Epigenética Flashcards
¿qué es la epigenética?
procesos y mecanismos que regulan la expresión génica sin cambiar la secuencia del ADN (son cambios heredables)
¿qué es epigenoma?
conjunto de modificaciones epigenéticas en un organismo o en una célula
tiene un impacto en la regulación de la expresión génica
reprogramación celular inducida (iPS)
cambio de una célula adulta de su estado diferenciado a un estado pluripotente
reprogramación somática
capacidad de células madre para diferenciarse en diversos tipos celulares
¿qué es la metilación del DNA?
proceso epigenético
adición de un grupo metilo (CH3) en el carbono del anillo de la citosina
¿cómo es inhibida la transcripción?
por metilación
la metilación recluta proteínas de silenciamiento a la cromatina
esto puede interferir con la unión de factores de transcripción
zonas muy metiladas = zonas ____
inactivas
la metilación participa en procesos como:
inactivación del cromosoma X
regulación de la expresión génica
embriogénesis
una desregulación de la metilación llevaría a ____
cáncer
¿quién lleva a cabo la metilación?
familia de enzimas DNMT
(DNA metiltransferasas)
¿quién lleva a cabo la desmetilación?
oxidasas (enzimas T)
proteína que reconoce regiones metiladas
proteínas MeCP2
se une a secuencias de ADN que contienen metilación en citosinas seguidas de guaninas (CpG), que son sitios comunes de metilación
esta unión conduce a la represión de la transcripción
técnicas para detectar la metilación del ADN
MeDIP: immuno-precipitation
- anticuerpo específico
- quedarnos con regiones metiladas
Secuenciación por bisulfito de sodio:
- para saber a nivel nucleótido que citosinas están o no metiladas
- citosina no metilada ⟶ se vuelve uracilo y luego timina
- citosina metilada ⟶ sin cambios
Cromatina Inmunoprecipitación Seguida por Secuenciación (ChIP-seq):
- identificar regiones de la cromatina asociadas con marcadores de metilación
¿a qué se asocia la acetilación de histonas?
a la apertura de la cromatina
acetilado ⟶ abierto
desacetilado ⟶ cerrado
zona acetilada ⟶ tiene nucleosomas flojos ⟶ mejor accesibilidad del complejo de transcripción a las regiones del ADN ⟶ aumento en expresión génica
¿qué son los writers?
enzimas que modifican las histonas, añaden modificaciones postraduccionales
familias de writers
HATs ⟶ ponen acetilaciones
HMTs ⟶ ponen metilaciones
PRMTs ⟶ ponen fosforilaciones
¿qué hacen las readers?
reconocen y se unen a las marcas epigenéticas:
- bromo domains ⟶reconoce zonas acetiladas
- chromo domains ⟶ reconoce zonas metiladas
- tutor domains ⟶ reconoce zonas fosforiladas
son mediadores en la transmisión de señales epigenéticas
¿qué hacen las erasers?
remueven marcas postraduccionales:
HDACs ⟶ desacetilan
KDMs ⟶ desmetilan
PRDM ⟶ desmetilan
¿dónde se llevan a cabo las modificaciones postraduccionales de las histonas?
colas amino terminales
Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP)
técnica de detección de modificaciones de histonas
- cruza/enlaza histonas
- lisis celular (romper células, liberar su contenido)
- inmunoprecipitación (aislar)
- purificación del DNA
- qPCR analysis
¿qué son Polycomb y Thritorax?
complejos proteicos que tienen funciones opuestas
regulan activación o represión de genes del desarrollo y diferenciación celular
funciones de Polycomb y Thritorax
mantenimiento expresión genes homeobox (diferenciación de tejidos específicos)
proliferación celular
inactivación cromosoma X
determinan cómo las células se especializan a partir de la compactación de la cromatina
características de Polycomb
silencia genes
complejo de represión:
- HDAC, EED, SUZ12, JARID1EZH2
- media moléculas de K27 metilación
- dos complejos PRC1 y PRC2
- pueden formar loops de cromatina (compactar regiones de cromatina aglomerando nucleosomas)
características Trithorax
activa genes (promueve su transcripción en proteínas)
complejo de activación:
- WDR5, ASH2L, UTX, RBBP5, MLL
- media moléculas de K4 metilación y acetilación
el ___% del genoma es no codificante
98
ejemplos de noncoding genes
lincRNA
microRNA
snoRNA
tipos de genes no codificantes
bystandard
scaffolds
bridges
