f2 - proteiner Flashcards
proteiners funktioner
katalyse (enzymer)
signalering (neuropeptider, hormoner, receptorer)
transport (hæmoglobin, lipoproteiner, pumper)
struktur (cytoskelet, connective tissue)
bevægelse (aktin, myosin, dynein, kinesin)
næring (casein, ovalbumin, ferritin)
immunitet (antistoffer)
gen regulering (transkriptionsfaktorer)
aminosyrer er
subunits af proteiner
hvilke forskellige aminosyrer er der
20 forskellige
2 sure (negative)
3 basiske (positive)
5 polære uden ladning
10 nonpolære
proteiner er opbygget hvordan?
polypeptid backbone med sidekæder
hvordan sørger proteiner for at have den mest stabile konformation
ved forskellige typer kovalente bindinger
- folder til kompakte formationer
hydrofobiske sidekæder klumper sammen inde i proteiner
hydrofile på ydersiden; kan bindes med vand
hvad er de forskellige proteinstrukturer
primær; aminosyre sekvens
sekundær; pga. hydrogenbindinger mellem positive & negative ladninger langs akse
tertiær; foldning af flere a-helixes og b sheets
kvartenær; association af mere end et polypeptid til et proteinkompleks
hvordan er hydrogenbindingerne i hhv. a-helixes og b-sheets
a-helix; bindinger lands akse
b sheets; bindinger parallelle
hvad påvirkes tertiær struktur af
hydrofile/hydrofobe interaktioner
hydrogenbinding
disulfid links
foldning af chaperone proteiner
eksempler på hvordan proteiner kan pakkes
til at forme et filament, tube eller sfærisk skal (corona er en sfærisk virus)
hvad sker der under enzymkatalyse
- enzym binder til to substrat molekyler, orienterer dem præcist for at opfordre reaktion
- substrat bindes til enzym, som rearrangerer elektroner i substratet
- skaber partiel negative og positive ladninger; favoriserer reaktion - enzym presser substrat, tvinger det til et transitionsstadie, der favoriserer reaktion
proteinbindings sites er…
…højt selektive
hvordan reguleres proteinaktivitet
ved fosforylering
(tilføjelse af enkel fosfatgruppe med to negative ladninger)
- kan ændre proteins konformation dramatisk
hvilke aminosyrer kan binde fosfatgruppe
serin, threonin, tyrosin
hvad er kinaser?
proteiner, der tilføjer fosfatgrupper til andre proteiner
hvad er fosfataser
proteiner, der fjerner fosfatgrupper fra andre proteiner
hvad kan disulfidbindinger?
stabilisere en favoritiseret protein konformation
forskellige metoder i protein kemi
homogenitisation
centrifugering
kromatografi
antistoffer
protein gel elektroforese
masse spektroskopi
x-ray krystallografi
nuklær magnetisk resonans spektroskopi
cryo-elektron mikroskopi
homogenitisation
cellers vævstruktur ødelægges
celleindhold frigives i suspension
proteiner oprenses
centrifugering
tunge partikler skilles fra supernatant (det opløste) ved hurtig omrystedes
kromatografi
bruges til adskillelse af enkelt stof
de andre bindes til kolonnen
forskellige typer; ion-exchange, gel-filtration, affinity
antistoffer (metode i proteinkemi)
antistoffer har to identiske antigen-bindingssites
kan bruges til at purificere proteiner
bruges som molekylære tags til at finde bestemt stof
protein gel elektroforese (SDS-PAGE)
viser alle proteiner i en prøve
specifik protein detektion ved western plot blotting
masse spektroskopi
bruges til identifikation af proteiner
x-ray krystallografi
purificeret protein skal krystalliseres
x-ray stråle sendes gennem proteinkrystal
resulterende elektrondensitetskort bruges til at udregne proteinstruktur model
høj resolution
kun fra enkel statisk krystallinsk statisk struktur
NMR spektroskopi
bruger radiobølger i stærkt magnetisk felt
proteiner i opløsning
god for dynamiske studier
proteiner må ikke være for store
cryo-elektron mikroskopi
elektron stråle gennem frossen prøve
spredte elektroner passerer gennem linse, skaber forstørret billede på detektor
proteinstruktur kan aflæses fra billedet
nem prøve forberedelse
god for store proteiner i oprindelige stadie
