Inför duggan 2024 Flashcards
Vad utmärker generellt en kvantitativ egenskap?
En kvantitativ egenskap styrs av många gener + miljö
Vad utmärker mer specifikt en kvantitativ egenskap?
De påverkas som regel av alleler i många loci
De uppvisar ofta stor fenotypisk variation
Vilket fenotyp-uttryck har en kvantitativ egenskap?
Kontinuerlig variation
Ge exempel på kvantitativa egenskaper?
Mjölkmängd
Mjölkfett %
Tillväxt
Kalvningsintervall
Definiera och ge exempel på kvantitativa egenskaper?
- många gener + miljön
- visar kontinuerlig variation
- är ofta normalfördelade.
Exempel: mjölkavkastning, tillväxttakt, färg på kött
Vad utmärker kvalitativ egenskap?
Styrs av få gener
Vilket fenotyp-uttryck har en kvalitativ egenskap?
Distinkta klasser
Ge exempel på kvalitativa egenskaper?
Pälsfärg
Defekter
Muskel hypertrofi
Räksmak i mjölk
“Ridge” hos hund
Definiera och ge exempel på kvalitativa egenskaper?
- påverkas av ett fåtal gener
- förekommer i distinkta klasser.
Exempel: pälsfärger, horn –icke horn, genetiska defekter
Vad är additiv genetisk varians?
Variansen av avelsvärden i populationen
Skapas av att olika individer har olika enskilt verkande alleler
Varför är den additiva genetiska variationen viktig?
Den är viktig för avel eftersom den kan förutsäga hur mycket av en egenskap som kan förbättras genom selektion
Vilken information fås från skattning av additiv genetisk varians vid planerandet av ett avelsprogram?
för att förutsäga möjligheterna till genetiska förändringar i en egenskap genom urval och för att välja avelsmetod, dvs. korsning eller inte
Koppling - arvbarhet och additiv genetisk varians?
Om den additiva genetiska variansen är större blir arvbarheten högre.
Vilken typ av geneffekter ger upphov till additiv genetisk variation?
Effekter där varje enskild allel i ett eller flera loci ger sitt bidrag till en egenskap
Vad kan den additiva genetiska variationen användas till?
Förutsäga möjligheterna till genetisk förändring av en egenskap vid selektion.
Välja avelsmetod, t.ex. korsningsavel eller inte.
Vad är residualvariation / miljövariation?
Den del av den totala variansen som inte kan förklaras av genetiska faktorer, inklusive miljöeffekter och slumpmässiga fel
Koppling - arvbarhet och residualvarians / miljövarians?
Desto större miljövariansen är desto mindre blir arvbarheten för egenskapen.
Vad är fenotypisk varians?
Den totala variansen i en egenskap i en population, inkluderar både genetisk och miljömässig varians.
Vad är en fenotyp?
Slutresultatet av alla effekter av både arv och miljö
Vad är arvbarhet?
Mått på en egenskaps ärftlighet
Visar hur stor del av föräldrarnas fenotypiska överlägsenhet som kan förväntas föras över till nästa generation
3 definitioner på arvbarhet?
Den är ett mått på hur stor del av en egenskaps variation som beror på arvet
Andelen additiv genetisk varians av den totala fenotypiska variansen
Talar om hur mycket av föräldrarnas fenotypiska överlägsenhet som kan förväntas överföras till avkomman
Hur beräknas arvbarhet?
Additiv genetisk varians / fenotypisk varians
h2 = 𝛔2A / 𝛔2P = VARA / VARP
Arvbarhet = Genetisk variation / All kvarvarande variation (efter korrigering)
Arvbarhet - värde?
Ett värde från 0 till 1
4 frågor om arvbarhet?
Hur stor del av variationen förklaras av arv
Hur mycket av föräldrarnas medelvärde (som avvikelse från totala medelvärdet) går i arv till avkomman
Hur mycket djurets eget resultat säger om avelsvärdet
Hur mycket information behövs för att få ett säkert avelsvärde
Arvbarhet och genetiskt framsteg?
Ju högre arvbarhet desto större genetiskt framsteg
Det genetiska framsteget är lika med arvbarheten gånger selektionsdifferensen
Det genetiska framsteget är lika med arvbarheten gånger selektionsintensiteten gånger den fenotypiska spridningen (variansen)
Arvbarhet och avelsvärdets säkerhet?
När man har fenotypselektion talar arvbarheten om hur bra mått fenotypvärdet är på avelsvärdet
- Ju högre arvbarhet desto säkrare selektion
Vilken information fås från skattning av arvbarhet vid planerandet av ett avelsprogram?
hur mycket av den fenotypiska överlägsenheten hos en individ som kommer att ärvas till avkomman och att bestämma hur mycket
Ange två sätt som man kan beräkna arvbarheten (h2) på?
Man kan räkna ut arvbarheten som h2 = σ2A/σ2P.
Man kan även beräkna den med hjälp av linjär regression av avkommors och föräldrars fenotyper.
Arvbarheten för en egenskap kan skattas med en regressionsanalys, regressionsanalysen svarar på frågan?
Hur mycket av avkommans resultat (y) förklaras av föräldrarnas resultat (x)
Ge 2 definitioner/förklaringar på arvbarhet?
Hur mycket avelsvärdet förändras vid en enhets förändring av fenotypvärdet
Andelen additiv genetisk varians av den totala fenotypiska variansen
Man brukar ofta hävda att det är näst intill omöjligt att nå lika hög säkerhet vid avelsvärderingen av en lågarvbarhetsegenskap (t.ex. mastitförekomst) som för en egenskap med medelhög/hög arvbarhet (t.ex. mjölkavkastning). Kommentera detta påstående.
Genom att använda avkommeprövning med stora avkommegrupper kan säkerheten bli lika hög som för en högarvbarhetsegenskap testad med individprövning.
Vad innebär en hög resp låg arvbarhet?
Högre arvbarhet innebär att en större del av fenotypen beror på arvet.
Om den additiva genetiska variansen är större blir arvbarheten högre. Desto större miljövariansen är desto mindre blir arvbarheten för egenskapen
Hur kan man öka arvbarheten för en egenskap?
Genom att försöka minska den miljöeffekt som finns och om man korrigerar för de kända miljöeffekter man har uppgift om i sin modell (minskar residualvariationen) kan arvbarheten öka. Även att egenskapen uttrycks fullt ut kan öka arvbarheten
Arvbarheten är en så kallad populationsparameter/begrepp. Vad innebär det i klartext, och vilka konsekvenser får det för resultatet av avelsarbetet?
Då arvbarheten skattas för en viss population innebär det att värdet för arvbarheten endast gäller för den population där skattningen har skett. Arvbarheten kan förändras över tid och behöver skattas igen efter ett par år. Det går heller inte att använda den skattade arvbarheten för en annan population.
Arvbarheten är en populationsparameter eftersom det handlar om genetisk variation som beror på allelfrekvenser som är specifika för olika populationer
Vad är ett avelsvärde?
En skattning av värdet av individens additiva alleler
En (praktisk) definition av avelsvärde?
Medeltalet för en stor avkommegrupp från en individ (som avvikelse från hela populationen (populationsmedelvärdet) = halva avelsvärdet (TA) (det som den ena föräldern nedärver/transmitterar till avkomman)
- eftersom bara hälften av förälderns gener nedärvs
- resten av generna förväntas motsvara medel i populationen
Varför kan avelsvärdena bara användas i den population där de har skattats?
Avelsvärdet är ett mått på effekten av att introducera djurets gener i den befintliga populationen och därmed inte direkt överförbart på andra populationer.
Avelsvärden behöver skattas på nytt med jämna mellanrum, varför? Vad kan göra att avelsvärdena ändras?
Ny information från t.ex. syskon eller avkommor; arvbarheten ändras; eventuella fel i de första mätningarna; (nya egenskaper läggs till)
Avelsvärden (EBV)?
EBV (estimated breeding value) - ett skattat avelsvärde (PBV förekommer också och det är samma sak)
En enkel skattning: EBV = bA/P *(P - ⲙ)
bA/P är regressionen av avelsvärdet på fenotypen
Om man har mätt informationen på djuret självt är bA/P = h2
EBV = h2 * (P - ⲙ)
2 definitioner på djurets skattade avelsvärde?
Är en förutsägelse om hur djurets avkommor kommer att utvecklas i en viss egenskap, och inte ett mått på vad djuret självt har för resultat
Ger en uppfattning om vilket resultat man kan förvänta sig i kommande generationer av att använda det aktuella djuret (eller en grupp djur) i avel
Vad är BLUP-avelsvärde?
Utnyttjar all tillgänglig information från släktingar
Korrigerar för miljöfaktorer (t.ex. ålder, kön)
Korrigerar för parning med bättre eller sämre individer än medeltalet
Vad är negativ korrelation?
När en ökning i en egenskap är associerad med en minskning i en annan egenskap.
motsatt riktning
Vad är positiv korrelation?
När en ökning i en egenskap är associerad med en ökning i en annan egenskap, ELLER en minskning i en egenskap är associerad med en minskning i en annan egenskap
ena ökar, andra ökar också och ena minskar, andra minskar också
samma riktning
Vad är gynnsam eller ogynnsam korrelation?
Beskriver om korrelationen är fördelaktig (gynnsam) eller skadlig (ogynnsam) för avelsmålen.
Vad beskriver korrelationen?
Korrelationen beskriver hur mycket två egenskaper hänger ihop
En korrelation kan vara negativ, obefintlig och positiv?
negativ, -1: ena ökar, andra minskar
obefintlig, 0: inget samband
positiv, +1: ena ökar, andra ökar också och ena minskar, andra minskar också
Korrelationen kan vara genetisk, miljömässig och fenotypisk?
genetisk, beror på geneffekter
miljömässig, beror på miljöeffekter
fenotypisk, beror på genernas uttryck i miljön
Vad kan genetiska korrelationer bero på (generellt)?
Genetisk koppling (alleler nära varandra på kromosomen) och pleiotropi (ett anlag påverkar flera egenskaper; samma biologiska bakgrund till resultat i flera egenskaper)
Hos kor är den genetiska korrelationen mellan mjölkmängd och mastit positiv medan den genetiska korrelationen mellan mjölkmängd och fertilitet är negativ. Tolka korrelationerna. Är de gynnsamma eller ogynnsamma?
Mycket mjölk - mycket mastit, ogynnsamt
Mycket mjölk - lite (låg) fertilitet, ogynnsamt
När man vill förbättra egenskaper genom avel, varför är det viktigt att känna till både storleken och ‘tecknet’ på den genetiska korrelationen mellan egenskaper?
För att veta om aveln leder till gynnsamma eller ogynnsamma förhållanden, storleken förklarar hur väl egenskaperna följer varandra.
Säkerhet vid selektion?
Ett mått på hur nära en individs avelsvärde predikterar dess faktiska genetiska värde. Högre säkerhet innebär att selektionsbesluten är mer tillförlitliga.
Förklara innebörden av begreppet säkerhet ”(rTI)”.
Säkerheten mäter hur starkt sambandet är mellan ditt beräknade avelsvärde och det sanna avelsvärdet (=avelsmålet). Med andra ord mäter säkerheten korrelationen mellan avelsmål och det skattade avelsvärdet.
Hur stor säkerheten blir beror bla på?
Egenskapens arvbarhet
Informationskällor i avelsvärderingen
Släktskap
Antal individer i varje informationskälla
Hur väl man lyckas beakta miljöeffekter
Värde på säkerhet?
Säkerheten (rTI) har ett värde mellan 0 (nonsens) och 1 (perfekt)
Hur stor säkerhet kan man få maximalt vid avkommeprövning? Varför?
(Nära) 100%. Med många avkommor jämnas de mendlande bidragen och bidraget från mödrarna ut och blir i medeltal noll, det som blir kvar är faderns halva avelsvärde.
När är individprövning användbart, och ger god säkerhet, i avelsvärderingen?
Individprövning kan användas för egenskaper som kan mätas på de djur som ska få avelsvärden (i levande skick). Säkerheten beror på egenskapens arvbarhet. För egenskaper med låg arvbarhet ger individprövning dålig säkerhet, medan det kan bli riktigt bra säkerhet med individprövning för egenskaper med hög arvbarhet.
Vilka faktorer påverkar säkerheten för genomisk avelsvärdering?
Effektiv populationsstorlek, referenspopulationsstorlek, arvbarhet och genomlängd
Vad är Heterosis/korsningseffekt?
Förbättring i prestanda eller egenskaper hos avkomma från korsning av två olika raser eller populationer jämfört med föräldrarna
korsningseffekt=heterosis. Avkomman blir bättre än medel av föräldrarna
När uppstår Heterosis/korsningseffekt?
uppstår när korsningsavkomman blir heterozygot i många loci. I detta tillfälle utnyttjar man de icke-additiva genetiska effekterna.
Om korsningsdjuren är bättre än den bästa renrasig
Hur beräknas heteros?
Heteros % = (Korsningsmedeltal - Renras medeltal / Renras medeltal) *100
Heteros bygger på?
Dominanseffekt
Hamnar vi över eller under linjen så finns dominans och således heteros (%)
Heteros och arvbarhet?
Egenskaper med låg arvbarhet oftast hög heteros (utrymme för mer icke-additiv genverkan)
Korsningseffekt är mest betydelsefull för egenskaper med låg arvbarhet
Vad innebär Genotyp-miljösamspel, GxE?
Variation i hur olika genotyper svarar på olika miljöförhållanden. Ett genotyp-miljösamspel innebär att den relativa prestandan av olika genotyper ändras beroende på miljön.
En variant av genetisk korrelation
Vissa nivåer av genotypen fungerar bättre med vissa nivåer av miljöfaktorn
Vad kan genotyp-miljösamspel betraktas som?
Kan betraktas som indirekt selektion,
vi selekterar för en egenskap (t.ex. tillväxt på station) men egenskapen uttrycks i en annan miljö, vilket vi kan betrakta som en annan egenskap
Om den genetiska korrelationen inte = 1 får vi lägre genetiskt framsteg än förväntat
Ge 3 definitioner/förklaringar på Samspel arv-miljö; Genotyp-miljö samspel?
uppträder när olika genotyper har olika känslighet för en specifik miljöfaktor
den variation som uppstår genom specifika kombinationseffekter mellan arv och miljö
uppstår när det delvis är olika gener som påverkar en viss egenskap i skilda miljöer
Vad är Selektionsrespons/genetiskt framsteg?
Skillnaden i medelvärde efter en generation av selektion och reproduktion
Ju högre arvbarhet desto större genetiskt framsteg
Hur beräknas genetiskt framsteg?
Det genetiska framsteget är lika med arvbarheten gånger selektionsdifferensen
eller
Det genetiska framsteget är lika med arvbarheten gånger selektionsintensiteten gånger den fenotypiska spridningen (variationen)
Vilka faktorer påverkar hur stort genetiskt framsteg man får i en egenskap?
Antalet egenskaper i avelsmålet; additiva genetiska variationen i egenskapen; säkerheten i avelsvärderingen; andel selekterade djur; hur de selekterade djuren används; generationsintervallets längd
Vilken varianskomponent är av störst intresse när man vill skatta det genetiska framsteget för en egenskap, och varför?
Den viktigaste varianskomponenten är σA, som beräknar additiva genetiska egenskaper (Hur mycket varje individs egenskap skiljer sig från medelvärdet).
Genetiskt framsteg och selektionsintensitet?
Att ha en hög selektionsintensitet leder till ett ökat genetiskt framsteg
Beskriv vad som menas med selektionsintensitet.
Selektionsintensitet (kallas även urvalsintensitet) är en standardiserad selektionsdifferens. Beskriver alltså hur mycket bättre de djur som selekterats för avel är gentemot populationen i stort – men på en standardiserad skala, utan måttenheter.
Påverkas av andelen selekterade djur; selektionsintensiteten minskar när andelen selekterade djur ökar.
Vad är selektionsintensitet (enkelt)?
mått på hur “skarp” selektionen är
Ju färre vi behöver som föräldrar desto mer extrema djur kan vi välja
Vad ger hög selektionsintensitet?
En låg andel selekterade djur ger hög selektionsintensitet och stor genetisk förändring
Ju högre selektionsintensitet desto snabbare genetisk förändring
Hur beräknas selektionsintensitet, i?
i = S / 𝞂P
Selektionsdifferens dividerat med den fenotypiska variationen
eller
Andel selekterade (p) ger selektionsintensiteten (i) från en normalfördelningstabell
Finns andra sätt att öka selektionsintensiteten?
öka de som finns att välja bland -> finns fler att selektera
Ett sätt att öka selektionsintensiteten är att selektera ett fåtal handjur för avel. Finns det några nackdelar med detta? Kan man öka selektionsintensiteten på andra sätt?
Man riskerar högre grad av inavel, med möjlig inavelsdepression som följd.
Man kan också öka selektionsintensiteten genom att öka antalet testade djur, dvs antalet djur man har att välja bland när man ska selektera. Till följd av ett större antal djur att välja bland så kommer andelen selekterade att minska selektionsintensiteten ökar.
Vad är generationsintervall, L?
Föräldrarnas genomsnittliga ålder (medelvärdet) när de avkommor föds som ska bli föräldrar i nästa generation
Till exempel om ens mamma är 31 år och ens pappa är 34 år blir generationsintervallet 31 + 34 / 2 = 32,5 år.
Ett långt generationsintervall innebär att avelsarbetet tar längre tid, det tar längre tid att få genetiska framsteg medan ett kort intervall ger snabba förändringar.
Två definitioner/förklaringar på generationsintervall?
Generationsintervallet är föräldrarnas genomsnittliga ålder då de avkommor som ska selekteras föds
Ett kort generationsintervall ger ett snabbt genetiskt framsteg
