Cours 6 (Acides nucléiques) Flashcards
Qu’est-ce que le génome?
C’est l’ensemble de l’information moléculaire qui code les instructions nécessaires à la « fabrication » d’un organisme
Dépositaire de l’information génétique (ADN et ARN)
De quoi les nucléotides sont-ils composés?
Sucre à 5 carbones (ribose ou désoxyribose)
Base azotée
Groupe phosphoryle
Une base azotée peut être soit une purine ou une pyrimidine. Qui est quoi?
Pyrimidines : Gracile (U), Thymine (T), Cytosine (C)
Purines : Adénine (A), Guanine (G)
Quelle base azotée va avec laquelle dans l’ADN et l’ARN?
*Sérieusement, si t’as pas cette question y’a un problème… on voit ça depuis le secondaire…
ADN : A avec T, C avec G
ARN : A avec U, C avec G
Si ma base est l’adénine, quelle est mon nucléoside et mon nucléotide?
Nucléoside : Adénosine
Nucléotide : Adénosine monophosphate (AMP)
Si ma base est la guanine, quelle est mon nucléoside et mon nucléotide?
Nucléoside : Guanosine
Nucléotide : Guanosine monophosphate (GMP)
Si ma base est la cytosine, quelle est mon nucléoside et mon nucléotide?
Nucléoside : Cytidine
Nucléotide : Cytidine monophosphate (CMP)
Si ma base est l’uracile, quelle est mon nucléoside et mon nucléotide?
Nucléoside : Uridine
Nucléotide : Uridine monophosphate (UMP)
Si ma base est la thymine, quelle est mon nucléoside et mon nucléotide?
Nucléoside : Désoxythymidine
Nucléotide : Désoxythymidine monophosphate (dTMP)
Les acides nucléiques sont un…
polymère de nucléotides
V/F : Il y a autant de guamine que de cytosine
Vrai (règle de Chargaff)
V/F : Il y a plus d’adénine que de thymine
Faux (A = T, règle de Chargaff)
Quelle est la structure de l’ADN?
Association de nucléotides assemblés en longues chaînes
La composition en base de l’ADN est caractéristique d’un ______________ et non des ________ de cet ________________
organisme
tissus
organisme
(règle de Chargaff)
La composition en base de l’ADN est indépendante de quoi?
Âge
Sexe
État nutritionnel
Facteurs environnementaux
(règle de Chargaff)
Comment les bases azotées peuvent-elles s’assembler?
Grâce à des liaisons hydrogènes
Combien y a-t-il de liaison hydrogènes entre l’adénine et la thymine?
2
Combien y a-t-il de liaison hydrogènes entre la guanine et la cytosine?
3
Qu’est-ce que l’observation des résultats de la diffraction de rayons X à travers des cristaux d’ADN purifié a-t-il permis de conclure?
L’existence de 2 chaînes dans la molécule d’ADN
Leur association en forme d”hélice
Une association anti-parallèle de ces deux chaînes
Les séquences d’acide nucléique s’écrivent :
a) 3’ vers 5’
b) 5’ vers 3’
c) Peu importe
d) ON S’EN CAAAAAAAAALICE
b)
Dans une double hélice, les deux brins d’ADN sont __________________ et de _______________ : ils sont dits ________________
complémentaires
sens opposés
antiparallèles
La conformation adoptée par l’ADN bicaténaire dépend de quoi?
Son degré d’hydratation
Sa séquence
Son taux de surenroulement
Des modifications chimiques des bases qui le composent
La nature
La concentration des ions métalliques en solution
Quels sont les types d’ADN?
ADN A
ADN B
ADN Z
Décris-moi l’ADN B
Forme la plus courante
Hélice vers la droite
Torsion engendrée par le noyau hydrophobe que sont les bases
Paires de bases perpendiculaires à l’axe de l’hélice
ADN B :
Enroulement de l’hélice : ____________
Diamètre : ____________
Nucléotide/tour : _____________
Pas de l’hélice : ____________
Rotation de l’hélice/pb : _____________
Droit
2,4nm
10 pb/tour
3,4nm
36°
Décris-moi l’ADN Z
Forme plus contrainte (+ tordue, + serrée) que l’ADN A et B
Dans les régions riches en guanine-cytosine lors de la transcription de l’ADN en ARN
L’axe s’écarte significativement des paires de bases
Hélice plus étroite
ADN Z :
Enroulement de l’hélice : ____________
Diamètre : ____________
Nucléotide/tour : _____________
Pas de l’hélice : ____________
Gauche
1,8nm
12 pb/tour
4,5nm
ADN A :
Enroulement de l’hélice : ____________
Diamètre : ____________
Nucléotide/tour : _____________
Pas de l’hélice : ____________
Droite
2,3nm
11 pb/tour
2,8nm
V/F : L’ADN A est une double hélice droite dont l’axe passe par les paires de bases
Faux (ne passe pas)
Quelles sont les forces qui stabilisent la double hélice de l’ADN?
Forces hydrophobes (forces de van der Waals)
Liaison hydrogène entre les bases complémentaires
Interactions électrostatiques entre les groupements phosphates et Mg2+ ou des protéines cationiques
Quelle est la force qui déstabilise la double hélice de l’ADN?
La répulsion électrostatique directement liée à la présence de charges négatives tout le long de chaque molécule (phosphates)
Qui suis-je? En solution, je suis le type d’ADN le plus stable
ADN bicaténaire
Qui suis-je? En solution, je suis le type d’ADN le moins stable
ADN monocaténaire
Qu’est-ce que la dénaturation de l’ADN?
Les 2 brins complémentaires sont séparés
Comment obtient-on la dénaturation de l’ADN?
In vivo: lors de la réplication et de la transcription
In vitro: augmentation de température → rupture des ponts H → désappariement des bases
In vitro: agents chaotropes (urée et chlorure de guanidium)
*Oui il y a deux fois in vitro je ne sais pas pourquoi
Quelle technique nous permet de suivre la dénaturation de l’ADN?
L’UV (effet hyperchrome) : ADN monocaténaire possède une absorbance à 260 nm plus élevée que l’ADN bicaténaire (plus grande accessibilité des bases)
Le processus de dénaturation peut facilement être visualisé par _____________________________ au fur et à mesure de la conversion des _______________________________ en __________________
l’augmentation de l’absorption
acides nucléiques bicaténaires
monocaténaires
L’absorption de l’ADN natif, à 260 nm en fonction de la température (courbe de fusion), présente l’allure de quoi? À quoi correspond le point d’inflexion de cette courbe?
Sigmoïde
Ça correspond à la demi-variation d’absorbance, la température de fusion de la molécule, notée Tm
Tm = ?
T° où [ADNdb] = [ADNsb]
Si le coefficient de Chargaff augmente, qu’est-ce qu’il augmente? Est-ce qu’il stabilise l’ADN et augment la Tm?
Le nombre de liaisons hydrogènes
Oui
Si le pH qui ionise les phosphates augmente, qu’est-ce qu’il augmente? Est-ce qu’il stabilise l’ADN et augmente la Tm?
La force de répulsion électrostatique
Non (dénaturant)
Si la concentration en cation (force ionique) augmente, qu’est-ce qu’il augmente? Est-ce qu’il stabilise l’ADN et augmente la Tm?
Neutralise les charges
Oui (effet stabilisant)
Si la concentration en urée (formamide) augmente, qu’est-ce qu’il augmente? Est-ce qu’il stabilise l’ADN et augment la Tm?
Compétiteur des liaisons hydrogènes entre les bases
Non (dénaturant)
Si la concentration en ADN (activité de l’eau) augmente, qu’est-ce qu’il augmente? Est-ce qu’il stabilise l’ADN et augment la Tm?
Affecte la constante diélectrique
Oui (effet stabilisant)
Si la longueur de la molécule d’ADN augmente, qu’est-ce qu’il augmente? Est-ce qu’il stabilise l’ADN et augment la Tm?
Le nombre de zones riches en G-C
Oui (effet stabilisant)
La dénaturation thermique de l’ADN peut être inversée par le __________________ de la solution
refroidissement
V/F : La vitesse de refroidissement influence l’hybridation de l’ADNdb
Vrai
Quels sont les types de refroidissement?
Rapide et lent
Que fait le refroidissement rapide?
Permet seulement la formation de régions locales d’ADN bicaténaire
La diminution dans l’absorbance à 260nm est donc plus petite
Que fait le refroidissement lent?
Laisse suffisamment de temps au brins d’ADN complémentaires pour se retrouver
ADN retrouve sa forme complétement bicaténaire et la solution présente la même absorbance qu’à l’origine
Où se retrouve l’ADN mitochondriale?
Dans la matrice des mitocondries
Comment l’ADN mitochondrial est chez l’humain?
Circulaire
Bicaténaire
Quelle est la quantité des mitochondries dans les cellules?
2000 mitochondries contenant 2-4 molécules d’ADN (4000 molécules d’ADN par cellule)
V/F : L’ADN mitochondrial est transmis du père à l’enfant?
Faux (mère)
V/F : L’ADN mitochondrial est un système de réparation incomplet
Vrai
Pour quoi code l’ADN mitochondrial?
22 ARNt
2 ARNr
13 protéines membranaires
Séquence codantes (37 gènes)
Aucun intron
Aucune séquence répétée
Est-ce que l’humain à de l’ADN chloroplaste? Pourquoi?
Non, car on ne fait pas de photosynthèse
Qu’est-ce que l’endosymbiose?
VOIR PETIT SCHÉMA À GAUCHE DIAPO 28
TÊTE DE MORT!!!!!!!!!
V/F : L’ADN chloroplaste se retrouve dans les cellules procaryotes primitives?
Faux (eucaryotes)
Quelles sont les caractéristiques de l’ADN chloroplaste?
Circulaire ou linéaire
50/100 copies par chloroplastes
Code pour une centaine de gènes : ARNr, ARNt, ARN polymérase, protéines ribosomiques, protéines impliquées dans la photosynthèse
Quel type d’ADN retrouve-t-on dans les cyanobactéries?
ADN chloroplaste
Quel type d’ADN retrouve-t-on dans les alpha-protobactéries?
ADN mitochondrial
Que fait le ribose dans l’ARN?
Sucre qui rend l’ARN plus instable chimiquement que ADN (dégradé en nucléotide lors d’un traitement alcalin)
Quel est le type de brin dans l’ARN?
Simple brin (monocaténaire)
V/F : Dans l’ARN, le brin monocaténaire peut s’apparier et former des régions bicaténaires appelées duplex
Vrai
Quel est la structure secondaire d’un ARN?
C’est la description de l’ensemble des appariements internes au sein d’une molécule simple brin
Quels sont les structures secondaires de l’ARN? Décris-les brièvement
Structure en tige : Suite consécutive de bases appariées
Structure de boucle interne : Boucle entourée par 2 tiges
Structure de bulge (renflement) : Bases non appariées que d’un côté d’une tige
Structure de tige-boucle (épingle à cheveux) : Boucle à l’extrémité d’une tige
Qu’est-ce qui permet la formation de structures secondaires au sein d’un ARN simple-brin?
C’est l’existence de régions contenant des séquences répétées inversées, qui peuvent s’apparier pour former localement une structure en double hélice
Qu’est-ce que la structure tertiaire de l’ARN?
Ce sont les structures secondaires plus ou moins distantes dans la molécule d’ARN qui interagissent entre elles et entraînent un repliement de la molécule dans l’espace
Quelles structures sont essentielles à la fonction de l’ARN?
a) Structure primaire
b) Structure secondaire
c) Structure tertiaire
d) Structure quaternaire
e) a) et b)
f) a) et c)
g) a), b) et c)
h) a), b) et d)
i) b) et c)
j) b) et d)
k) b), c) et d)
l) c) et d)
m) Aucune de ces réponses
n) Toutes ces réponses
i) b) et c)
Quels sont les 4 types d’ARN?
ARN de transfert (ARNt)
ARN ribosomique (ARNr)
ARN messager (ARNm)
ARN small nuclear (ARNsn)
ARNt :
Nombre par cellule : ____________
Longueur : _______
Proportion : ___
Durée de vie : __________
Fonction : ______________
> 50
74-95
10-20%
longue
traduction
ARNr :
Nombre par cellule : ____________
Longueur : _______
Proportion : ___
Durée de vie : __________
Fonction : ______________
4
120-5000
80%
longue
traduction
ARNm :
Nombre par cellule : ____________
Longueur : _______
Proportion : ___
Durée de vie : __________
Fonction : ______________
> 1000
400-6000
5%
courte
traduction
ARNsn :
Nombre par cellule : ____________
Longueur : _______
Proportion : ___
Durée de vie : __________
Fonction : ______________
- 10
100-300
< 1%
longue
épissage
Quelle est longueur approximative de l’ADN pour l’humain?
Environ 2m
Quelle est la 1re étape de compression de l’ADN?
Les histones se combinent à l’ADN pour constituer les nucléosomes
Quelle est la 2e étape de compression de l’ADN?
L’histone H1 vient se positionner sur le double tour d’ADN et stabilise la structure du nucléosome
Les nucléosomes stabilisés peuvent maintenant s’empiler pour former la fibre de 30 nm → solénoïde
Quelle est la 3e étape de compression de l’ADN?
La fibre de 30nm forme des boucles qui se fixent à leur base sur un squelette nucléaire ou matrice nucléaire pour donner la forme la plus compacte: le chromosome métaphasique
Comment la chromatine est dans le noyau?
Euchromatine (forme décondensée où la fibre de 30 nm est accessible aux enzymes de réplication et de transcription)
Hétérochromatine (forme condensée qui n’est plus accessible aux enzymes)
