich ausschließende RNA-Strukturen ausgebildet werden
4) das cspA cold-shock RNA-Thermometer stabilisiert bei niedriger Temperatur die mRNA
1) nein, v.a. nicht Watson-Crick-Bp sind besonders wichtig für graduelles Aufschmelzen
2) Ja? gekoppeltes System aus Sensor und Regulator steht in der VL
3) ja, da sie Riboswitche haben können
4) ja
Ankreuzen zu trans-codierter sRNA (ja/nein):
1) sie regulieren die Virulenz, den Stoffwechsel und die Stressadaptation
2) sie können Translationsinhibition, mRNA-Degradation und Translationsaktivierung bewirken
3) sie haben mehrere m
RNAs als target
4) sie stammen von einem anderen Lokus im Genom, als das Target
5) sie benötigen meistens andere Proteinfaktoren
um an das target zu binden
6) Hfq rekrutiert das Degradosom über RNAse III
1) ja
2) ja
3) ja
4) ja
5) ja (Hfq-Chaperon)
6) nein, Hfl rekrutiert RNase E und die rekrutiert das Degradasom
ankreuzen zu cis-codierter asRNA (ja/nein):
1) sie stammen vom selben Genlokus und haben einen eigenen Promotor und Terminator
2) die von RNAse III vermittelte Spaltung kann zur Stabilisierung oder zur Degradation der Target-mRNA führen
3) sie können mehrere mRNAs als targets haben
4) sie kontrollieren den Stoffwechsel, die Stressantwort
oder die Toxinbildung
5) die Regulation erfolgt auf Ebene der Transkription, der Translation oder der mRNA-Stabilität
1) ja
2) ja
3) nein (sind sehr spezifisch != sRNA)
4) ja
5) ja
Welche Funktion hat das CRIPR-Cas-System bei Prokaryoten?
Wie heißen die drei Hauptphasen des CRISPR-Mechanismus?
Adaptiver Verteidigungsmechanismus gegen Fremd-DNA
1) Akquisition (Adaption, Immunisierung)
2) CRISPR-Expression (Expression Cas-Gene + Transkription CRISPR Array)
3) Interferenz (spezifische Erkennung + Abbau)
ankreuzen zu siRNA (ja/nein):
1) der Mechanismus kommt bei Prokaryoten und Eukaryoten bis hin zu Säugern vor
2) das Protein Dicer ist
eine Exonuclease, die doppelsträngige RNA zu 20-25 nt langer siRNA schneidet
3) effizientes Silencing erfolgt nur, wenn die siRNA im Überschuss zum target vorliegt
4) die prozessierte siRNA hat einen 3 nt Überhang am 3 ́ Ende
5) die prozessierte siRNA hat einen 2 ́-3 ́cyclisches Phosphat am 5’-Ende
6) in Chloroplasten gibt es keine siRNA-Maschinerie
1) ja (siRNA, Säuger miRNA) (Nein –> nicht bei Prokaryoten)
2) nein, Dicer ist Endoribonuclease (RNase III Familie)
3) nein, wenige Moleküle sind ausreichend für vollen Effekt
4) nein, 2 nt Überhang vor Auswahl passenger und guide strand
außerdem: prozessiert = einzelsträngig ?
5) nein, Monophosphatgruppe am 5’-Ende
6) richtig
Seit 2015 gibt es einen Impfstoff gegen das Ebolavirus. Wie heißt er und wie ist er aufgebaut?
rVSV-EBOV
beruht auf vesicular stomatitis Virus (VSV9 mit genetischer Modifizierung, so dass Oberflächenglykoprotein des Zaire Ebola Virus exprimiert wird
