Cytogénétique et pathologies (par: Luiz Alberto) Flashcards
C’est quoi un caryotyype par définition?
C’est le classement des chromsomes selon un ordre établi par entente internationale
Quels sont les 2 utilités d’établir le caryotype d’une personne?
Analyser la structures des chromsomes
Pouvoir comparer les 2 homologues
Combien de chromsomes, d’autosomes et de chrosmosomes sexuels on a chez l’humain?
Chez l’humain: 46 chromosomes
22 paires d’autosomes (1 à 22)
1 paire de gonosomes qui déterminent le sexe
XX: fille
XY: garçon
Comment on fait pour établir le caryotype d’un organisme?
Tout d’abord, on doit compter le nombre de chromosomes
Ensuite, on peut faire une analyse qui se base sur:
- La taille des chromsomes
- La forme des chromosomes
- Le marquage particulier à chacun des chromsomes
Par quoi est déterminer la forme des chromosomes?
Par la position du centromere
Quels sont les 3 formes que peut adopter le chromsomes, sachant que cette forme est déterminer par la position du centromere?
Métacentrique, submétacentrique et acrocentrique
Par définition, c’est quoi un chromsomes avec une forme dites “métacentrique”?
C’est un chromsomes dont la position du centromère est au centre, ce qui entraine 2 bras symétrique
Par définition, c’est quoi un chromsomes avec une forme dites “submétacentrique”?
Chromsomes dont la position du centromère entraine 2 bras asymétriques
Par définition, c’est quoi un chromsomes avec une forme dites “acrocentrique”?
C’est lorsque la position du centromère est presque à l’extremiter, ce qui fait que le petit bras est tres court
Comment on nomme le bras long du chromsomes? et le bras court?
Bras q= bras long
Bras p= bras court (“p” pour petit”)
Vrai ou faux
Le marquage chromosomique est le même d’une pair de chromsomes à une autre
Faux, on utilise justement les marquages pour pouvoir distinguer les différentes paires de chromosomes
En quoi consiste le marquage en bande GTG ou bande G?
C’est un marquage de chromsomes qui est obtenu suite au traitement de ceux-ci avec la trypsine et la coloration au Giemsa
Comment on peut obtenir des chromsomes de facon spontanée?
En allant chercher des fibrobvlastes de la peau ou des fascia, ou encore des cellules trouvées dans une tumeur solide
Comment on peut obtenir des chromsomes par stimulation?
En allant chercher des lymphocytes T sanguins, puis en leur donnant du PHA pour les faire recommencer a se diviser (car les lymphocytes se divisent pas normalement)
Quelles sont les 3 étapes pour obtenir des chromsomes une foie que on a deja les cellules voulues?
- On fait une culture cellulaire
- on fait un arret du cycle cellulaire en methaphase (car chromsomes sont le + condensé) en ajoutant un inhibiteur du fuseau mitotique comme le Colcemid
- On récolte les chromosomes suite a un traitement hypotonique de la cellules (hypotonique car fait que la cells va éclater)
C’est quoi la formule chromosomique? ça inclut quoi comme elements?
C’est la composition en chromsomes d’une cellule donné, qui comprend:
- Le nombre total de chromsomes
- Les gonosomes
- L’anomalie si tu en as une
Exemple: 47, XX, +21 veut dire que on a une fille avec la trisomie 21
Combien de cellules on doit analyser pour deterniner la constitution chromosomique d’un individu?
Minimum 10 cells
En temps normales, les cellules ont-elles tous la meme formule chromosomiques?
Oui, vu que elle viennent tous du mm zygote
C’est quoi par definition ue consitution chromosomique non-homogene ou mosaique?
C’est quand on retrouve 2 types ou plus de cellule chez le même individus, suite a une mauvaise segregation mitotique survenu apres la formation du zygote
-On peut aussi parler d’un problème qui est survenu dans une lignée cellulaire si c’est seulement dans un tissus précis que on a des chromsomes différent par rapport au reste du corps
C’est quoi par defintiion une anomalie chromosomique?
C’est une modifiication qui touche l’euchromatine des chromosomes et qui aura un effet sur le phenotype vu que les genes sont surtout contenu dans l’euchromatine
Quand une anomalie touche l’hétérochromatine (donc region contenant tres peu des genes), de quoi on va parler
De variant chromosomique
Quels sont les 2 grandes type de anomalie chromosomiques?
Anomalie de structure et de nombre
Quels sont les 2 sorte de anomalie de nombre de chromsomes (leur nom et la definition)
Polyploidie: quand tu as l’addition d’un complément haploide (n)
Ex: triploidie 69,XXX (3n)
Aneuploidie: quand l’anomalie de nimbre touche une seule pair de homologue, dont le nombre est augmenter ou diminuer
Trisomie: 47, XY, +21 (3 chromsomes 21)
Quels les 2 causes de triploidie?
La digyny et la diandry
C’est quoi la digyny?
Triploidie causé par une polyploidie chez la mère, dont ovule avec 46 chromsomes
C’est quoi la diandrie?
Cause la plus fréquente de triploidie
C’est quand tu as une double fecondation ou un spermatozoide avec 46 chromsomes
Quels sont les problemes que ca peut engendrer d’avoir diandrie
Retard de croissance, et kyste du placenta, c’est generalement peu viable
C’est quoi les problemes que ca peut engendrer d’avoir une digynie?
Plencenta tres petit et retard de croissance
C’est quoi qui cause l’aneuploidie?
C’est une erreur lors de la repartition des chromosomes lors de la division cellulaire
Elle sera homogènes si jamais elle est survenu lors de la meiose
Elle créera un mosaisme tissulaire si jamais a eu lieu lors d’une mitose
Les monosomies sont elles viables?
Non sauf, celle pour le chromsomes X
Ca fera quoi dans les gamètes si on a une non disjonction en meiose 1?
Fait que on aura 2 gamèes qui ont tout les 2 des chromosomes homologues venant du parent (c’est a dire une paire complète pour un certain numéro de chromosomes)
Ca cause quoi d’avoir une non disjonction en méiose 2 ?
Fait que dans une gamète, tu aura 2 chromatides soeur identique (si on oublie que elles ont fait de la reocombinaison)
La majorité des trisomie sont d’origine maternel ou paternel? ont lieu lors de la meiose 1 ou 2?
Lors de la meiose 1 maternelle
Pourquoi l’absence de recombinaison et les recombinaison en position telomeriques sont des fcateurs de risque pour la non disjonction?
Car cela peut causer des erreurs en M1, car c’est cette recombinaison qui fait que les homologues sont capable de se reconnaitre et donc que le microtubule peut faire la segregation de homologues
C’est quoi les problemes que ca peut engendrer d’avoir de la recombinaison periocentromerique?
Augemnte chance d’erreur de M2, car va interférer avec la cohesion normale des chromatides soeur
Pourquoi avancer en age augmente les risque de non disjonction?
Car les patrons de recombinaison ainsi que les fuseau mitotique viellissent, donc la non disjonction a plus de chance d’arriver
C’est quoi par defintion une anomalie de structure?
Une modification dans la structure des chromsomes, presque toujours du a une cassure
Vrai ou faux
Plusieurs chromosomes peuvent subir des cassures en meme temps
Vrai
Vrai ou faux
Un chromsomes peut subir plusieurs cassure en meme temps
Vrai
Dans la mesure ou un fragment de chromsomes se casse, c’est quoi que ce chromsomes peut faire
- Aller se coller sur un autre chromsomes cassé ou pas
- Se recoller exactement au meme endroit
- Se perdre
Par definition, c’est quoi de la deletion?
Perte de materiel sur un chromosome
C’est quoi fait que un fragment persiste plutot que de se perdre
Il faut que le chromsomes possede un centromere pour perdurer
Comment on appele un fragement qui ne contient pas de centromere?
Fragment acentrique
C’est quoi la deletion interstitielle?
Quand tu as 2 cassure a l’interieur d’un meme bras chromosomique, puis que les parties restante se recolle
C’est quoi une inversion paracentrique?
C’est quand la cassure affecte un bras et que celui se recolle a l’endroit ou il devrait être mais a l’envers, sans pour autant que le centromere ait changer de place
C’est quoi une inversion pericentrique?
C’est quand un chromsomes subit une cassure dans le bras long et un casse dans le bras court, et que ensuite il se recolle a l’envers
C’est quoi une translcation?
C’est quand 2 chromosomes différente subissent des cassure et que tu as un échange de materiel
C’est quoi les 2 sorte de translocation ?
Translocation réciprioque et robertsonienne
C’est quoi une translocation reciproque équilibré?
Quand 2 chromsomes non-homologue subissent des cassures, et que chacun des fragement cassé va se mettre à l’endroit où l’autre fragement s’est cassé
Est-ce que le translocation réciproque équilibré font varier le nombre de chromsomes?
La qté de materiel genetique?
Ca a des effets sur le phenotype?
Non, non et non!
Bien que tu as aucune perte de matériel genetique, c’est quoi les conséquences négatives que ca peut avoir d’avoir une translocation reciproque non equilibré?
Peut causer phénotype anormale chez les descendant
Fausse couche
Infertilité
C’est quoi les 3 possibilités de répartition des chromosomes chez un porteur d’un translocation recicproque equilibré?
Soit
- 2 chromosomes normaux
- 2 transloqué mais equilibré
- 1 normal et un transloqué
Comment on appele un combinaison de chromsomes dans laquel tu as un chromsomes transloqué et un normal? conséquence de ca?
Segregation non-équlibré
Fait que le zygote a à la fois une monosmie et une trisomie partielle, donc porteur d’une translocation non equilibrer qui fait que le zygote a un phenotype anormale
Diapo 49 ?
Va directement sur le powerpoint
C’est quoi une translocation robertsonienne?
C’est quand 2 chromsomes acrocentrique subissent tous les 2 une cassure au niveau du centromère.
Ceci fait que les 2 parties “p” se perdent et que les 2 partie q restant (1 par chromosomes non-homologue) se fusionnent.
Quels sont les conséquences des translocations robertsonniene sur le nombre de chromsomes total?
Il passe a 45 chromosomes total
Est-ce que tu as une perte de matériel génetique (c’est-a-dire une perte de gene) quand tu as une translocation roberstsonienne?
Est-ce que tu as un changement au niveau du phenotype?
oui
non car les bras court des chromsomes acrocentrique sont fait de heterochromatine, donc contiennent pas de gene
Conséquence par rapport a la reproduction chez les gens porteur d’une tranlocation robertsonienne?
Risque accru de:
Phenotype anormale chez les enfant
Fausse couche
Infertilité
Quels sont les chromsomes qui sont accrocentrique donc qui peuvent subir de la translocation robertsonienne?
13 14 15 21 22
Mis a part les translocation, quels sont les autre anomalie de structure possible?
Duplication
insertion
chromosomes monocentrique, dicentrique ou en anneaux
C’est quoi le but de la cytogenetique moleculaire
permet d’étudier le genome humain de facon plus fine que en faisant le caryotype
C’est quoi le FISH, par definition?
C’est lorsque on utilise une séquence d’ADN connue d’acide nucléique (la sonde), marqué avec du fluorescent et que on essaie de la faire s’apparier avec un séquence complémentaire que on essaie d’étudier
C’est quoi la denaturation et la renaturation?
dénaturation: passer de adn double a simple brin
renaturation: le contraire
Quelles sont les étapes pour utiliser le FISH?
- On prend des chromsomes en culture cellulaire
- On dénature la sonde et l’ADN qu’on veut étudier
- On fait hybrider la sonde avec l’adn que on veut étudier
- On regarde le tout au microscope
Par rapport à la résolution, c’est quoi l’avantage d’utiliser le Fish plutot que le caryotype
Le caryotype nous permet normalement de voir les anomalie avec une précision de 10Mb, ou de 2-5 quand la résolution est bonne, alors que le FISH permet d’être beaucoup plus précise en permettant une detection des anomalie au 100-150Kb
Quels sont les types de sonde a séquence repetitives?
C’est quoi la definition d’une sonde a séquence unique?
Sonde a sequence repetitive: centromerique ou telomerique
Sonde a sequence unique: sequence d’une region specifique du genome, ne contenant pas de adn repetitif
C’est quoi la peinture chromosomique?
C’est une peinture qui permet de courvrir une paire de chromosomes en entier
Pour quel type de probleme sont utiliser les peinture chromosomique?
Anomalie de nombre ou
des anomalies de structures qu’il est possible d’identifier avec le caryotype
C’est qui une sonde centromérique et pour quoi c’est utilisé?
Sonde d’Adn qui va marquer le centromere de facon specifique a chacun des chromosomes
Permet d’identifier anomalie de nombre ou de structure
C’est quoi la sonde telomerique et a quoi ca sert?
C’est un sequence repétée TTAGGG qui permet d’identifier l’extrimiter d’un chromosome donc analyser intégriter des télomeres
C’est quoi une sonde a sequence unique?
C’est quoi son utilité
Sonde qui utilise une sequence specifique du genome
Utile pour identifier les microduplicatrion ou microdeletion
Par rapport a la possibilité de pouvoir poser un diagnostic, cest quoi avantage du FISH par rapport au caryotype standart?
- Preciser une anomalie vue en cytogenetique classique mais que on pouvait pas identifier a cause de sa complexité
- Diagnostic de micro remaniement chromosomique non identifiable sur le caryotype
- Permet de faire un diagnostic rapidement car s’utilise en interphasique
C’est quoi la anomalie inframicroscopique?
Anomalie que on peut pas identifier ne micropie optique et donc on doit utiliser des sondes pour les identifier
Quand on parle de micro-remaniement, a quoi on fait reference plus precisementr?
a de la microdeletion ou de la microduplication
Quel est la probabilité de transmission chez une personne atteinte de deletion?
50% de chance, vu que tu as 50% de chance de transmettre le chromsomes atteint
Quelle est la différence entre les microdeletion et les microduplication?
Les microduplications ont tendance a causer un phenotype moins distinctif et moins severe, plus difficile a remarquer cliniquement
Dans quels cas on va faire un FISH interphasique?
Quand l’index mitotique est peu élevé
Quand on a besoin d’un diagnostic rapide
Pour une anomalie clonale precise
Vrai ou faux
Pour les FISH interphasique, on peut utiliser tout les types de sonde
Faux, on peut utiliser tout les type de sonde sauf les peintures et les sondes telomerique
Dans le fond, on regarde quoi quand on fait un FISH interphasique?
On recherche un signal plutot que la forme des chromsomes
Donne un exemple de cas ou va utiliser le FISH interphasique? (indice: c’est pas rapport a une fusion de gene)
Quand on veut verifier la fusion du gene BCR et ABL, qui sont des importants facteurs diagnostique pour la leucémie
Dans le cas ou cherche une fusion de 2 gene qui aurait eu lieu suite a une translocation, comment utiliser le fish interphasique permet de savoir si ca a eu lieu?
Si jamais les 2 signaux sont fusionné, ca veut dire que les 2 genes en questions ont fusionné
Comment fonctionne l’hybdridation génomique sur micropuce?
C’est le même que pour le FISH.
Dans le fond, on a l’ADN de controle marqué par une fluorescence et localisé sur une micropuce
On a également l’ADN du patient qui est marqué par une fluorescence d’une autre couleur
On ajoute les 2 sorte d’ADN sur une micropuce complémentaire aux 2 sorte d’ADN
Les ADN marqués vont donc essayer de se lier a l’ADN sur la micropuce, donc on va retrouver des couleurs sur la micropuces
Un ordinateur permet ensuite de calculer la proportion de chaque couleur
Ca veut dire quoi si jamais on a plus de ADN du patient que de ADN de controler sur la micropuce?
Et si on a plus de ADN de controle?
Plus: microduplication
Moins: micro deletion
Quels sont les 2 types de micropuces que on peut utiliser?
Le BACs et les oligonucleotides
Compare la taille des sondes et la resolution des analyses entre le BACs et les oligonucléotides
BACs: sonde de la taille des sondes FISH et résuolution de analyse moins grande que pour les oligonucléotides
Oligonucleotide: environ 60pb
C’est quoi les CNV
Ce sont les variations dans le nombre de fois que sont répétées des sequences d’ADN qui sont supposée être répétées
Est-ce que tout les CNV sont pathogenique?
A quoi ca sert de detecter les CNV?
Non, mais justement ca peut être intéressant de détecter les CNV car ca peut dans certains expliquer le phenotype de patient
Comment on fait l’analyse des CNV?
On met du ADN de controle et l’ADN du patient et on regarde la couleur qui ressort pour voir si c’est plus la couleur de l’ADN de controle ou celle du patient qui est exprimé
On sait alors si tu as rien, si tu as de la duplication ou de la deletion
Quels sont les avantages de l’analyse sur micropuce par rapport aux autres techniques?
Permet d’analyser avec une meilleur resolution que toutes les autres techniques, donc plus facile detecter les duplications
Pas besoin de savoir au prealable ou le problemes dans le genome est
Pas besoin de cells en division
Vrai ou faux
On recommande de utiliser la methode de micropuce avant d’utiltiser celle pour le caryotype
Vrai
