ENCODE Flashcards
regiones que se pretende identificar con ese proyecto
- genes codificantes para proteínas
- genes que no codifican para proteínas
- elementos reguladores de la transcripción
- secuencias que median la estructura y dinámica cromosómica
como es la fase piloto del encode?
- evaluar estrategias para identificar regiones del genoma
- fase de desarrollo tecnológico: identificar o crear nuevas estrategias computacionales y de lab para caracterizar secuencias previamente identificadas y descubrir nuevas regiones
cantidad de regiones que se eligieron para estudiar
44 regiones (30mb, 1% del genoma)
que se generó con los resultados obtenidos?
una base de datos
qué se quería identificar en estre poroyecto?
regiones de ADN que transcriban ARN (porque son las funcionales)
que metodología se uso en ENCODE?
Hibridacion ChiP-chip (cromatine immunoprecipitation) (chip= se hace en un chip)
para qué sirve la hibridación ChiP-chip
permite la indetificacion de los sitios de union de las proteinas que se unen al ADN (Factores de transcripcion, histonas, reguladores de cromatina)
proceso de ENCODE
- Primero se le pone formaldehido para fijar las proteínas luego se le pone el anticuerpo para que se una con el FT
- Luego tenemos que romper la cadena de ADN con lisis
- Ya cortado tenemos pedazos cortitos de ADN que contienen adn y los factores de transcripción y vas a identificar los marcados con anticuerpos mediante otros anticuerpos
- Luego lo precipitas y desechas el resto para solo dejar los que están marcados por el anticuerpo
- Luego ya separadas las cadenas que quieres lo que haces es eliminar las proteínas (FT) mediante proteinasas para solo dejar los fragmentos de adn libres aislados
- Luego lo secuencias en un chip replicándolo muchas veces y luego pones los nucleótidos para que se complementen con las sondas con fluoroforo
- En los chips cuando se complementan se libera el fluoruro y podemos identificar como es la cadena como con las otras secuenciaciones que habíamos visto
que organismos analizaron?
10 vertebrados seleccionados x posición filogenética
en que regiones se hizo la secuenciación?
en regiones ortólogas (ancestro en comun)
cual era el fin de este analisis?
encontrar elementos conservados a nivel evolutivo
qué aporta el ENCODE?
ayuda a desarrollar herramientas computacionales para utilizar secuencias comparativas para inferir funciones biológicas
en qué revista y cuando se publicó en encode 2?
Natue, enero 2019
que se publicó en encode 2?
la colección de 13 artículos en donde se abordan los acercamientos a la estructura y funcionamiento de la info genética
motivos de los FT
- mapeo de 119 regiones en donde se observa unión de protes a DNA
- componentes de RNA pol en 72 tipos de células (ChIP-Seq)
- 87 fueron secuencia específica de FT
- 8.1 del genoma tiene regiones de DNA con unión a protes
- FACTORBOOK: catálogo de sitios de unión a FT
