Infections fongiques (Cours 12) Flashcards
Le règne Fungi?
100 000 espèces connues, potentiellement 1.5- 10 million
d’espèces.
Eucaryotes (organismes à noyau)
Longtemps classé dans le règne des plantes
Phylogénétique des champignons?
Classification moléculaire (ADN ribosomal) :
• Ancêtre commun proche avec la lignée des animaux.
• Rends le dév. d’antifongiques plus difficile
• Cibles usuelles paroi et
membrane cellulaire.
Niches écologiques des champignons?
Les champignons sont de grands recycleurs
présents dans toutes les niches écologiques.
Qu’est-ce qu’un saprophyte?
Décompose la matière organique morte
(principalement végétale) avec un arsenal d’enzymes sécrétés.
Symbiotes?
Commensaux?
Parasites/pathogènes?
Lichen (algue), Mycorhize (plante) et Insectes
Candida Malassezia et Saccharomyces
Plantes (ex. Fusarium / Phytophtera) et Animaux
(ex. dermatophytes, dimorphes)
Compléter. On les trouve dans ______, ________ et __________. La plupart ont aussi un _____________.
Sol, matière végétale et dans l’air (spores). Cycle saprophyte environnemental.
Parmi les quelques 100 000 espèces de champignons répertoriées,
combien ont été rapportées pathogènes chez l’humain /
animaux ?
Moins de 0,5% (environ 500)
Principaux obstacles à l’invasion des tissus ?
- Croissance lente
- Température élevée du corps (37 °C)
- Mécanismes de défenses cellulaires
Pathogénécité des champignons?
Rarement contagieux (humain à humain) / pathogènes opportunistes
Exception = Dermatophytes- Pneumocystis
Cas multiples – éclosions possibles:
• Fortes concentrations de spores / « vrais » champignons pathogènes
• Équipement médical ou médicaments injectables contaminés / immunité réduite
Quels sont les COVID associated fungal infections?
Causés par quoi?
CAPA : COVID associated aspergillosis
CAM : COVID associated mucormycosis
COVID associated candidemia/cryptococcosis.
Diabète (mucormycose), Inflammation, Corticostéroïdes, Ventilation assistée et Immunosuppression
Type d’infection et mycoses associées :
Superficielle, cutanées?
Sous-cutanées?
Profondes ou invasives?
- Dermatophytose
(teigne, pied d’athlète), Pityriasis versicolor - Chromoblastomycose, Mycétome
- Pathogènes (GR3): Histoplasmose, Blastomycose
Opportunistes (GR2) : Candidose, Aspergillose
Quelle est la prévalence des infections fongiques invasives: pop gen?
VIH?
GMO ou lymphome?
Pop gen.: Candida/Aspergillus
VIH: Cryptococcus et dimorphes
GMO ou lymphome: Candida et Aspergillus
Vrai ou faux. Différences
importantes entre groupes de
patients immunosupprimés
et population générale?
Vrai.
Mortalité élevé lorsque?
Patients à risque?
L’infection est invasive
(disséminée)
Immunosupprimés
(VIH, cancer, greffe solide ou moelle osseuse, lymphome, corticostéroïdes, anti-inflammatoires…).
Classification morphologique des levures?
- Unicellulaires (3-15 m), lisse
- Fermentation anaérobique
- 1500 sp. (1-5% des espèces fongiques)
Classification morphologique des champignons filamenteux?
- syn. Moisissures (80% des espèces)
- Multicellulaires
- Filamenteux (croissance des hyphes)
- Poudreux et colorés (production de spores/conidies)
Classification morphologique des champignons macroscopiques?
• Croissance dans le sol
• Gros organes de fructification (visibles)
• Certains toxiques mais généralement pas pathogène :
empoisonnement alimentaire pas au LSPQ!
Quels sont les 3 grands groupes phylogénétiques?
Ascomycètes
Basidiomycètes
Zygomycètes
(Mucormycètes/ Mucorales)
Vrai ou faux. Classification morphologique = phylogénétique.
Faux.
Cycle vital des champignons filamenteux?
Levures (unicellulaires): division par bourgeonnement/fission
Dispersion des spores dans conidies, germination en thalle végétatif (mycélium-hyphes), maturation en organes de fructification et reproduction de dispersion des spores.
Quels sont les deux modes de reproduction des mycètes?
Sexuée (forme téléomorphe) :
- Homothallisme (2 éléments reproducteurs sur un seul organisme)
- Hétérothallisme (2 organismes pour reproduire)
Caryogamie = spores
Asexuée (forme anamorphe) = conidies
Classification taxonomique repose sur les structures sexuelles, quels sont les groupes?
Zygomycota = zygospores Ascomycota = ascospores (sacs de 4 spores), homo et hétérothallique Basidiomycota = basidiospores, hétérothallique
Vrai ou faux. La résistance aux échinocandines est plus fréquentes qu’aux azoles.
Faux, c’est l’inverse. La résistance aux échinocandines est une émergences dans le monde
Comment se fait la résistance aux antifongiques?
Résistance fait suite à exposition à un antifongique (prophylaxie, traitement maladie chronique).
Généralement pas propagation environnementale ou entre patients (exception C. auris).
La résistance au fluconazole est fréquente chez qu’elle espèce? et modérée?
- fréquente: C. glabrata et C. krusei
- modérée: C. albicans, C. tropicalis, C. parapsilosis
Vrai ou faux. Résistance croisée fréquente selon la classe d’antifongiques (ex. tous les azoles)
Vrai.
Pour levures suivantes, donnez des espèces et des traits biochimiques distinctifs : ascomycètes et basidiomycètes
1. Ascomycètes Candia (Majorité), Sacccharomyces et Pichia Fermentation+ Uréase- 2. Basidiomycètes Trichosporon, Rhodotorula, Cryptococcus et Malassezia Fermentation- Uréase+
Qu’est-ce qu’une gélose chromogénique?
Laquelle est la plus populaire?
Gélose qui colore les colonies selon l’espèce.
CHROMagar Candida
Pour les espèces suivantes, quelle couleur apparaitra sur la gélose chromogénique : • C. albicans/dubliniensis • C. glabrata • C. tropicalis • C. krusei • C. parapsilosis
• C. albicans/dubliniensis -vert • C. glabrata -mauve • C. tropicalis -bleu métallique • C. krusei -rose (pourtour rugueux) • C. parapsilosis -rose à rose-mauve
Quel est le principe de l’examen microscopique des fragments?
Avantages? Désavantages?
- Montage d’un fragment de colonie entre lame et lamelle
- Coloration avec liquide de montage (ex. bleu de coton)
Avantage: rapide, sécuritaire (GR3)
Inconvénient: résolution souvent faible
Le principe de la technique du ruban gommé.
Avantages? Désavantages?
Avantages : Capter des structures à l’état frais et sur le moment
Désavantages : Non recommandé s’il y a possibilité qu’il s’agisse d’un champignon pathogène de GR3 dimorphe!
Le principe de la technique de culture sur lame.
Avantages? Désavantages?
Avantages: meilleure résolution possible, idéal pour photos
Inconvénients: demande plus de temps et de
dextérité, moins sécuritaire pour GR3
Quelle est la méthode de référence (Gold standard) pour l’identification des mycètes et pourquoi?
Séquençage de régions cibles (à partir de la culture)
• Efficace et accessible (matériel std de biologie moléculaire).
• Amorces universelles (panfongiques) = applicables à toutes les espèces.
• Identification précise de l’agent pathogène en cause (si on séquence bonnes cibles!)
Quels sont les autres approches moléculaire d’amplification d’ADN?
PCR de détection sur spécimen clinique.
PCR de détection (avec amorces spécifique)
Typage moléculaire (ex. MLST)
Séquençage génome complet.
Quelles régions sont utilisées pour le séquençage?
Quelle est le code barre universel?
Les autres cibles?
Unité d’ADN ribosomal codant les gènes d’ARNr
18S: small subunit (SSU)
28S: large subunit (inclut région D1/D2)
ITS: internal transcribed spacer (inclut ITS1 et ITS2) - CODE BARRE UNIVERSEL
IGS: intergenic spacer
Autres = Beta tubuline (benA), Calmoduline (CaM)
et EIF1A
Quelles sont les mises en garde des banques de données?
• Taxonomie complexe en mycologie (nomenclature double et changements de
noms)
• Banques de données publiques contiennent 5-15% d’identifications erronées
(NCBI et Westerdjik/CBS)
• Banques de données incomplètes (séquences partielles) = des identifications erronées (ID > 98%).
• Minimum de correspondance entre l’aspect de la culture et
ID moléculaire obtenue (expertise nécessaire…)
Quel est le principe du MALDI-TOF? Avantages?
Mélange échantillon + matrice = Matrice absorbe UV du laser = Vaporisation/ ionisation échantillon
• La masse des ions est proportionnelle à leur temps de vol (TOF). Les ions plus légers atteignent une vitesse plus élevée.
= Permet d’obtenir un profil (m/z), spectre de masse des protéines présentes.
Chaque microorg. produit un spectre de masse distinct permettant l’identification.
Comparaison avec banque de spectres connus
Rapide, excellent avec mélange brut de protéines / biomolécules
MALDI-TOF pour les champignons filamenteux est plus complexe, pourquoi? Comment s’est adapté?
- Paroi cellulaire rigide (rend extraction difficile)
- Profil de MS très différent selon l’âge et le milieu de culture (sporulation)
- Standardisation de la culture et du type de matériel prélevé
- Extraction complète des protéines en tube (avec EtOH et acide formique)
Complétez.
L’ID par MALDI-TOF des levures très performante (sp. rares) : __________
Remplace plusieurs des analyses biochimiques conventionnelles et sur automates car _______
L’ID des filamenteux par MALDI-TOF est prometteuse car _____
Coût moindre et ID correcte
Moins de séquençage requis
Protocole d’extraction plus complexe en tube, peu implantée, ID correcte (60-100%) et bcp de travail pour compléter BD.
Saprophyte obligatoire des animaux à sang chaud?
C. albicans et C. glabrata
=Colonisent peau, muqueuses, tube digestif
Saprophyte facultatif des animaux à sang chaud?
C. parapsilosis, C. tropicalis, C. krusei et C. guilliermondii
=plus présente naturellement dans
l’environnement
Quelle espèce colonise 75-80% de la population à la naissance?
C. albicans
Quel infection fongique est la plus fréquente?
Candida
Quels sont les principaux facteurs de risque?
Neutropénie (immunodéficit) Antibio. à large spectre Chirurgie abdominale Soins intensifs Cathéters (dialyse)
Quel est la prévalence selon l’espèce?
8 espèces représentent > 96%
C. albicans, C. glabrata et C. parapsilosis (~80%)
Peu différence candidémies (sang) vs. tous sites
confondus.
Différences mineures au Qc avec données étude
internationale SENTRY (29 pays – 5 continents)
Discuter de l’alerte clinique de Candida auris?
Émergente en 2009 au Japon. Éclosions de condidémies, infection sang.
Multirésistante = 93% fluconazole, 37% amphotéricine et 7% échinocandines.
Transmission entre patients par enviro (persiste et resiste aux désinfectants). Mortalité 60%. Levure se prend pour bactérie multi-résistante.
Seulement 25 cas au Can, pays à risque = inde, pakistan, Venezuela, Afrique du Sud, Koweit, Kenya, Émirats Arabes Unis.
Cryptococcus neoformans/gattii
Généralités?
• Levure basidiomycète (aspect mucoïde)
• Capsule épaisse de sucre / mélanine
• Infection pulmonaire et du SNC (méningite)
• C. neoformans a une distribution mondiale
• Présent dans le sol = contaminé par fiente
d’oiseau (riche en N).
• Infecte ++ l’hôte immunocompromis (VIH).
• Méningites et infection
respiratoire.
• Association à des arbres.
• Rare en AN pas au Can avant 1999
Cryptococcus neoformans/gattii
Zones endémiques?
4 génotypes?
Zones d’endémie: surtout régions tropicales / sous tropicale.
• 4 génotypes: VGI et VGII + virulents
+ patients immunocompétents:
Cause méningites + infection pulmonaire
= patho primaire (peut infecter hôte en bonne santé)
MADO
Pneumocystis jirovecii
Généralités?
lgt classé comme parasite.
Ascomycète responsable de pneumocystose. PJP chez immunosupprimés. Plusieurs espèces chacune spécifique à un hôte.
P. jirovecii: homme, P. carinii: rat et P. murina souris
Pneumocystis jirovecii
Cycle d’infection
• Parasite fongique obligatoire / non-cultivable
• Pas de source environnementale connue
• Tropisme pour poumons. Infection avant l’âge de
4 ans dans 80% des cas (bénin).
• Patients immunosupprimés, risque de
pneumonie fulminante (non-VIH > VIH)
• mortalité pouvant atteindre 30-60%
• Diagnostic difficile chez non-VIH: symptômes
non-spécifiques (toux sèche, infiltrat poumon)
Pneumocystis jirovecii
Cycle de transmission
Hôte normal (immunocompétent) = infection bénigne ou asymptomatique transfert chez hôte immunosupprimé et cause des éclosions = pneumonie fulminante (létalité élevé). Re transfert vers hôte normal par travailleur de la santé.
Éclosions de PCP
Hausse mondialement depuis 2000. Majorité cas implique des cohortes de greffés rénaux (pas des patients VIH). 32 cas 2013-14 au Qc.
Quelles sont les conclusions sur les éclosions de PCP?
Première = Éclosion PCP résistante à l’atovaquone (prophylaxie prolongée). Transmission en milieu hospitalier (aérienne). Changement d’agent de prophylaxie en cas de résistance.
Qu’est-ce qu’une dermatophytose?
• Colonisation de tissus kératinisés (peau,
cheveux et ongles)
• Pas d’invasion sous-cutanée (derme)
• Inflammation = réaction de
l’hôte aux métabolites / Ag du champignon.
Quels sont les types d’infection à dermatophyte?
Géophiles = Inflamma variable (modérée-forte) et inf. rare. Zoophiles = Très inflamma, aiguë - autorésolutive (poudreuse, très sporulée) Antropophiles = Peu inflam, inf. chronique (duveteuse, peu sporulée)
Quel champignon est le seul à avoir évoluer spécifiquement pour infecter l’homme?
Dermatophytes
Quels sont les espèces les plus fréquentes des dermatophytes isolés au Qc?
T. rubrum (Anthro)
T. mentagrophytes complexe (zoophiles)
Qu’est-ce que le gène CARD9? Quel est le résultat d’une mutation dans ce gène? Quels organes sont touchés?
Impliqué cascade immun antifongique et activation cytokine inflammatoire Moins bonne réponse immun = diminu d'IL6-17 peau, cuir chevelu, ongles, ganglions et cerveau.
Quels champignons filamenteux sont opportunistes?
Zygomycètes (mucorales) et ascomycètes
Classification classique des filamenteux (Asexués)?
Hyphomycètes = hyphes septés (fins) : hyalins (pâles) et dématiés (bruns)
Mucorales zygomycètes = hyphes non septés (larges)
Généralité des zygomycètes (mucorales)?
- Champignons plus primitifs (hyphes larges non-septés, culture laineuse)
- Produisent des sporanges contenant sporangiospores, certains avec rhizoïdes
Quel est l’agent principal de
l’aspergillose et l’espèce la plus opportuniste la plus
pathogène?
A. fumigatus
Aspergillose:
Patients à risque?
3 types?
VIH, greffe MO/transplant poumons, neutropénie prolongée et fibrose kystique.
Invasive (organes multiples), pulmonaire chronique et allergique.
Aspergillose:
Traitement?
Résistance?
Antifongiques (Voriconazole, isavuconazole et Amphotéricine B)
R si patient traitement prolongée et enviro aux azoles (pesticides agricoles)
Qu’est-ce que les champignons dimorphes?
Dimorphisme thermique 30 °C (filamenteux) vs. 37 °C (levure)
GR3 : Blastomyces dermatitidis, Coccidioides sp.
et Histoplasma capsulatum
Patho à très haut risque?
Patho à haut risque?
Coccidioides sp. (bioterrorisme) et Histoplasma capsulatum
Blastomyces dermatitidis, Paracoccidioides brasiliensis et Cladophialophora bantiana
Dose infectieuse pour Coccidioides et Histoplasma?
1-10 conidies
En laboratoire quels précautions sont prises pour GR3?
- enceinte de sécurité biologique
- masque N95
- combinaison Tyvek
- Double gants
- Blouse chirurgicale
- Lunettes de protection
Papier absorb. humidifié avec liquide germicide
Coccidioides (ABCSE):
Habilitation de sécurité
requise et cultures sous-clé
Caractéristiques cliniques des dimorphes (vrais pathogènes) :
Hôte? Porte d’entrée? Origine? Immunité? et distribution géographique?
Normal ou affaibli Poumon Exogène Oui Zones d’endémie
Caractéristiques cliniques des champignons opportunistes :
Hôte? Porte d’entrée? Origine? Immunité? et distribution géographique?
Affaibli Variable Exo- ou endogène Non Mondiale
Faire le schéma de l’évolution de la maladie des champignons dimorphes.
Voir diapo 144
Quels espèces de mycoses GR3 sont endémiques au QC?
Blastomyces dermatitidis
Histoplasma capsulatum
Qu’est-ce qu’une blastomycose?
• Inf. résulte de l’inha conidies.
• +moitié sont asymptomatiques.
• Inf. primaire pulmonaire peut
devenir chronique.
• Dissémination hématogène à d’autres organes
est possible (peau, os, prostate, méninges).
• Mortalité 20-40% si non-traitée
Distribution géographique des blastomycose?
B. dermatitidis est endémique l’Est de AN (bassins Ohio / Mississipi et Grand Lacs et St-Laurent)
CAN: -Majorité des cas
dans le NO de l’On - Manitoba
MADO au Manitoba
Écologie: sol humide (près des cours d’eau),
contenu élevé en matière organique
– pH acide
Historique des cas de blastomycose?
Le nombre de souches reçues a triplé depuis 2006 - 26 cas en 2020 Moyenne sur 32 ans 10 souches / an
Zone la plus touchée par les blasto?
ESTRIE
- Sherbrooke (0.44)
Qu’est-ce qu’une histoplasmose?
1-3. Inhalation de conidies qui germent dans les poumons. 4. T élevée du corps = transf. en forme levure = inf. 5. Levure phagocytée et transportée aux ganglions lymphatiques 6. Dissémination lymphatique et hématogène à d’autres organes possible (macrophages parasités)
Histoplasmose. 90% sont \_\_\_\_\_\_\_\_ 5-10% en infection \_\_\_\_\_\_\_ Manifestations similaires à \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_. Si patient en bonne santé \_\_\_\_\_\_
Asymptomatiques ou bénins.
pulmonaire aigue
Tuberculose
Autorésolutif
Pourquoi on confond l’histoplasmose avec tuberculose?
• Granulomes qui se transforment en
calcifications nodulaires observés en radiographie
(poumons, rate et ganglions lymphatiques).
• Réactivation / réinfection
après plusieurs années (foyer d’inf. non guéri)
Quelles sont les zones endémiques de l’histoplasmose?
Vallée du Mississipi et de l’Ohio
Vallée du St-Laurent
Amérique latine
Démographie blasto vs histo
77% des cas de blastomycose et 81% d’histoplasmose chez des hommes
Qu’est-ce que la Coccidioidomycose?
• Endémique aux régions désertiques aux É.-U.
• Présent dans le sol. L’infection résulte de l’inhalation
d’arthroconidies.
• 60 % des sujets infectés sont asympto ou bénins.
Immunité forte et spécifique.
• 40 % en infection pulmonaire (grippe).
• - de 1%: inf. systémique (méninges, os,
articulations, peau).
• 150 000 cas par an aux USA. (12 000 cas rapportés en 2017).
Ou on été déclarés les cas aux USA de Coccidioidomycose?
> 90% des cas rapportés en Arizona et Californie
Distribution géographique des Coccidioidomycoses?
- Sol désertique alcalin (sud ouest USA, Amérique centrale et du Sud)
- Au Qc, 1-2 cas rapportés en moy/année.
- Voyage en zone d’endémie
