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BIOCHIMIE > Enzymologie > Flashcards

Enzymologie Flashcards

1
Q

Examens utilisant l’enzymologie

A
  • dosages enzymatiques
  • sémiologie enzymatique
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Q

Pour quoi est utilisée l’enzymologie ?

A

pour le diagnostic médical

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2
Q

Principe du dosage enzymatique

A

examen de routine permettant de suivre l”solution ou l’apparition de certaines pathologies

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Q

Définition sémiologie

A

étude des signes cliniques

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4
Q

Que pouvons nous déduire d’une activité enzymatique dans le sérum ?

A
  • lésions tissulaires/cellulaires
    > les enzymes se trouvent normalement dans les cellules, si elles en sortent c’est que la cellule est lésée
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5
Q

Qu’est-ce que l’hème ?

A

une protéine que l’on retrouve dans les globules rouges

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6
Q

Comment est synthétisée l’hème ?

A

par plusieurs enzymes

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7
Q

A quoi sont sujets les médicaments ?

A

au métabolisme du patient

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8
Q

Que permet la métabolisation des principes actifs d’un médicament ?

A
  • élimination
  • activation
    de certains composés
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9
Q

Définition médecine individualisée

A

activité des enzymes dépend des individus

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10
Q

Médicament pour un métaboliseur rapide

A
  • courte 1/2 vie
  • basse concentration
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11
Q

Médicament pour un métaboliseur lent

A
  • longue 1/2 vie
  • concentration élevée
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12
Q

Qu’est-ce qu’une fourchette thérapeutique ?

A

ajustement du médicament pour que sa concentration en métabolite actif soit comprise entre un seuil d’efficacité et un seuil de toxicité

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13
Q

A quoi s’applique l’étude de la spécificité des enzymes ?

A
  • interactions médicamenteuses
  • dosages biologiques
  • compensation entre les modèles de maladies génétiques
  • utilisation en biologie moléculaire
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14
Q

Comment sont métabolisés les médicaments ?

A

par des enzymes

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15
Q

Spécificité des enzymes

A

faible : une enzyme peut métaboliser plusieurs médicaments

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16
Q

Quelle(s) conséquence(s) a la réaction enzymatique ?

A
  • éliminer le médicament
    ou
  • le transformer en métabolite actif
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17
Q

Quand le médicament est-il actif ?

A

après la métabolisation

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18
Q

Conséquences possibles de l’administration de plusieurs médicaments métabolisés par la même enzyme

A

concentration en métabolite actif
- trop forte
- trop faible

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19
Q

Dans quel cas la concentration en métabolite actif est-elle trop fort ?

A

lorsque le médicament est en temps normal éliminé par l’enzyme
> dépassement du seuil de toxicité

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20
Q

Dans quel cas la concentration en métabolite actif est-elle trop faible ?

A

lorsque le médicament est en temps normal transformé et activé par l’enzyme
> on ne dépasse pas le seuil d’efficacité

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21
Q

Définition enzyme

A

> catalyseur protéiques (sauf ribozymes)
unidirectionnelle

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22
Q

Rôle enzyme

A

permettent d’accélérer une réaction chimique sans altérer la position d’équilibre
> faible concentration dans les cellules

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23
Q

Définition catalyseur

A
  • substance qui augmente la vitesse d’une réaction chimique
  • ne fait partie ni des réactifs, ni des produits => n’apparaît pas dans le bilan de la réaction
  • non consommée
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24
Q

Catalysation des réactions biochimiques par les enzymes

A
  • catalysent dans les deux sens
  • ne modifient pas l’équilibre final de la réaction
  • n’a pas d’impact sur le sens de réaction
  • orientent la voie métabolique
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25
Q

Comment les enzymes accélèrent-elle une réaction ?

A

en diminuant son énergie d’activation

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26
Q

Comment les enzymes orientent-elle la voie métabolique ?

A

si les réactifs ont plusieurs réactions possibles, va être privilégiée la réaction avec l’énergie d’activation la plus faible

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27
Q

Définition voie métabolique

A

cas où l’équilibre est continuellement déplacé

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28
Q

Comment se font les synthèses en laboratoire ?

A
  • températures élevées
  • pressions très fortes
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29
Q

Comment se font les réactions chimiques dans la matière vivante ?

A
  • rapidement
  • à température peu élevée
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30
Q

Comment seraient les réactions chimiques dans le corps humain sans enzyme ?

A

à une vitesse non compatible avec la vie

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31
Q

Quelles sont les propriétés spécifiques des enzymes ?

A
  • pouvoir catalytique
  • spécificité
  • possibilité d’être régulées
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32
Q

Pouvoir catalytique des enzymes

A

> très important
vitesse de réaction augmentée jusqu’à 10^14x
action de l’enzyme&raquo_space;> action du catalyseur

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33
Q

spécificité des enzymes

A
  • du substrat
  • d’action
  • de groupe (=type de réaction)
  • moins spécifique (=groupe de molécules)
  • absolue
  • stéréospécificité
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34
Q

Spécificité du substrat

A

l’enzyme permet la réaction d’un seul substrat

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35
Q

Spécificité d’action

A

l’enzyme permet la formation d’un seul produit

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36
Q

Régulation des enzymes

A

l’activité peut être régulée par
- des ions
- des substrats ou des produits du métabolisme (=régulée par les éléments de la réaction qu’elle catalyse)
- des modifications covalentes de l’enzyme

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37
Q

Localisation tissulaire des enzymes

A
  • ubiquitaires
  • spécificité tissulaire
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38
Q

Dans quoi sont utilisées les enzymes à spécificité tissulaire ? Pourquoi ?

A

elles sont utilisées en diagnostic
> si l’enzyme se trouve la où elle ne devrait pas, c’est qu’il y a un problème

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39
Q

Localisation subcellulaire des enzymes

A
  • noyau
  • mitochondries
  • réticulum endoplasmique
  • ribosomes
  • lysosomes
  • cytoplasme
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40
Q

Enzymes du noyau

A

impliquées dans la réplication de l’ADN, sa réparation, etc

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41
Q

Enzymes des mitochondries

A

impliquées dans la respiration cellulaire

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42
Q

Enzymes du réticulum endoplasmique

A

impliquées dans la maturation des protéines (repliements, glycosylation)

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43
Q

Enzymes des ribosomes

A

impliquées dans la synthèse protéique (traduction de l’ARN)

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44
Q

Enzymes des lysosomes

A

Enzymes des hydrobases acides (lipases, carbohydrases, protéases)

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45
Q

Enzymes du cytoplasme

A

impliquées dans les réactions métaboliques (glycolyse, lipolyse)

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46
Q

Variations des activités enzymatiques

A
  • physiologiques
  • pathologiques
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47
Q

Définition isoenzymes/isozymes

A

formes multiples d’une même enzyme
> existent naturellement chez une même espèce

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48
Q

Caractéristiques des isozymes

A
  • agissent sur le même substrat
  • catalysent la même réaction
  • synthétisées par des organes différents (souvent)
  • structure primaire différente
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49
Q

Définition proenzymes/zymogènes

A

précurseurs inactifs des enzymes
ex. caspases

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50
Q

Quand s’activent les proenzymes

A

après coupure et libération d’un petit peptide par :
- modification du pH
- l’enzyme (=processus auto-catalytique)
- une autre enzyme

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51
Q

Définition co-facteurs

A

composants non protéiques dont certaines enzymes ont besoin pour acquérir leur activité

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52
Q

Natures de co-facteurs

A
  • ions métalliques (Fe, Zn, Cu, Na, K)
  • cofacteurs organiques (vitamines)
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53
Q

Définition groupement prosthétique

A

> partie d’une molécule organique non protéique qui est liée à la structure protéique par des liaisons faibles et/ou covalentes
cofacteurs organiques fortement liés à l’enzyme

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54
Q

Définition apoenzyme

A

enzyme (protéine) pas encore liée à son cofacteur

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55
Q

Définition holoenzyme

A

assemblage du cofacteur et de l’apoenzyme pour former un complexe enzymatique ayant une activité catalytique

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56
Q

Définition activité enzymatique

A

vitesse d’une réaction enzymatique : quantité de substrat formé (ou de produit apparu) par unité de temps

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57
Q

1 unité internationale (UI)

A

> quantité d’enzyme qui transforme une micromole de substrat en 1mn à 30°C
en μmol.min-1

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58
Q

1 Katal (kat)

A

quantité d’enzyme qui transforme une mole de substrat par seconde

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59
Q

1 nanokatal (nkat)

A

transformation d’une nanomole par seconde

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60
Q

UI en nkat

A

1UI = 16,66 nkat

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61
Q

Définition activité spécifique

A

activité rapportée à 1mg de protéine

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62
Q

Définition activité moléculaire

A

nombre de molécules de substrat transformées par minute et par molécule d’enzyme

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63
Q

La vitesse d’une réaction est :

A

à chaque instant proportionnelle à la quantité de substrat restant

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64
Q

Formule vitesse de réaction

A

V = k.(S-x)
avec
S : quantité de substrat à t=0
x : avancement = quantité de substrat transformé à tx
k : constante de réaction

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65
Q

vitesse de réaction : si S est en excès par rapport à la quantité d’enzyme :

A

la vitesse est maximale des le début : on peut négliger ce qui disparait
=> réaction d’ordre nul (0)

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66
Q

vitesse de réaction : si x n’est pas négligeable :

A

on a V = k.(S-x)
=> réaction d’ordre 1

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67
Q

Réaction d’ordre (0)

A

> la quantité qui disparait augmente linéairement
la vitesse est constante

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68
Q

Réaction d’ordre (1)

A

> la courbe se finit par une asymptote et la vitesse initiale est définie par la tangente à l’origine de la courbe

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69
Q

Classification des enzymes

A

> établi par la commission des enzymes
EC + 4 nombres
en pratique : substrat + ase

70
Q

EC : 1er nombre

A

type de réaction catalysée par l’enzyme
1 = oxydoreductase
2 = transférase
3 = hydrolase
4 = lyase
5 = isomérase
6 = ligase

71
Q

1 = oxydoréductase

A

un donneur d’hydrogène ou d’électron est l’un des substrats

72
Q

2 = transférase

A

transfert d’un radical par une réaction de type :
A-X + B –> A+B-X

73
Q

3 = hydrolase

A

clivage hydrologique (par H20) de :
C-C, C-N, C-O, etc

74
Q

4 = Lyase

A

clivage non hydrologique des liaisons faisant apparaître :
- une double liaison
ou
- l’addition de groupement à double liaison

75
Q

5 = isomérase

A

modification de l’arrangement spatial d’une molécule

76
Q

6 = ligase

A

condensation de deux molécules, associée à l’hydrolyse d’une liaison à haute énergie

77
Q

EC : 2e nombre

A

type de liaison sur laquelle agit l’enzyme

78
Q

EC : 3e nombre

A

sous-classification portant :
- sur le sous-type de liaison
- sur le groupement transféré dans la réaction
- sur les deux

79
Q

EC : 4e nombre

A

numéro d’ordre dans la sous catégorie

80
Q

Déroulement d’une réaction enzymatique

A
  • reconnaissance du substrat par l’enzyme
  • combinaison transitoire => complexe enzyme-substrat
  • transformation du substrat en produit
  • libération des produits de la réaction
81
Q

Voisins du site actif

A
  • site de liaison (=reconnaissance substrat-enzyme)
  • site catalytique (=réaction)
82
Q

Caractéristiques du site actif

A
  • intérieur de la molécule globulaire protéique (en général)
  • 5% de l’aire totale de l’enzyme
  • une même enzyme peut comporter plusieurs sites actifs
83
Q

Quelles réactions sont thermodynamiquement possibles ?

A

les réaction exergoniques ΔG<0

84
Q

Qu’est-ce qui est nécessaire à l’activation d’une réaction exergonique ?

A
  • la mise en contact avec les réactifs
  • énergie d’activation
85
Q

Qu’est-ce qui diminue l’énergie d’activation ?

A
  • hausse de température (labo)
  • catalyseur (labo)
  • enzymes (bio)
86
Q

Quel impact a l’énergie d’activation sur la vitesse?

A

plus l’énergie d’activation est élevée, plus la vitesse est lente

87
Q

Loi d’Arrhenius

A

K = A.e ^(-E d’activation/RT)
avec
K : constante de vitesse de la réaction
A : constante caractéristique

88
Q

Comment peut être mis en évidence la création d’un complexe transitoire ES (enzyme-substrat)

A

par une expérience de dialyse à l’équilibre

89
Q

Principe de l’expérience de dialyse à l’équilibre

A

voir p.283

90
Q

Définition ligands

A

petites molécules

91
Q

dialyse à l’équilibre : absence de fixation

A

si le ligand ne se fixe pas sur l’enzyme, cela signifie qu’il y a la même concentration dans chaque compartiment car il y a équlibre des concentrations par diffusion

92
Q

dialyse à l’équilibre : fixation

A

si le ligand se fixe à l’enzyme, la concentration du ligand est supérieur dans le compartiment des enzymes : molécules de diffusion + celles liées à l’enzyme

93
Q

Constante de dissociation kd

A

kd = ([S] x [R]) / [RS]
= (k-1)/k1

94
Q

Constante d’association ka

A

ka = A / kd
= [RS] / ([S]x[R])

95
Q

Comment peut-on mesurer l’activité de l’enzyme

A

par spectroscopie :
> en mesurant la quantité de substrat disparu
> en mesurant la quantité de produit formé

96
Q

Mesure de l’activité enzymatique : méthode 1 principe

A
  • prélèvement du liquide (à différents instants de la réaction) afin d’analyser les proportions de substrats et de produits
  • modélisation mathématique de la réaction et idée de la cinétique enzymatique
97
Q

Mesure de l’activité enzymatique : méthode 1 étapes

A
  • ajouter l’enzyme à une solution contenant le substrat
  • prélever des aliquotes du mélange réactionnel à des temps donnés
  • stopper la réaction dans les aliquotes
  • séparer les substrats des produits pour doser la quantité de substrat disparu ou de produit formé à cet instant
98
Q

Définition aliquotes

A

fractions représentatives de ce qui se passe dans le liquide total

99
Q

Mesure de l’activité enzymatique : méthode 2

A

mesure en continu des changements dans le liquide réactionnel (ex. par spectroscopie)
> peut se faire en couplant la réaction avec une autre

100
Q

Comment sont analysés les résultats d’une mesure de l’activité enzymatique ?

A

par des modèles mathématiques qui sont différents :
> selon l’ordre de la réaction (=1 ou plusieurs substrats)
> si la quantité d’enzyme est très faible par rapport à la quantité de substrat (moins de 1%)

101
Q

Par quoi sont régis les paramètres de la réaction enzymatique ?

A

Par les paramètres de la réaction chimique

102
Q

Qu’est-ce qu’une réaction chimique ?

A

> processus dynamique qui, partant d’un état initial, transforme les molécules pour aboutir à un état final
se déroule avec une vitesse : vitesse de réaction

103
Q

A quoi correspond la vitesse d’apparition ?

A

à une quantité de substrat transformé (= de produit apparu) par unité de temps

104
Q

Formule vitesse d’apparition

A

Va = (-Δna) / Δt
Vx = Δnx / Δt

=> une vitesse est toujours positive -, d’où le moins devant Δna : les substrats disparaissent

105
Q

Vitesse instantanée

A

> se calcule lorsque t2 tend vers t1 = laps de temps très restreint
t2 - t1 ≈ 0

106
Q

Vitesse initiale

A

> vitesse instantanée (tangente) au temps 0 de la réaction
vitesse la plus élevée pour une concentration en substrat donnée

107
Q

Vitesse de réaction et proportionnalité

A
  • la vitesse d’une réaction chimique est proportionnelle aux concentrations des réactifs intervenant dans le processus chimique élémentaire
  • ce facteur de proportionnalité est appelé constante de vitesse (k)
108
Q

Constante de vitesse (k)

A

> ne dépend que de la température

109
Q

Formule vitesse de réaction

A

V = k x [A]

110
Q

Quelles influences sur la vitesse initiale peut-on déterminer ?

A

> influence de la concentration de l’enzyme
influence de la concentration du substrat

111
Q

Dans quels domaines l’activité enzymatique est-elle utile ?

A

> enzymologie
biologie (très pertinente)
=> permet d’évaluer le fonctionnement de certains organes

112
Q

Que faut-il pour définir l’activité enzymatique ?

A
  • connaître l’ordre de la réaction
  • déterminer la vitesse initiale
  • se situer à une [S] > > Km (pour avoir V=Vmax)
113
Q

De quoi dépend l’activité d’une enzyme ?

A
  • du substrat
  • des conditions physico-chimiques
114
Q

Que faut-il pour que la détermination de l’activité enzymatique soit valable ?

A

il faut se placer dans des conditions précises : l’activité doit être proportionnelle à
> la quantité d’enzyme présente
> la durée de la réaction

115
Q

A quels critères doit-on être attentif pour déterminer l’activité enzymatique ?

A
  • le choix du substrat
  • le pH de la réaction
  • la température de la réaction
  • les proportions d’enzymes et de substrats
  • la durée de la réaction
116
Q

Si l’enzyme peut métaboliser plusieurs substrats, que faut-il choisir ?

A
  • un substrat donnant un produit chromogène ou facile à doser
  • une réaction rapide
  • un substrat stable
  • un substrat commercial peu onéreux
117
Q

Définition chromogène

A

coloré en spectrométrie

118
Q

Choix du pH pour l’analyse cinétique enzymatique

A
  • se mettre au pH optimum de l’enzyme
  • avoir un milieu tamponné
  • que les constituants du tampon n’aient pas d’action inhibitrice sur l’enzyme
119
Q

Définition milieu tamponné

A

présence d’un couple acide-base pour maintenir le milieu à un pH voisin du pHi du couple en question

120
Q

Choix de la température pour l’analyse cinétique enzymatique

A

30° pour limiter la dénaturation des enzymes, il faut donc utiliser :
> un bain marie
> une enceinte thermostatée
> une climatisation efficace (pays chauds)

121
Q

Relation de Michaelis-Menten

A

> lorsque la concentration en substrat augmente, la vitesse tend vers Vmax
P = k2 x t x [ET]

122
Q

Que peut-on déduire de la relation de Michaelis-Menten

A

> la quantité de produit apparu est proportionnelle à la quantité d’enzyme
à vitesse constante ( = réaction d’ordre 0, vitesse initiale d’ordre 1)
moins de 10% de substrat doit être métabolisé

123
Q

Influence de la concentration en enzyme sur la vitesse initiale

A

lorsque [S] > > [E], la vitesse initiale Vi est proportionnelle à la concentration de l’enzyme

124
Q

Influence de la concentration en substrat sur la vitesse de réaction

A

> si [S] augmente et que [E] reste constante, la vitesse initiale de la réaction augmente

125
Q

Comment obtient-on un graphe primaire ?

A

en étudiant [P] en fonction du temps

126
Q

Graphe secondaire

A

> représente la vitesse initiale en fonction de la concentration en substrat
on obtient une hyperbole qui tend asymptotiquement vers Vmax

127
Q

De quoi dépend la vitesse de réaction ?

A

> du nombre de rencontre efficace
de la quantité de réactifs

128
Q

Sur quoi repose l’hypothèse de Michaelis-Menten

A

> sur la formation d’un complexe enzyme-substrat (ES)
le substrat est transformé en produit tandis que l’enzyme se régénère
liaison faible = possibilité de dissociation

129
Q

Réaction d’équilibre de l’hypothèse de Michaelis-Menten

A

E + S <—> ES —> E + P

130
Q

Stades successifs de la réaction enzymatique

A
  • phase pré-stationnaire
  • phase stationnaire
  • phase post-stationnaire
131
Q

Equation de Michaelis-Menten

A

V = (Vmax x [S]) / (Km + [S])

132
Q

Que peut-on affirmer à partir de l’équation de Michaelis-Menten

A

> la vitesse d’une réaction n’a pour variable que la concentration en substrat [S]
V = f ([S])

133
Q

Comment est représentée la fonction V = f ((S])

A

par une hyperbole équilatère dont les deux asymptotes sont orthogonales

134
Q

Si [S] > > Km

A

> V tend vers : (Vmax.[S]) / [S]
soit V = Vmax
la vitesse est indépendante de [S]
on néglige Km car il devient négligeable devant [S]

135
Q

Si Km > > [S]

A

> V tend vers : (Vmax.[S]) / Km
soit V = (Vmax / Km) x [S]
la vitesse est proportionnelle à [S]
on néglige [S] car trop petit

136
Q

Valeurs de Km

A
  • Km = [ (K-1) + (K+2) ] / k+1
  • Km = [S] lorsque V = Vmax/2
  • pas d’unités
137
Q

Propriétés Km

A

> constante indépendante de la concentration en enzyme
constante de dissociation du complexe [ES]
représente l’instabilité de [ES]

138
Q

Inverse de Km pour une réaction enzymatique simple

A

affinité de l’enzyme pour son substrat
=> plus la valeur de Km est faible, plus l’affinité de l’enzyme pour S est forte

139
Q

Qu’est-ce que la vitesse maximale ?

A

> vitesse approchée lorsque toutes les molécules d’enzyme sont combinées au substrat
Vmax atteinte lorsque toutes les molécules d’enzyme sont couplées au substrat

140
Q

Constante catalytique / turnover

A

> k2 (Vmax= k2 x [Et] )
efficacité de l’enzyme
nombre de moles de substrat transformées en produit par unité de temps et par mole d’enzyme ou par site actif (si l’enzyme est oligomérique)
si l’enzyme est totalement saturée en S, k2 s’exprime en min-1

141
Q

Proportion enzyme/substrat et temps de réaction

A

D’après la relation de Michaelis-Menten, la vitesse tend vers Vmax lorsque [S] augmente
Donc pour [S] élevée :
> V = Vmax = k₂.[Et]
> P = k₂. t. [Et]

142
Q

A quoi la quantité de produit qui se forme est-elle proportionnelle ?

A

à la quantité d’enzyme

143
Q

Détermination graphique de Km et Vmax

A

Représentations dérivées de l’équation de Michaelis-Menten :
- Lineweaver et Burk
- Dixon
- Eadie-Hostee

144
Q

Représentation de Lineweaver et Burk

A
  • inverse de la relation de Michaelis-Menten
  • (1/V) = (Km/Vmax) x (1/[S]) + (1/Vmax)
    => équation de droite
  • droite de pente a= (Km/Vmax)
  • ordonnée à l’origine b = (1/Vmax)
  • axe des abscisses rencontré en (-1/Km)
  • fortes variations lorsque [S] est très faible
145
Q

Représentation de Dixon

A
  • linéarisation (y=ax+b) exprimée en fonction de (V/[S]) - V = Vmax - Km x (V/[S])
  • pente a = (-Km)
  • ordonnée à l’origine b = Vmax
  • axe des abscisses croisé en (Vmax/Km)
146
Q

Représentation d’Eadie-Hostee

A
  • linéarisation : expression de ( V/[S] ) en fonction de V
  • ( V/[S] ) = (Vmax/Km) - V x (1/Km)
  • pente a = (-1/Km)
  • ordonnée à l’origine b = (Vmax/Km)
  • axe des abscisses croisé pour ( V/[S] ) = Vmax
147
Q

Modélisation par calcul informatique

A

les logiciels de modélisation mathématiques permettent de représenter la courbe correspondant à l’équation de Michaelis-Menten.
On peut alors extrapoler par le calcul afin de déterminer la valeur de l’asymptote horizontale (Vmax) et le Km

148
Q

Réactions enzymatiques à 2 substrats

A
  • réaction à un seul substrat rare => souvent 2 substrats
  • hydrolyse (eau) : comparable à une réaction à 1 substrat
  • autre substrat / coenzyme : les complexes de dissociation de chacun des complexes formés interviennent => mécanisme Bi-Bi
149
Q

Mécanisme Bi-Bi

A
  • 2 substrats, 2 produits
  • les deux substrats ne peuvent pas se fixer à l’enzyme simultanément
  • les substrats peuvent être retrouvés sur le même site
  • la fixation se fait à des moments différents
  • 3 types de mécanismes Bi-Bi :
    > séquentiel
    > aléatoire
    > ping-pong
150
Q

Mécanisme Bi-Bi séquentiel

A

les substrats se fixent à l’enzyme dans un ordre impératif

151
Q

Mécanisme Bi-Bi aléatoire

A

les substrats peuvent se fixer à l’enzyme sans ordre précis : une fois les 2 substrats fixés à l’enzyme, la réaction est catalysée et on obtient les produits

152
Q

Mécanisme Bi-Bi ping pong

A

les substrats ne sont jamais combinés à l’enzyme en même temps : le réactif A se fixe et et transformé en produit PUIS le réactif B fait de même

153
Q

Paramètres influençant l’activité enzymatique

A
  • le pH
  • la température
  • les inhibiteurs des réactions enzymatiques
154
Q

Influence du pH sur l’activité enzymatique

A
  • substrat : modification de son degré d’ionisation
  • protéine enzymatique :
    > au niveau du site actif
    > au niveau des acides amines (=modification de la structure tertiaire de la protéine)
155
Q

pH optimum d’un enzyme

A
  • la plupart des enzymes ont un pH optimum proche de la neutralité ( entre 5,5 et 8)
  • certaines ont un pH optimum très acide (ex. pepsine: pH = 1,8)
  • d’autres un pH optimum basique (ex. arginase : pH=9,5)
    => en biologie clinique, les dosages des activités enzymatiques se font à pH optimum de l’enzyme concernée
156
Q

Influence de la température sur l’activité enzymatique

A

résulte de deux phénomènes :
- activation due à l’accroissement des vitesses de collision (Arrhenius) => courbe I (agitation ++ des molécules)
- inactivation due à la dénaturation de la protéine enzymatique => courbe 2

157
Q

Température optimale d’activité

A
  • une pour chaque enzyme
  • obéi à la loi d’Arrhenius et limité par la dénaturation de l’enzyme
  • si T augmente, K augmente (avec -Ea/RT)
  • si T diminue, K diminue
    => plus la température est importante, plus les molécules sont agitées, plus il y a d’énergie pour la réaction
158
Q

Dénaturation de la protéine enzymatique par la température

A
  • enzymes sensibles à la température
  • la dénaturation dépend de la durée d’exposition à la chaleur
  • effet de la dénaturation : A = A₀ x e^-kt
    A : activité après l’exposition
    A₀ : activité avant l’exposition
    k : constante de dénaturation par la chaleur
    t : temps d’exposition
159
Q

Inhibiteurs des réactions enzymatiques

A
  • inhibiteur = substance qui a pour effet de diminuer la vitesse de la réaction enzymatique
  • 3 types :
    > inhibitions irreversibles (=inactivation)
    > inhibition par excès de substrat
    > inhibitions réversibles (compétitive, incompétitive, non-compétitive)
160
Q

Inhibitions irréversibles

A
  • l’inhibiteur se lie de façon covalente à l’enzyme, ce qui bloque les groupes fonctionnels situés sur ses sites actifs
  • la dilution ou la dialyse ne permettent pas de lever l’inhibition
  • les inhibiteurs sont plus ou moins spécifiques
161
Q

Exemple d’inhibition irreversible

A
  • la pénicilline inactive la synthèse du peptidoglycane des parois bactériennes en se fixant se manière irréversible sur une sérine (a.a ayant une fonction -OH) du site actif de la transpeptidase (enzyme)
  • il existe des résistances à la pénicilline qui peuvent être mises en jeu par les pénicillinases (enzymes) qui hydrolyse les pénicillines pour maintenir la bactérie en vie
162
Q

Inhibitions réversibles

A
  • perturbent la cinétique enzymatique
  • peuvent être levées par dialyse, sans modification des molécules
  • inhibiteurs plus spécifiques que les irréversibles
  • 3 types :
    > compétitifs
    > non-compétitif
    > incompétitif
163
Q

Inhibiteurs compétitifs

A
  • ressemblance structurale avec le substrat
  • ils entrent en compétition pour se fixer sur le même site enzymatique => effet isostérique
  • la réaction enzymatique est bloquée jusqu’à ce que l’inhibition soit levée (ex. en saturant l’enzyme de substrat)
  • Ki = ( [E] x [I]) / [EI]
  • augmentation de Km
  • V = (Vmax.[S]) / ( [S]+Km. (1+[I]/Ki) )
164
Q

Exemple d’inhibiteur compétitif

A

Le méthotrexate est un inhibiteur compétitif pour la dihydrofolate réductase, il est utilisé pour le traitement de certains cancers ou maladies auto-immunes

165
Q

Inhibiteurs non compétitifs

A
  • se fixent sur un site différent du site actif => formation du complexe ESI
  • I peut se fixer à l’enzyme, que S soit présent ou non
  • agissent comme si la concentration en enzyme active était diminuée
  • Km diminué d’un facteur (1 + [I]/ki)
166
Q

Exemple d’inhibiteur non compétitif

A

la Tacrine (Cognex) est un inhibiteur non-compétitif de l’acetylcholine estérase utilisé dans le cadre de la maladie d’Alzheimer

167
Q

Inhibiteurs incompétitifs

A
  • l’inhibiteur se fixe uniquement sur le complexe ES => le substrat DOIT être fixé sur l’enzyme pour que l’inhibiteur effectue son action
  • Vmax et Km sont diminués d’un facteur (1+[I]/Ki)
168
Q

Exemple d’inhibiteur incompétitif

A

l’acide caféique (plante Alsophila Spinulosa) est un inhibiteur incompétitif de la xanthine oxydase (formation d’acide urique) ayant des propriétés antioxydantes/ anticancéreuses

169
Q

Inhibitions par excès de substrat

A

lorsque le substrat est en large excès, de nombreuses enzymes sont inhibées

170
Q

Etape limitante

A

pour processus réactionnel comprenant plusieurs réactions consécutives : k1, k2 et k3 (constante de vitesse) :
si l’une des réactions est beaucoup plus lente que les autres (k faible), alors la réaction est limitante

171
Q

Régulation des voies métaboliques

A

rétro-inhibition/feed-back négatif :
- le produit final possède une action inhibitrice sur une enzyme intervenant en amont
- cette inhibition fait souvent intervenir un mécanisme allostérique

172
Q

Voie de synthèse de l’hème

A

l’hème (= produit final) exerce une rétro-inhibition sur la 1ère étape de sa synthèse
hème = protéine nécessaire à la circulation d’O₂

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