f2 - proteiner

Question 1

proteiners funktioner

Answer 1

katalyse (enzymer)
signalering (neuropeptider, hormoner, receptorer)
transport (hæmoglobin, lipoproteiner, pumper)
struktur (cytoskelet, connective tissue)
bevægelse (aktin, myosin, dynein, kinesin)
næring (casein, ovalbumin, ferritin)
immunitet (antistoffer)
gen regulering (transkriptionsfaktorer)

Question 2

aminosyrer er

Answer 2

subunits af proteiner

Question 3

hvilke forskellige aminosyrer er der

Answer 3

20 forskellige
2 sure (negative)
3 basiske (positive)
5 polære uden ladning
10 nonpolære

Question 4

proteiner er opbygget hvordan?

Answer 4

polypeptid backbone med sidekæder

Question 5

hvordan sørger proteiner for at have den mest stabile konformation

Answer 5

ved forskellige typer kovalente bindinger
- folder til kompakte formationer
hydrofobiske sidekæder klumper sammen inde i proteiner
hydrofile på ydersiden; kan bindes med vand

Question 6

hvad er de forskellige proteinstrukturer

Answer 6

primær; aminosyre sekvens
sekundær; pga. hydrogenbindinger mellem positive & negative ladninger langs akse
tertiær; foldning af flere a-helixes og b sheets
kvartenær; association af mere end et polypeptid til et proteinkompleks

Question 7

hvordan er hydrogenbindingerne i hhv. a-helixes og b-sheets

Answer 7

a-helix; bindinger lands akse
b sheets; bindinger parallelle

Question 8

hvad påvirkes tertiær struktur af

Answer 8

hydrofile/hydrofobe interaktioner
hydrogenbinding
disulfid links
foldning af chaperone proteiner

Question 9

eksempler på hvordan proteiner kan pakkes

Answer 9

til at forme et filament, tube eller sfærisk skal (corona er en sfærisk virus)

Question 10

hvad sker der under enzymkatalyse

Answer 10

1. enzym binder til to substrat molekyler, orienterer dem præcist for at opfordre reaktion
2. substrat bindes til enzym, som rearrangerer elektroner i substratet
   - skaber partiel negative og positive ladninger; favoriserer reaktion
3. enzym presser substrat, tvinger det til et transitionsstadie, der favoriserer reaktion

Question 11

proteinbindings sites er…

Answer 11

…højt selektive

Question 12

hvordan reguleres proteinaktivitet

Answer 12

ved fosforylering
(tilføjelse af enkel fosfatgruppe med to negative ladninger)
- kan ændre proteins konformation dramatisk

Question 13

hvilke aminosyrer kan binde fosfatgruppe

Answer 13

serin, threonin, tyrosin

Question 14

hvad er kinaser?

Answer 14

proteiner, der tilføjer fosfatgrupper til andre proteiner

Question 15

hvad er fosfataser

Answer 15

proteiner, der fjerner fosfatgrupper fra andre proteiner

Question 16

hvad kan disulfidbindinger?

Answer 16

stabilisere en favoritiseret protein konformation

Question 17

forskellige metoder i protein kemi

Answer 17

homogenitisation
centrifugering
kromatografi
antistoffer
protein gel elektroforese
masse spektroskopi
x-ray krystallografi
nuklær magnetisk resonans spektroskopi
cryo-elektron mikroskopi

Question 18

homogenitisation

Answer 18

cellers vævstruktur ødelægges
celleindhold frigives i suspension
proteiner oprenses

Question 19

centrifugering

Answer 19

tunge partikler skilles fra supernatant (det opløste) ved hurtig omrystedes

Question 20

kromatografi

Answer 20

bruges til adskillelse af enkelt stof
de andre bindes til kolonnen
forskellige typer; ion-exchange, gel-filtration, affinity

Question 21

antistoffer (metode i proteinkemi)

Answer 21

antistoffer har to identiske antigen-bindingssites
kan bruges til at purificere proteiner
bruges som molekylære tags til at finde bestemt stof

Question 22

protein gel elektroforese (SDS-PAGE)

Answer 22

viser alle proteiner i en prøve
specifik protein detektion ved western plot blotting

Question 23

masse spektroskopi

Answer 23

bruges til identifikation af proteiner

Question 24

x-ray krystallografi

Answer 24

purificeret protein skal krystalliseres
x-ray stråle sendes gennem proteinkrystal
resulterende elektrondensitetskort bruges til at udregne proteinstruktur model
høj resolution
kun fra enkel statisk krystallinsk statisk struktur

Question 25

NMR spektroskopi

Answer 25

bruger radiobølger i stærkt magnetisk felt
proteiner i opløsning
god for dynamiske studier
proteiner må ikke være for store

Question 26

cryo-elektron mikroskopi

Answer 26

elektron stråle gennem frossen prøve
spredte elektroner passerer gennem linse, skaber forstørret billede på detektor
proteinstruktur kan aflæses fra billedet
nem prøve forberedelse
god for store proteiner i oprindelige stadie