interazioni dna proteina Flashcards
Problema: relativamente all’interazione proteina/DNA spiegare il significato di energia libera di legame,
frazione di saturazione, costante di dissociazione e specificità. Mostrare come queste quantità sono
correlate tra loro
descrivere la relazione dna proteine e perché gli amminoacidi legano il dna
Quali sono i vantaggi energetici e temporali per la cellula nell’utilizzare un meccanismo allosterico, come quello del repressore Lac, per aumentare la dissociazione della proteina dal DNA rispetto all’alternativa della degradazione delle proteine libere?
Parla della cooperatività nelle interazioni DNA-proteina, facendo la differenza tra sistemi non cooperativi e cooperativi e tra cooperatività positiva e negativa
sequenze PALINDROMICHE. cosa sono e perchè sono i siti di interazione DNA-proteina più utilizzati dal DNA
SHAPE Redout e base meccanismi
Helix-turn-helix proteins. fai esempio del repressore CRO e repressore lac e repressore del triptofano (pag 124 rebecca) e CAP. all’esame magari scegli solo una
la kd del repressore lac quando non è presente il lattosio è 10 alla -13, mentre quando è presente è 10 alla -10. la kd del repressore lac per il dna aspecifico è sempre 10 alla -6, sia in presenza che in assenza di induttore. calcola la percentuale di operatori legati in assenza e in presenza di induttore e spiega meccanismo.
band shift per dimostrare l’interazione tra dna e proteina (non presente in appunti rebecca)
Descrivere le zinc finger
Struttura del DNA
applicazioni a livello biotech del motivo zinc finger
effettori TAL e applicazioni biotecnologiche
TBP – proteina legante la TATA box.
repressore del triptofano. La sostituzione di Ala77 con Val cosa provoca?
