Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Rening av biomolekyler BB1210 > Föreläsning 6 > Flashcards

Föreläsning 6 Flashcards

Hydrofobicitet

1
Q

Varför vill två hydrofoba ytor gå ihop?

A

För att skydda sig mot vatten som lägger sig ordnat kring hydrofoba ytor. Ordnad form är energimässigt ogynnsamt. När två ytor går ihop kan vatten vara oordnat.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Vad är tre saker hydrofobicitet är viktigt för?

A

Proteinveckning.
Protein:protein interaktioner.
Protein:matris interaktioner.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Varför associerar opolära molekyler spontant i vattenlösning?

A

Pga hydrofobicitet. Vill skydda ytorna.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Vad är Paulings skala och vilken sida är mest elektronegativ?

A

FONClBrISCH, mest elektroneg. åt vänster.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Vad händer om atomer med olika elektronegativitet bildar en molekyl?

A

Molekylen blir polär, hydrofil.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Vad händer om atomer med liknande elektronegativitet bildar en molekyl?

A

Molekylen blir opolär, hydrofob.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Vad står HIC för?

A

Hydrophobic Interaction Chromatography

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hur vill man ha liganden i HIC? Hydrofob eller hydrofil?

A

Liganden ska vara hydrofob så vatten kan flöda igenom men inte för hydrofob för då vill inte vattnet.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Vad är grundprincipen i HIC, dvs varför binder proteinet till liganden?

A

Det tvingas till ordnad form längs matrisens hydrofoba ligand & hydrofoba ytor på proteinet. Detta är ogynnat och därför binder proteinet till liganden så att vattnet kan släppas lös.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hur sker adsorptionen i HIC?

A

Genom interaktioner mellan opolära regioner på proteinets yta och en hydrofob ligand på matris.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Varför tillsätter man prov i salt?

A

För att gynna hydrofobiska interaktioner.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Vilka molekyler kan separeras?

A

De som är hydrofoba separeras från de hydrofila men även molekyler med olika mkt exponerad opolär yta kan separeras.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Vilka parametrar påverkar HIC?

A 
Stationär fas:
Matris (typ).
Ligand (typ, densitet).
Mobil fas:
Salt (typ, Konc.)
pH
temperatur
additativ
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Vilka slags matriser används i HIC? Ge ex. Låga och höga flöden.

A

Korslänkade kolhydrater för porös struktur. Mjuka, används ej för högt flöde.
Ex. agarose, cellulosa, dextran.
För högre flöden kan silika eller syntetiska polymerer användas.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hur kan man anpassa matrisen så att den fungerar bra för HIC?

A

Genom att minimera laddningar för att undvika jon-joninteraktioner. Vi vill åt ospecifik inbindning dvs. hydrofoba interaktioner men vill ej ha kvar joner i matrisen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Vilka tre slags ligander kan användas i HIC?

A

Halvhydrofoba = korta alkankedjor, mild eluering är möjligt.
Aromatiska grupper = starkare interaktion, dock även pi-pi.
Linjära alkaner = ju längre alkan, desto starkare interaktion (4-10st).

17
Q

Hur är det bäst att kombinera HIC med jonbyte?

A

Genom att köra HIC efter jonbyte. Detta pga att man i jonbyte eluerar med hög salthalt och i HIC har man hög salthalt vid påladdning.

18
Q

Hur eluerar man i HIC?

A

Genom att minska salthalten. Fungerar det inte kan man tillsätta något opolärt.

19
Q

Vad innebär det att ett salt är kosmotroft?

A

Att det ökar strukturen hos vatten vilket ger starkare hydrofoba interaktioner.

20
Q

Vad innebär det att ett salt är kaotroft?

A

Det destrukturerar vatten.

21
Q

Vilket samband finns mellan hydrofobicitet och ökad ytspänning? Finns det undantag?

A

Om ett salt ökar ytspänning brukar det oftast öka hydrofoba interaktioner.
MgCl2 är ett undantag, det ökar ytspänning men inte hydrofoba interaktioner.

22
Q

Ge exempel på salter som ökar ytspänning och hydrofoba interaktioner?

A

Natriumsulfat ger väldigt bra inbindning. Kan dock fälla protein, använd ej höga koncentrationer. Vanligast!
Ammoniumsulfat ger bra inbindning men är instabil då det blir ammoniak vid pH > 8.

23
Q

Varför bör fosfatbuffert ej användas vid HIC?

A

Det är svårt med höga koncentrationer utan fällning och då fosfatjonen blir dubbelprotonerad ger den dålig hydrofobisk interaktion.

24
Q

Hur påverkar temperatur hydrofobicitet? Vad är viktigt att tänka på?

A

Påverkar hur starka interaktionerna är. Varm temp = starkare. Kall temp = elueras snabbare. OBS tänk på denaturering.

25
Q

Hur påverkar pH hydrofobicitet?

A

pH påverkar ej hydrofobicitet direkt MEN avgör antal laddningar hos protein (ökar -> hydrofilt & minskar -> hydrofobt). Välj pH för att minska laddningar.

26
Q

Varför skulle man vilja ha additativ i HIC?

A

Protein kan veckas upp för att det vill vara med matrisen i HIC, detta muckar med strukturen. Då kan man tillsätta något som stabiliserar protein så det ej veckas upp.
Kan även underlätta eluering då protein sitter hårt. Ta något opolärt som EtOH, TritonX, ispropanol. Sitter det riktigt hårt, ta lite urea.
Kan även tillsätta någon jon som gynnar proteinet.

27
Q

Hur ser CIP ut för HIC?

A

Det blir en kletig hydrofobisk interaktion till matrisen. Ta bort saltsteget, det förvärrar bara. Ta lut & syra. Kan behöva tillsätta något opolärt för kletet som alkohol, amin eller detergent. Kan även ta ett kaotroft salt som destrukturerar vatten.

28
Q

Vad står RPC för?

A

Reversed Phase Chromatography

29
Q

Vilka faser har man i RPC?

A

Mobilfas är polär, ex. H2O.

Stationärfas är opolär och fångar upp opolära molekyler.

30
Q

Hur eluerar man RPC generellt?

A

Öka graden opoläritet i mobilfas, ex. med acetonitril.

31
Q

Vilket av HIC & RPC laddas med salt? Varför?

A

HIC laddas med salt, RPC endast med vatten. Detta pga att HIC har mindre hydrofoba bindningar än RPC.

32
Q

Vilken av HIC & RPC har mest hydrofob ligand?

A

RPC har mest hydrofob ligand.

33
Q

Hur eluerar man i HIC respektive RPC?

A 
HIC = vatten/utspädd lösning. Minska salt. 
RPC = opolärt medel.
34
Q

Har man nativt eller reducerat protein i HIC resp. RPC?

A 
HIC = nativt.
RPC = reducerat.
35
Q

Vilket av FPLC och HPLC bör användas för HIC respektive RPC?

A 
HIC = FPLC
RPC = HPLC
36
Q

Vilket av RPC och HIC är tuffast?

A

RPC

37
Q

Vilka matriser kan användas i RPC? Hur modifieras dessa?

A

Porösa silika matriser som är mekaniskt och kemiskt stabila. SiOH-grupper används för ligandkoppling men måste hållas under pH 7.5 (annars är SiOH ej hydrofobt). Modifiera för hydrofobicitet, pH…
Organiska polymerer som inte är lika mekaniskt stabila. Krymper i vissa lösningsmedel. Behöver ej koppla på ligand, är redan hydrofob. Ex. polystyren.

38
Q

Hur får man silikamatris att bli hydrofobt?

A

Man kopplar på alkankedjor (2-8 kol). Använder sig av end-capping med kortare ligander för att dölja SiOH-grupper som ej blockerats och är hydrofila.

Rening av biomolekyler BB1210 (7 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions