2014_Erster Termin Flashcards
Kreuzen Sie die falsche(n) Antwort(en) zu Plasmid-Vektoren mit „X“ an.
[Ori = „origin of replication“]
A) in Cosmid-Vektoren befinden sich ein Ori und eine Antibiotikaresistenz.
B) Cosmide enthalten weiterhin eine Telomer-Region, die für das Verpacken in Phagenköpfe notwendig ist.
C) Cosmide werden für die Herstellung von genomischen Genbänken eingesetzt.
D) die Klonierungskapazität von Cosmid-Vektoren ist von der Größe der Phagenköpfe abhängig.
A) richtig, in Cosmidvektoren befinden sich ORI, Selektionsmarker und cos-sites
B) falsch, wahrscheinlich cos-sites gemeint
C) richtig, als Vektor geeignet
D) richtig
Was ist ein Promotormapping und wie würden Sie dies durchführen? Gehen Sie bei ihrer Erklärung auf folgende Aspekte ein: Was ist ein Promotor? Strategie beim Mapping.
? noch nie von gehört
Welche Aussagen zu Regelelementen der Transkription sind richtig.
1. Kreuzen Sie die richtige(n) Aussage(n) zum „Kernpromotor“ an:
A) er kann TATA-Box und DPE-Elemente enthalten
B) die TATA-Box liegt immer 5‘ vom Startpunkt der Transkription
C) TBP bindet an die TATA-Box, die sogenannten TAFs an TBP
D) der Proteinkomplex der an DPE bindet, enthält TFIIH
2. Kreuzen Sie die richtige(n) Aussage(n) zu „basalen Transkriptionsfaktoren“ an:
A) das Dimer TFIID hat eine Sattelförmige Struktur und bindet die TATA-Box
B) TFIIB reguliert den „promotor escape“ durch Kompetition mit RNA
C) TFIIH enthält eine Cyclin-abhängige Kinase und Helikase-Aktivitäten
D) TFIIA phosphoryliert CTD in einer Untereinheit der RNA-Polymerase II.
1A) richtig, Kernpromotor = BRE, TATA, INR und DPE
1B) richtig
1C) richtig, TBP und TAFs bilden TFIID, welcher dann an DNA bindet
1D) falsch, enthält TFIID (an sich ist es trotzdem richtig, wenn mit den Proteinkomplex das RNAP 2 Holoenzym gemeint ist… Denn das enthält TF2D, die TAFs (und die binden an DPE) und TF2H)
2A) falsch, TBP besteht aus über 5 UEs (Paper sagt, dass TF2D dimerisieren muss vor DNA Bindung..)
2B) richtig, da sterical clash mit TFIIB
2C) richtig
2D) falsch, bildet mit TFIIB DAB-Komplex
Welche Aussagen zu Histonen und Nukleosomen sind richtig.
1. Kreuzen Sie die richtige(n) Aussage(n) zum „Nukleosom“ an:
A) das vollständige Nukleosom enthält die Histone H3, H4, H2A und H2B.
B) im Nukleosom sind die Histone H2A und H2B stets acetyliert.
C) das Nukleosom gilt als genereller Repressor .
D) Histon H3 ist in den Nukleosomen der Zentromerregion ausgetauscht.
2. Kreuzen Sie die richtige(n) Aussage(n) zum „Histon-Code“ an:
A) der Histon-Code wird von Proteinen mit Bromodomänen gelesen
B) der Histon-Code kann sich im Lauf der Transkription verändern
C) die Lysin-Acetylierung erfolgt als Mono-, Di und Tri-Acetylierung
D) die Histonmethylierung hebt die ionische Wechselwirkung zur DNA auf.
1A) falsch, nur Kernhiston -> es fehlt H1
1B) falsch
1C) richtig
1D) falsch
2A) richtig, viele TF haben Bromodomäne
2B) richtig
2C) falsch, Mono-, Di- und Tri-Methylierung
2D) falsch, bei Acetylierung der Fall
Dargestellt ist ein bakterieller Riboswitch. Benennen Sie die drei markierten Strukturkomponenten.
Wie wird die zur Regulation der Transkription/Translation benötigte funktionelle Struktur eines Riboswitch erhalten?
- Aptamerdomäne AD
- Expressiondplattform EP
- Switchingsequenz SS
Ligandenfreie und gebundene Konformationen sind sich ausschließende Strukturen, die durch SS vermittelt werden
Welche Aussagen zu RNA-Thermometer sind richtig?
A) RNA-Thermometer kontrollieren die Expression diverser Stressgene
B) RNA-Thermometer liegen in der 5’ untranslatierten Region (UTR) der zu regulierenden mRNA
C) Heat shock RNA-Thermometer bilden RNA-Strukturen, die gleichzeitig als Sensor sowie als Regulator dienen
D) In ROSE-Elementen von cold shock RNA-Thermometern sind kurze Abfolgen des Watson-Crick-Basenpaares G-C für das Aufschmelzen der RNA-Struktur bei erhöhter Temperatur wichtig
E) RNA-Strukturen von cold shock RNA-Thermometer können abhängig von der Umgebungstemperatur zwei sich gegenseitig ausschließende RNA-Strukturen ausbilden
F) RNA-Thermometer, die Virulenzgene regulieren, sind Riboswitche
A) richtig
B) richtig
C) richtig, gekoppeltes System aus Sensor und Regulator
D) falsch, kein Watson Crick und heat Shock
E) richtig, komplette Strukturänderung
F) falsch, graduelles Aufschmelzen also Thermometer
In der folgenden Tabelle finden Sie Aussagen zu cis-kodierten antisense RNAs und trans-kodierten small RNAs. Ordnen Sie die Aussagen diesen beiden Regulator-RNAs zu. Kennzeichnen Sie dafür die entsprechende Zelle mit einem „X“ für zutreffend. Bedenken Sie, dass einige Aussagen für beide Regulator-RNAs gültig sein können.
A) Das Gen der Regulator-RNA liegt in der gleichen DNA-Region wie das Gen der Ziel-mRNA.
B) Die Gene der Regulator-RNAs finden sich ausschließlich in bakteriellen Genomen.
C) Die Regulator-RNA ist vollständig komplementär zur Ziel-mRNA.
D) Die Regulator-RNA kann verschiedene mRNAs targetieren.
E) Der initiale Kontakt zwischen der Ziel-mRNA und er Regulator-RNA kann durch komplementäre loop-Strukturen erfolgen.
F) Die Interaktion der Regulator-RNA und der Ziel-mRNA wird generell durch Proteinfaktoren wie Hfq stabilisiert
G) Die Regulator-RNA inhibiert die Translation.
H) Die Regulator-RNA kann eine Länge von mehreren Kilobasen ausweisen.
A) cis-codierte RNA --> asRNA B) sRNA C) cis-codierte RNA --> asRNA D) trans-codierte RNA --> sRNA E) asRNA F) trans-codierte RNA --> sRNA G) beide H) cis-codierte RNA --> asRNA
A) Welche Funktion haben CRISPR/Cas-Systeme in Prokaryonten?
B) Benennen Sie die drei Hauptphasen des CRISPR-Mechanismus.
Phase 1:
Phase 2:
Phase 3:
A) Verteidigungsmechanismus von Bakterien gegen Fremd-
DNA
B) Akquisition, CRISPR-Expression, Interferenz
Das humane Papillomavirus (HPV) greift in die zelluläre Zellzykluskontrolle ein und kann daher Tumore verursachen. Nennen sie zwei zelluläre Proteine die dabei eine kritische Rolle spielen. In welcher Art und durch welche viralen Faktoren werden diese Zellproteine manipuliert?
- p53 Tumorsupressor der zu Apoptose führt: E6 interagiert mit Ubiquitinligase E6AP und fördert Abbau mittels Proteasom von p53 durch Ubiquitinierung
- pRB Tumorsupressor der Übergang von G1 zu S Phase verhindert: E7 verursacht Ubiquitinierung von pRB und dessen Abbau sodass TF E2F (für Cyclingene) nicht länger inhibiert wird
- > Transformation der Zelle
Für die Gentherapie ist häufig eine gewebsspezifische Expression des eingebrachten Gens von kritischer Bedeutung. Nennen sie drei Promotoren mit hoher Spezifität und das Gewebe in welchem sie aktiv sind.
Leber: Albumin
Muskel: Myosin light chain
Tumor spezifisch: Tyrosinkinase (B16 Melanom), DF3/MUC1 (Brustkrebs), Afektoprotein ( Hepatom)
Welche andere Möglichkeit kennen sie um eine Gewebsspezifität bei der Gentherapie zu erreichen?
Tropismus des Vektors
Nennen sie die Vorteile und die Nachteile einer RNA-basierten Vakzine gegenüber einer DNA-basierten Vakzine.
(Aber die Antwort vergleicht ja nicht RNA und DNA Vakzine?) \+ einfache Handhabung \+ effektiver als Tot-Impfstoff \+ einfache Reinigung \+ stabil \+ preiswert und schnell produzierbar - mehrfache Applikation - weniger effizient - stark Adjuvans abhängig - Tumoriskio
Welche virale Komponente ist im HPV Impfstoff enthalten und wie wird sie hergestellt?
rekominantes L1, hergestellt in Hefe, bildet spontan VLPs
Welchen Prozess katalysiert das Enzym Catalase?
A) Umwandlung von Wasserstoffperoxid in Wasser und Sauerstoff
B) Umwandlung von Wasserstoffperoxid in Wasser
C) Umwandlung von Wasserstoffperoxid in Wasserstoff und
Antwort A)
Die epigenetische Regulation der Genexpression durch X-Chromosomen-Inaktivierung bleibt während des Alterns nicht immer stabil. Mit welcher der folgenden Methoden läßt sich dies experimentell nachweisen?
A) Bestimmung der Mutationsrate des inaktiven und aktiven Allels
B) Messung der Genexpression des inaktiven und des aktiven Allels
C) Bestimmung des DNA-Methylierungsmusters des inaktiven und aktiven Allels
B) Xi/Xa Ratio
