Cours 6 Flashcards
C’est quoi la metabolomique
l’identification et quantification de métabolites intra- ou extracellulaires d’un masse de <1000 Dalton
Est-ce qu’il y a davantage de métabolites ou de réactions dans le corps?
De réactions —> 1 métabolite impliqué dans plusieurs réactions
L’endométabolome c’est quoi?
métabolome à l’intérieur d’une cellules.
L’exométabolome c’est quoi?
le métabolome dans un milieu de culture, ou des liquides extracellulaires
Fingerprinting:
Une image globale de l’endométabolome, qui ne permet souvent pas d’identifier tous les métabolites. Utile pour des comparaisons (+/- drogue, +/- gène, mutants, etc…).
Footprinting:
Une image globale de l’exométabolome, qui ne permet souvent pas d’identifier tous les métabolites. Mesure la disparition de nutriments d’un milieu, voire l’accumulation d’exométabolites.
Profiling:
Analyse (souvent sémi-quantitative) d’un groupe de métabolites chimiquement similaires (carbohydrates, acides aminés, etc). Utile pour des modèles métaboliques.
Analyse ciblée:
Analyse de métabolites définis participant dans une voie donnée (par exemple les hormones stéroïdiennes).
5 étapes de la récolte des échantillons
Métabolite primaire:
impliqué dans de nombreux réactions – débit élevée
Métabolite secondaire:
métabolite qui ne sert plus à des réactions (et qui d’habitude est excrété) – débit faible
Ex. Acide urique
l’étape limitante pour la résolution de l’analyse.
Pourquoi?
La préparation de l’échantillon
—> Ceci est dû au débit (« turnover ») rapide surtout des métabolites primaires (en général leur demi-vie est bien plus court qu’une seconde);
Que faut il faire au moment de l récolte pour assurer un bon rendement?
inactiver tous les enzymes au même moment – dans l’espace de moins d’une seconde. De plus il faut tenir compte des réactions chimiques possibles (e.g. oxydation).
—> Méthodes de choix: nitrogène liquide, acides, solvants.
3 grandes classes de nature physico-chimique des métabolites
i) hydrophiles, ii) hydrophobes, et iii) gazeux.
la nature physico-chimique diverse des métabolite permet quoi?
L’extraction par nature
(i) hydrophiles, ii) hydrophobes, et iii) gazeux.)
2 types d’analyses des métabolites
1) RMN
2) spectrométrie de masse couplée
Avantage de la RMN
l’échantillon (extraits de plante, sang, etc) n’a pas vraiment besoin de traitement.
désavantage de la RMN
sensibilité modérée de la NMR: seuls les metabolites les plus abondants sont détectés.
marquage métabolique par isotopes peut permettre de faire quoi?
Suivre le devenir d’un nutriment (ou d’une drogue, etc…)
Isotope:
différentes formes d’un élément; # neutrons différent
Isotopes radioactifs:
inconvénients: instables, émettent des rayonnements alpha, bêta, gamma
avantages: sensibilité d’analyse et « low noise »
Isotopes stables:
naturels, n’émettent pas de rayonnements
avantages: sécuritaire, plus d ’information métabolique
inconvénients: abondance naturelle, sensibilité d’analyse, coût
Isotopes stables ou radioactifs ont plus de neutrons?
Radioactifs
Chromatographie/spéctroscopie de masse (MS) pour l’analyse de quoi?
analyse de métabolites moins abondants, on les enrichira d’abord dans les échantillons, surtout par chromatographie, avant l’analyse par spectrométrie de masse (Liquid chromatography-mass spectrometry ou LC-MS).
