25.02.2008 Flashcards
Ihre Aufgabe besteht darin, cDNA des Onkogens ras in einen Vektor zu klonieren, um dessen Funktion in einer Kultur von humanen Epithelzellen zu testen.
- Welcher Vektortyp ist geeignet?
- Welche Schritte sind notwendig, um die cDNA in den Vektor einzubauen?
??
- für cDNA entweder Cosmid- (40kB) oder Phagen-Vektoren (20 kB)
- Restriktion des Vektors (Plasmid oder Phagenvektor)
- Isolierung und Reinigung von mRNA
- Herstellen der „copy“ DNA (cDNA) mittels „reverser Transkriptase“
- Transfektion (Transduktion) der Wirtsorganismen
- Restriktion des Vektors (Plasmid oder Phagenvektor)
TOPO TA-cloning:
PCR-Produkt mit Überhang eines „A“-Rests
-Vektor mit Überhang eines „T“-Rests
-Kovalent an den T-Rest gebundene Topoisomerase knüpft die kovalente Bindung im Zucker-Phosphatgerüst
In vivo packaging in Phagen:
- Terminase bindet virales Genom
- Terminase-DNA bindet Procapsid-Portal
- DNA wird in Phagenkopf unter ATP-Verbrauch eingeschleust
- Abtrennung der DNA
Welche Aussagen sind richtig?
- Lambda-Phagen Vektoren tragen COS-Sites für das Einfügen der DNA-Insertion.
- Plasmide sind für die Klonierung von DNA-Fragmenten unter 500 Bp nicht geeigent, da dann die Transfektion ineffizient ist.
- YAC-Vektoren werden für die Klonierung sehr großer DNA-Fragmente genutzt und liegen auch im nicht-rekombinanten Zustand stets in linearer Form vor.
- Cosmide werden für die Amplifikation der Vektor-DNA wie Plasmide gehandhabt und für das Einbringen in die Wirtszelle in vitro verpackt.
- richtg- cos-Sites mit vielen GC dienen zur Erkennung des Phagengenoms; zwischen den cos-Sites wird die Fremd-DNA eingefügt (nicht eher für das Packeging im Rolling Circle Prinzip? Eingefügt wird da nur bei Cosmiden, da das Phagengenom linear vorliegt (cos am Ende) und eingefügt wird in der Mitte)
- falsch? - insert size = 5-10 kb (bei weniger als 500 bp wäre es dann ja ungeeignet, also richtig, aber kein Zusammenhang zu Transfektion?)
- falsch -ja, größte Klonierungskapazität mit 200 - 2000 kb
- aber: zirkulärer Vektor wird geschnitten, dann wird Fremd-DNA eingebaut, lineare Fragmente entstehen - richtig - Cosmide wie Plasmide, haben zusätzlich cos-Sites (sticky ends) + in vitro packeging in Phagenköpfe
Zuordnung:
Pol I, Pol II, Pol III) synthetisiert (mRNA, tRNA, rRNA, snRNA
Pol I : rRNA
Pol II: mRNA, snRNA, (microRNA)
Pol III: tRNA, rRNA, snRNA
CTD-repeats
- was bedeutet CTD?
- Zu welchem Protein gehört das CTD-repeat?
- Welcher Vorgang/Vorgänge wird/werden vom CTD repeat beeinflusst?
- Welches Prinzip einer funktionellen Regulation greift am CTD repeat an?
- c-Terminal domain
- RNA Pol II
- Regulation der Transkription
- Phosphorylierung von Ser5 & Ser2
Welche Aussagen über den Zusammenhang zwischen cAMP und CREB sind richtig?
- cAMP induziert die Phosphorylierung von CREB über die PKA
- cAMP ist Phosphatgruppendonor bei der Phosphorylierung von CREB
- CREB bindet die Adenylatzyklase
- CREB bindet cAMP-Antwortelemente
- richtig
- falsch - cAMP bindet an PKA, aktivierte PKA phosphoryliert CREB
- falsch
- richtig - CREB bindet als Homodimer an cAMP-Response-Element-Sequenz im Promotor von Genen
Erklären Sie die Funktion von Histonacetylasen (HATs).
- Was ist die Aufgabe der HATs?
- Welcher Prozess wird durch die HATs beeinflusst?
- Ist die HAT-Aktivität regulierbar?
- Co-Aktivatorkomplex, Acetylierung von Lysylresten -> Euchromatin
- Transkription
- ja, durch Phosphorylierung & SUMOylierung; durch Protein-Protein Interaktionen
Eine Reihe von enzymatischen Schritten spielen bei der Basenexzisionsreparatur eine wichtige Rolle. Bringen Sie die einzelnen Schritte bei dem Beispiel (short patch Reparatur einer Desaminierung von Cytosin zu Uracil) in die richtige Reihenfolge: a) DNA Ligase III b) AP Endonuklease c) Uracil-DNA-N-Glykosylase d) dRPase-Aktivität der DNA Polymerase ß e) DNA Polymerase ß + dCTP f) Basenschädigung
F) Basenschädigung C) Uracil-DNA-N-Glykosylase B) AP Endonuklease E) DNA Polymerase ß + dCTP D) dRPase-Aktivität der DNA Pol ß A) DNA Ligase III
Hutchinson-Gilford ist eine genetisch bedingte Erkrankung, die auch zu vorzeitigem Auftreten von Alterserscheinungen führt. Das betroffene Gen kodiert für welches Protein?
- XPG Nuklease
- Lamin A Filament
- XPD Helikase
- ATM Kinase
- Lamin A Filament
Zellen verfügen über einen Mechanismus, Wasserstoffperoxid, eine reaktive
Sauerstoffspezies (ROS), abzubauen.
a. Wie heißt das Enzym, das diesen Prozess katalysiert?
b. Vervollständigen Sie die entsprechende Reaktionsgleichung: 2 H2O2 -> __ + __
A. Katalase
B. 2 H2O + O2
Welche der folgenden Substanzen gehören zu den reaktiven Sauerstoffspezies
- O2- ( soll das freie Elektron sein)
- *OH
- CO2
- H2O
- H2O2
- N2
- Superoxid-Anion
- Hydroxyl-Radikal
- Wasserstoffperoxid
(Abbildung aus der Vorlesung: Komponenten der Lichtreaktion beschriften)
- Was wird beim PS II photolytisch gespalten? (Edukte & Produkte)
- Was wird im PS II durch Licht angeregt?
- Was für eine Reaktion katalysiert die FNR?
- Was passiert bei der ATP-Synthase?
- Wasser -> 1/2 Sauerstoff und 2 H+
- Reaktionszentrum P680 (Chlorophyll a)
- NADP(+) + H(+) —> NADPH
- ADP + Pi —> ATP
Welche Zellwandzucker bilden das polymere Rückgrat der folgenden Glykane?
Zuordnung:
Glucoronoarabinoxylane (GAX), Xyloglucane (XyGs), Homogalakturonane(HAG)
Glucose, Xylose, Galakturonsäure
XyGs: Rückgrat = Glucose, Seitenketten = Xylose
GAX: Rückgrat = Xylose, Seitenketten = Arabinose & Glucose (nicht Glucuronsäure? in der Abb. steht GlcA)
HAG: Rückgrat = Galakturonsäure, Seitenketten = Rhamnosereste
Bakterien der Spezies Agrobakterium können für die Generierung einer transgenen Pflanze verwendet werde. Sie besitzen eine Plasmid-DNA (Ti-Plasmid) von der bei der Infektion der Pflanzenzelle ein Teil in die Pflanzenzelle übertragen wird. Welche Gene werden dabei übertragen?
- vir-Gene
- Gene für Opinsynthese
- Gene für Opin-Katabolismus
- Tumor-induzierende Gene
- Gene für Opinsynthese
4. Tumor-induzierende Gene
Welchen Stoffwechsel blockiert das Herbizid Glyphosat?
- Glykolytischer Abbau von Glukose
- Synthese der AS Trp, Tyr, Phe
- Calvin-Zyklus
- Synthese der AS Leuvin, Valin
- Citratzyklus
- Synthese der AS Arg, His
- Synthese von Tyr, Trp & Phe
Nenne drei Voraussetzungen welche für die ethische Rechtfertigung der Anwendung einer Gentherapie vorliegen müssen.
- schwere Erkrankung
- ungünstige Prognose
- keine konventionelle Therapie verfügbar
