(ביותא ב) ER Flashcards
איזה אחוז מכלל הממברנות בתא מהווה ממברנת ה
ER?
כ-50%
איזה אחוז מנפח התא מהווה הלומן של ה
ER?
כ-10%
היכן בתא ניתן למצוא ריבוזומים המצויים ע”ג ממברנה?
rER
ובממברנה החיצונית של הגרעין
היכן ניתן למצוא מאגרי סידן בתא?
במיטוכונדריה וב
ER
לאחר הומוגינציה של התא אלו פרקציות של ה
ER
נמצא?
- מיקרוזומים של
sER - מיקרוזומים כבדים יותר של
rER
מהו ה
sugnal sequence
המכווין חלבונים אל ה
ER?
רצף של כ20 ח”א, מתוכן לפחות 8 הידרופוביות, בקצה האמיני
היכן מצוי
signal peptidase
של ה
ER?
בסמוך לטרנסלוקון
מה המבנה של
SRP?
בנוי מ6 תת יחידות חלבוניות ומולקולת
RNA
מה תפקיד חלקיק ה
SRP?
זיהוי הרצף המכווין ל
ER
והבאת החלבון לטרנסלוקון ע”י קישור לרצפטור שלו
היכן מצוי
SRP receptor?
על ממברנת ה
ER
בסמוך לטרנסלוקון
מה מאפשר ל
SRP
לזהות מגוון רחב של רצפי הכוונה של חלבונים המיועדים ל
ER?
הימצאות מספר ח”א מתיונין, בעלות שייר הידרופובי וגמיש, בכיס ההידרופובי שלו
כיצד
SRP
חוסם את תהליך התרגום?
הוא חוסם את אתר הקישור לפקטורי אלונגציה ע”ג הריבוזום
מה מאפשר את פתיחת הטרנסלוקון ומעבר החלבון המתורגם אל ה
ER?
הידרוליזת GTP ע"ג SRP וע"ג הרצפטור שלו
מה מבנה הטרנסלוקון?
- ליבה: sec61 המורכב מ3 תתי יחידות (אלפא, בטא, גמא) - plug (אלפא הליקס)
מה ייחודי לתת יחידה אלפא של
sec61?
יש בה
inverted repeats
המקנה לה מבנה של פסאודו-סימטריה
כיצד רצף ממברנאלי של חלבון מועבר לממברנה?
sec61
יודע להיפתח גם הצידה
ישנם חלבונים המועברים ל
ER
לאחר תרגום מלא בציטוזול. אלו חלבונים משתתפים בתהליך באוקריוטים?
- התעלה: sec62,63,71,72 - HSP70 של ה ER: Bip
ישנם חלבונים המועברים ל
ER
לאחר תרגום מלא בציטוזול. אלו חלבונים משתתפים בתהליך בחיידקים?
- SecA שדוחף פנימה מהציטוזול תוך שימוש ב ATP - SecY התעלה
קיימים 3 סוגים של חלבונים החוצים את הממברנה פעם אחת. מהו
type 1?
חלבון בעל signal sequence בקצה האמיני (שיחתך) ו stop transfer בהמשך. מתקבל קצה אמיני בתוך ה ER וקצה קרבוקסילי בציטוזול.
קיימים 3 סוגים של חלבונים החוצים את הממברנה פעם אחת. מהו
type 2?
חלבון בעל signal sequence באמצע החלבון המשמש כ start transfer. בעל ח"א חיוביות בסמוך לסיגנל, בצד של הקצה האמיני. מתקבל חלבון עם קצה אמיני ציטוזולי וקרבוקסילי בתוך ה ER
קיימים 3 סוגים של חלבונים החוצים את הממברנה פעם אחת. מהו
type 3?
חלבון בעל signal sequence באמצע החלבון המשמש כ start transfer. בעל ח"א חיוביות בסמוך לסיגנל, בצד של הקצה הקרבוקסילי. מתקבל חלבון עם קצה אמיני ב ER וקרבוקסילי ציטוזולי
מה יקבע את כמות הפעמים שחלבון
multi pass
יחצה את ממברנת ה
ER?
מספר רצפי ה
start
וה
stop
איזה רצף הידרופובי המצוי בחלבון
multi pass
קובע את האוריינטציה שלו בממברנה?
רק הראשון, בהתאם לח”א שסביבו
אלו חלבונים משתתפים בתהליך עיגון חלבוני
tail anchored
לממברנת ה
ER?
- Get1,2
- Get3 ATPase
- pre targeting complex
תאר/י את תהליך עיגון חלבוני
tail anchored
לממברנת ה
ER
1. pre targeting complex מזהה רצף הידרופובי בקצה הקרבוקסילי של החלבון המתורגם ומביא אותו ל Get3 ATPase דימרי - Get3 מביא את החלבון ל Get1-Get2 המעוגנים לממברנה - הידרוליזת ATP ע"י Get3 גורמת לשחרור Get3 ופירוקו למונומרים - Get1-Get2 מחדירים את הזנב הקרבוקסילי של החלבון לממברנה במנגנון שאינו ידוע
חלבוני
SNARE
הם דוגמה לחלבונים שהם
tail anchored
על אילו חלבוני ימצא רצף
KDEL?
על חלבונים שהם דיירי קבע ב
ER
(למשל
PDI, Bip)
על איזה שייר תתרחש גליקוזילציה מסוג
N?
אספרגין באוריינטציה של
NH2—-N-X-S/T—–COOH
(X
יכולה להיות כל ח”א מלבד פרולין(
על איזה שייר תתרחש גליקוזילציה מסוג
O?
סרין או טריאונין
מה מזרז האנזים אוליגו-סכריל טראנספראז?
העברת העץ הסוכרי מדוליקול לשייר אספרגין ב
N
גליקוזילציה
היכן מצוי האנזים אוליגו-סכריל טראנספראז?
בתוך ה
ER
בסמוך לקומפלקס הטרנסלוקון
מאלו סוכרים בנוי האוליגוסכריד המוסף ב
N
גליקוזילציה?
(Glc)3(Man)9(GlcNac)2
אלו נוקלאוטידים מאקטבים את הסוכרים הבונים את האוליגוסכריד המוסף ב
N
גליקוזילציה?
- UDP
מאקטב גלוקוז וגלקטוז - GDP
מאקטב מאנוז
היכן מתרחש תהליך בניית העץ הסוכרי המתווסף בגליקוזילציה מסוג
N?
מתחיל בציטוזול ולאחר בניית 7 סוכרים העץ מתהפך והתהליך ממשיך בלומן של ה
ER
קלנקסין וקלרטיקולין שייכים למשפחת ה-
מי ממברנאלי ומי מסיס?
- הלקטינין
- קלנקסין ממברנאלי וקלרטיקולין מסיס
האוליגוסכריד שמוסף על חלבונים בתהליך ה N גליקוזילציה עובר trimming בכניסה ל ER. אלו סוכרים יוסר ומי אחראי על כך?
בין 2 ל3 גלוקוזים, תלוי במצב קיפול החלבון.
גליקוזידאז מבצע את ההסרה
תאר/י את תהליך בקרת קיפול חלבוני ה
ER
ומתבצע ע”י קלנקסין/קלרטיקולין
- חלבון שלא קופל נכון בעל גלוקוז בודד נקשר על ידם
- גלוקוזידאז מסיר את הגלוקוז השלישי
- אם קופל נכון החלבון ייצא מה
ER - אם לא קופל נכון, גליקוזיל טראנספראז מוסיף גלוקוז וכן הלאה
מה תפקיד הצ’פרון
ERp57?
נקשר לקבוצות סולפדריל חופשיות במטרה לעכב חלבונים שלא קופלו כראוי ב
ER
(מסייע לפעילות קלנקסין וקלרטיקולין)
איזו מולקולה דרושה לקלנקסין וקלרטיקולין?
סידן
מהו הטריגר לסימון חלבון שלא קופל כראוי ב
ER
לפירוק?
הסרת מנוז מסוים של האוליגוסכריד ע”י מנוזידאז
תאר/י את תהליך ייצוא חלבונים שלא קופלו כראוי מה
ER
(6)
- מנוזידאז מסיר מנוז ספציפי
- לקטינים, צ’פרונים ו
disulfid isomerases
נקשרים לחלבון ומביאים אותה לטרנסלוקייטור - E3
המצוי בטרנסלוקייטור מוסוף פולייוביקוויטין - AAA ATPase
מושך אותו מבחוץ תוך פעולת הליקאז ופתיחה שלו
-N glycanase
מסיר את האוליגוסכרידים - פירוק בפרוטאוזום
מה עושה האנזים
N glycanase?
מסיר את ה N גליקוזילציות מחלבונים שהוצאו מה ER בשל קיפול שגוי
היכן מצוי E3 המשתתף בסימון חלבונים שלא קופלו נכון ב ER לפירוק?
מצוי כחלק מהטרנסלוקייטור המוציא אותם החוצה
מה מטרת הפעלת ה
unfolded protein response?
הגברת שעתוק גנים הקשורים לקיפול תקין של חלבונים/פירוק חלבונים שלא קופלו כראוי.
מהם שלושת המסלולים המופעלים ב
unfolded protein response?
- IRE1
- PERK
- ATF6
תאר/י את מסלול
IRE1
(4)
- שפעול קינאז טראנסממברנאלי IRE1 ע"י הצטברות חלבונים שלא קופלו נכון - דמירזציה ופספור עצמי - ribonuclease domain מופעל ומתווך alternative splicing של מרנ"א ציטוזולי מסוים - מהמרנ"א נוצר חלבון רגולטורי הנכנס לגרעין ומשמש כפקטור שעתוק לגנים רלוונטים
תאר/י את מסלול
PERK
(2)
- הפעלת PERK ע"י הצטברות חלבונים לא מקופלים - זרחון translational initiation factor כך שחלבונים נוספים לא יווצרו/ חלבונים רלוונטים לתגובה כן יווצרו
תאר/י את מסלול
ATF6
(3)
- הצטברות חלבונים שלו קופלו נכון גורם להעברת
ATF6
טראנסממברנאלי לגולג’י - פרוטאזות בגולג’י מבקעות אותו
- הדומיין הציטוזולי נכנס לגרעין ומשמש כפקטור שעתוק לחלבונים רלוונטיים
היכן ימצאו חלבונים המעוגנים דרך
GPI?
על הממברנה הפלסמטית כאשר הם פונים כלפי חוץ התא
איזה סיגנל מכילים חלבונים המעוגנים דרך
GPI
לממברנה הפלסמטית ומדוע?
מאחר והם עוברים co-translational translocation ב ER הם מכילים רצף סיגנל המכווינים אליו אשר ייחתך בסוף העיגון
מה ייחודי בקצה הקרבוקסילי של חלבוני
GPI?
יש בו רצף הידרופובי המשמש כ
stop transfer
ועתיד להיחתך בסוף העיגון
כיצד חלבון
GPI
עובר לשלד הפוספוליפידי בעת העיגון?
ע”י התקפה נוקלאופילית של הקצה האמיני ש הפוספוליפיד על הקרבניל הצמוד לרצף ההידרופובי בקצה הקרבוקסילי של החלבון
אלו חלבונים מצויים בשכיחות גבוהה ב
lipid rafts?
חלבוני
GPI anchored
היכן ב
ER
מיוצרים פוספוליפידים?
בעלעל הציטוזולי של ממברנת ה
ER
כיצד משופעלות ח”ש המיועדות לייצור פוספוליפידים ב
ER?
ע”י צימוד ל
CoA
(ATP–>AMP)
מה מקור ראש הכולין של פוספופוליפידים בהם הוא מצוי?
CDP-cholin
מה מקור שלד הגליצרול של פוספוליפידים?
glycerol 3 phosphate
מה מקור הפוספאט של פוספוליפידים?
מה
CDP-cholin
(לא מהגליצרול!!)
איזה
lipid translocator
פעיל ב
ER?
סקראמבלאז
איזה
lipid translocators
פעילים בממברנה?
פליפאז ופלופאז
סקראמבלאז מצוי אך לא פעיל
היכן מתרחשת ביוסינתזה של צרמייד?
sER
ממה נוצר צרמייד?
מספינגוזין וח”ש שנדחסו יחד
ממה נוצר ספינגוזין?
ח”א סרין וח”ש פלמטואיל שנדחסו יחד
