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MCB3080 - Détection épidémiologique des agents infectieux > Infections fongiques (Cours 12) > Flashcards

Infections fongiques (Cours 12) Flashcards

1
Q

Le règne Fungi?

A

100 000 espèces connues, potentiellement 1.5- 10 million
d’espèces.
Eucaryotes (organismes à noyau)
Longtemps classé dans le règne des plantes

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2
Q

Phylogénétique des champignons?

A

Classification moléculaire (ADN ribosomal) :
• Ancêtre commun proche avec la lignée des animaux.
• Rends le dév. d’antifongiques plus difficile
• Cibles usuelles paroi et
membrane cellulaire.

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3
Q

Niches écologiques des champignons?

A

Les champignons sont de grands recycleurs

présents dans toutes les niches écologiques.

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4
Q

Qu’est-ce qu’un saprophyte?

A

Décompose la matière organique morte

(principalement végétale) avec un arsenal d’enzymes sécrétés.

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5
Q

Symbiotes?
Commensaux?
Parasites/pathogènes?

A

Lichen (algue), Mycorhize (plante) et Insectes
Candida Malassezia et Saccharomyces
Plantes (ex. Fusarium / Phytophtera) et Animaux
(ex. dermatophytes, dimorphes)

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6
Q

Compléter. On les trouve dans ______, ________ et __________. La plupart ont aussi un _____________.

A

Sol, matière végétale et dans l’air (spores). Cycle saprophyte environnemental.

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7
Q

Parmi les quelques 100 000 espèces de champignons répertoriées,
combien ont été rapportées pathogènes chez l’humain /
animaux ?

A

Moins de 0,5% (environ 500)

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8
Q

Principaux obstacles à l’invasion des tissus ?

A
  • Croissance lente
  • Température élevée du corps (37 °C)
  • Mécanismes de défenses cellulaires
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9
Q

Pathogénécité des champignons?

A

Rarement contagieux (humain à humain) / pathogènes opportunistes
Exception = Dermatophytes- Pneumocystis
Cas multiples – éclosions possibles:
• Fortes concentrations de spores / « vrais » champignons pathogènes
• Équipement médical ou médicaments injectables contaminés / immunité réduite

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10
Q

Quels sont les COVID associated fungal infections?

Causés par quoi?

A

CAPA : COVID associated aspergillosis
CAM : COVID associated mucormycosis
COVID associated candidemia/cryptococcosis.

Diabète (mucormycose), Inflammation, Corticostéroïdes, Ventilation assistée et Immunosuppression

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11
Q

Type d’infection et mycoses associées :
Superficielle, cutanées?
Sous-cutanées?
Profondes ou invasives?

A
  1. Dermatophytose
    (teigne, pied d’athlète), Pityriasis versicolor
  2. Chromoblastomycose, Mycétome
  3. Pathogènes (GR3): Histoplasmose, Blastomycose
    Opportunistes (GR2) : Candidose, Aspergillose
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12
Q

Quelle est la prévalence des infections fongiques invasives: pop gen?
VIH?
GMO ou lymphome?

A

Pop gen.: Candida/Aspergillus
VIH: Cryptococcus et dimorphes
GMO ou lymphome: Candida et Aspergillus

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13
Q

Vrai ou faux. Différences
importantes entre groupes de
patients immunosupprimés
et population générale?

A

Vrai.

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14
Q

Mortalité élevé lorsque?

Patients à risque?

A

L’infection est invasive
(disséminée)
Immunosupprimés
(VIH, cancer, greffe solide ou moelle osseuse, lymphome, corticostéroïdes, anti-inflammatoires…).

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15
Q

Classification morphologique des levures?

A
  • Unicellulaires (3-15 m), lisse
  • Fermentation anaérobique
  • 1500 sp. (1-5% des espèces fongiques)
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16
Q

Classification morphologique des champignons filamenteux?

A
  • syn. Moisissures (80% des espèces)
  • Multicellulaires
  • Filamenteux (croissance des hyphes)
  • Poudreux et colorés (production de spores/conidies)
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17
Q

Classification morphologique des champignons macroscopiques?

A

• Croissance dans le sol
• Gros organes de fructification (visibles)
• Certains toxiques mais généralement pas pathogène :
empoisonnement alimentaire pas au LSPQ!

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18
Q

Quels sont les 3 grands groupes phylogénétiques?

A

Ascomycètes
Basidiomycètes
Zygomycètes
(Mucormycètes/ Mucorales)

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19
Q

Vrai ou faux. Classification morphologique = phylogénétique.

A

Faux.

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20
Q

Cycle vital des champignons filamenteux?

A

Levures (unicellulaires): division par bourgeonnement/fission
Dispersion des spores dans conidies, germination en thalle végétatif (mycélium-hyphes), maturation en organes de fructification et reproduction de dispersion des spores.

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21
Q

Quels sont les deux modes de reproduction des mycètes?

A

Sexuée (forme téléomorphe) :
- Homothallisme (2 éléments reproducteurs sur un seul organisme)
- Hétérothallisme (2 organismes pour reproduire)
Caryogamie = spores
Asexuée (forme anamorphe) = conidies

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22
Q

Classification taxonomique repose sur les structures sexuelles, quels sont les groupes?

A 
Zygomycota = zygospores
Ascomycota = ascospores (sacs de 4 spores), homo et hétérothallique
Basidiomycota = basidiospores, hétérothallique
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23
Q

Vrai ou faux. La résistance aux échinocandines est plus fréquentes qu’aux azoles.

A

Faux, c’est l’inverse. La résistance aux échinocandines est une émergences dans le monde

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24
Q

Comment se fait la résistance aux antifongiques?

A

Résistance fait suite à exposition à un antifongique (prophylaxie, traitement maladie chronique).
Généralement pas propagation environnementale ou entre patients (exception C. auris).

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25
Q

La résistance au fluconazole est fréquente chez qu’elle espèce? et modérée?

A
  • fréquente: C. glabrata et C. krusei

- modérée: C. albicans, C. tropicalis, C. parapsilosis

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26
Q

Vrai ou faux. Résistance croisée fréquente selon la classe d’antifongiques (ex. tous les azoles)

A

Vrai.

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27
Q

Pour levures suivantes, donnez des espèces et des traits biochimiques distinctifs : ascomycètes et basidiomycètes

A 
1. Ascomycètes
Candia (Majorité), Sacccharomyces et Pichia
Fermentation+
Uréase-
2. Basidiomycètes
Trichosporon, Rhodotorula, Cryptococcus et Malassezia
Fermentation-
Uréase+
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28
Q

Qu’est-ce qu’une gélose chromogénique?

Laquelle est la plus populaire?

A

Gélose qui colore les colonies selon l’espèce.

CHROMagar Candida

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29
Q 
Pour les espèces suivantes, quelle couleur apparaitra sur la gélose chromogénique : 
• C. albicans/dubliniensis
• C. glabrata
• C. tropicalis
• C. krusei
• C. parapsilosis
A 
• C. albicans/dubliniensis
-vert
• C. glabrata
-mauve
• C. tropicalis
-bleu métallique
• C. krusei
-rose (pourtour rugueux)
• C. parapsilosis
-rose à rose-mauve
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30
Q

Quel est le principe de l’examen microscopique des fragments?
Avantages? Désavantages?

A
  • Montage d’un fragment de colonie entre lame et lamelle
  • Coloration avec liquide de montage (ex. bleu de coton)
    Avantage: rapide, sécuritaire (GR3)
    Inconvénient: résolution souvent faible
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31
Q

Le principe de la technique du ruban gommé.

Avantages? Désavantages?

A

Avantages : Capter des structures à l’état frais et sur le moment
Désavantages : Non recommandé s’il y a possibilité qu’il s’agisse d’un champignon pathogène de GR3 dimorphe!

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32
Q

Le principe de la technique de culture sur lame.

Avantages? Désavantages?

A

Avantages: meilleure résolution possible, idéal pour photos
Inconvénients: demande plus de temps et de
dextérité, moins sécuritaire pour GR3

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33
Q

Quelle est la méthode de référence (Gold standard) pour l’identification des mycètes et pourquoi?

A

Séquençage de régions cibles (à partir de la culture)
• Efficace et accessible (matériel std de biologie moléculaire).
• Amorces universelles (panfongiques) = applicables à toutes les espèces.
• Identification précise de l’agent pathogène en cause (si on séquence bonnes cibles!)

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34
Q

Quels sont les autres approches moléculaire d’amplification d’ADN?

A

PCR de détection sur spécimen clinique.
PCR de détection (avec amorces spécifique)
Typage moléculaire (ex. MLST)
Séquençage génome complet.

35
Q

Quelles régions sont utilisées pour le séquençage?
Quelle est le code barre universel?
Les autres cibles?

A

Unité d’ADN ribosomal codant les gènes d’ARNr
18S: small subunit (SSU)
28S: large subunit (inclut région D1/D2)
ITS: internal transcribed spacer (inclut ITS1 et ITS2) - CODE BARRE UNIVERSEL
IGS: intergenic spacer
Autres = Beta tubuline (benA), Calmoduline (CaM)
et EIF1A

36
Q

Quelles sont les mises en garde des banques de données?

A

• Taxonomie complexe en mycologie (nomenclature double et changements de
noms)
• Banques de données publiques contiennent 5-15% d’identifications erronées
(NCBI et Westerdjik/CBS)
• Banques de données incomplètes (séquences partielles) = des identifications erronées (ID > 98%).
• Minimum de correspondance entre l’aspect de la culture et
ID moléculaire obtenue (expertise nécessaire…)

37
Q

Quel est le principe du MALDI-TOF? Avantages?

A

Mélange échantillon + matrice = Matrice absorbe UV du laser = Vaporisation/ ionisation échantillon
• La masse des ions est proportionnelle à leur temps de vol (TOF). Les ions plus légers atteignent une vitesse plus élevée.
= Permet d’obtenir un profil (m/z), spectre de masse des protéines présentes.
Chaque microorg. produit un spectre de masse distinct permettant l’identification.
Comparaison avec banque de spectres connus
Rapide, excellent avec mélange brut de protéines / biomolécules

38
Q

MALDI-TOF pour les champignons filamenteux est plus complexe, pourquoi? Comment s’est adapté?

A
  • Paroi cellulaire rigide (rend extraction difficile)
  • Profil de MS très différent selon l’âge et le milieu de culture (sporulation)
  • Standardisation de la culture et du type de matériel prélevé
  • Extraction complète des protéines en tube (avec EtOH et acide formique)
39
Q

Complétez.
L’ID par MALDI-TOF des levures très performante (sp. rares) : __________
Remplace plusieurs des analyses biochimiques conventionnelles et sur automates car _______
L’ID des filamenteux par MALDI-TOF est prometteuse car _____

A

Coût moindre et ID correcte
Moins de séquençage requis
Protocole d’extraction plus complexe en tube, peu implantée, ID correcte (60-100%) et bcp de travail pour compléter BD.

40
Q

Saprophyte obligatoire des animaux à sang chaud?

A

C. albicans et C. glabrata

=Colonisent peau, muqueuses, tube digestif

41
Q

Saprophyte facultatif des animaux à sang chaud?

A

C. parapsilosis, C. tropicalis, C. krusei et C. guilliermondii
=plus présente naturellement dans
l’environnement

42
Q

Quelle espèce colonise 75-80% de la population à la naissance?

A

C. albicans

43
Q

Quel infection fongique est la plus fréquente?

A

Candida

44
Q

Quels sont les principaux facteurs de risque?

A 
Neutropénie (immunodéficit)
Antibio. à large spectre
Chirurgie abdominale
Soins intensifs
Cathéters (dialyse)
45
Q

Quel est la prévalence selon l’espèce?

A

8 espèces représentent > 96%
C. albicans, C. glabrata et C. parapsilosis (~80%)
Peu différence candidémies (sang) vs. tous sites
confondus.
Différences mineures au Qc avec données étude
internationale SENTRY (29 pays – 5 continents)

46
Q

Discuter de l’alerte clinique de Candida auris?

A

Émergente en 2009 au Japon. Éclosions de condidémies, infection sang.
Multirésistante = 93% fluconazole, 37% amphotéricine et 7% échinocandines.
Transmission entre patients par enviro (persiste et resiste aux désinfectants). Mortalité 60%. Levure se prend pour bactérie multi-résistante.
Seulement 25 cas au Can, pays à risque = inde, pakistan, Venezuela, Afrique du Sud, Koweit, Kenya, Émirats Arabes Unis.

47
Q

Cryptococcus neoformans/gattii

Généralités?

A

• Levure basidiomycète (aspect mucoïde)
• Capsule épaisse de sucre / mélanine
• Infection pulmonaire et du SNC (méningite)
• C. neoformans a une distribution mondiale
• Présent dans le sol = contaminé par fiente
d’oiseau (riche en N).
• Infecte ++ l’hôte immunocompromis (VIH).
• Méningites et infection
respiratoire.
• Association à des arbres.
• Rare en AN pas au Can avant 1999

48
Q

Cryptococcus neoformans/gattii
Zones endémiques?
4 génotypes?

A

Zones d’endémie: surtout régions tropicales / sous tropicale.
• 4 génotypes: VGI et VGII + virulents
+ patients immunocompétents:
Cause méningites + infection pulmonaire
= patho primaire (peut infecter hôte en bonne santé)
MADO

49
Q

Pneumocystis jirovecii

Généralités?

A

lgt classé comme parasite.
Ascomycète responsable de pneumocystose. PJP chez immunosupprimés. Plusieurs espèces chacune spécifique à un hôte.
P. jirovecii: homme, P. carinii: rat et P. murina souris

50
Q

Pneumocystis jirovecii

Cycle d’infection

A

• Parasite fongique obligatoire / non-cultivable
• Pas de source environnementale connue
• Tropisme pour poumons. Infection avant l’âge de
4 ans dans 80% des cas (bénin).
• Patients immunosupprimés, risque de
pneumonie fulminante (non-VIH > VIH)
• mortalité pouvant atteindre 30-60%
• Diagnostic difficile chez non-VIH: symptômes
non-spécifiques (toux sèche, infiltrat poumon)

51
Q

Pneumocystis jirovecii

Cycle de transmission

A

Hôte normal (immunocompétent) = infection bénigne ou asymptomatique transfert chez hôte immunosupprimé et cause des éclosions = pneumonie fulminante (létalité élevé). Re transfert vers hôte normal par travailleur de la santé.

52
Q

Éclosions de PCP

A

Hausse mondialement depuis 2000. Majorité cas implique des cohortes de greffés rénaux (pas des patients VIH). 32 cas 2013-14 au Qc.

53
Q

Quelles sont les conclusions sur les éclosions de PCP?

A

Première = Éclosion PCP résistante à l’atovaquone (prophylaxie prolongée). Transmission en milieu hospitalier (aérienne). Changement d’agent de prophylaxie en cas de résistance.

54
Q

Qu’est-ce qu’une dermatophytose?

A

• Colonisation de tissus kératinisés (peau,
cheveux et ongles)
• Pas d’invasion sous-cutanée (derme)
• Inflammation = réaction de
l’hôte aux métabolites / Ag du champignon.

55
Q

Quels sont les types d’infection à dermatophyte?

A 
Géophiles = Inflamma variable (modérée-forte) et inf. rare.
Zoophiles = Très inflamma,
aiguë - autorésolutive
(poudreuse, très sporulée)
Antropophiles = Peu inflam,
inf. chronique (duveteuse, peu sporulée)
56
Q

Quel champignon est le seul à avoir évoluer spécifiquement pour infecter l’homme?

A

Dermatophytes

57
Q

Quels sont les espèces les plus fréquentes des dermatophytes isolés au Qc?

A

T. rubrum (Anthro)

T. mentagrophytes complexe (zoophiles)

58
Q

Qu’est-ce que le gène CARD9? Quel est le résultat d’une mutation dans ce gène? Quels organes sont touchés?

A 
Impliqué cascade
immun antifongique et
activation cytokine
inflammatoire
Moins bonne réponse immun = diminu d'IL6-17
peau, cuir chevelu, ongles,
ganglions et cerveau.
59
Q

Quels champignons filamenteux sont opportunistes?

A

Zygomycètes (mucorales) et ascomycètes

60
Q

Classification classique des filamenteux (Asexués)?

A

Hyphomycètes = hyphes septés (fins) : hyalins (pâles) et dématiés (bruns)
Mucorales zygomycètes = hyphes non septés (larges)

61
Q

Généralité des zygomycètes (mucorales)?

A
  • Champignons plus primitifs (hyphes larges non-septés, culture laineuse)
  • Produisent des sporanges contenant sporangiospores, certains avec rhizoïdes
62
Q

Quel est l’agent principal de
l’aspergillose et l’espèce la plus opportuniste la plus
pathogène?

A

A. fumigatus

63
Q

Aspergillose:
Patients à risque?
3 types?

A

VIH, greffe MO/transplant poumons, neutropénie prolongée et fibrose kystique.
Invasive (organes multiples), pulmonaire chronique et allergique.

64
Q

Aspergillose:
Traitement?
Résistance?

A

Antifongiques (Voriconazole, isavuconazole et Amphotéricine B)
R si patient traitement prolongée et enviro aux azoles (pesticides agricoles)

65
Q

Qu’est-ce que les champignons dimorphes?

A

Dimorphisme thermique 30 °C (filamenteux) vs. 37 °C (levure)
GR3 : Blastomyces dermatitidis, Coccidioides sp.
et Histoplasma capsulatum

66
Q

Patho à très haut risque?

Patho à haut risque?

A

Coccidioides sp. (bioterrorisme) et Histoplasma capsulatum

Blastomyces dermatitidis, Paracoccidioides brasiliensis et Cladophialophora bantiana

67
Q

Dose infectieuse pour Coccidioides et Histoplasma?

A

1-10 conidies

68
Q

En laboratoire quels précautions sont prises pour GR3?

A
  • enceinte de sécurité biologique
  • masque N95
  • combinaison Tyvek
  • Double gants
  • Blouse chirurgicale
  • Lunettes de protection
    Papier absorb. humidifié avec liquide germicide
    Coccidioides (ABCSE):
    Habilitation de sécurité
    requise et cultures sous-clé
69
Q

Caractéristiques cliniques des dimorphes (vrais pathogènes) :
Hôte? Porte d’entrée? Origine? Immunité? et distribution géographique?

A 
Normal ou affaibli
Poumon
Exogène
Oui
Zones d’endémie
70
Q

Caractéristiques cliniques des champignons opportunistes :

Hôte? Porte d’entrée? Origine? Immunité? et distribution géographique?

A 
Affaibli
Variable
Exo- ou endogène
Non
Mondiale
71
Q

Faire le schéma de l’évolution de la maladie des champignons dimorphes.

A

Voir diapo 144

72
Q

Quels espèces de mycoses GR3 sont endémiques au QC?

A

Blastomyces dermatitidis

Histoplasma capsulatum

73
Q

Qu’est-ce qu’une blastomycose?

A

• Inf. résulte de l’inha conidies.
• +moitié sont asymptomatiques.
• Inf. primaire pulmonaire peut
devenir chronique.
• Dissémination hématogène à d’autres organes
est possible (peau, os, prostate, méninges).
• Mortalité 20-40% si non-traitée

74
Q

Distribution géographique des blastomycose?

A

B. dermatitidis est endémique l’Est de AN (bassins Ohio / Mississipi et Grand Lacs et St-Laurent)
CAN: -Majorité des cas
dans le NO de l’On - Manitoba
MADO au Manitoba
Écologie: sol humide (près des cours d’eau),
contenu élevé en matière organique
– pH acide

75
Q

Historique des cas de blastomycose?

A 
Le nombre de souches reçues a
triplé depuis 2006
- 26 cas en 2020
Moyenne sur 32 ans
10 souches / an
76
Q

Zone la plus touchée par les blasto?

A

ESTRIE

- Sherbrooke (0.44)

77
Q

Qu’est-ce qu’une histoplasmose?

A 
1-3. Inhalation de conidies
qui germent dans les poumons.
4. T élevée du corps =
transf. en forme levure = inf.
5. Levure phagocytée et transportée aux
ganglions lymphatiques
6. Dissémination lymphatique et hématogène à
d’autres organes possible (macrophages parasités)
78
Q 
Histoplasmose. 
90% sont \_\_\_\_\_\_\_\_
5-10% en infection \_\_\_\_\_\_\_
Manifestations similaires à \_\_\_\_\_\_\_\_\_\_.
Si patient en bonne santé \_\_\_\_\_\_
A

Asymptomatiques ou bénins.
pulmonaire aigue
Tuberculose
Autorésolutif

79
Q

Pourquoi on confond l’histoplasmose avec tuberculose?

A

• Granulomes qui se transforment en
calcifications nodulaires observés en radiographie
(poumons, rate et ganglions lymphatiques).
• Réactivation / réinfection
après plusieurs années (foyer d’inf. non guéri)

80
Q

Quelles sont les zones endémiques de l’histoplasmose?

A

Vallée du Mississipi et de l’Ohio
Vallée du St-Laurent
Amérique latine

81
Q

Démographie blasto vs histo

A

77% des cas de blastomycose et 81% d’histoplasmose chez des hommes

82
Q

Qu’est-ce que la Coccidioidomycose?

A

• Endémique aux régions désertiques aux É.-U.
• Présent dans le sol. L’infection résulte de l’inhalation
d’arthroconidies.
• 60 % des sujets infectés sont asympto ou bénins.
Immunité forte et spécifique.
• 40 % en infection pulmonaire (grippe).
• - de 1%: inf. systémique (méninges, os,
articulations, peau).
• 150 000 cas par an aux USA. (12 000 cas rapportés en 2017).

83
Q

Ou on été déclarés les cas aux USA de Coccidioidomycose?

A

> 90% des cas rapportés en Arizona et Californie

84
Q

Distribution géographique des Coccidioidomycoses?

A
  • Sol désertique alcalin (sud ouest USA, Amérique centrale et du Sud)
  • Au Qc, 1-2 cas rapportés en moy/année.
  • Voyage en zone d’endémie

MCB3080 - Détection épidémiologique des agents infectieux (7 decks)

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