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Biochimie 1 > Cours 6 (Acides nucléiques) > Flashcards

Cours 6 (Acides nucléiques) Flashcards

1
Q

Qu’est-ce que le génome?

A

C’est l’ensemble de l’information moléculaire qui code les instructions nécessaires à la « fabrication » d’un organisme
Dépositaire de l’information génétique (ADN et ARN)

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Q

De quoi les nucléotides sont-ils composés?

A

Sucre à 5 carbones (ribose ou désoxyribose)
Base azotée
Groupe phosphoryle

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Q

Une base azotée peut être soit une purine ou une pyrimidine. Qui est quoi?

A

Pyrimidines : Gracile (U), Thymine (T), Cytosine (C)
Purines : Adénine (A), Guanine (G)

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4
Q

Quelle base azotée va avec laquelle dans l’ADN et l’ARN?
*Sérieusement, si t’as pas cette question y’a un problème… on voit ça depuis le secondaire…

A

ADN : A avec T, C avec G
ARN : A avec U, C avec G

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5
Q

Si ma base est l’adénine, quelle est mon nucléoside et mon nucléotide?

A

Nucléoside : Adénosine
Nucléotide : Adénosine monophosphate (AMP)

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6
Q

Si ma base est la guanine, quelle est mon nucléoside et mon nucléotide?

A

Nucléoside : Guanosine
Nucléotide : Guanosine monophosphate (GMP)

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7
Q

Si ma base est la cytosine, quelle est mon nucléoside et mon nucléotide?

A

Nucléoside : Cytidine
Nucléotide : Cytidine monophosphate (CMP)

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8
Q

Si ma base est l’uracile, quelle est mon nucléoside et mon nucléotide?

A

Nucléoside : Uridine
Nucléotide : Uridine monophosphate (UMP)

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9
Q

Si ma base est la thymine, quelle est mon nucléoside et mon nucléotide?

A

Nucléoside : Désoxythymidine
Nucléotide : Désoxythymidine monophosphate (dTMP)

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10
Q

Les acides nucléiques sont un…

A

polymère de nucléotides

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11
Q

V/F : Il y a autant de guamine que de cytosine

A

Vrai (règle de Chargaff)

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12
Q

V/F : Il y a plus d’adénine que de thymine

A

Faux (A = T, règle de Chargaff)

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13
Q

Quelle est la structure de l’ADN?

A

Association de nucléotides assemblés en longues chaînes

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14
Q

La composition en base de l’ADN est caractéristique d’un ______________ et non des ________ de cet ________________

A

organisme
tissus
organisme
(règle de Chargaff)

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15
Q

La composition en base de l’ADN est indépendante de quoi?

A

Âge
Sexe
État nutritionnel
Facteurs environnementaux
(règle de Chargaff)

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16
Q

Comment les bases azotées peuvent-elles s’assembler?

A

Grâce à des liaisons hydrogènes

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17
Q

Combien y a-t-il de liaison hydrogènes entre l’adénine et la thymine?

A

2

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18
Q

Combien y a-t-il de liaison hydrogènes entre la guanine et la cytosine?

A

3

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19
Q

Qu’est-ce que l’observation des résultats de la diffraction de rayons X à travers des cristaux d’ADN purifié a-t-il permis de conclure?

A

L’existence de 2 chaînes dans la molécule d’ADN
Leur association en forme d”hélice
Une association anti-parallèle de ces deux chaînes

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20
Q

Les séquences d’acide nucléique s’écrivent :
a) 3’ vers 5’
b) 5’ vers 3’
c) Peu importe
d) ON S’EN CAAAAAAAAALICE

A

b)

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21
Q

Dans une double hélice, les deux brins d’ADN sont __________________ et de _______________ : ils sont dits ________________

A

complémentaires
sens opposés
antiparallèles

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22
Q

La conformation adoptée par l’ADN bicaténaire dépend de quoi?

A

Son degré d’hydratation
Sa séquence
Son taux de surenroulement
Des modifications chimiques des bases qui le composent
La nature
La concentration des ions métalliques en solution

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23
Q

Quels sont les types d’ADN?

A

ADN A
ADN B
ADN Z

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24
Q

Décris-moi l’ADN B

A

Forme la plus courante
Hélice vers la droite
Torsion engendrée par le noyau hydrophobe que sont les bases
Paires de bases perpendiculaires à l’axe de l’hélice

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25
ADN B : Enroulement de l’hélice : ____________ Diamètre : ____________ Nucléotide/tour : _____________ Pas de l’hélice : ____________ Rotation de l’hélice/pb : _____________
Droit 2,4nm 10 pb/tour 3,4nm 36°
26
Décris-moi l'ADN Z
Forme plus contrainte (+ tordue, + serrée) que l'ADN A et B Dans les régions riches en guanine-cytosine lors de la transcription de l'ADN en ARN L'axe s'écarte significativement des paires de bases Hélice plus étroite
27
ADN Z : Enroulement de l’hélice : ____________ Diamètre : ____________ Nucléotide/tour : _____________ Pas de l’hélice : ____________
Gauche 1,8nm 12 pb/tour 4,5nm
28
ADN A : Enroulement de l’hélice : ____________ Diamètre : ____________ Nucléotide/tour : _____________ Pas de l’hélice : ____________
Droite 2,3nm 11 pb/tour 2,8nm
29
V/F : L'ADN A est une double hélice droite dont l'axe passe par les paires de bases
Faux (ne passe pas)
30
Quelles sont les forces qui stabilisent la double hélice de l'ADN?
Forces hydrophobes (forces de van der Waals) Liaison hydrogène entre les bases complémentaires Interactions électrostatiques entre les groupements phosphates et Mg2+ ou des protéines cationiques
31
Quelle est la force qui déstabilise la double hélice de l'ADN?
La répulsion électrostatique directement liée à la présence de charges négatives tout le long de chaque molécule (phosphates)
32
Qui suis-je? En solution, je suis le type d'ADN le plus stable
ADN bicaténaire
33
Qui suis-je? En solution, je suis le type d'ADN le moins stable
ADN monocaténaire
34
Qu'est-ce que la dénaturation de l'ADN?
Les 2 brins complémentaires sont séparés
35
Comment obtient-on la dénaturation de l'ADN?
In vivo: lors de la réplication et de la transcription In vitro: augmentation de température → rupture des ponts H → désappariement des bases In vitro: agents chaotropes (urée et chlorure de guanidium) *Oui il y a deux fois in vitro je ne sais pas pourquoi
36
Quelle technique nous permet de suivre la dénaturation de l'ADN?
L'UV (effet hyperchrome) : ADN monocaténaire possède une absorbance à 260 nm plus élevée que l’ADN bicaténaire (plus grande accessibilité des bases)
37
Le processus de dénaturation peut facilement être visualisé par _____________________________ au fur et à mesure de la conversion des _______________________________ en __________________
l'augmentation de l'absorption acides nucléiques bicaténaires monocaténaires
38
L’absorption de l’ADN natif, à 260 nm en fonction de la température (courbe de fusion), présente l’allure de quoi? À quoi correspond le point d'inflexion de cette courbe?
Sigmoïde Ça correspond à la demi-variation d'absorbance, la température de fusion de la molécule, notée Tm
39
Tm = ?
T° où [ADNdb] = [ADNsb]
40
Si le coefficient de Chargaff augmente, qu'est-ce qu'il augmente? Est-ce qu'il stabilise l'ADN et augment la Tm?
Le nombre de liaisons hydrogènes Oui
41
Si le pH qui ionise les phosphates augmente, qu'est-ce qu'il augmente? Est-ce qu'il stabilise l'ADN et augmente la Tm?
La force de répulsion électrostatique Non (dénaturant)
42
Si la concentration en cation (force ionique) augmente, qu'est-ce qu'il augmente? Est-ce qu'il stabilise l'ADN et augmente la Tm?
Neutralise les charges Oui (effet stabilisant)
43
Si la concentration en urée (formamide) augmente, qu'est-ce qu'il augmente? Est-ce qu'il stabilise l'ADN et augment la Tm?
Compétiteur des liaisons hydrogènes entre les bases Non (dénaturant)
44
Si la concentration en ADN (activité de l'eau) augmente, qu'est-ce qu'il augmente? Est-ce qu'il stabilise l'ADN et augment la Tm?
Affecte la constante diélectrique Oui (effet stabilisant)
45
Si la longueur de la molécule d'ADN augmente, qu'est-ce qu'il augmente? Est-ce qu'il stabilise l'ADN et augment la Tm?
Le nombre de zones riches en G-C Oui (effet stabilisant)
46
La dénaturation thermique de l’ADN peut être inversée par le __________________ de la solution
refroidissement
47
V/F : La vitesse de refroidissement influence l'hybridation de l'ADNdb
Vrai
48
Quels sont les types de refroidissement?
Rapide et lent
49
Que fait le refroidissement rapide?
Permet seulement la formation de régions locales d’ADN bicaténaire La diminution dans l’absorbance à 260nm est donc plus petite
50
Que fait le refroidissement lent?
Laisse suffisamment de temps au brins d’ADN complémentaires pour se retrouver ADN retrouve sa forme complétement bicaténaire et la solution présente la même absorbance qu’à l’origine
51
Où se retrouve l'ADN mitochondriale?
Dans la matrice des mitocondries
52
Comment l'ADN mitochondrial est chez l'humain?
Circulaire Bicaténaire
53
Quelle est la quantité des mitochondries dans les cellules?
2000 mitochondries contenant 2-4 molécules d'ADN (4000 molécules d'ADN par cellule)
54
V/F : L'ADN mitochondrial est transmis du père à l'enfant?
Faux (mère)
55
V/F : L'ADN mitochondrial est un système de réparation incomplet
Vrai
56
Pour quoi code l'ADN mitochondrial?
22 ARNt 2 ARNr 13 protéines membranaires Séquence codantes (37 gènes) Aucun intron Aucune séquence répétée
57
Est-ce que l'humain à de l'ADN chloroplaste? Pourquoi?
Non, car on ne fait pas de photosynthèse
58
Qu'est-ce que l'endosymbiose?
VOIR PETIT SCHÉMA À GAUCHE DIAPO 28 TÊTE DE MORT!!!!!!!!!
59
V/F : L'ADN chloroplaste se retrouve dans les cellules procaryotes primitives?
Faux (eucaryotes)
60
Quelles sont les caractéristiques de l'ADN chloroplaste?
Circulaire ou linéaire 50/100 copies par chloroplastes Code pour une centaine de gènes : ARNr, ARNt, ARN polymérase, protéines ribosomiques, protéines impliquées dans la photosynthèse
61
Quel type d'ADN retrouve-t-on dans les cyanobactéries?
ADN chloroplaste
62
Quel type d'ADN retrouve-t-on dans les alpha-protobactéries?
ADN mitochondrial
63
Que fait le ribose dans l'ARN?
Sucre qui rend l’ARN plus instable chimiquement que ADN (dégradé en nucléotide lors d’un traitement alcalin)
64
Quel est le type de brin dans l'ARN?
Simple brin (monocaténaire)
65
V/F : Dans l'ARN, le brin monocaténaire peut s’apparier et former des régions bicaténaires appelées duplex
Vrai
66
Quel est la structure secondaire d'un ARN?
C'est la description de l'ensemble des appariements internes au sein d'une molécule simple brin
67
Quels sont les structures secondaires de l'ARN? Décris-les brièvement
Structure en tige : Suite consécutive de bases appariées Structure de boucle interne : Boucle entourée par 2 tiges Structure de bulge (renflement) : Bases non appariées que d'un côté d'une tige Structure de tige-boucle (épingle à cheveux) : Boucle à l'extrémité d'une tige
68
Qu'est-ce qui permet la formation de structures secondaires au sein d'un ARN simple-brin?
C'est l'existence de régions contenant des séquences répétées inversées, qui peuvent s'apparier pour former localement une structure en double hélice
69
Qu'est-ce que la structure tertiaire de l'ARN?
Ce sont les structures secondaires plus ou moins distantes dans la molécule d’ARN qui interagissent entre elles et entraînent un repliement de la molécule dans l’espace
70
Quelles structures sont essentielles à la fonction de l'ARN? a) Structure primaire b) Structure secondaire c) Structure tertiaire d) Structure quaternaire e) a) et b) f) a) et c) g) a), b) et c) h) a), b) et d) i) b) et c) j) b) et d) k) b), c) et d) l) c) et d) m) Aucune de ces réponses n) Toutes ces réponses
i) b) et c)
71
Quels sont les 4 types d'ARN?
ARN de transfert (ARNt) ARN ribosomique (ARNr) ARN messager (ARNm) ARN small nuclear (ARNsn)
72
ARNt : Nombre par cellule : ____________ Longueur : _______ Proportion : ___ Durée de vie : __________ Fonction : ______________
> 50 74-95 10-20% longue traduction
73
ARNr : Nombre par cellule : ____________ Longueur : _______ Proportion : ___ Durée de vie : __________ Fonction : ______________
4 120-5000 80% longue traduction
74
ARNm : Nombre par cellule : ____________ Longueur : _______ Proportion : ___ Durée de vie : __________ Fonction : ______________
> 1000 400-6000 5% courte traduction
75
ARNsn : Nombre par cellule : ____________ Longueur : _______ Proportion : ___ Durée de vie : __________ Fonction : ______________
- 10 100-300 < 1% longue épissage
76
Quelle est longueur approximative de l'ADN pour l'humain?
Environ 2m
77
Quelle est la 1re étape de compression de l'ADN?
Les histones se combinent à l’ADN pour constituer les nucléosomes
78
Quelle est la 2e étape de compression de l'ADN?
L’histone H1 vient se positionner sur le double tour d’ADN et stabilise la structure du nucléosome Les nucléosomes stabilisés peuvent maintenant s’empiler pour former la fibre de 30 nm → solénoïde
79
Quelle est la 3e étape de compression de l'ADN?
La fibre de 30nm forme des boucles qui se fixent à leur base sur un squelette nucléaire ou matrice nucléaire pour donner la forme la plus compacte: le chromosome métaphasique
80
Comment la chromatine est dans le noyau?
Euchromatine (forme décondensée où la fibre de 30 nm est accessible aux enzymes de réplication et de transcription) Hétérochromatine (forme condensée qui n’est plus accessible aux enzymes)

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