Cours 3 Flashcards
Quels sont les variations en plus grd nbre ? Perturbent ou pas les séquences ?
- SNV
- Perturbent le moins (car change qu’un nucleotide)
Quels sont les variations en plus petit nbre ? Perturbent ou pas ?
- SV complexes mais perturbent le plus le genome
Combien de variant par genome ?
- plus de 5x10^6
Il y a deux types de variant, lesquels sont elles ?
- Benin : sans effet, explique nos difference (0,96%)
- Pathogène : causent dev maladie
Quels sont les differentes frequence allelique du MAF?
Variants
- Très rare = < 0.1%
- Rare : entre 0,5-1%
- Faible frequence : entre 1% - 5%
- Commun : >5%
SNP c’est quoi ?
- Variant frequent/commun
- C’est = Polymorphisme
Qu’est ce qu’un variant de novo ? (3)
- Pas hérité (spontané)
- Pourra le transmettre à sa descendance
- Apparition durant mitose (gametogenese)
Combien de variant de novo par individu ?
70-100
Comment peut on nommer autrement les variant de novo ?
Variant spontané
Combien de chance d’avoir variation de novo ?
- 1/100million pour chaque nucleotide du genome
Quand et qui peut donner un variant de novo ? (3)
- 3/4 SNV de novo proviennent des gamete du pere
- Mitose durant la gametogenese
• Influence de l’age influence proportionnellement le nombre de variants
Quelles sont les séquences non codantes ?
- Sequences repetees
- Introns
- Gène non codant
- Sequence regulatrice : promoteurs, site ADN de luauson à des facteurs de transcription, enhancer
Quel est la conséquence de variants localisés dans des sequences codantes ? (Dans les 3 positions du codons)
- 1ere : Changent parfois le type l’acide aminé (general)
- 2eme : change le type d’acide aminé
- 3eme : changent rarement le type de l’AA.
Sur quel position du codon il y a le moins d’impact ?
- 3eme position du codon
Quels sont les deux type de SNV ?
SNV
- Synonyme : pas d’impact car A.A. = inchangé
- Non-synonyme : changement d’a.a.
Comment nomme t on autrement les SNV synonyme ?
- Variant silencieux ou neutre
Quels sont les deux types de SNV dit non-synonyme ?
- Faux-sens : change A.A.
- Non-sens : codon stop prématuré
Quels sont les deux possibilités d’un SNV faux sens ?
- Conservative : A.A. Biochimiquement similaire
- Non conservative : A.A. biochimiquement different
Que cause un SNV non sens ? (2)
- Protéine tronquée
- Rend la proteine non fonctionnelle (perte de fonction/inactivation)
Impact des indels sur les a.a. ?
- Décalage du cadre de lecture : ajout/deletion 1 ou 2 nucléotides
—> non-sens - Pas de decalage si un multiple de trois mais ajout d’un AA dans la prot.
Impact des inversions ?
- Stop prematuré
- Changement d’AA.
Defaut d’epissage causés par des variants ? (3)
- Utilise site alternatif en 5’ et 3’ = modification d’un exon
—> Variant site donneur 5’ - Rétention d’intron = NMD degrade l’ARNM
—> Variant site donneur 5’ - Elimination d’un exon
—> Variant site 3’
Quels sont les sites donneurs et accepteurs d’epissage ? Quel effet si variant ?
Site donneur (GT^^G)
- (+1 G)
- (+2 T/U)
- (+5 G)
Site accepteur (-AG)
- (-1 G)
- (-2 A)
—> effet deletere si y a variant
Quels sont la conséquence d’un SNV dans une séquence non codantes ? (Activateurs )
1 Activateur 1 enhancer
- Ne peut plus se lier : partout ou il y a l’activateur avec le variant il ne peut plus etre transcrit
2 Activateurs 2 enhancers
- Ne peut plus se lier : là où y a les deux enhancers actif et desactive
3 activateurs 2 enhancers
- Le même ne peux plus se lier mais un autre le peux donc si present ca n’affectera pas la transcription du gène
Un variant dans des sequences non codante … (activateurs)
- peut modifier le niveau de transcription d’un gene selon le type cellulaire
Comment predire l’impact des SNV et indel ?
Region codante
- SNV (20’000) : syn, nn sens, epissage, faux sens
- Indels (500)
Region non codante
- Se localise/perturbe element fonctionnel
- Se localise pas/ ne perturbe pas element fonctionnel
(En gras =modif transcrit/prot, gain perte de fonction)
Quel type de gain/perte de fonction de la protéine lors de la prédiction de l’impact des SNV et indels ?
- Variant perte de fonction LoF (absence ou fct reduite)
- Variant gain de fonction GoF (fonction anormale : new, fonctionnelle mais mauvaise cell/moment)
Quels sont les exemples de fonction qui peuvent être perturbé par les variants ? (7)
- Stabilité/structure cellule
- Activité catalytique (diminuee ou augmentee)
- Interaction (entre les cell par exemple)
- Quantité (transcrit)
- Aggregat (qd trop de prot traduite)
- Modification
- Localisation (fonctionnel mais mauvaise cellule)
Quel est l’impact des SVs (>50pb)
- Altère plusieurs gènes : absence gene/fonction ou duplication/triplication
- Fusion de deux gènes suite à une délétion (cancer car prot. crée rend prolifération folle)
- Altère élément regulateur du gene (deletion —> pas de transcription)
Quelle est la tolérance du gène à la délétion/duplication ?
- Deletion : pas assez d’enzymes pour le substrat
- Duplication/triplication : trop d’enzymes = saturation-arrêt-dégradation
Quels sont les maladies syndromique ?
- CNV
- Maladie rare
- Symptome heterogene car plusieurs organes touchés
Quels sont les monosomies et trisomies letale et non letales ?
Létales
- Monosomie complete autosome/ du Y
non letale :
- Trisomie 21,18,13
- Monosomie du X, syndrome Turner
Impact des translocations ?
- Pas de consequence pathologique sur le porteur ( car se passe au niveau des disjonctions)
- Consequence sur descendance
- Risque augmenté de fausses couches
Quels sont les différentes segregation possible lors de la meiose pour translocation robertsonienne ?
Les diagnostique genetique sont essentiellement pour
- maladies neurodev.
Quels sont les % diagnostique ou sans diagnostique ?
- 51% sans diagn.
- 13 % variant patho
- 36% en variant incertain
