Bioch chap 8 Flashcards
AA en général
- obtenus par
- utilisés pour
- stockage
obtenus
- Diète : dérivés des protéines alimentaires
- biosynthèse : pour aa non essentiels
- dégradation protéine du corps
utilisés pour
- synthétiser protéines du corps
- former précurseurs de composé contenant azote
- être transformé en
- -glucose
- -glycogène
- -AG
- -corps cétoniques
pas de stockage
-excédent devient du pyruvate/oxaloacétate
métabolisme du nitrogène
lié au catabolisme des aa source d'azote : aa des protéines (diète) élimination de l'azote sous forme de -urée -ammoniaque -autres composés métabolisme aa
renouvellement des protéines du corps
majorité sont renouvelés continuellement
équilibre entre synthèse et dégradation (qt de protéines maintenue cst)
niveau de prots intracellulaire déterminé par rythme synthèse et dégradation
300 à 400g de prots synthétisés/jour
demi-vie des protéines
dépend de la nature du N-terminal
- courte : voie métabolique très régulée
- N-terminale : aspartate ou arginine
- longue : protéines de structure, très stables (ex : prots du cristallin)
- N-terminale : sérine ou méthionine
2 systèmes de dégradation des protéines
protéasome régulé par ubiquitine
-dégrade
– protéines cytosoliques/intracellulaires
dégradation lysosomale
-dégrade
– protéines extracellulaires
– protéines à la surface de la membrane plasmique
qu’est-ce que l’ubiquitine
protéines régulatrice du protéasome
dans presque tous les tissus (ubiquitaire)
activée par 3 étapes enzymatiques
protéines à dégrader marquées à l’ubiquitine
- ubiquitine ligase forme lien entre protéine et ubiquitine
- protéasome dégrade juste protéine pas ubiquitine
qu’est-ce que le protéasome?
complexe protéique
fct principale : dégrader liens peptidiques : catalysé par protéases
30 000 protéasomes/c
en 2 parties
-coiffe protéique
– régulent entrée, fixent et déplient protéines
– contient 6ATPase : défont structure 3D
-anneaux intérieurs
– dégrade
– contient enzyme de dégradation
fonctionnement du système protéasome régulé par ubiquitine
- ubiquitinylation : prots sélectionnées pour dégradation marquées à l’ubiquitine
- prots marquées reconnues par protéasome
- protéasome déplie prots et séparent en fragment peptidique
- fragment libérés dans cytosol : dégradés en aa
qu,est-ce qu’un lysosome?
provient de
- RE
- Appareil de Golgi
membrane contient
- pompe à protons
- protéines LAMP
- phosphatases acides
contient hydrolase
type de digestion
-hétérophagie : fusion avec endosomes - dégradation composés exogènes
-autophagie : fusion avec autophagosome - renouvellements composés cellulaires
fonctionnement dégradation lysosomale
dépendant d’ATP
quelles sont les sécrétions responsables de la dégradation?
sécrétions gastriques
- HCl : acidité dénature protéines
- pepsine : activée par pH acide, dégrade prots en aa libres et en longs fragments peptidiques
sécrétions pancréatiques
- protéases pancréatiques
- dégradent longs peptides provenant de l’estomac
- chaque enzyme a spécificité propre
- – coupe liaison spécifique
- – au total, la prot est complètement dégradée
2 transports des aa/petits peptides par entérocytes (barrière intestinale)
symport par gradient de H+ -transport di ou tri peptides -- devient aa grâce à peptidases intracell ds le cytosol symport par gradient de Na+ - transport aa
devenir des aa
une fois que les prots sont des aa, ils sont absorbés
ensuite, diffusé par la veine porte
- amenés au foie : métabolisation
- relâchés ds circulation sanguine (distribution)
transport des aa ds les c (à partir du sang)
transport actif car concentration intracell plus grande que concentration extracell
gradients de concentration H+ et Na+ (pour transport à partir des entérocytes) maintenus
7 systèmes de transport : spécifiques à certains aa
clivage du groupement azote des aa
- pourquoi
- comment
raison : groupement aminé (NH2) empêche dégradation
- NH2 clivé
- début catabolisme
- dégradation c
NH2 libres
- transférés à d’autres composés
- excrétés sous forme d’urée
transamination
1e étape du catabolisme de aa
transfert du groupement aminé : part du aa et va sur a-cétoglutarate : ça donne du glutamate
enzyme : transaminases
- se trouvent ds tous les tissus : surtout foie, reins, intestin et muscles. Dans le cytosol et mitochondrie
- spécifique à un ou plusieurs aa
- nécessite coenzyme pyridoxal-phosphate
- intermédiaire entre aa et a-cétoglutarate
- dérivé vit B6
- groupement fonctionnel important : aldéhyde
diagnostic basé sur transaminase
normale : faible concentration transaminase ds le sang
trauma physique/maladie : augmente lyse cellulaire - augmente niveau transaminases ds le sang
dosage de transaminases utilisé pour diagnostiquer
- maladie hépatique
- maladies du myocarde et désordres musculaires
désamination oxydative des aa
libération groupement aminé : formation ammoniaque libre
enzyme : glutamate déshydrogénase
-coenzyme : NAD+ ou NADP+ (selon dispo)
où : foie et reins
régulé selon
- glutamate
- a-cétoglutarate
- ratio coenzymes oxydés/réduits
activation
- ADP
- niveau É bas : dégradation fournit É
inhibition
-GTP
transport ammoniaque des tissus périphériques vers foie
pourquoi : pour convertir en urée
problème? ammoniaque toxique, peut pas passer par circulation sanguine
solution : 2 mécanismes non toxiques
- formation glutamine : glutamate + ammoniaque
- transamination pyruvate en alanine (utilisé par muscles) : cycle glucose-alanine
urée + dessiner cycle de l’urée
forme majeure excrétion aa
90% de l’azote contenu ds urine
produite ds foie
transportée ds le sang vers reins pour sortir sour forme d’urine
cycle :
ornithine ds cytosol mais doit aller ds mito
citrulline ds mito mais doit aller ds cyto
-antiport citrulline/ornithine
devenir de l’urée
1,diffuse ds le foie
- transporter par sang vers reins (une partie va vers intestin)
- filtrée ds les reins
- excrété ds l’urine (une partie ds les selles en allantoïne
7 produits des 20aa dégradés
pyruvate acétyl-CoA acétoacétate a-cétoglutarate succinyl-CoA fumarate oxaloacétate
destin des produits des aa dégradés
voie de synthèse du glucose et lipides
voies de production d’é comme intermédiaires métaboliques
synthèse des aa
non essentiels : à partir d’intermédiaires métaboliques
essentiels : à partir de la diète
transamination simple
- pyruvate = alanine
- oxaloacétate = aspartate
- a-cétoglutarate = glutamate
synthèse par amidation
- nécessite ATP
- produits contiennent 2 atomes d’azote
- -glutamate + ammoniaque = glutamine
- -aspartate + glutamine = asparagine
synthèse proline
-cyclisation + réduction glutamate
synthèse sérine, cystéine et glycine
- 3-phosphoglycérate = sérine
- sérine = glycine
- sérine + homocystéine = cystéine
aa céto, gluco ou les 2 formateurs
gluco
- alanine
- arginine
- asparagine
- aspartate
- cystéine
- glutamate
- glutamine
- glycine
- histidine
- méthionine
- proline
- sérine
- thréonine
- valine
céto
- leucine
- lysine
les 2
- isoleucine
- phenylalanine
- tryptophan
- tyrosine
rôles des nucléotides
synthèse ADN et ARN (synthèse prots + voies métaboliques)
transporteurs (UDP-glucose)
précurseurs coenzymes (FAD)
seconds messages (AMPc)
purine vs pyrimidine
purinAG : 2 cycles
pyrimidine : 1 cyles
C, T, U
synthèse des ribonucléotides à purines (A et G)
- synthèse du PRPP (pentose activé)
- substrats : ribose-5-phosphate + ATP
- régulation
- -activé : Pi
- -inhibé : nucléotides à purine (produit final) - synthèse IMP
- substrats : PRPP + 5ATP + plusieurs aa
- 11 rxns successives
- IMP s’accumule pas : converti en AMP (hydrolse GTP ou GMP (hydrolyse ATP) - ajout groupements phosphates sur les nucléotides
- enzyme : kinase spécifique à base azotée
- phosphate provient d’ATP
- conserve équilibre entre AMP, ADP et ATP
voie de récupération des purines
pour récupérer purines venant du renouvellement des acides nucléiques c pas dégradés
enzymes : APRT + HGPRT
inhibiteur synthétique de la synthèse
méthotrexate (analogue acide folique)
-interfère avec synthèse nucléotides : donc avec synthèse ADN/ARN
synthèse désoxyribonucléotides à purines
enzyme : ribonucléotide réductase coenzyme : thioredoxine (donne H) - oxydé pdnt rxn - retour à sa forme réduite (grâce à thioredoxine réductase) substrat : ribonucléoside phosphate
régulation :
inhibition :
- liaison dATP (d : désoxy…) au site actif
activation :
- liaison ATP au site actif
un ou l’autre selon ce qui est requis
-liaisons substrats à des sites allostériques
dégradation acides nucléiques alimentaires
- hydrolyse ARN et ADN alimentaire : courte chaine : mono-nucléotides
- enzyme pancréatiques - Retrait des groupements phosphates : nucléotides - nucléosides
- enzyme nucléotidases ds muqueuse intestinale
3.séparation base azoté-sucre : purine - acide urique (relâché ds sang : excrété par reins en urine)
goutte
- causes
- effets
- traitement
désordre : hyper-uricémie : trop d'acide urique ds le sang causes - suprod acide urique -défaut excrétion acide urique --concentration sanguine élevée en lactate, éthanol, corps céto --obésité + diabète + hypertension -- froid --intoxication au plomb
effets : dépôts sels d’urate sur jointures - inflammation
traitement
- court terme : anti-infl (colchicine ou prednisone (cortico))
- long terme : allopurinol fait baisser niveau acide urique (empêche sa formation ds muqueuse intestinale)
synthèse nucléotide à pyrimidine (C, T et U)
- synthèse carbamyl-phosphate
-enzyme : carbamyl-phosphate synthétase
-produit : carbamyl-phosphate (précurseur cycle urée)
2.étapes successives pour formation anneau pyrimidine
3.Conversion de l’anneau
produit : OMP
substrat : anneau + PRPP
4.conversion OMP
-enzyme : décaboxylase
produit : UMP
5.phosphorylation UMP
-produit : UDP et UTP
-enzyme : ribonucléotide réductase
6.synthèse CTP à partir d’UTP
-enzyme : CTP synthétase
-substrat : UTP + glutamine + ATP
