HC.7: Proteomics, metabolomics, miRNA's en RNAi screens

Question 1

Proteomics

Answer 1

Proteomics is het bestuderen van eiwitten. De hoeveelheid eiwit is een betere maat voor genexpressie dan mRNA. Een expressieprofiel van eiwitten bepalen is nog niet zo snel en gemakkelijk, maar nieuwe en verbeterde technieken maken dit wel mogelijk, Mogelijkheden voor analyse: eiwit-identificatie, -modificatie en -interactie mapping

Question 2

Eiwit identificatie

Answer 2

Eiwit identificatie kan gedaan worden met massa spectrometrie
Eiwit of eiwitmengsel –> trypsine digestie –> analyse met massa spectrometrie –> data vergelijking –> identificatie van het eiwit

Question 3

Functies massa spectrometrie

Answer 3

Eiwit identificeren
Eiwit kwantificeren
Bindende eiwitten identificeren
Eiwitmodificaties identificeren

Question 4

Massa spectrometrie en eiwit-interacties

Answer 4

Maak een extract van de cellen en isoleer het eiwit of eiwit-DNA complex waarin je geïnteresseerd bent
Evalueer alle eiwitten die interactie hebben met dit eiwit
Door alle interacties in een figuur te zetten, kunnen we meer te weten komen over de complexe regulatiecircuits in cellen
Dit kan dan weer gebruikt worden om genexpressie profielen te begrijpen

Question 5

Metabolomics

Answer 5

Metabolomics analyseert welke metabolieten voorkomen, bijvoorbeeld in het bloed. Dit kan worden gebruikt bij het vroeg opsporen van tumoren Bij metabolomics wordt weer massa spectrometrie gebruikt

Question 6

Stappen metabolomics

Answer 6

Sample preparation: eventueel zuiveringsstap
Massa spectrometrie
Identificatie m.b.v. computer
Herkennen van patroon
Wat is de biomarker?

Question 7

Voorspellende waarde van mRNA

Answer 7

mRNA is niet altijd voorspellend voor eiwitactiviteit. Na het maken van mRNA gebeurt er nog heel veel voordat het een eiwit wordt. Je hebt nog
- Regulatie van eiwitmodificaties
- Regulatie van eiwitstabiliteit
- Regulatie van translatie (door microRNA)

Question 8

MicroRNA

Answer 8

MicroRNA kan direct invloed hebben op genen betrokken bij kanker. Met behulp van microarrays kan de expressie van honderden miRNA’s tegelijk worden bepaald. NGS kan ook worden gebruikt. Dit geeft goede diagnostische en prognostische info

Question 9

RNAi

Answer 9

siRNA’s zorgen voor mRNA afbraak (dit wordt ook wel RNA interfentie genoemd). RNAi kan voorkomen dat eiwitten die essentieel zijn voor de groei van kankercellen tot expressie komen