intro génétique Flashcards
Génétique du développement
étude des gènes impliqués
dans la formation d’un organisme
Génomique
étudie la structure, composition et évolution des génomes
Génétique de l’évolution
étudie les signatures de la
sélection naturelle sur le génome des espèces et gènes
importants pour la survie et l’adaptation
Génétique des populations
étudie les forces (et leurs effets)
qui influencent la diversité génétique des populations
Génétique médicale
étude l’hérédité des maladies
génétiques humaines et les mutations qui les causent.
En quoi la génétique intéresse –t-elle les futurs dentistes?
- anomalies dentaires parfois expression de défauts génétique
- anomalies pas reconnus précocement
- diag important
anomalie génétique de la spère craniofaciale des dents
peuvent correspondre à un aspect
phénotypique de maladies/syndromes génétiques dits « rares ».
combien pour que ca soit maladie rare
1/2000
cb de maladie rare répertorié et touchent cb de pers
Plus de 7000 maladies rares sont répertoriées et touchent 3
millions de personnes en France.
cb de syndrome reconnu et cb ont une composante dento/oro/faciale
5000 syndromes connus:
900 ont une composante dento/oro/faciale
750 ont une fente labiale et/ou palatale
Maladies oro-faciales avec atteintes
dentaires les plus fréquentes
Amélogenèses imparfaites (syndromiques et non
syndromiques)
Dentinogenèses imparfaites
Dysplasies dentinaires
Moins de ..% du génome code pour des protéines
* .. à … gènes codant pour des protéines (conservés à 99%
entre souris et homme)
* Environ … gènes non codant
Moins de 5% du génome code pour des protéines
* 20 à 25000 gènes codant pour des protéines (conservés à 99%
entre souris et homme)
* Environ 10000 gènes non codant
Gène def classique
Unité de base fonctionnelle/structurelle de l’information
génétique qui contrôle un aspect spécifique du phénotype
gène def actuelle
Une région génomique correspondant à une unité héritable, associée à des régions régulatrices, des régions transcrites et à d’autres séquences fonctionnelles
def génotype
d’un individu (qu’il soit animal, végétal,
bactérien ou autre) est la somme des gènes qu’il possèd
def phénotype
somme des
caractères morphologiques, physiologiques ou
comportementaux qui sont identifiables de l’extérieur.
Locus
localisation physique spécifique d’un gène (d’une séquence d’ADN) sur un chromosome
cb de gène sur cb de chromosome
: localisation physique spécifique d’un gène (d’une
séquence d’ADN) sur un chromosome
Les chromosomes sont classés selon
Les chromosomes sont classés selon leur taille et la position
du centromère dans le caryotype.
centromère et différent chromosome
Le centromère divise la plupart des chromosomes en un bras
long (q) et un bras court (p).
* On distingue les chromosomes
- métacentriques : bras
long = un bras court
- submétacentriques : moyen bras ourt
- télocentriques : petit bras court
- acrocentriques
centromère
entourés de blocs de séquences
répétées, en majorité de l’ADN dit alpha satellite (=milliers de copies d’une répétition de 171bp)+ minisatellite (10 à 60bp)
télomère
(extrémités du chromosome) consistent en 10 à 15kb d’une unité de répétition GGGTTA. (microsatellite=6 à 8 bp)
séquences
répétées en tandem
cb de % du génome
- SINE : quelques centaines de bases /13% du génome
EX séquences ALU - LINE: plusieurs milliers de base/21% du génome
➢50% du génome est constitué de ces diverses sequences répétées
différente technique étude chromosome
banding, technique de Fish, hybridation.
banding
technique standard.
affiche bande euchromatique vs hétérochromatique
résolution est de 5 à 10 millions de paires de bases
Fish
plus fine utilisant des sondes ADN
recherche de microdélétions
résolution est de quelques centaines de kb.
(dépistage de trisomie 21,13 et 18 + anomalies de nombre des chromosomes
sexuels)
- Anomalies de nombre
Polyploïdie
Aneuploïdie
Polyploïdie
(3N, 4N…)
Résulte de fécondation aberrante, en général non
compatible avec la vie, conduit à un avortement
spontané
Aneuploïdie
(> ou < à 46)
non-disjonction des chromosomes au
moment de la méiose ou mitose
Anomalies de structure
comment
cassures de chromosomes durant la méiose
* Peuvent impliquer un chromosome unique ou un
échange de matériel entre chromosomes.
Anomalies de structure
lesquelles
Délétions
Duplications
Inversions
Insertions
Chromosomes en anneau
Isochromosomes
Translocations:
Délétions
délétion de grands fragments d’ADN n’est généralement pas compatible avec la vie.
Des plus petites délétions conduisent à une
série de syndromes
ex. syndrome du cri du chat Del 5p
- Duplications:
- Inversions:
- Duplications: pour un groupe de gènes.
- Inversions: Retournement de 180° par rapport à l’orientation normale.
Insertions
: intégration d’un fragment de
chromosome à un endroit différent de son lieu
d’origine
- Chromosomes en anneau
- Isochromosomes:
- Chromosomes en anneau
(cassure au niveau télomère) - Isochromosomes: duplications du bras court ou long.
Translocations
En général échange réciproque.
Si pas de perte ou gain, translocation équilibrée
(présence comme variants dans la population).
Translocations réciproques
échange de fragments
entre 2 chromosomes non homologues (souvent
équilibrées/pb lors de la formation des gamètes)
Translocations robertsoniennes
fusion centrique de 2 chromosomes acrocentriques (13, 14, 15, 21 et 22.)
(1 naissance/1000)
Variations dans la sequence d’ADN /
mutations
variation et csq
fidélité de la séquence d’ADN est normalement maintenue grâce au
système de réparation de l’ADN
comment apparaissent mutation
Variations apparaissent spontanément ou sont induites par des mutagènes chimiques ou physiques (environnement/ âge)
def mutation
Modification rare, accidentelle ou provoquée, de l’information
génétique (séquence d’ADN ou d’ARN) dans le génome
Variant génétique
Modification dans la séquence de l’ADN, sans préjuger de sa pathogénicité
à l’échelle du gène ou du chromosome. On distingue les variants
nucléotidique (SNP) et les variantsstructuraux.
polymorphisme
Un polymorphisme est une variation de séquence commune, entrainant la coexistence de plusieurs alleles pour un gène ou un locus donné dans la population. La fréquence de l’allèle mineur (Minor Allele Frequency ou MAF) est supérieure à 1 % (>107 par génome humain). En moyenne un polymorphisme est rencontré tous les 100 à 1000 nucléotides
Variants génétiques rares
s caractérisés par une MAF < 1 %
A noter que certaines variations pathogènes sont présentes à l’état hétérozygote
dans la population avec une fréquence >1%
Mutation au niveau d’un promoteur ou enhancer
altération du
niveau d’expression du gène
Mutation dans un intron
épissage anormal ou pas
Mutation dans un exon:
peut altérer la séquence codante ou affecter l’épissage et va pouvoir donner:
-mutation silencieuse (meme aa)
-mutation missense (code pour aa diff)
-mutation conservatrice (aa meme famille)
- codon stop
- frame shift (décalage lecture)
Polymorphismes
lesquelles
Polymorphisme d’un nucleotide simple (SNP)
Polymorphisme d’une longueur de fragment de restriction
(RLFP)
Polymorphisme par répétition d’une séquence
Polymorphismes de structure
Polymorphisme d’une longueur de fragment de restriction
✓ Microsatellites ou STRs (Short Tandem Repeats): sequences de 1 à
qqs nucleotides répétées en tandem.
✓ Minisatellites: qqs dizaine ou centaine de nucleotides répétées et
transposables (sequence télomérique, SINE, LINE…)
- Polymorphismes de structure:
– INDELs: insertion ou deletion <50 nucleotides
– CNV/Ps( Copy Number Variants/Polymorphisms): variation du nb de
copies de segments d’ADN >50 nucleotides
