Gruppdiskussion varianser och kovarianser Flashcards
Förklara generellt vad som kännetecknar fixa och slumpmässiga effekter och
vad de fyller för roll i en genetisk modell.
Fixa effekter: Identifierade före analysen, kan upprepas, specifik, utvald
effekt. Mål: Jämföra klasser, korrigera bort effekten
Slumpmässiga effekter: Urval som representerar populationen, slumpmässigt
urval, beskriver populationen, normalfördelade. Mål: Skatta variation.
Verkar det klokt att selektera kaniner för ullproduktion och inget annat? Varför, varför inte?
Nej!! Fokuserar man endast på en egenskap kan andra egenskaper drabbas
negativt, såsom hälsa och reproduktionsförmåga. Det finns även en risk för
att man får andra oönskade egenskaper “på köpet”
Ge minst två definitioner av begreppet “arvbarhet”.
mått på en egenskaps ärftlighet.
Visar hur stor del av föräldrarnas fenotypiska överlägsenhet som förväntas föras över till nästa generation.
Diskutera utifrån komponenterna i täljaren resp. nämnaren i formeln för h^2 vad som avgör om arvbarheten för en egenskap blir hög respektive låg? Måste en låg arvbarhet innebära att det är utsiktslöst att försöka förbättra egenskapen via avelsarbete?
h2 = σ2A / σ2P
σ2P = σ2A + σ2E
Högre arvbarhet innebär att en större del av fenotypen beror på arvet.
Om den additiva genetiska variansen är större blir arvbarheten högre. Desto större miljövariansen är desto mindre blir arvbarheten för egenskapen.
En låg arvbarhet behöver inte innebära att det inte går att förbättra egenskapen
genom avel.
Om den låga arvbarheten
beror på liten genetisk variation är det ju svårt att
bedriva avel, men om den låga arvbarheten mest beror
på väldigt stort inflytande av miljö är det möjligt att
bedriva avel – men svårare och kräver viss populationsstruktur
Hur kan man öka arvbarheten för en egenskap?
Genom att försöka minska den miljöeffekt som finns och om man korrigerar för de
kända miljöeffekter man har uppgift om i sin modell
(minskar residualvariationen) kan arvbarheten öka
Även att egenskapen uttrycks fullt ut kan öka arvbarheten
Arvbarheten är en så kallad populationsparameter/begrepp. Vad innebär det i
klartext, och vilka konsekvenser får det för resultatet av avelsarbetet?
Då arvbarheten skattas för en viss population innebär det att värdet för arvbarheten
endast gäller för den population där skattningen har skett. Arvbarheten kan förändras över tid och behöver skattas igen efter ett par år. Det går heller inte att använda den skattade arvbarheten för en annan population.
Arvbarheten är en populationsparameter eftersom det handlar om genetisk variation som beror på allelfrekvenser som är specifika för olika populationer.
Mjölkavkastning och förekomst av klinisk mastit har visat sig ha en genetisk korrelation på ca
+ 0,3.
a) Vilka genetiska faktorer kan ligga bakom denna korrelation, och vilka konsekvenser får det i avelsarbetet för en mer ekonomisk mjölkko?
Genetisk koppling (alleler nära varandra på kromosomen) och pleiotropi (ett anlag påverkar flera egenskaper; samma biologiska bakgrund till resultat i flera egenskaper)
Det kan leda till negativa
konsekvenser. Men om egenskaper är gynnsamt
korrelerade så kan man dra nytta av det. Men om vi inte
har koll på och mäter alla viktiga egenskaper så
kommer vi inte veta om det är gynnsamma eller ogynnsamma kopplingar, tills eventuella ogynnsamma
konsekvenser blir alltför uppenbara.
När man vill förbättra egenskaper genom avel, varför är det viktigt att känna till både storleken och ‘tecknet’ på den genetiska korrelationen mellan egenskaper?
För att veta om aveln leder till gynnsamma eller ogynnsamma förhållanden, storleken förklarar hur väl egenskaperna följer varandra
Beskriv kortfattat hur man skattar en genetisk korrelation
Biologiska komponenter som den genetiska kovariansen kan skattas med hjälp av en
ANOVA - tabell, den genetiska korrelationen tas sedan fram genom att man delar den genetiska kovariansen med roten ur produkten av de genetiska varianserna för respektive egenskap
Fenotypen är summan av genotyp och miljö – men genotypen och miljön är inte alltid oberoende av varandra.
a) Ge exempel på situationer som ger upphov till genoyp-miljö-kovarians, σGE . Varför
orsakar en sådan kovarians problem i avelsprogram?
Vissa individer särbehandlas, de som har ”bättre” gener får bättre förutsättningar. Till
exempel en bra häst med en duktig ryttare och en bra ko med bättre foder och omvårdnad. Detta kan leda till att fenotyperna underpresterar i en dålig miljö och överpresterar i en bra miljö.
Detta kan påverka avelsprogram då individer med en bra fenotyp inte alltid behöver vara den individ med bäst genotyp
b) Ett antal värphönslinjer har bedömts och det visade sig att de linjer som hade högst
produktion när de fick en proteinrik foderstat inte var samma som de linjer som presterade bäst när de fick en proteinfattig foderstat. Vad kan anledningen vara? Och vad blir konsekvenserna?
Olika gener uttrycks i olika
miljöer, eller så uttrycks samma gener på olika sätt i
olika miljöer.
Vissa presterar bra i ”dålig” och vissa bra i ”bra” miljö.
Linjerna har selekterats i olika miljöer och presterar därför olika. Det blir konsekvenserna om en linje inte sätts i rätt miljö. Det är viktigt att individerna får den miljö de är anpassade för för att kunna prestera. Viktigt att veta vilken miljö djuren ska leva i vid selektion, för att kunna
anpassa avelsmatrialet
Varför vill vi skatta den genetiska variansen? (3 st)
För att skatta arvbarheten (ingår i formeln för arvbarhet)
För att förutsäga möjligheterna för genetiskt framsteg
För att designa avelsprogram
På föreläsningen såg du exempel där varianskomponenter skattades, och arvbarheten för en egenskap beräknades, med hjälp av en ANOVA-tabell. Varför kunde du inte ha gjort på motsvarande
sätt med det datamaterial du arbetat med idag?
För att kunna använda ANOVA till varianskomponentskattning så måste datamaterialet vara balanserat (varje tjur hade varit tvungen att ha lika många avkommor vilket inte alls var fallet)
