Fiche 9 Flashcards

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1
Q

sens de synthèse de l’ADN polymérase?

A

5’ vers 3’

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Q

2 types de nouveau brin

A
brin continu (leading)
brin issu de cassures (lagging)
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3
Q

brin/fragment d’Okazaki

A

puisqu’ADN polymérase synthétise slmt 5 vers 3 et qu’il y a un brin qui doit être ds le sens 3 vers 5, ça prend des brins d’okazaki pour former ce sens là

se sont des brins d’ADN (entre 100 et 200 nucléotides) qui sont polymérisés ds le sens 5 vers 3 à la fourche et ensuite réunis et retournés dans la bonne orientation

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4
Q

qu’est-ce que la fourche de réplication?

A

région de réplication particulière sur le chromosome en réplication, ça se déplace le long de la double hélice. Il y a un complexe avec plein d’enzyme, dont l’ADN polymérase, qui permet de synthétiser les 2 brins filles

fourche asymétrique, car synthèse du brin en continu (précoce/conducteur) + rapide que celle du brin discontinu (retardé)

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5
Q

synthèse du brin retardé

A

mécanisme discontinu de piqûre par points arrière

la polymérisation se fait ds le sens inverse (5 vers 3) au sens final du brin

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6
Q

rôle d’auto révision de l’ADN polymérase

A

avant ajout nucléotide : si c’est le bon nucléotide, l’affinité pour la polymérase sera meilleure, donc niveau d’É favorable

après ajout nucléotide : enzyme change de conformation(se resserre sur site actif) - dépend de la géométrie des bases, si c’est pas la bonne, le resserrement est moins favorable

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7
Q

correction des mésappariements par l’ADN polymérase

A

corrigé par exonucléase 3 vers 5
enlève toutes les bases mal appariées (recule) jusqu’à ce qu’elle trouve la base appariée à l’extrémité 3-OH’, synthèse continue après

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8
Q

fréquence d’erreur ADN vs ARN

A

beaucoup moins d’erreur dans ADN que ARN, car il y a révision/correction pour ADN mais par pour ARN

-il n’y a pas de mécanisme pour ARN polymérase, car erreur n’a pas d’impact à long terme

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9
Q

quelles sont les enzymes qui ont un rôle dans la fabrication des brins d’Okazaki et comment ça fonctionne?

A

ADN primase : utilise les nucléotides d’ARN pour synthétiser amorce ARN

  • amorce nécessaire à ADN polymérase pour copier ADN du brin retardé
  • amorce est loin sur le brin d’ADN : espace entre ADN synthétisé par ADN polymérase et amorce. ADN polymérase va rejoindre à l’extrémité la plus proche (3’) et synthétise dans le sens 5 vers 3 en se rapprochant de l’ADN déjà synthétisé

après : système pour effacer amorce d’ARN et remplacer par ADN

ADN ligase : unit extrémité 3’ du nouveau fragment d’ADN à l’extrémité 5’ de l’ancien (celui dont l’amorce d’ARN a été remplacée)

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10
Q

rôle de l’ADN hélicase

A

se lie à simple brin d’ADN : hydrolyse ATP (utilisée pour se propulser le long du brin)
-qd elle rencontre double hélice, poursuit son déplacement pour séparer l’hélice

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11
Q

adn primase
adn ligase
adn hélicase

A

primase : fait amorce d’ARN
ligase : lie ancienne amorce avec nouveau fragment
hélicase : ouvre hélice

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12
Q

adn topoisomérase

A

règle le problème de l’enroulement
comment?
-liaison covalente avec squelette de phosphate de l’ADN (brise liaison phosphodiester sur le brin : réversible dès que l’enzyme part)
– chaque brin fait rotation libre, moins besoin d’É

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13
Q

quel est le cycle cellulaire? dans quelle phase l’ADN est synthétisé

A

G1 - S - G2 - M

phase S : réplication des chromosomes en 2 copies reliées au niveau du centromère

toutes les origines ne sont pas actives en même temps

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14
Q

comment les modifications d”histones (ex : méthylation) se transmet à la seconde génération

A

quand la double hélice se sépare en 2, la moitié (4) des histones reste attachée à l’ADN et l’autre moitié est libérée.
ceux qui sont resté sur l’ADN parental se répartissent aléatoirement entre les brins fils, et il y en a des nouveaux d’ajoutés pour qu’il y en ait le bon nombre. Donc, pour les histones modifiées, slmt la moitié se trouvera sur les nucléosomes.

complexe lecture-correction (enzyme de modifications des histones) reconnait le même type de modifications que ce qu’elle a été capable de créer sur les anciennes queues des histones et peut le refaire sur les nouvelles

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15
Q

rôle de la télomérase

A

problème pour la synthèse du brin retardé : quand la fourche atteint la fin, il n’y a pas de place plus loi pour faire l’amorce pour le dernier brin d’Okazaki

d’où l’utilité des télomères qui ont la même séquence plein de fois (pas besoin de se rendre au bout)

télomérase est appelée quand protéines de liaison reconnaissent la séquence des télomères

  • télomérase reconstitue les séquences à chaque division
  • télomérase reconnait l’extrémité de la séquence et l’allonge dans le sens 5 vers 3 quelpour permettre de terminer la synthèse du brin
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16
Q

théorie du vieillissement

A

perte de fonction de la télomérase + raccourcissement des télomères : dysfonction cellulaire

  • télomérase agit pas à chaque division, donc le nb de répétitions de la séquence diminue
  • -chromosomes transmis deviennent défectueux au fl des générations
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17
Q

quel est le mécanisme d’action des hormones thyroïdiennes ou des corticostéroïdes?

A

activation de la transcription

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18
Q

caract ARN

A

AU et CG

simple brin

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19
Q
ARNm
ARNr
ARNt
ARNmi
ARNsi
A

m = messager
-molécules d’ARN copiées à partir des gènes de l’ADN. Spécifie séquence aa pour les prots - code les prots

r = ribosomal
-forme structure de base des ribosomes et catalyse synthèse protéines

t = transfert
- adaptateur entre ARNm et aa

mi = micro ADN
-contrôle l’expression des gènes en bloquant la traduction de certain ARNm

si = petits ARN interférents
-arrête expression d’un gène en dégradant l’ARNm + en rétablissant structure compacte de a chromatine

20
Q

ARN polymérase

A
3 types (I, II et III)
II est la principale

elles transcrivent des gènes différents, mais ont structure semblabe et sous-unités communes

21
Q

pourquoi il y a une seule possibilité de brin d’ARN, alors que l’ADN est double brin, selon le brin matrice choisi, ça varierait

A

il y a slmt un promoteur sur le gène et l’ARN polymérase peut s’y lier slmt ds une orientation. ARN polymérase synthétise juste 5 vers 3

donc, slmt un des brin peut être transmis (selon localisation et orientation promoteur)

d’un gène à l’autre, le brin choisi change

22
Q

qu’est-ce que la boite tata?

A

courte séquence d’ADN qui contient surtout des T et des A, là où la transcription commence (se situe 25 nucléotides avant le début)

pas la seule séquence qui signale le début, mais la plus importante pour les promoteurs.

fixation du facteur de transcription TFIID sur la boite pour amorcer

23
Q

machinerie transcriptionnelle de base

A

complexe de protéines avec des fct enzymatiques qui fonctionne avec ARN polymérase

1.Liaison TFIID sur boite TATA : distorsion de l’ADN : permet au promoteur de trouver le site

  1. Assemblage d’autres facteurs de transcription avec la boite TATA
    - ex : TFIIH déroule la double hélice pour exposer le brin
  2. Synthèse d’un court segment d’ARN par ARN polymérase au site du promoteur
  3. Changement de conformation de l’ARN polymérase : libération pour transcrire gène en s’éloignant du promoteur
    * facteurs de transcription libérés quand transcription (phase d’élongation) est commencée pour refaire autre cycle)
24
Q

épissage de l’ARN

A

réunit les différentes portions qui codent la protéine (exons). enlève les introns

selon l’épissage qui est fait, transcription d’un même gène peut donner des protéines différentes

après épissage + maturation des extrémités : préARNm s’appelle ARNm

25
Q

quelles sont les 2 extrémités de l’ARNm et quelle est l’utilité?

A

coiffe (5’) + polyadénylation (3’)

signifie que le message est intact avant d’exporter hors du noyau

26
Q

comment fonctionne l’ARN polymérase?

A

formation liaison phosphodiester entre nucléotides pour former chaine linéaire
+
déroule double hélice pour exposer bases et chercher la complémentaire

27
Q

utilité des facteurs de transcription

A

positionnement ARN polymérase
séparation des 2 brins de la double hélice d’ADN pour début transcription
libération de l’ARN polymérase du promoteur qd la transcription est commencée : pour activer élongation

28
Q

qu’est-ce qu’un promoteur?

A

région de l’ADN qui indique pt de départ synthèse ARN. ARN polymérase se lie fortement à l’ADN

29
Q

qu’est-ce qu’une séquence nucléotidique consensus?

A

se sont les caractéristiques communes de l’ADN reconnues par tous les promoteurs (car chaque promoteur a une séquence propre, mais il y a un bout commun)

30
Q

qu’est-ce que le superenroulement de l’ADN

A

fait pour s’adapter à la tension superhélicoïdale

se produit quand la double hélice est ouverte (c’est à cause du fait que les extrémités de l’hélice sont fixées)

segment où l’ADN polymérase a déjà passé : enroulement positif (ouverture facile)

segment vers lequel l’ADN polymérase se dirige : enroulement négatif (ouverture difficile)

31
Q

qu’est-ce qu’un récepteur du transport nucléaire?

A

récepteur spécifique chargé sur l’ARNm pour aider à faire passer la molécule à travers le complexe de pore membranaire (canaux aqueux ds la membrane nucléaire, connectant nucléoplasme et cytoplasme). Molécule mature est trop grosse pour diffuser

après que l’ARNm soit passé, récepteur se détache et réintègre le noyau pour faire traverser d’autres ARNm

32
Q

signes que l’ARNm est mature + destin

A

complexe de liaison à la coiffe = fin coiffage
complexe de jonction des exons = fin épissage
protéines de liaison aux poly-A = fin addition poly-A 3’ terminaux à la queue

destin :

  • mature : chemin pour être exporté de la c
  • pas mature : va vers exosome nucléaire pour dégradation par nucléases
33
Q

exosome (c’est quoi + utilité)

A

complexe protéique rempli d’exonucléases d’ARN 3 vers 5

dégrade

  • ARNm mal mûri
  • introns retenus dans le noyau

empêche accumulation ARNm ds le noyau

34
Q

qu’est-ce que la protéine CBC et qu’est-ce qui la remplace (quand)?

A

c’est le complexe de liaison à la coiffe

quand l’ARNm est ds le cytosol (après exportation), il perd des protéines qui lui étaient liées. Quand il perd CBC, les facteurs d’initiation se lie à sa place pour permettre la traduction

35
Q

quel est le codon d’initiation?

A

AUG (méthionine)

36
Q

qu’est-ce qu’un ribosome?

A

composé de protéines différentes et de molécules d’ARNr

petite sous unité + grande sous-unité = s’assemblent pour former ribo complet

petite : fournit les AA
grande : forme liaison peptidique entre AA

37
Q

comment le ribosome est-il formé?

A

sous unités protéiques assemblées ds le nucléole : exportées ds le cytoplasme

association entre protéines ribo et ARNr ds le cytoplasme

38
Q

4 sites de liaison pour ARN ds le ribosome

A

1 pour ARNm
site A : pour ARNt (molécule maintenue si l’appariement codon-anticodon est bon)
site P : même que site A
site E : éjection de l’ARNt qui a déchargé son AA

39
Q

fonctionnement de la traduction (rôle des ARNt)

A
  1. ARNt portant aa (aminoacyl-ARNt) se lie au site A (libre, car le ribo s’est décalé de 3 nucléotides sur ARNm)
  2. formation liaison peptidique : entre l’AA de l’ARNt du site P et le nouveau AA du site A
  3. grande sous-unité se déplace d’un triplet vers 3’ (donc ARNt n’est pas au même site sur petite et grande sous-unité)
  4. Petite sous-unité de déplace d’un triplet, en entrainant ARNm
    - site A vide
    - ARNt en E est éjecté
  5. Retour au début
40
Q

comment la traduction s’arrête?

A

rencontre d’un codon d’arrêt : libération de la protéine terminée + séparation des 2 sous unités réutilisables

41
Q

pourquoi il y a des ATB issus de champignons?

A

champignons et bactéries vivent en concurrence, donc champi ont développés inhibiteurs de bactéries (procaryotes). Donc, ils interférent dans la fonction des ribo procaryotes, mais pas eucaryotes (qui ont des différences de structures).

permet utilisation forte dose sans toxicité

42
Q

déf anticodon?

A

3 nucléotides consécutifs qui s’apparient au codon car ils sont complémentaires

43
Q

déf ARNt initiateur?

A

ARNm de début est AUG, donc ARNt initiateur est celui qui transporte l’AA associé, soit la méthionine

44
Q

qu’est-ce que le cadre de lecture?

A

un codon donne un aa particulier, mais si on décale d’un nucléotide, c’est un nouveau codon avec autre aa. Un seul cadre donne la bonne protéine.

il y a signal au début de chaque message d’ARN pour placer le cadre de lecture ds la bonne position

45
Q

pourquoi on dit que le code génétique est redondant?

A

plusieurs codons codent pour le même AA : il y a plus de possibilité de codons (64) que d’AA (20)

46
Q

déf ribozyme?

A

molécules d’ARN avec activité catalytique