Antibiorésistance (Cours 7) Flashcards
Qu’est-ce qu’un antibiogramme?
Méthode d’analyse qui permet de déterminer l’efficacité d’agents antimicrobiens
contre un pathogène donné.
- Efficacité: action bactéricide ou bactériostatique
- Dose thérapeutique requise selon une route d’administration donnée, la
pharmacodynamique du composé et le foyer d’infection
Quels sont les méthodes phénotypiques de l’antibiogramme?
- Technique par dilution en série
- Technique par diffusion en disque (e.g. Kirby-Bauer)
- Technique par epsilométrie (e.g. E-test)
- Technique de dilution en agar
Quels sont les méthodes moléculaires de l’antibiogramme?
- Détection de gènes spécifiques
- WGS
Quel est le principe de la technique par dilution en série?
• Antibiotiques dilués en série 1:2 • Inoculum bactérien est en concentration constante • Protocole expérimentale hautement standardisé (e.g. CLSI) • Lecture de la concentration minimale inhibitrice (CMI) • Interprétation SIR hautement standardisée (e.g. CLSI)
Quel est le principe de la technique par diffusion en disque?
- Antibiotiques contenus dans les disques
- Inoculum bactérien est patiné sur la gélose
- Protocole expérimentale hautement standardisé (e.g. CLSI)
- Mesure de la zone d’inhibition
- Interprétation SIR hautement standardisée (e.g. CLSI)
Quel est le principe de la technique par epsilométrie?
• Antibiotiques contenus dans les bandes en
concentrations croissantes et continues
• Inoculum bactérien est patiné sur la gélose
• Protocole expérimentale hautement
standardisé (e.g. EUCAST)
• Lecture de la concentration minimale inhibitrice (CMI)
• Interprétation SIR hautement standardisée (e.g. EUCAST)
Quel est le principe de la technique de dilution en agar?
• Antibiotique dilué en série dans plusieurs pétris
1 Pétri = Un même antibiotique à une concentration
fixe + Plusieurs types bactériens inoculés à l’aide
d’un réplicateur
• Protocole expérimentale hautement standardisé
(e.g. CLSI)
• Lecture de la concentration minimale inhibitrice (CMI)
• Interprétation SIR hautement standardisée (e.g. CLSI)
Quelle technique est utilisée pour la détection d’un gène spécifique? Quels sont les deux types?
PCR.
Classique (bandes sur gel), en temps réel (graph)
Qu’est-ce que WGS?
Méthode de séquençage du génome entier.
Comparés les méthodes phénotypiques et génotypiques selon leurs avantages et désavantages?
Méthodes phénotypiques = Décrit mieux la réalité thérapeutique Vs Méthodes génotypiques = Rapide mais cible un mécanisme (gène) spécifique qui ne sera peut-être pas exprimé
Quels sont les objectifs principales d’un antibiogramme cumulatif?
• Rendre publiques les données d’antibiogramme local pour les intervenants de première ligne • Guider le traitement empirique Ø Non souhaitable pour identifier des tendances émergeantes en antibiorésistance: l’analyses de ces données doivent être dirigées vers les cas particuliers.
Quels sont les objectifs du devis d’extraction?
Profil de sensibilité des E. coli urinaires Stratification: § Admis, urgence, inscrit et enregistré § Sexe § Âge § Région de résidence
Quels sont les objectifs du devis d’extraction?
Profil de sensibilité des E. coli urinaires, cible une période. Stratification (sélectionne des données) § Admis, urgence, inscrit et enregistré § Sexe § Âge § Région de résidence Remplit un excel.
Est-ce que la participation est importante dans les antibiogrammes?
Oui. Personne de dresser un profil plus représentatif de la situation au Québec.
Quels sont les antibiotiques de première ligne pour E coli?
Nitrofurantoine, TMP/SMX, fosfomycine
L’antibiogramme cumulatif de E coli urinaire a permis quoi?
- Dresser le portrait de sensibilité aux antibiotiques des souches E coli résistantes
- Comparer les variabilités inter-régions et inter-âge.
- De déterminer le % des souches ultra et multi-résistantes.
Résistance à combien de groupes antimicrobiens est nécessaire pour être multirésistant? ultra-résistant?
3 à 4
5 à 6
Quelles sont les limitations des études d’antibiogramme cumulatif?
- Données épidémiologiques difficiles à collecter
et à harmoniser - Protocoles analytiques et post analytiques
variés - SIL non harmonisés à l’intérieur des grappes
- Grappes non-homogènes
Quelles sont les caractéristiques biologiques/épidémiologiques des entérocoques?
Cocci Gram positif avec arrangement en chaine ou en paire, catalase (-)
• Ubiquitaire dans l’enviro (sol, eau, plante…), aussi chez animaux
• Tolérant à la chaleur, à la chloration, certaines préparations à l’alcool
- Biofilms et Colonise le système intestinal
Quels sont les espèces entérocoques ayant une importance clinique?
- 15 espèces, mais celles ayant une importance clinique sont:
E. faecium (80-90% des souches cliniques), E. faecalis, E. gallinarum, E.
casseliflavus, E. avium et E. raffinosus
- 15 espèces, mais celles ayant une importance clinique sont:
Vrai ou faux. Entérocoque sont des bactéries opportunistes?
Vrai. Associés aux bactériémies nosocomiales, infections de plaies, endocardites et aux infections urinaires.
Quelle est la différence entre une bactérie commensal et un bactérie d’importance clinique?
L’acquisition de mécanisme d’antibiorésistance.
Vrai ou faux. L’avorparcine a été largement utilisé en Amérique du Nord?
Faux.
Comment fonctionne la vancomycine contre les entéroques?
Vancomycine cible les D-ala-D-ala de la membrane des bactéries et empêche la synthèse nouvelle de leur membrane.
Quels sont les mécanismes de résistance à la vancomycine des entéroques?
Modifie leur peptide en D-ala-D-lac grâce à des mutations dans les gènes VanA porter sur chromosome ou plasmide = peut transmettre à d’autre bactéries.
Pourquoi est-ce que l’ERV est un problème de santé publique majeur?
L’acquisition de facteurs de résistance = un des plus importants pathogènes reliés aux infections nosocomiales partout dans le
monde
• Patients porteurs = des réservoirs où la résistance à la vancomycine se
maintient et se propage
• Le patient porteur, affaibli, peut développer des infections difficiles à traiter
• Capacité de transférer les facteurs de résistance à la
vancomycine chez d’autres genres bactériens (p. ex.: Staphylocoques)
Qu’est-il mis en place pour réduire le problème des ERV?
Prévention et au contrôle des infections dans
hôpitaux = d’identifier les porteurs, encadrer leur prise en charge, surveiller la transmission + d’offrir des outils = diminuer risques de transmission.
• MADO
• Le LSPQ offre des analyses de soutient au diagnostic = référence pour des cas particuliers + génotype (EGCP) les souches afin d’aider la
réflexion des équipes en charge de la PCI
Qu’est-ce que le SPIN-ERV?
Surveillance provinciale du ERV.
Quelles sont les objectifs du SPIN-ERV?
- Déterminer les nouveaux cas d’ERV colonisés et infectés
d’origine nosocomiale. - Suivre le taux d’incidence annuel des nouveaux cas d’ERV.
- Déterminer les sites d’infection reliés à toutes les infections à
ERV (nouveaux porteurs et porteurs connus). - Suivre l’évolution temporelle et géographique des taux
d’incidence des nouveaux cas d’ERV. - Documenter la fréquence des décès survenant dans les 30
jours suivant le diagnostic d’infection. - Suivre la densité de dépistage et le taux de positivité dans les
installations participantes. Notre Tequila s’Etire Et Fermente
Quelles sont les caractéristiques biologiques/épidémiologiques de staphylococcus aureus?
Cocci Gram positif amas
Catalase positive, Coagulase positive, colonie jaune
Flore normale (50% de la population de manière permanente ou
transitoire)
Quels sont les facteurs de virulence de SA?
Plusieurs facteurs de virulence:
- TSST (choc du syndrome toxique)
- Entérotoxines (empoisonnement alimentaire)
- Exfoliatines (SSSS)
- PVL
Quels sont les mécanismes de résistance à la pénicilline et la méticilline des SA?
La pénicilline se lie au PBD qui enclenche la synthèse des bêta-lactamase qui eux hydrolyse la pénicilline et l’inactive.
Modification du gène de la PBD pour empêcher la méticilline de s’ancrer dans la membrane et causer des dommages.
Quelles sont les 2 grandes familles de SARM et leurs populations/facteurs de risque?
AC = acquisition communautaire
Enfants et population plus jeune, Bonne santé
Pas de contact avec les milieux de soins
Communautés autochtones, Sports de contact, Toxicomanie/ Itinérance/ VIH, Milieu carcéral, HARSAH, Vétérinaires, Conditions dermatologiques, Voyages, Militaires
Contact étroit d’un porteur SARM-AC
AH = acquisition hospitalier
Population plus âgée, Co-morbidités, Chirurgies
Contacts avec les milieux de soins
Hospitalisation, Cathéter intraveineux, Sonde urinaire, Ventilation mécanique
Contact étroit d’un porteur SARM-AH
Quelles sont les manifestations cliniques des deux SARM?
AH = Bactériémie, Pneumonie nosocomiale, Infection de cathéter central et Infection urinaire sur sonde AC = Infection des tissus mous, Pneumonie nécrosante, Endocardite, Septicémie
Quelles sont les différences microbiologiques et moléculaires de SARM-AC et SARM-AH?
AC = Sensibilité aux antibiotiques Toxine PVL positive, SCCmec IV et V Typage gène spa: C-MRSA10, C-MRSA7, USA 1000, USA 1100, ST-80 (clone européen) AH = Résistance aux antibiotiques Toxine PVL négative SCCmec I-II-III Typage gène spa: C-MRSA2, C-MRSA1
Quelle est la prévalence de AC et et AH dans la communauté?
AC = Principal lieu d’infections
Éclosions rapportées : Contacts familiaux, Communautés autochtones, Équipes sportives, Centres de détention, Militaires
AH = Rare cause d’infection chez les gens en
bonne santé et les travailleurs de la santé
Quelle est la prévalence de AC et et AH dans les milieux hospitaliers?
AC = Endémique dans certains centres/remplacement des souches de
SARM-AH sur des unités de soins
Éclosions rapportées = Centres mère-enfant, Unités néonatales, Unités de grands brûlés
AH = Transmission nosocomiale
Quels sont les autres types de résistance de SA?
BORSA = S. aureus hyperproducteur de Beta-lactamases.
À distinguer du SARM car = PBP2a neg, mecA neg et S cefoxitin
OS-MRSA = Souche possédant le gène mecA MAIS Sensible oxacilline
Quels sont les caractéristiques des souches hVISA?
Suproduction de bêta-lactamase qui occupe la vancomycine et donc confère une résistance intermédiaire.
Sous-population avec CMI 4 à 8 mg/mL dans une population sensible (CMI =< 2mg/mL). Difficile à détecter au labo. Détection avec GRD.
Mécanisme imprécis. Pourcentage de hVISA augmente en parallèle
avec les CMI vanco.
Quels sont les caractéristiques des souches SARV?
Acquisition d’un gène vanA plasmidique qui confère une résistance à la vancomycine.
Quelles sont les caractéristiques biologiques/épidémiologiques de Clostridium difficile?
• Bacille à gram positif
• Colite pseudomembranaire
• Résistant aux fluoroquinolones (cipro, lévo)
• Présence du ‘PaLoc’ (toxine A, toxine B, Toxine Binaire,
délétion sur le tcdC)
• Formation de spore très résistante…
Nommé = NAP-1 souche hypervirulente.
Quel antibio à le plus haut taux de résistance? Lesquels sont recommandés?
Ciprofloxacin.
Metronidazole et Vancomycine (si patient non porteur ERV)
Comment est fait l’analyse en laboratoire de la C. diff au LSPQ?
Selles, Traitement à l’alcool (enlève flore contaminante), CCF taurocholate, gélose sang = Confirmation ID MALDI-ToF agglutination, PCR toxines, génotypage : Ribotypage (EGCP) et Gram.
Quel est le principe du PCR-toxines de C. diff?
La souche NAP1 possède les gènes pour la toxine A
(entérotoxine), la toxine B (cytotoxine), la toxine binaire et une
délétion de 18 pb dans le gène tcdC. Migration sur gel d’agarose.
=Permet une meilleure caractérisation des souches et informe
sur la virulence des souches autres que NAP1.
Quel est le principe du PCR-Ribotypage de C. diff?
PCR ciblant la région polymorphique entre le gène 16S et 23S
De 7 à 11 amplicons de tailles différentes (100 pb à 700
pb) sont obtenus
Électrophorèse capillaire (séquenceur)
=patrons de bandes obtenus comparés à grâce au logiciel
BioNumerics
Qu’est-ce que les EPC?
Entérobactéries productrices de
carbapénèmases (bêta-lactamines) = BGNPC!!
Quels sont les mécanismes de résistance au bêta-lactamines des EPC?
- Modification de la cible (e.g.: PBP modifiées)
- Porines
- Production d’enzymes de dégradation
Nommez la catégorie de b-lactamase :
Première b-lactamase identifié et inhibée par la plupart des inhibiteurs
Pénicillinase
Nommez la catégorie de b-lactamase :
Hydrolyse pénicillines, céphalosporines de 1-2-3e générations et peu inhibé par les inhibiteurs (ex. acide clavulanique)
Présent sur le chromosome de plusieurs entérobactéries et expression peut-être inductible
AmpC / cephalosporinase:
Nommez la catégorie de b-lactamase :
Hydrolyse la plupart des pénicillines et céphalosporines et inhibé par le tazobactame et l’acide clavulanique
• Plasmide
ESBL (extended-spectrum b-lactamase):
Nommez la catégorie de b-lactamase :
Chromosomique chez Acinetobacter spp et Pseudomonas aeruginosa
Résistant aux carbapénèmes
Oxacillinase
Nommez la catégorie de b-lactamase :
Hydrolyse pénicillines, la plupart des céphalosporines et différentes carbapénèmes.
Résistance à la majorité des b-lactamines
Plasmide
Carbapénémase
Quelle est la caractéristique principales des Carbapénémase?
Principalement plasmidique, donc possibilité de transfert.
Différence entre EPC et ERC?
Entérobactéries Productrices de Carbapénémases (EPC)
Entérobactéries Résistantes aux Carbapénèmes (ERC) = peuvent être résistantes sans nécessairement produire.
Selon l’OMS : bactéries contre lesquelles il est
urgent d’avoir de nouveaux antibiotiques?
Résistantes aux carbapénèmes (CRITIQUE)
Qu’est-ce que l’antibiogouvernance?
L’utilisation optimale d’antimicrobiens dans le but de diminuer la
résistance aux antimicrobiens
-Collecte de données sur les pratiques afin d’identifier les
points à améliorer
-Diagnostic, type de molécules, dose, durée, route
-Éducation des prescripteurs, des utilisateurs, des équipes
en PCI, …
Quelles sont les caractéristiques biologiques/épidémiologiques de Streptococcus pneumoniae?
Cocci Gram positif en chaîne, catalase négative
S. pneumoniae: S. mitis group
Alpha-hémolytique, bile solubilité et susceptible à l’optochine.
Commensal chez l’humain, 30-70% des enfants et 5% des adultes
sont porteurs asymptomatiques (ÉU)
Quels sérotypes de SP est associé à la résistance aux antibiotiques?
19A
Quel est l’algorithme du LSPQ pour SP?
Sensibilité à l’optochine sur gélose, Sérotypie et microdilutions dans une série d’ATB.
Comment a-t-on diminué la présence de la souche 19A?
Introduction du vaccin 13-valent
Quelles sont les caractéristiques biologiques/épidémiologiques de Streptocoque Groupe A?
S. pyogenes
Un des streptocoques les plus virulents
Responsable de : la pharyngite, l’impétigo, la scarlatine, la fascitite nécrosante+ syndrome du choc toxique streptococcique.
Vrai ou faux. Le péniciline n’est plus efficace contre S. pyogenes?
Faux. La sensibilité à la pénicilline
du Streptococcus pyogenes
demeure universelle
Quelles sont les caractéristiques biologiques/épidémiologiques de Neisseria meningitidis?
Flore oropharyngée normale: 10% de la
population = chez les adolescents et les adultes.
Peut pénétrer les muqueuses = des septicémies et des méningites.
Rares dans les pays développés. Les serogroupes
B, C, et Y constituent 91% cas de chocs septiques
fulgurants + mortalité de 30%.
Surveillance par le LSPQ depuis le début des
années 90.
Y’a-t-il des vaccins disponible pour Neisseria?
Oui.
Quel est l’algorithme du LSPQ pour NM?
Confirmation de l’ID par tests biochimiques classiques, sérogroupage (24-48h URGENT), sérotypage + sensibilité aux ATB par microdilutions.
Quel sérogroupe de NM est le plus prévalent au Qc?
Type B.
Vrai ou faux. La sensibilité contre la pénicilline a diminué dans la dernière année contre Neisseria?
Faux. Contraire, elle a atteint 100% de sensibilité en 2016. Résultat de la diminution des souches de sensibilité intermédiaire à la pénicilline.
Vrai ou faux. Les souches invasives de NM demeurent sensibles aux antibiotiques
utilisés en chimioprophylaxie (ciprofloxacine et rifampicine).
Vrai.
Quelles sont les caractéristiques biologiques/épidémiologiques de Neisseria gonorrhoeae?
Augmentent partout dans le monde.
Préoccupation majeure de santé publique = atteinte inflammatoire pelvienne, infertilité, grossesse ectopique.
L’arsenal thérapeutique est limité et des échecs au traitement avec les
céphalosporines de 3e génération (C3G) = le suivi de
la résistance aux antibiotiques est crucial.
Souches XDR (extensively-drug resistant) résistantes à la majorité des classes d’ATB. « super bactérie » pourrait devenir incurable : Catastrophe pour SP!
Catégorie « niveau d’urgence élevé ».
Quels sont les objectifs programme de surveillance
provincial des infections à N. gonorrhoeae?
Déterminer les taux de résistance à la ciprofloxacine.
Surveiller l’émergence de la résistance aux C3G.
Surveiller l’émergence de la résistance à l’azithromycine.
Obtenir des données québécoises pour des antibiotiques considérés comme des alternatives de traitement potentiel
(ertapénème et gentamicine).
Sensibilité à la ciprofloxacine a-t-elle diminué au Qc? et l’azithromycine ?
Oui et oui.
Cas spécial : Shigella spp.
Ne sont pas sous surveillance. 2013 = Émergence de la résistance à l’azithromycine chez des souches isolées de patients HARSAH = surveillance ponctuelle.
Appartenaient aux espèces flexneri (85 %), et sonnei (15%)
Cas spécial : Salmonella Dublin
Mis en évidence de souche résistante à plusieurs ATB. Lien génétique entre souches humaines et animales (bovins). Sensible à 100% pour le TMP-SMX. Vigie se poursuit par MAPAQ et PICRA.
Qu’est-ce qu’une legionellose?
Pneumonie par un bacille aérobique gram négative, genre Legionella.
Maladie du Légionnaire: Fièvre, toux, frisson. Parfois douleurs musculaires, maux de tête, fatigue, perte d’appétit. Fièvre de Pontiac (rhume)
Surtout l’espèce Legionella pneumophila.
Transmise par inhalation de gouttelettes d’eau ou de
sol contaminés par la bactérie. Pas de transmission de personne à personne.
Quelles sont les caractéristiques biologiques de Legionella?
Ubiquitaire dans l’environnement naturel
L. pneumophila = niche écologique dans
l’environnement bâti comme système d’eau chaude.
Pathogène d’origine hydrique et la majorité des éclosions sont associées à l’inhalation d’aérosols d’eau contaminée.
Vrai ou faux. Il est difficile de maintenir les T chauds dans les systèmes TRE donc permet croissance de Legionella?
Vrai.
Vrai ou faux. Legionella est incapable de former des biofilms?
Faux.
Quelles sont les méthodes de diagnostiques pour Legionella? Laquelle est la meilleure?
Culture sur spécimens (la meilleure), Ag urinaire, sérologie
Immunofluorescence et TAAN
Quelles sont les avantages et désavantages de culture sur spécimens?
AV = Détecte toutes les espèces + permet les investigations DES = Haute expertise, Lent et Influencé par ATB
Quelles sont les avantages et désavantages d’Ag urinaire?
AV = Rapide et peu invasif DES = Lp1 et (+) des mois suivants l’infection
Quelles sont les avantages et désavantages de la sérologie?
AV = Non influencé par ATB et Utile si pas culture et Ag urinaire DES = (+) des mois suivants l’infection et nécessite deux sérums
Quelles sont les avantages et désavantages de l’immunofluorescence?
AV = Biopsie DES = Lp1
Quelles sont les avantages et désavantages de TAAN?
AV = Rapide et spécifique au PCR DES = Peu disponible au QC
Qu’est-ce que le typage moléculaire?
Ø Méthode de laboratoire qui permet de comparer deux isolats bactériens
Ø Vise à déterminer si les deux isolats sont la même souche ou des souches différentes
Ø Plusieurs méthodes de laboratoire disponibles
EGCP?
Électrophorèse sur gel en champ pulsé
Méthode de référence = majorité des bactéries
Caractérisation moléculaire qui compare le matériel génétique (ADN chromosomique et plasmidique) d’une même espèce.
= Confirmer ou infirmer une éclosion potentielle.
En COMPLÉMENT à l’enquête épidémiologique et NON EN REMPLACEMENT.
Comment est fait l’interprétation des EGCP?
Critères de Tenover
SBT?
Sequence based typing
Ø Basée sur de la PCR et du séquençage d’ADN.
Ø 7 gènes de virulence (flaA, pilE, asd, mip, mompS, proA et neuA).
Ø Comparaison des résultats avec une base de données internationale.
Ø Attribution d’un Sequence type (ST).
Quelles sont les caractéristiques biologiques/épidémiologiques de Legionella longbeachae?
1980 à Longbeach (Californie) = patient atteint d’une pneumonie
Réservoirs environnementaux = mélanges de terreaux, les composts à base végétale.
T élevées durant les procédés de compostage = croissance
Présentation clinique: Semblable aux autres infections à légionelles MAIS L.
longbeachae FV différents de L. pneumophila
Quel a été les impacts de l’éclosion 2012 dans la Ville de Qc?
Recommandations émises par la DSP
Règlementation pour les TAR par la RBQ :
-Registre complet et échantillonnage mensuel de la TAR pour Legionella
- Seuils réglementaires et conservation des souches pour investigation
= Développement de l’expertise sur Legionella
Vrai ou faux. Dans la souche hVISA on observe un phénomène très commun : Hétérogénéité
Faux, on observe de l’hétérogénéité mais ceci est rarement observé. Colonies différentes sur le même milieu.
