COURS 1 : MICROBIOTE ET BACTÉRIES Flashcards
Définir microbiote
Est l’ensemble des micro-organismes qui résistent sur un site donné : la peau, les narines, le tractus génito-urinaire, le tractus digestif, etc
Définir microbiome
Est l’ensemble des micro-organismes et de leurs gènes qui résident sur un site donné
Définir le microbiome central et le microbiome secondaire
Central
-espèces bactériennes présentes chez >95% des personnes humaines à un site donné
-représente la majorité des bactéries présentes à un site donné
-moins varié que le microbiome secondaire
Secondaire
-espèces bactériennes qui diffèrent d’un individu à l’autre
-grande variété d’espèces
-chaque espèce est en plus petite quantité comparativement au microbiome central
Le microbiote cutané varie selon quoi?
-le microbiote cutané varie selon le site
-il est influencé par la présence ou non de glandes sébacées et l’humidité
-il varie selon le sexe
Exemple de bactéries présentes chez >95% des personnes au niveau de la peau
-staphylococcus epidermidis
-corynebacterium
-propionibacterium
Exemple de bactéries présentes chez >95% des personnes au niveau de la bouche
-streptococcus
-neisseria
-corynebacterium
Exemple de bactéries présentes chez >95% des personnes au niveau du côlon
-escherichia coli
-enterococcus
-bacteriodes
Exemple de bactéries présentes chez >95% des personnes au niveau du vagin
Lactobacillus
VRAI OU FAUX : La diversité et la quantité de bactéries varient selon le segment du tube digestif
VRAI
Combien de bactéries dans le tractus digestif?
10^14
Il y a combien d’espèces de bactéries dans le microbiote?
> 500
Dont la majorité sont non cultivables
Identifiées principalement par séquençage moléculaire
Le microbiote sain varie grandement selon quoi?
-une personne à l’autre
-une région géographique à l’autre
-l’âge
Décrire l’évolution du microbiote de la naissance à l’âge adulte
Période embryo-foetale : stérile à 100%
Accouchement : contact avec la flore normale de la mère –> début de la colonisation de la peau et du système digestif de bébé par flore normale
-accouchement vaginal : flore vaginale (lactobacillus, prevotella spp = microbiome dans le vagin) et dermale (staphylococcus, corynebacterium, propionibacterium = microbiome central de la peau)
-accouchement par césarienne : flore dermale seulement
Nourrisson/enfance :
-rencontre d’agents pathogènes par le jeu, la garderie, etc
-instabilité
-shifts in response to diet, illness
-new strains outcompete old ones
Adulte :
-dissociation des flores comparés aux autres, on possède une flore unique et stable (peu continuer de changer, mais à un rythme plus lent)
Âge : flore très différente de celle des autres, différentes des jeunes adultes aussi
DONC devient de plus en plus unique au gré de la vie
Décrire et expliquer les principales fonctions du microbiote intestinal
Fonctions métaboliques
-métabolise certains nutriments plus facilement ce qui les rend disponibles aux cellules hôtes
-par exemple, clive la cellulose (hydrate de carbone) en petites molécules assimilables par l’hôte (acétate, propionate, butyrate) facilement absorbées par les cellules hôtes
Stimule l’immunité innée :la présence de ces bactéries stimulent le système immunitaire
-en tapissant la muqueuse (sert de rempart) et en consommant les nutriments (affame les pathogènes)
-stimulent la production de mucine, IgA, AMPs (antimicrobial peptides)
-stimulent la production d’IL-22 (résistance épithélium) et d’IL-1B (augmentation recrutement de cellules inflammatoires)
Prévient la colonisation par des bactéries pathogènes
-par compétition, les bactéries déjà présentes empêchent des bactéries nocives de s’installer
-prévient des infections entériques par exemple
-sert de rempart et consomme des nutriments (compétition pour la place et la nourriture)
-les acides comme l’acétate, le propionate et le butyrate limitent la croissance de certaines bactéries indésirables
-protège contre certaines infections entériques
Nommez les facteurs externes qui influencent le microbiote
-hygiène personnel (savon, déodorant, rince-bouche, douche vaginale)
-diète (riche en fibre, en graisse, en sucre) + diversifiée ou non
-H20 (avec chlore vs eau de puits)
-prise d’antiobiotique
Donner des exemples du rôle potentiel du microbiote intestinal dans des pathologies extra-intestinales
- Diarrhée à Clostridioides difficile (DACD)
-prise d’antibiotique qui altère la flore normale du colon
-prolifération du C.difficile (perte de la compétition alimentaire)
-C. Difficile qui produit des toxines responsables de la diarrhée - Colite ulcéreuse
-prolifération de la bactérie Akkermansia muciniphila qui produit une sulfatase qui dégrade la couche de mucine
-augmentation de Prevotellaceae qui produit des chemokines inductrices d’inflammation - Maladies céliaque (entéropathie au gluten)
- Vaginite à Candida
- Obésité (les sexe qui ont des bactéries intestinales plus efficaces à transformer des gros hydrates de carbone en petites molécules facilement absorbables)
Que veut dire dysbiose?
Altération de la flore normale
Décrire les probiotiques
-mélange de bactéries et/ou de levures ingérées dans le but de coloniser, même temporairement, l’intestin
-la majorité des probiotiques contiennent des bactérie Gram positif comme les Bifidobacterium et les Lactobacillus et des levures comme les Saccharomyces
-L’efficacité dépend des microorganismes choisis, de la dose, de la survie des microorganismes après le passage dans l’estomac (acidité)
-Contrairement aux médicaments, moins bon contrôle sur la composition exacte et la concentration résiduelle de microorganismes après le passage dans l’estomac
Qu’est-ce que l’entérocolite nécrosante?
-maladie qui touche l’intestin
-enfant né prématurément (<37 semaines de grossesse)
-se manifeste par un gonflement de l’abdomen, du sang dans les selles et de l’air dans la paroi de l’intestin
-prédisposition génétique + intestin immunoréactif + réponse inflammatoire immature
-dysbiose du tractus digestif?
-mortalité : 20-30%
Définir pouchite
Inflammation du réservoir créé suite à une colectomie totale avec anastomose iléo-rectale
Problème : Côlon joue un rôle important dans l’absorption d’eau, donc ces personnes vont très souvent à la toilette. Pour aider, le chirurgien va prendre une partie de l’iléon et faire le réservoir. Certains probiotiques aident à enlever l’inflammation de la poche.
Décrire pour quelles entités cliniques les probiotiques semblent jouer un rôle favorable
-pouchite
-NEC
Définir prébiotique
Produits alimentaires administrés pour favoriser la croissance de microorganismes endogènes désirables
Décrire les procaryotes
Les bactéries appartiennent aux Procaryotes
-Absence de noyau, de réticulum endoplasmique, d’appareils de Golgi et de mitochondries
-chromosomes constitués d’ADN
-ribosomes 70S (50S+30S)
-membranes cellulaires sans stérols (à l’exception des mycoplasmes)
-paroi cellulaire complexe : protéines et peptidoglycanes, +ou- acide téichoïque et/ou lipopolysaccharides
-reproduction asexuée (fission binaire)
-production d’ATP se fait via la membrane cytoplasmique (et non des mitochondries)
Décrire les eucaryotes
Algues, fungi, protozoaires, plantes, animaux
-Chromosomes dans noyau
-Mitochondries = site de respiration cellulaire
-Réticulum endoplasmique lisse et rigueux
-Cytoplasme à ribosome 80S
-Appareil de Golgi
-Lysosomes
La classification des bactéries se fait selon quoi?
La forme
Cocci
Bâtonnets (ou Bacille)
Coccobacille
Spiralée
Et selon la coloration de gram
Schématiser et comparer les caractéristiques de la paroi des bactéries Gram positif et Gram négatif
Gram négatif
-membrane externe
-espace périplasmatique
-mince couche de peptidoglycane
-endotoxine de LPS
-protéine de pore
-membrane cytoplasmique (bicouche de phospholipides)
Gram positif
-grande couche de peptidoglycane (retient le violet de crystal)
-acide téichoïque
-acide lipotéichoïque
-membrane cytoplasmique (bicouche de phospholipides)
VRAI OU FAUX : La membrane cytoplasmique diffère entre les gram négatifs et les gram positifs
FAUX
La composition est la même, différence au niveau des peptidoglycanes, donc paroi cellulaire
La membrane cytoplasmique permet quoi?
MÊME CHEZ LES GRAM + ET -
-produit l’énergie (ATP) : joue le rôle des mitochondries
-permet l’entrée de certains nutriments et la sortie de certaines substances (tourniquet à deux sens)
-contient des protéines structurales qui contribuent à la forme de la bactéries
Décrire les éléments structuraux de la membrane bactérienne et leurs fonctions pour les GRAM +
Peptidoglycane : structure de la bactérie, défense contre l’environnement et du “complement killing”
Acide téichoïque : Renforcement de la paroi, séquestration de calcium
Acide lipotéiochoïde : activateur de la réponse de l’hôte (innée)
Protéines : immune evasion, adhesion, etc
Décrire les éléments structuraux de la membrane bactérienne et leurs fonctions pour les GRAM -
Peptidoglycan : structure de la bactérie
Espace périplasmatique : enzymes impliquées dans le transport, la dégradation et la synthèse
Membrane externe : structure de la bactérie, protection contre l’environnement de l’hôte
Protéines :
-de pores : perméabilité pour des petites molécules hydrophiles
-dispositif de sécrétion (types 1-5) : permet la distribution entre les membranes de plusieurs protéines, y compris des facteurs de virulence
LPS (Lipid A, core polysaccharide, O antigen) : structure de la bactérie, barrière de protection, déclenche les réactions immunitaires
Décrire la composition et la fonction des structures suivantes : la capsule, le biofilm, les pili, les flagelles, les spores
Capsule : rôle antiphagocytique, fait de polysaccharides ou de polypeptides pour l’anthrax
Biofilm : protection contre l’environnement, antimicrobiens et la réponse immunitaire de l’hôte, fait de polysaccharides
Pili : adhérence sur certaines parois et échanges sexuels, fait de pilin et adhésine
Spore : Seulement les bâtonnets gram + : structure ronde et très résistante qui peut survivre sans nourriture (passage en forme sporulée lorsque l’environnement n’est plus favorable pour la bactérie)
VRAI OU FAUX : Les gram + et - ont une membrane externe
FAUX : seulement les Gram négatifs
Résumé des fonctions de la membrane et de la paroi cellulaire
Squelette, manger et uriner, produire de l’énergie, bouger (si elle a un ou des flagelles), échanger du matériel génétique (pili)
Les bactéries pathogènes peuvent..
-adhérer à certaines cellules
-essayer d’échapper au système immunitaire
-synthétiser des enzymes pour résister au S.I
-synthétiser des enzymes pour détruire les tissus
-synthétiser des exotoxines (répercussions locales, répercussions à distance)
Décrire les principes de la coloration de Gram, l’utilité et les limites de cette technique dans la classification bactérienne
Classification des bactéries selon coloration Gram, prend < 15 minutes
-Gram + = bleu, mauve
-Gram - = rouge, rose
Coloration au violet de cristal –> fixation au lugol –> décoloration à l’alcool-acétone –> coloration à la safranine
-bactéries décolorées par l’alcool sont recolorées rouge par la safranine (gram négatif)
-bactéries non décolorées restent bleues (gram postitif)
Nommez 3 exemples de bactéries qui ne peuvent pas être classifiées par la coloration de Gram
-myobactéries (acide mycolique dans paroi)
-mycoplasma (absence de peptidoglycane)
-chlamydia (non-cultivables sur géloses et trop petit pour être détecté, besoin corps élémentaires et corps réticulés pour se multiplier dans cellules)
Classifier correctement les bactéries suivantes à la coloration de Gram selon leur forme (cocci ou bâtonnet) et selon leur affinité tinctoriale (gram positif, gram négatif); de plus, pour les cocci Gram positif, préciser si la disposition des bactéries serait en paires, en chaînes ou en amas
Staphylocoques, streptocoques, entérocoques, neisseria, moraxella, bacillus, clostridium, clostridioides, listeria, escherichia coli, klebsiellia, proteus, salmonella, shigella, yersinia, campylobacter, pseudomonas, haemophilus, bacteriodes
Cocci gram +
-streptococcus
-staphylococcus
-enterococcus
Cocci gram -
-neisseria
-moraxella
Bâtonnets gram +
-bacillus
-clostridium
-clostridioides
-listeria (seul non-sporulé)
Bâtonnets gram -
-escheria coli
-klebsiella
-proteus
-salmonella
-shigella
-yersinia
-campylobacter
-pseudomonas
-haemophilus
-bacteroides
Disposition des bactéries cocci, gram +
En amas : staphylococcus
En paires : streptococcus pneumoniae
En chaînes : streptococcus (excepté pneumoniae), enterococcus
Qu’est-ce que des “bactéries sporulées”?
-uniquement chez certains bâtonnets gram +
-structure ronde, très résistante qui peut survivre sans nourriture (état de dormance) ex : clostridium tetani et clostridium botulinum qui peuvent survivre dans le sol
-passage de la bactérie de la forme végétative vers la forme sporulée lorsque les conditions de survie sont dangereuses pour la bactéries
Bâtonnets gram + sporulés
-clostridium
-clostridioides
-bacillus
Bâtonnets gram + non sporulés
-listeria
-corynebacterium
Pour satisfaire les exigences des bactéries, certaines géloses sont incubées..
-dans une étuve à l’air ambiant (21% d’O2)
-dans une étuve à CO2 (5% d’O2)
-dans une tente anaérobie
Parmi les bactéries suivantes lesquelles sont anaérobies strictes?
Staphylocoques, streptocoques, entérocoques, neisseria, moraxella, bacillus, clostridium, clostridioides, listeria, escherichia coli, klebsiellia, proteus, salmonella, shigella, yersinia, campylobacter, pseudomonas, haemophilus, bacteriodes
Clostridium, clostridioides, bacteroides
Parmi les bactéries suivantes laquelle est aérobie stricte?
Staphylocoques, streptocoques, entérocoques, neisseria, moraxella, bacillus, clostridium, clostridioides, listeria, escherichia coli, klebsiellia, proteus, salmonella, shigella, yersinia, campylobacter, pseudomonas, haemophilus, bacteriodes
Pseudomonas
Expliquer pourquoi la coloration de Gram n’est pas utile dans le diagnostic des infections causées par les mycobactéries et les mycoplasmes
Parce que les mycobactéries possèdent une couche d’acide mycolique qui ne permet pas de retenir ni le cristal de violet ni la safranine. On utilisera plutôt la coloration de Ziehl ou l’auramine
Mycobactéries : paroi riche en acide mycolique (waxy outer shell) qui interfère avec la coloration de gram
Mycoplasma : absence de peptidoglycane dans la paroi cellulaire
Chlamydia : très petites bactéries, non cultivables sur des géloses, qui se multiplient uniquement dans des cellules grâce à des structures appelés “corps élémentaires” et “corps réticulés”
