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Molbio > Gedächnisprotokoll 20.02.19 > Flashcards

Gedächnisprotokoll 20.02.19 Flashcards

1
Q

Richtig / Falsch:

  1. RNA Pol2 hat 2 große und 2 - 5 kleine Untereinheiten
  2. CTD hat immer 52 Repeats
  3. Ser2 und Ser5 müssen hyperphosphoryliert vorliegen, damit es zur Transkription kommen kann
  4. CDK7 phosphoryliert Ser2
  5. die RNA Pol2 ist so lange im Paused-Zustand bis pTEFb die Faktoren NELF und DSIF phosphoryliert
A
  1. falsch - 12 UE
  2. falsch - speziesspezifisch; Mensch: 52 Repeats; Hefe: 26 Repeats
  3. richtig
  4. falsch - Ser2 wird duch pTEFb phosphoryliert
  5. richtig - NELF löst sich ab, DSIF wird zum positiven Elongationsfaktor (aber pTEFb mus nicht dissozieren, da Positivfaktor sowie DSIF, der phophoriliert wird, nicht dissoziert?)
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2
Q

Richtig / Falsch:

  1. TFIID hat Untereinheiten TBP und Ubiquitinligase
  2. alleinige Aufgabe von TFIID ist die Bindung an TATA-Box in RNAP2 core Promotor
  3. Bindung von TBP induziert Beugung der DNA und bewirkt Dissoziation von Repressoren
  4. Die Histonmarks können sich ändern während RNAP2 aktiv ist
A
  1. richtig - enthält TBP und TAFs (eine Histonacetyltransferase und Ubiquitinligase-Funktion)
  2. falsch - TBP für Bindung an TATA-Box, TAF mit o.g. Funktionen
  3. richtig - TFIID (mit TBP) bindet -> Beugung DNA -> Entfernung TFIIB ermöglicht Transkription (aber dies geschieht doch nicht aufgrund der Bindung von TFIID?)
  4. ? Ja, weil die Helix nur dort entwunden wird, wo die RNA Pol trankskribiert und sie danach wieder geschlossen wird?
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3
Q

Richtig / Falsch:

  1. Ein Nukleosom setzt sich aus je 2 gamma-H2AX, H2B, H3 und H4 zusammen
  2. welche Bedeutung haben bestimmte marks?
  3. den Histon Code-dekodierende Proteine erkennen die Marks über LxxLL
  4. Euchromatin ist der für Transkription zugängliche Teil des Chromatins
  5. Heterochromatin wird gebildet durch die massive Bindung von HP1
  6. Acetylierung ist wichtig für Chromatin Assembly
A
  1. falsch - gamma-H2AX = phosphoryliertes H2AX; Nukleosom = 2x(H2A, H2B, H3, H4)
  2. wichtig für Acetylierung / Methylierung und dadurch Formation von Euchromatin / Heterochromatin
  3. richtig - TFs erkennen CoA durch LxxLL; CoR durch LXXXIXXXI/L (falsch: weil nur CoA LxxL erkennt?)
  4. richtig
  5. richtig - Heterochromatin-Protein 1
  6. falsch- acetylierte Lysylreste im aktiven Chromatin ->Disassembly
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4
Q

RNA Strukturelemente

  1. Wie sieht ein Hairpin aus?
  2. Wie sieht ein symmetric internal loop aus?
  3. eine 3 Nt bulge RNA?
A

Es waren Bilder zu sehen, die ich hier leider nicht einfügen kann und man sollte sie benennen. Guckt euch die eine Folie mit den Strukturelementen an ;)

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5
Q
  1. Beschreibe den Aufbau einer Riboswitch-kontrollierten mRNA ausgehend vom 5’-Ende bis zum 3’-Ende der mRNA.
  2. Benenne die wesentlichen Strukturelemente eines Riboswitch.
A
  1. Riboswitch-kontrollierte mRNA setzt sich aus drei Abschnitten zusammen:
    - 5‘-untranslatierter Bereich (5‘ untranslated region, 5‘-UTR)
    - Protein-kodierender Bereich beginnend mit dem Startkodon (AUG)
    und endend mit dem Stoppkodon (hier UAA) - 3‘-UTR
  2. Aptamer-Domäne, Switching Sequenz, Expression Platform
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6
Q

RNA-Thermometer - richtig / falsch

  1. RNA-Thermometer kodieren für Stressgene
  2. RNA-Thermometer für Virulenzgene sind Riboswitches
  3. cspA ist ein RNA-Chaperon und verhindert die Ausbildung von sekundär- und Tertiärstrukturen in mRNA
  4. cspA-Gen wird über Kissing hairpin stabilisiert
  5. cspA Funktion: Aufrechterhaltung Transkription und Translation
A
  1. Falsch - Kontrolle der Expression verschiedener Stress-Gene
  2. Falsch- aber das cspA cold shock Thermometer von E.coli ist ein Riboswitch
  3. Falsch- verhindert Ausbildung unerwünschter 2D und 3D-Strukturen
  4. falsch - Stabilisierung des Thermosensors durch Pseudoknoten
  5. richtig
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7
Q

sRNA - richtig / falsch

  1. Haben mehrere mRNA als Target
  2. Führen zur Transkriptionsaktivierung, Translationsinhibition und / oder mRNA Degradierung
  3. Die PNPase im Degradosom baut die sRNA in 3‘ -> 5‘ - Richtung ab
  4. RNase 3 generiert Produkte mit 5‘ Phosphat und 3‘ Ende mit 2 Nt Überhang
A
  1. richtig - binden verschiedene mRNA unspezifisch
  2. falsch - Translationsinhibition & mRNA Degradation ( oft gekoppelt) und Translationsaktivierung
  3. richtig - Exonuklease, Degradation von ssRNA zu Monoribonukleotiden
  4. richtig - Degradation von dsRNA (aber nicht in smallRNA)
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8
Q

as RNA - richtig / falsch

  1. regulieren unter anderem Plasmid-Stabilität
  2. Gene können auch für Proteine kodieren
  3. haben mehrere mRNA Targets
  4. nicht vollständig komplementär zur Zielsequenz
  5. Regulation auf Ebene der Transkription, der mRNA-Stabilität, der Translation
  6. trans-kodiert
A
  1. richtig
  2. falsch
  3. falsch - im Gegensatz zu sRNA nur ein Target, spezifische Bindung
  4. falsch
  5. richtig
  6. falsch - sRNA ist trans-kodiert, asRNA ist cis-kodiert (in gleicher DNA-Region lokalisiert, auf gegenüber-liegendem Strang)
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9
Q

siRNA - richtig / falsch

  1. wurde in Pro- & Eukaryoten beobachtet
  2. in Säugetieren kann eine unspezifische Immunantwort gegen lange dsRNA stattfinden
  3. Dicer erzeugt eine siRNA mit 3‘OH und 5‘Phosphat
  4. die siRNA, die an RISC bindet besteht aus guide- und passenger-strand, wobei der sense an die mRNA bindet
  5. die mRNA wird 10 Nt von ihrem 3‘Ende entfernt gespalten
A
  1. falsch - nur in Eukaryoten ( Außnahme: z.B. Saccharomyces cerevisae)
  2. richtig
  3. richtig
  4. falsch- dsRNA wird von RISC gebunden, passenger-Strang (sense) wird entfernt, komplementäre Bindung an Target-mRNA mit Guide-Strang (antisense)
  5. falsch - Zwischen dem 10 und 11 Nukleotid vom 5‘Ende
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10
Q

Gewebsspezifische Promotoren - Zuordnung von Gewebe und Promotor

Gewebe: Muskel, Leber, Tumor

Promotoren : Albumin, Myosin light chain 1, Afetoproteine, DF3/MUC1

A
  1. Leber - Albumin
  2. Muskel - Myosin light chain 1
  3. tumorspezifisch -Tyrosin Kinase (B16 Melanom)
    - DF3/MUC1 (Brustkrebs)
    - Afetoprotein (Hepatom)
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11
Q

HPV - richtig / falsch

  1. das Sterben junger Mädchen hat sich in Deutschland seit der Einführung der Impfung deutlich erhöht
  2. Alle Kondylome gehen von allein weg
  3. das Virus integriert ins Genom (keine Ahnung was die Frage hier eigentlich ist)
  4. Impfung beugt Krebsstufen vor
  5. die Infektion kann chronisch persistieren
  6. der Impfstoff ist ein lebend-Vakzin
A
  1. falsch - gesunken
  2. falsch - kann spontan verschwinden oder persistieren
  3. richtig - Integration des viralen Genoms an E2; Integration des Virusgenoms führt zu Transformation, keine Replikation
  4. ?? „In klinischen Studien 100% Schutz vor …Kondylomen. Dadurch erwartete Reduktion der behandlungsbedürftigen Krebsvorstufen um 60 %…Kein formaler Nachweis, dass Impfung vor Krebsentstehung schützt!…Schutz ist aber naheliegend.“ -> also richtig?!
  5. richtig - Infektion der Basalzellen
  6. falsch - Totimpfstoff; keine effziente Virusvermehrung in Zellkultur bei HPV (dies ist eine Voraussetzung für Lebendimpfstoffe)
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12
Q

Für welche 2 Krankheiten / Gendefekte sind in Europa Gentherapien zugelassen und welcher virale Vektor wird dabei verwendet?

A
  1. X-SCID = severe combined immundeficiency syndrome, „bubble boy disease“
  • Interleukin-2 Rezeptorgen gamma-Kette defekt -> wenig / keine reifen T-Zellen
  • Gentransfer über retroviralen Vektor
    (Ich glaube, es ist noch nicht 100% erlaubt in EU)
  1. ADA SCID; ADA = lack of adenosine
    - Adenosin Desaminase defekt
    - Absterben von Immunzellen -> Immundefizienz
    - intaktes Gen wird über retroviralen Vektor in hemapoetische Stammzellen eingebracht
    - lentiviraler Vektor (Gattung innerhalb der Retroviren)
  2. Glybera R gegen Lipasen-Insuffizienz bzw das fehlende Lipoprotein bei familiärer Hypercholesterinämie in Form eines rAAV
  3. Luxturna gegen vererbte Blindheit/frühkindliche Netzhautdystrophie - AAV (auf seinen Folien)
  4. Kymriah: Car-T-Zelltherapie gegen Akute lymphatische Leukämie (ALL) (auf seinen Folien) - Vektor?
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13
Q

mRNA Vakzine - richtig / falsch

  1. Sind anwendbar gegen Krebs
  2. Werden gegen Influenza A erprobt
  3. Sind stabiler als DNA
  4. Können ins Genom integrieren
  5. Sind leicht modifizierbar
A
  1. Richtig - systemische RNA in dendritischen Zellen -> antivirale Abwehr in Krebsimmuntherapie
  2. Richtig
  3. Falsch: nicht-stabilisierte RNA-Moleküle werden schnell durch Enzyme abgebaut, RNA kann z.B mit Protamin (Arg-reichtes DNA-bindendes Protein) stabilisiert werden
  4. Falsch - nur DNA-Vakzine können sich ins Wirtsgenom integrieren (https://www.trillium.de/zeitschriften/trillium-immunologie/archiv-trillium-immunologie/trillium-immunologie-ausgabe-2019/heft-32019/aus-der-grundlagenforschung/design-und-funktionsweise-von-mrna-basierten-impfstoffen-zum-schutz-vor-infektionskrankheiten.html)
  5. falsch: DNA Vakzine lassen sich beliebig modifizieren
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14
Q

B-Zell-Differenzierung richtig / falsch

  1. B-Zellen produzieren membranständige IgM da wenig CstF und viel hnRNP
  2. Plasmazellen produzieren membranständige IgM da wenig CstF und viel hnRNP
  3. B-Zellen produzieren sekretorische IgM da viel CstF und wenig hnRNP
  4. Plasmazellen produzieren sekretorische IgM da viel CstF und wenig hnRNP
A
  1. Richtig - B-Zellen haben Antikörper auf Membranoberfläche
  2. Falsch
  3. Falsch
  4. Richtig - Plasmazellen sekretieren Antikörper
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15
Q

Alternatives Spleißen ist wichtig und gibt diverse Produkte, die ganz unterschiedliche Proteine ergeben.

Nenne 2 Beispiele

A
  1. Alternat. Spleißen von Troponin
    - > alpha-Troponin
    - > beta-Troponin
  2. SMN2 - spinale, muskuläre Atrophie
    - > kann zu normalem SNM-Transkript gespleißt werden
    - > kann zu SNM(delta)7-Transkript gespleißt werden
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16
Q

Prothrombin - Bei der 3’Endprozessierung der Prothrombin-mRNA liegt ein Defekt vor, so dass die Proteinexpression erhöht ist, was zu Thrombophilie führt. Welche Aussagen sind richtig?

  1. Eine DSE-Mutation (hier: zusätzliche U-Reste) erhöhen die 3’Endprozessierung, was den mRNA-Export verstärkt, wodurch wiederrum die Prothrombin-Proteinexpression erhöht ist.
  2. Das PolyA-Signal (AAUAAA)ist defekt, so dass die 3’Endprozessierung verringert ist. Dies wird allerdings von einer weiteren DSE Mutation aufgehoben, so dass die Proteinexpression letzendlich erhöht ist.
  3. Eine Mutation von CG zu CA in der 3’Schnittstelle ermöglicht eine bessere 3’Endprozessierung, was einen effizienten Export aus dem Nukleus zur Folge hat.
A
  1. richtig - Gain-of-function-Mutation ->effiziente CstF Bindestelle entsteht ->Stimulation der 3‘Prozessierung
  2. falsch - bei Prothrombin keine Mutationen in AAUAAA; allerdings kann das USE (U-reich) DSE manchmal kompensieren
  3. richtig - CG -> schlechte 3‘Endprozessierung durch CA: effiziente Spleißstelle
17
Q

mRNA Prozessierung - Welche Reifungsprozesse finden für eine prä-mRNA statt, bis diese zu einer translatierbaren mRNA prozessiert wurde?

A
  • 5’Cap & 3’Poly(A)-Schwanz kommen hinzu
  • Spleißen von Introns (alternatives Spleißen)
  • reife mRNA bestehend aus cap, exons und Poly(A)
18
Q

Lückentext:

Photosynthese findet in __statt. Die Ladungstrennung wird ermöglicht durch die Energie von Licht, dass durch __absorbiert wird. PS II spaltet __ zu __ und __. Es wird ein Protonengradient an der ___aufgebaut. Dieser wird genutzt um __ zu bilden. Schlussendlich wird die Energie genutzt um im __Kohlenstoff in Form von __ zu fixieren.

A
  • Chloroplasten
  • Chlorophyll
  • Wasser
  • O2
  • H+
  • Thylakoid-Membran
  • ATP
  • Calvin
  • CO2
19
Q

Welchen enzymatischen Prozess katalysiert das Enzym Superoxiddismutase?

  1. Umwandlung von H2O2 in H2O und O2
  2. Umwandlung von H2O2 in H2O
  3. Umwandlung von H2O2 in H2 und O2
  4. Umwandlung des Superoxidanions in H2O2 und O2
A

4 .

20
Q

Welche Technik wird für die Generierung der Flavr-Savr Tomate eingesetzt?

  1. Überexpression des Gens für Galaktosidase
  2. Knockout des Gens für Rhamnose
  3. Überexpression des Gens für Cellulase
  4. Antisense-RNA gegen Gen für Polygalacturonase
A

4.

21
Q

Welche Gene des Ti-Plasmids werden Übertragen?

  1. Vir Gene
  2. Opinsynthese Gene
  3. Opin-Katabolismus Gene
  4. Tumor-produzierende Gene
A
  1. und 4. richtig
  • Vir-gene und Opin-Katabolismusgene werden nicht übertragen
  • Tumor-produzierende Gene und Opinsynthese Gene werden übertragen
22
Q

Exklusive Enzyme der BER, also Enzyme die nur in dieser Reparatur vorkommen:

  1. Exonuklease
  2. Ligase
  3. Lyase
  4. Glykosylase
  5. polymerase delta
A

BER: DNA-Glykosylase, Endokulease, DNA Pol, DNA Ligase

  1. und 4. richtig
23
Q

Zuordnung: Was ist Bestandteil der Zellwand Typ I bzw. Typ II?

GAX
Cellulose
XyGs
RG 1

A

Beide:
Cellulose
RG1

Typ I:
XyGs

Typ II:
GAX

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